ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55026

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.015, 0.031, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.021, 0.042, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.000, 0.021, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.000, 0.022, 0.043, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C1' A 0, 0.000, 0.022, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.000, 0.023, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C8 B 0, 0.000, 0.050, 0.099, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.050 std_dev=0.050
C1' B 0, 0.000, 0.050, 0.100, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.050 std_dev=0.050
N9 B 0, 0.000, 0.057, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.057 std_dev=0.057
N7 B 0, 0.000, 0.059, 0.118, 0.118 max_d=0.118 avg_d=0.059 std_dev=0.059
O2' B 0, 0.000, 0.066, 0.132, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.066 std_dev=0.066
O4' A 0, 0.000, 0.071, 0.143, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.071 std_dev=0.071
C4 B 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C5 B 0, 0.000, 0.079, 0.157, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C2' B 0, 0.000, 0.080, 0.160, 0.160 max_d=0.160 avg_d=0.080 std_dev=0.080
P A 0, 0.000, 0.083, 0.166, 0.166 max_d=0.166 avg_d=0.083 std_dev=0.083
OP1 A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
OP2 A 0, 0.000, 0.088, 0.176, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.088 std_dev=0.088
O4' B 0, 0.000, 0.091, 0.182, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.091 std_dev=0.091
N3 B 0, 0.000, 0.097, 0.194, 0.194 max_d=0.194 avg_d=0.097 std_dev=0.097
C2' A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
C6 B 0, 0.000, 0.110, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O5' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C2 B 0, 0.000, 0.124, 0.249, 0.249 max_d=0.249 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.000, 0.126, 0.252, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N6 B 0, 0.000, 0.126, 0.253, 0.253 max_d=0.253 avg_d=0.126 std_dev=0.126
N1 B 0, 0.000, 0.131, 0.262, 0.262 max_d=0.262 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C4' B 0, 0.000, 0.147, 0.294, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.147 std_dev=0.147
O2' A 0, 0.000, 0.148, 0.297, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.148 std_dev=0.148
C3' B 0, 0.000, 0.149, 0.298, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.149 std_dev=0.149
C3' A 0, 0.000, 0.153, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.153 std_dev=0.153
O3' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
OP1 B 0, 0.000, 0.179, 0.358, 0.358 max_d=0.358 avg_d=0.179 std_dev=0.179
C5' A 0, 0.000, 0.184, 0.368, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.184 std_dev=0.184
P B 0, 0.000, 0.224, 0.447, 0.447 max_d=0.447 avg_d=0.224 std_dev=0.224
O3' A 0, 0.000, 0.227, 0.454, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.227 std_dev=0.227
C5' B 0, 0.000, 0.242, 0.484, 0.484 max_d=0.484 avg_d=0.242 std_dev=0.242
OP2 B 0, 0.000, 0.244, 0.488, 0.488 max_d=0.488 avg_d=0.244 std_dev=0.244
O5' B 0, 0.000, 0.356, 0.711, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.356 std_dev=0.356

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.04 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.07 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.06 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.04 0.06 0.06 0.05
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C5 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03
C5' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.02
C8 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03
N1 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.03 0.04 0.05 0.04
N3 0.03 0.00 0.06 0.06 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.07 0.03 0.06 0.06 0.07 0.05
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.05 0.02
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.07 0.05
O2' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.06 0.06 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02
O3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.05 0.07 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.03
O5' 0.03 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.05 0.00 0.04 0.06 0.00 0.05 0.00 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.04 0.06 0.01 0.07 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.06 0.01 0.05 0.06 0.01 0.05 0.02 0.04 0.06 0.05 0.07 0.02 0.05 0.07 0.01 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.00 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.04 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.05 0.07 0.06 0.07 0.05 0.05 0.05 0.06 0.05 0.14 0.11 0.13 0.10
C2 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.02 0.03 0.05 0.01 0.15 0.11 0.13 0.11
C2' 0.07 0.11 0.09 0.10 0.09 0.09 0.10 0.13 0.12 0.08 0.12 0.09 0.12 0.10 0.08 0.08 0.09 0.07 0.19 0.14 0.15 0.13
C3' 0.05 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.12 0.10 0.08 0.10 0.07 0.11 0.09 0.07 0.07 0.08 0.06 0.17 0.11 0.13 0.11
C4 0.02 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.04 0.09 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.13 0.10 0.12 0.10
C4' 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.06 0.07 0.10 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.06 0.05 0.06 0.07 0.05 0.14 0.10 0.11 0.09
C5 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.04 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.10 0.09 0.11 0.08
C5' 0.04 0.04 0.06 0.07 0.05 0.06 0.06 0.09 0.06 0.06 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.12 0.09 0.11 0.08
C6 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.11 0.09 0.12 0.09
C8 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.09 0.08 0.10 0.06
N1 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.04 0.09 0.05 0.03 0.04 0.03 0.05 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.14 0.10 0.13 0.11
N3 0.01 0.05 0.04 0.06 0.03 0.05 0.04 0.10 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.03 0.05 0.02 0.15 0.11 0.13 0.11
N6 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.06 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.09 0.08 0.11 0.08
N7 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.08 0.07 0.09 0.06
N9 0.02 0.05 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.12 0.10 0.11 0.09
O2' 0.08 0.14 0.10 0.12 0.12 0.11 0.13 0.15 0.14 0.10 0.15 0.12 0.15 0.12 0.10 0.10 0.11 0.08 0.21 0.16 0.17 0.15
O3' 0.06 0.10 0.09 0.10 0.10 0.09 0.11 0.13 0.13 0.09 0.12 0.09 0.14 0.11 0.09 0.08 0.10 0.07 0.19 0.12 0.13 0.12
O4' 0.02 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.03 0.11 0.09 0.10 0.07
O5' 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.05 0.05 0.11 0.08 0.09 0.07
OP1 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.07 0.06 0.06 0.04 0.06 0.09 0.07 0.08 0.05
OP2 0.06 0.07 0.07 0.06 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.10 0.09 0.09 0.07
P 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05 0.10 0.07 0.09 0.06

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.00
C2 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.02 0.11 0.00 0.02 0.01
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.04 0.00 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02
C4 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.02 0.08 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02
C5 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04
C5' 0.03 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.05 0.01 0.04 0.04 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03
C8 0.00 0.00 0.02 0.06 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.04 0.05
N1 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01
N3 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.02 0.11 0.01 0.02 0.01
N6 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.09 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05
N7 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06
N9 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03
O2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.00
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.07 0.08 0.05 0.01 0.09 0.09 0.04 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.03 0.03 0.04
O5' 0.09 0.11 0.07 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.01 0.04 0.06 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.01 0.05 0.06 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00