ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55027

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C2 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C1' A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N9 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
N7 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.000, 0.072, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.072 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.000, 0.080, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.080 std_dev=0.080
O2' A 0, 0.000, 0.114, 0.227, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.114 std_dev=0.114
C3' A 0, 0.000, 0.115, 0.230, 0.230 max_d=0.230 avg_d=0.115 std_dev=0.115
C5' A 0, 0.000, 0.163, 0.326, 0.326 max_d=0.326 avg_d=0.163 std_dev=0.163
O3' A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
OP2 B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O5' B 0, 0.000, 0.228, 0.457, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.228 std_dev=0.228
O5' A 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
P B 0, 0.000, 0.262, 0.523, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.262 std_dev=0.262
P A 0, 0.000, 0.276, 0.551, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.276 std_dev=0.276
C2' B 0, 0.000, 0.292, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.292 std_dev=0.292
OP2 A 0, 0.000, 0.303, 0.607, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.303 std_dev=0.303
OP1 A 0, 0.000, 0.341, 0.682, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.341 std_dev=0.341
C5' B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
O2' B 0, 0.000, 0.355, 0.710, 0.710 max_d=0.710 avg_d=0.355 std_dev=0.355
C8 B 0, 0.000, 0.379, 0.757, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.379 std_dev=0.379
O4' B 0, 0.000, 0.404, 0.808, 0.808 max_d=0.808 avg_d=0.404 std_dev=0.404
OP1 B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C3' B 0, 0.000, 0.405, 0.810, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.405 std_dev=0.405
C4' B 0, 0.000, 0.422, 0.844, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.422 std_dev=0.422
C1' B 0, 0.000, 0.426, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.426 std_dev=0.426
N9 B 0, 0.000, 0.448, 0.897, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.448 std_dev=0.448
N7 B 0, 0.000, 0.562, 1.125, 1.125 max_d=1.125 avg_d=0.562 std_dev=0.562
O3' B 0, 0.000, 0.601, 1.201, 1.201 max_d=1.201 avg_d=0.601 std_dev=0.601
C4 B 0, 0.000, 0.651, 1.301, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.651 std_dev=0.651
C5 B 0, 0.000, 0.702, 1.403, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.702 std_dev=0.702
N3 B 0, 0.000, 0.812, 1.624, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.812 std_dev=0.812
C6 B 0, 0.000, 0.918, 1.836, 1.836 max_d=1.836 avg_d=0.918 std_dev=0.918
C2 B 0, 0.000, 0.983, 1.966, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.983 std_dev=0.983
N6 B 0, 0.000, 1.037, 2.075, 2.075 max_d=2.075 avg_d=1.037 std_dev=1.037
N1 B 0, 0.000, 1.041, 2.083, 2.083 max_d=2.083 avg_d=1.041 std_dev=1.041

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.02
C2 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.05 0.09 0.05
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.04 0.09 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.04 0.10 0.05
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00
C6 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.05 0.11 0.05
C8 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.10 0.03
N1 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.05 0.10 0.05
N3 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.04 0.08 0.04
N6 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.12 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.11 0.04
N9 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.03
O2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.05 0.00 0.02 0.03 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.01 0.05 0.01 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.09 0.03 0.02 0.09 0.03 0.10 0.04 0.11 0.10 0.10 0.08 0.12 0.11 0.08 0.02 0.03 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.06 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.04 0.05 0.08 0.02 0.07 0.01 0.07 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.06 0.10 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01
C2 0.18 0.26 0.15 0.13 0.21 0.12 0.18 0.08 0.20 0.10 0.24 0.25 0.16 0.10 0.17 0.20 0.17 0.14 0.04 0.00 0.04 0.00
C2' 0.06 0.09 0.05 0.07 0.05 0.06 0.04 0.05 0.06 0.01 0.08 0.08 0.04 0.01 0.04 0.07 0.10 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01
C3' 0.05 0.06 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02
C4 0.07 0.11 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.05 0.09 0.04 0.11 0.10 0.08 0.05 0.06 0.10 0.08 0.06 0.02 0.00 0.02 0.00
C4' 0.03 0.00 0.04 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.08 0.04 0.04 0.04 0.01 0.03
C5 0.03 0.08 0.02 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.10 0.05 0.10 0.06 0.12 0.08 0.05 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02
C5' 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
C6 0.06 0.14 0.04 0.00 0.12 0.01 0.14 0.00 0.16 0.10 0.16 0.11 0.17 0.13 0.09 0.07 0.00 0.03 0.02 0.04 0.03 0.03
C8 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01
N1 0.14 0.22 0.11 0.07 0.20 0.07 0.20 0.04 0.21 0.13 0.23 0.21 0.20 0.16 0.16 0.15 0.10 0.10 0.02 0.03 0.04 0.02
N3 0.14 0.19 0.13 0.13 0.15 0.11 0.11 0.08 0.13 0.05 0.17 0.19 0.09 0.05 0.12 0.19 0.17 0.12 0.04 0.01 0.02 0.01
N6 0.02 0.12 0.00 0.07 0.10 0.05 0.15 0.06 0.17 0.11 0.15 0.09 0.19 0.15 0.08 0.02 0.07 0.01 0.06 0.08 0.03 0.06
N7 0.03 0.02 0.04 0.07 0.01 0.05 0.05 0.03 0.07 0.03 0.05 0.00 0.09 0.06 0.00 0.04 0.10 0.04 0.03 0.02 0.00 0.02
N9 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00
O2' 0.06 0.08 0.05 0.09 0.03 0.07 0.00 0.05 0.01 0.03 0.05 0.07 0.02 0.04 0.02 0.08 0.13 0.05 0.01 0.01 0.05 0.02
O3' 0.05 0.07 0.05 0.07 0.04 0.06 0.04 0.06 0.05 0.02 0.07 0.06 0.05 0.02 0.04 0.06 0.08 0.05 0.03 0.02 0.00 0.02
O4' 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.07 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.00 0.03 0.09 0.04 0.05 0.05 0.02 0.04
O5' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01
OP1 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.04
OP2 0.12 0.13 0.11 0.10 0.12 0.10 0.10 0.07 0.09 0.09 0.10 0.14 0.07 0.08 0.11 0.13 0.13 0.11 0.10 0.09 0.09 0.10
P 0.04 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03 0.03 0.04 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.05 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.11 0.07
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.05 0.06 0.10 0.07
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.06 0.09 0.12 0.09
C5' 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.06 0.09 0.13 0.09
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.06 0.09 0.11 0.09
N1 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01 0.06 0.08 0.12 0.08
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.05 0.09 0.06
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.07 0.11 0.14 0.11
N7 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.07 0.10 0.13 0.10
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.05 0.06 0.09 0.07
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04
O5' 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.07 0.05 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.03 0.06 0.02 0.02 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.09 0.08 0.05 0.11 0.10 0.06 0.01 0.04 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.11 0.03 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.13 0.11 0.12 0.09 0.14 0.13 0.09 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.07 0.02 0.02 0.07 0.00 0.09 0.00 0.09 0.09 0.08 0.06 0.11 0.10 0.07 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00