ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55029

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C8 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N9 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
O4' A 0, 0.000, 0.146, 0.292, 0.292 max_d=0.292 avg_d=0.146 std_dev=0.146
C2' A 0, 0.000, 0.190, 0.380, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.190 std_dev=0.190
O2' A 0, 0.000, 0.210, 0.420, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.210 std_dev=0.210
C4' A 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
C3' A 0, 0.000, 0.299, 0.599, 0.599 max_d=0.599 avg_d=0.299 std_dev=0.299
OP2 B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
O3' A 0, 0.000, 0.412, 0.824, 0.824 max_d=0.824 avg_d=0.412 std_dev=0.412
C5' A 0, 0.000, 0.478, 0.956, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.478 std_dev=0.478
P B 0, 0.000, 0.504, 1.008, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.504 std_dev=0.504
N7 B 0, 0.000, 0.584, 1.168, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.584 std_dev=0.584
C8 B 0, 0.000, 0.626, 1.251, 1.251 max_d=1.251 avg_d=0.626 std_dev=0.626
O5' A 0, 0.000, 0.653, 1.307, 1.307 max_d=1.307 avg_d=0.653 std_dev=0.653
O5' B 0, 0.000, 0.736, 1.473, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.736 std_dev=0.736
C5' B 0, 0.000, 0.822, 1.644, 1.644 max_d=1.644 avg_d=0.822 std_dev=0.822
C5 B 0, 0.000, 0.877, 1.753, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.877 std_dev=0.877
OP1 B 0, 0.000, 0.877, 1.753, 1.753 max_d=1.753 avg_d=0.877 std_dev=0.877
N9 B 0, 0.000, 0.881, 1.763, 1.763 max_d=1.763 avg_d=0.881 std_dev=0.881
C3' B 0, 0.000, 0.904, 1.808, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.904 std_dev=0.904
C4' B 0, 0.000, 0.938, 1.875, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.938 std_dev=0.938
N6 B 0, 0.000, 0.943, 1.887, 1.887 max_d=1.887 avg_d=0.943 std_dev=0.943
O3' B 0, 0.000, 0.959, 1.919, 1.919 max_d=1.919 avg_d=0.959 std_dev=0.959
O4' B 0, 0.000, 0.973, 1.946, 1.946 max_d=1.946 avg_d=0.973 std_dev=0.973
C2' B 0, 0.000, 0.994, 1.988, 1.988 max_d=1.988 avg_d=0.994 std_dev=0.994
C1' B 0, 0.000, 1.002, 2.003, 2.003 max_d=2.003 avg_d=1.002 std_dev=1.002
C4 B 0, 0.000, 1.045, 2.091, 2.091 max_d=2.091 avg_d=1.045 std_dev=1.045
C6 B 0, 0.000, 1.050, 2.101, 2.101 max_d=2.101 avg_d=1.050 std_dev=1.050
O2' B 0, 0.000, 1.098, 2.195, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.098 std_dev=1.098
P A 0, 0.000, 1.112, 2.224, 2.224 max_d=2.224 avg_d=1.112 std_dev=1.112
OP1 A 0, 0.000, 1.208, 2.415, 2.415 max_d=2.415 avg_d=1.208 std_dev=1.208
N3 B 0, 0.000, 1.335, 2.669, 2.669 max_d=2.669 avg_d=1.335 std_dev=1.335
N1 B 0, 0.000, 1.357, 2.713, 2.713 max_d=2.713 avg_d=1.357 std_dev=1.357
OP2 A 0, 0.000, 1.437, 2.873, 2.873 max_d=2.873 avg_d=1.437 std_dev=1.437
C2 B 0, 0.000, 1.468, 2.936, 2.936 max_d=2.936 avg_d=1.468 std_dev=1.468

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.02 0.07
C2 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.13 0.13 0.12 0.04
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.11 0.12 0.01
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05 0.08 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.05 0.16 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.09 0.14 0.06 0.01
C4' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.07 0.10 0.02 0.02
C5' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.00 0.08 0.03 0.10 0.09 0.08 0.05 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02
C6 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.10 0.09 0.05 0.01
C8 0.00 0.00 0.06 0.09 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.02 0.13 0.08 0.11
N1 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.10 0.10 0.04
N3 0.00 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.12 0.14 0.11 0.02
N6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.08 0.06 0.02 0.00
N7 0.01 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.09 0.02 0.01 0.09 0.06 0.08
N9 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.05
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.13 0.12 0.00
O3' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.10 0.06 0.09 0.02 0.09 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.20 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.06 0.23 0.06 0.14
O5' 0.01 0.13 0.04 0.03 0.09 0.01 0.07 0.00 0.10 0.02 0.13 0.12 0.08 0.01 0.04 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.13 0.11 0.05 0.14 0.09 0.10 0.02 0.09 0.13 0.10 0.14 0.06 0.09 0.16 0.13 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.02 0.12 0.12 0.16 0.06 0.07 0.02 0.06 0.05 0.08 0.10 0.11 0.02 0.06 0.01 0.12 0.20 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.07 0.04 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.11 0.04 0.02 0.00 0.08 0.05 0.00 0.07 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.11 0.04 0.02 0.07 0.02 0.07 0.04 0.10 0.03 0.12 0.09 0.12 0.04 0.04 0.07 0.03 0.01 0.06 0.17 0.13 0.08
C2 0.16 0.12 0.14 0.09 0.13 0.11 0.11 0.08 0.09 0.15 0.10 0.13 0.06 0.12 0.15 0.15 0.06 0.16 0.15 0.06 0.06 0.04
C2' 0.03 0.07 0.03 0.03 0.05 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.08 0.06 0.07 0.04 0.03 0.06 0.04 0.01 0.04 0.15 0.13 0.08
C3' 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.03 0.07 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.05 0.06 0.01 0.02 0.18 0.13 0.10
C4 0.06 0.09 0.06 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.08 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.07 0.08 0.02 0.04 0.06 0.14 0.12 0.06
C4' 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.02 0.07 0.03 0.06 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.01 0.22 0.14 0.12
C5 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.02 0.05 0.04 0.06 0.03 0.03 0.05 0.05 0.01 0.01 0.22 0.13 0.11
C5' 0.10 0.02 0.10 0.16 0.07 0.15 0.07 0.17 0.04 0.10 0.01 0.05 0.02 0.09 0.09 0.05 0.17 0.11 0.08 0.31 0.20 0.20
C6 0.07 0.05 0.07 0.00 0.06 0.00 0.06 0.04 0.04 0.08 0.04 0.06 0.04 0.07 0.07 0.08 0.02 0.04 0.04 0.15 0.12 0.08
C8 0.06 0.04 0.03 0.09 0.01 0.11 0.00 0.14 0.05 0.05 0.06 0.00 0.10 0.03 0.04 0.00 0.10 0.09 0.03 0.30 0.15 0.15
N1 0.14 0.09 0.13 0.07 0.11 0.08 0.09 0.06 0.07 0.14 0.07 0.10 0.04 0.11 0.13 0.13 0.05 0.13 0.12 0.02 0.07 0.01
N3 0.12 0.12 0.11 0.05 0.12 0.07 0.11 0.05 0.10 0.11 0.11 0.12 0.08 0.10 0.12 0.13 0.03 0.12 0.13 0.02 0.09 0.00
N6 0.04 0.01 0.05 0.02 0.03 0.05 0.02 0.09 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.04 0.04 0.05 0.04 0.00 0.03 0.23 0.13 0.13
N7 0.07 0.01 0.04 0.10 0.03 0.13 0.02 0.16 0.02 0.06 0.03 0.02 0.07 0.05 0.06 0.01 0.11 0.11 0.06 0.32 0.16 0.17
N9 0.01 0.09 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.07 0.08 0.01 0.10 0.06 0.10 0.03 0.02 0.05 0.05 0.01 0.03 0.20 0.13 0.10
O2' 0.04 0.10 0.05 0.01 0.07 0.00 0.07 0.02 0.09 0.04 0.10 0.08 0.09 0.05 0.05 0.07 0.02 0.03 0.08 0.11 0.11 0.05
O3' 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.04 0.02 0.05 0.03 0.05 0.03 0.02 0.06 0.06 0.00 0.02 0.17 0.12 0.09
O4' 0.03 0.14 0.04 0.02 0.08 0.01 0.09 0.04 0.14 0.03 0.16 0.11 0.16 0.05 0.05 0.08 0.03 0.01 0.07 0.19 0.11 0.07
O5' 0.06 0.01 0.07 0.14 0.04 0.12 0.04 0.16 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.06 0.06 0.01 0.15 0.08 0.09 0.32 0.19 0.20
OP1 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.07 0.06 0.07 0.15 0.01 0.03
OP2 0.11 0.19 0.09 0.00 0.13 0.04 0.11 0.01 0.13 0.08 0.18 0.17 0.10 0.07 0.11 0.18 0.02 0.10 0.02 0.22 0.08 0.10
P 0.05 0.10 0.03 0.05 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.04 0.10 0.09 0.07 0.04 0.05 0.10 0.07 0.05 0.01 0.22 0.08 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.07 0.16 0.10 0.01
C2 0.01 0.00 0.09 0.13 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.01 0.03 0.23 0.01 0.09
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.07 0.09 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.15 0.03
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.00 0.12 0.04 0.13 0.12 0.11 0.07 0.06 0.02 0.01 0.01 0.05 0.11 0.15 0.01
C4 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.00 0.00 0.22 0.01 0.06
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.06 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.00
C5 0.01 0.00 0.04 0.10 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.11 0.01 0.02 0.25 0.03 0.09
C5' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.07 0.08 0.05 0.09 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.09 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.12 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.13 0.01 0.03 0.25 0.05 0.11
C8 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.24 0.02 0.04
N1 0.01 0.00 0.07 0.13 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.15 0.00 0.04 0.24 0.04 0.11
N3 0.01 0.00 0.09 0.12 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07
N6 0.01 0.00 0.04 0.11 0.00 0.07 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.13 0.01 0.04 0.25 0.08 0.12
N7 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.03 0.00 0.26 0.03 0.09
N9 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.04 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.02 0.04 0.21 0.05 0.03
O2' 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.00 0.05 0.02 0.02 0.15 0.11 0.01
O3' 0.02 0.15 0.02 0.01 0.11 0.01 0.11 0.01 0.13 0.04 0.15 0.13 0.13 0.07 0.06 0.05 0.00 0.02 0.10 0.09 0.16 0.00
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.09 0.15 0.08 0.01
O5' 0.07 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.04 0.04 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.10 0.09 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.16 0.23 0.13 0.11 0.22 0.12 0.25 0.09 0.25 0.24 0.24 0.22 0.25 0.26 0.21 0.15 0.09 0.15 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.10 0.01 0.15 0.15 0.01 0.09 0.03 0.06 0.05 0.02 0.04 0.01 0.08 0.03 0.05 0.11 0.16 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.01 0.09 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.11 0.04 0.11 0.07 0.12 0.09 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00