ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55037

back

Distances from reference structure (by RMSD)

4, 19, 18, 8, 1, 8, 19, 26, 8, 3, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.010, 0.014, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.018 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.011, 0.023, 0.034, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.023 std_dev=0.011
C8 A 0, 0.014, 0.027, 0.041, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.027 std_dev=0.014
N6 A 0, 0.018, 0.033, 0.048, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.033 std_dev=0.015
O4' A 0, 0.000, 0.088, 0.177, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.088 std_dev=0.089
C2' A 0, 0.030, 0.139, 0.248, 0.970 max_d=0.970 avg_d=0.139 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.029, 0.180, 0.330, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.180 std_dev=0.150
C3' A 0, 0.039, 0.209, 0.378, 1.577 max_d=1.577 avg_d=0.209 std_dev=0.169
O2' A 0, 0.002, 0.182, 0.362, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.182 std_dev=0.180
P A 0, 0.150, 0.355, 0.561, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.355 std_dev=0.205
C5' A 0, 0.096, 0.315, 0.534, 1.513 max_d=1.513 avg_d=0.315 std_dev=0.219
OP2 B 0, 0.181, 0.408, 0.636, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.408 std_dev=0.227
P B 0, 0.208, 0.454, 0.699, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.454 std_dev=0.245
O3' A 0, -0.007, 0.251, 0.509, 2.648 max_d=2.648 avg_d=0.251 std_dev=0.258
O5' A 0, 0.142, 0.487, 0.831, 1.413 max_d=1.413 avg_d=0.487 std_dev=0.345
O5' B 0, 0.090, 0.454, 0.818, 3.799 max_d=3.799 avg_d=0.454 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.251, 0.653, 1.054, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.653 std_dev=0.402
C3' B 0, -0.360, 0.493, 1.347, 9.391 max_d=9.391 avg_d=0.493 std_dev=0.853
C5' B 0, 0.300, 1.501, 2.703, 5.666 max_d=5.666 avg_d=1.501 std_dev=1.202
C4' B 0, 0.236, 1.497, 2.758, 8.299 max_d=8.299 avg_d=1.497 std_dev=1.261
O3' B 0, 0.151, 1.419, 2.688, 10.043 max_d=10.043 avg_d=1.419 std_dev=1.269
OP2 A 0, 0.332, 1.633, 2.935, 3.392 max_d=3.392 avg_d=1.633 std_dev=1.301
OP1 A 0, 0.263, 1.571, 2.878, 3.434 max_d=3.434 avg_d=1.571 std_dev=1.307
C2' B 0, 0.075, 1.442, 2.809, 11.749 max_d=11.749 avg_d=1.442 std_dev=1.367
O2' B 0, 0.043, 1.620, 3.197, 13.695 max_d=13.695 avg_d=1.620 std_dev=1.577
O4' B 0, 0.356, 2.285, 4.215, 8.594 max_d=8.594 avg_d=2.285 std_dev=1.929
C1' B 0, 0.362, 2.509, 4.656, 10.604 max_d=10.604 avg_d=2.509 std_dev=2.147
C6 B 0, 0.461, 3.025, 5.588, 8.068 max_d=8.068 avg_d=3.025 std_dev=2.563
N1 B 0, 0.432, 3.189, 5.946, 10.089 max_d=10.089 avg_d=3.189 std_dev=2.757
C5 B 0, 0.519, 3.987, 7.456, 8.553 max_d=8.553 avg_d=3.987 std_dev=3.468
C2 B 0, 0.507, 4.268, 8.029, 12.193 max_d=12.193 avg_d=4.268 std_dev=3.761
O2 B 0, 0.545, 4.485, 8.425, 14.166 max_d=14.166 avg_d=4.485 std_dev=3.940
C4 B 0, 0.547, 5.068, 9.589, 10.794 max_d=10.794 avg_d=5.068 std_dev=4.521
N3 B 0, 0.564, 5.164, 9.765, 12.371 max_d=12.371 avg_d=5.164 std_dev=4.601
N4 B 0, 0.608, 6.106, 11.604, 12.042 max_d=12.042 avg_d=6.106 std_dev=5.498

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.07 0.00 0.09 0.64 0.29 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.08 0.04 0.18 1.01 0.69 0.10
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.04 0.05 0.05 0.05 0.07 0.08 0.05 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.32 0.41 0.14
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.07 0.09 0.10 0.05 0.02 0.01 0.01 0.10 0.16 0.15 0.06
C4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.20 1.01 0.65 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.03 0.03 0.06 0.07 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.13 0.20 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.05 0.02 0.27 1.17 0.81 0.12
C5' 0.03 0.06 0.05 0.02 0.08 0.01 0.12 0.00 0.12 0.15 0.09 0.05 0.15 0.15 0.08 0.04 0.06 0.01 0.01 0.15 0.40 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.06 0.03 0.27 1.19 0.88 0.12
C8 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.08 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.06 0.03 0.28 1.13 0.70 0.12
N1 0.01 0.00 0.07 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04 0.23 1.12 0.82 0.11
N3 0.02 0.00 0.08 0.07 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.10 0.09 0.04 0.15 0.93 0.59 0.11
N6 0.01 0.01 0.05 0.09 0.01 0.06 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.10 0.06 0.03 0.31 1.25 0.98 0.14
N7 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.09 0.07 0.03 0.31 1.24 0.86 0.13
N9 0.00 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.01 0.19 0.94 0.54 0.11
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.07 0.07 0.08 0.04 0.10 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.05 0.00 0.05 0.05 0.10 0.29 0.52 0.14
O3' 0.07 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.06 0.06 0.06 0.07 0.09 0.06 0.07 0.04 0.05 0.00 0.06 0.10 0.19 0.15 0.08
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.05 0.06 0.00 0.09 0.62 0.07 0.15
O5' 0.09 0.18 0.11 0.10 0.20 0.02 0.27 0.01 0.27 0.28 0.23 0.15 0.31 0.31 0.19 0.10 0.10 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.64 1.01 0.32 0.16 1.01 0.13 1.17 0.15 1.19 1.13 1.12 0.93 1.25 1.24 0.94 0.29 0.19 0.62 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 0.69 0.41 0.15 0.65 0.20 0.81 0.40 0.88 0.70 0.82 0.59 0.98 0.86 0.54 0.52 0.15 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.10 0.14 0.06 0.11 0.06 0.12 0.01 0.12 0.12 0.11 0.11 0.14 0.13 0.11 0.14 0.08 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.42 1.41 0.43 0.36 2.34 0.65 2.00 0.89 1.30 1.04 2.01 2.98 1.19 0.40 0.56 0.32 0.23 0.33 0.17 0.28
C2 0.49 0.98 0.50 0.45 1.47 0.46 1.35 0.60 0.97 0.81 1.27 1.76 0.87 0.45 0.55 0.32 0.27 0.36 0.13 0.24
C2' 0.41 1.17 0.47 0.43 2.10 0.79 1.80 0.96 1.12 0.85 1.76 2.76 0.96 0.56 0.56 0.57 0.30 0.33 0.23 0.31
C3' 0.44 1.31 0.48 0.43 2.26 0.78 1.91 0.96 1.22 0.95 1.92 2.94 1.08 0.54 0.59 0.52 0.32 0.34 0.25 0.32
C4 0.39 1.28 0.38 0.32 2.13 0.59 1.88 0.84 1.24 0.96 1.81 2.67 1.06 0.34 0.52 0.26 0.22 0.33 0.15 0.28
C4' 0.45 1.61 0.42 0.35 2.64 0.73 2.21 0.98 1.44 1.16 2.31 3.39 1.36 0.41 0.61 0.34 0.26 0.34 0.21 0.31
C5 0.32 1.34 0.28 0.22 2.32 0.64 2.06 0.93 1.32 1.00 1.94 2.91 1.09 0.27 0.47 0.27 0.20 0.32 0.17 0.29
C5' 0.35 1.66 0.33 0.34 2.82 0.88 2.32 1.14 1.46 1.15 2.46 3.67 1.39 0.45 0.68 0.45 0.32 0.41 0.30 0.39
C6 0.32 1.16 0.27 0.22 1.99 0.56 1.83 0.84 1.20 0.90 1.65 2.43 0.94 0.23 0.44 0.21 0.19 0.33 0.15 0.28
C8 0.31 1.57 0.28 0.21 2.73 0.76 2.32 1.05 1.46 1.12 2.31 3.51 1.28 0.31 0.51 0.36 0.21 0.31 0.20 0.31
N1 0.40 0.93 0.38 0.34 1.48 0.43 1.39 0.63 0.97 0.76 1.25 1.77 0.79 0.33 0.48 0.23 0.23 0.36 0.13 0.25
N3 0.49 1.13 0.50 0.43 1.76 0.51 1.58 0.69 1.09 0.89 1.52 2.16 0.98 0.45 0.56 0.31 0.25 0.35 0.14 0.25
N6 0.29 1.22 0.22 0.14 2.13 0.63 2.01 0.96 1.31 0.95 1.74 2.55 0.97 0.22 0.41 0.26 0.18 0.31 0.18 0.31
N7 0.30 1.56 0.25 0.17 2.75 0.78 2.37 1.08 1.49 1.12 2.31 3.51 1.26 0.30 0.49 0.37 0.21 0.31 0.21 0.31
N9 0.37 1.42 0.36 0.29 2.40 0.66 2.07 0.93 1.34 1.04 2.05 3.06 1.17 0.34 0.53 0.30 0.22 0.33 0.17 0.29
O2' 0.41 0.91 0.46 0.41 1.67 0.73 1.44 0.85 0.88 0.66 1.37 2.21 0.76 0.58 0.49 0.60 0.24 0.29 0.19 0.26
O3' 0.47 1.26 0.50 0.42 2.08 0.68 1.78 0.85 1.17 0.93 1.80 2.68 1.07 0.52 0.56 0.45 0.28 0.32 0.20 0.28
O4' 0.51 1.70 0.42 0.30 2.71 0.64 2.28 0.93 1.51 1.25 2.39 3.44 1.46 0.32 0.59 0.21 0.21 0.34 0.17 0.28
O5' 0.23 1.36 0.26 0.47 2.60 1.14 2.10 1.38 1.21 0.86 2.19 3.49 1.06 0.68 0.80 0.77 0.49 0.54 0.47 0.56
OP1 1.54 3.04 1.53 1.19 4.35 0.49 3.78 0.33 2.84 2.49 3.94 5.30 2.70 0.95 0.82 0.83 1.09 0.95 1.00 0.95
OP2 0.97 0.63 0.93 1.24 1.96 2.03 1.40 2.24 0.47 0.21 1.54 2.95 0.38 1.53 1.56 1.69 1.29 1.32 1.31 1.35
P 0.23 1.71 0.24 0.21 3.05 0.95 2.49 1.19 1.53 1.15 2.62 4.02 1.37 0.46 0.54 0.58 0.26 0.32 0.27 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.34 0.24 0.13
C2 0.01 0.00 0.11 0.09 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.10 0.12 0.06 0.13 0.82 0.17 0.25
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.19 0.00 0.02 0.01 0.05 0.17 0.10 0.07
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.12 0.03 0.08 0.05 0.15 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.06 0.02 0.16 1.20 0.24 0.32
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.01 0.00 0.01 0.17 0.33 0.03
C5 0.01 0.00 0.07 0.10 0.00 0.06 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.04 0.17 1.20 0.30 0.31
C5' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.12 0.00 0.13 0.00 0.11 0.07 0.11 0.13 0.09 0.05 0.02 0.01 0.01 0.37 0.40 0.01
C6 0.01 0.01 0.10 0.12 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.14 0.06 0.15 0.90 0.18 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.11 0.70 0.13 0.21
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.11 0.05 0.15 1.04 0.18 0.30
N4 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.17 1.34 0.32 0.34
O2 0.02 0.00 0.19 0.15 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.18 0.20 0.09 0.13 0.69 0.24 0.24
O2' 0.02 0.10 0.00 0.01 0.04 0.05 0.06 0.05 0.08 0.02 0.10 0.05 0.18 0.00 0.03 0.05 0.05 0.05 0.21 0.06
O3' 0.01 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01 0.12 0.02 0.14 0.03 0.11 0.07 0.20 0.03 0.00 0.01 0.06 0.34 0.08 0.07
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.09 0.05 0.01 0.00 0.04 0.16 0.41 0.10
O5' 0.05 0.13 0.05 0.05 0.16 0.01 0.17 0.01 0.15 0.11 0.15 0.17 0.13 0.05 0.06 0.04 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.34 0.82 0.17 0.10 1.20 0.17 1.20 0.37 0.90 0.70 1.04 1.34 0.69 0.05 0.34 0.16 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.24 0.17 0.10 0.06 0.24 0.33 0.30 0.40 0.18 0.13 0.18 0.32 0.24 0.21 0.08 0.41 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.25 0.07 0.05 0.32 0.03 0.31 0.01 0.25 0.21 0.30 0.34 0.24 0.06 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00