ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55039

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 14, 20, 12, 3, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.013, 0.019, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.006, 0.013, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.021 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.011, 0.026, 0.041, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.026 std_dev=0.015
N7 A 0, 0.012, 0.027, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.027 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.015, 0.035, 0.055, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.035 std_dev=0.020
C3' A 0, 0.027, 0.119, 0.211, 0.475 max_d=0.475 avg_d=0.119 std_dev=0.092
O4' A 0, 0.040, 0.134, 0.229, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.134 std_dev=0.095
C4' A 0, 0.050, 0.152, 0.255, 0.505 max_d=0.505 avg_d=0.152 std_dev=0.102
O3' A 0, 0.049, 0.161, 0.274, 0.751 max_d=0.751 avg_d=0.161 std_dev=0.113
P B 0, 0.214, 0.334, 0.453, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.334 std_dev=0.120
OP2 B 0, 0.210, 0.329, 0.449, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.329 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.038, 0.161, 0.285, 0.728 max_d=0.728 avg_d=0.161 std_dev=0.124
O5' B 0, 0.231, 0.369, 0.507, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.369 std_dev=0.138
OP1 B 0, 0.236, 0.382, 0.528, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.382 std_dev=0.146
C5' B 0, 0.273, 0.446, 0.618, 0.878 max_d=0.878 avg_d=0.446 std_dev=0.172
O5' A 0, 0.105, 0.279, 0.453, 1.008 max_d=1.008 avg_d=0.279 std_dev=0.174
P A 0, 0.128, 0.308, 0.487, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.308 std_dev=0.180
C5' A 0, 0.090, 0.280, 0.469, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.280 std_dev=0.190
OP2 A 0, 0.163, 0.354, 0.544, 0.819 max_d=0.819 avg_d=0.354 std_dev=0.190
OP1 A 0, 0.135, 0.333, 0.531, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.333 std_dev=0.198
C4' B 0, 0.284, 0.491, 0.697, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.491 std_dev=0.206
O2' A 0, 0.119, 0.328, 0.537, 1.282 max_d=1.282 avg_d=0.328 std_dev=0.209
O4' B 0, 0.280, 0.502, 0.724, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.502 std_dev=0.222
C3' B 0, 0.294, 0.518, 0.742, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.518 std_dev=0.224
O3' B 0, 0.307, 0.540, 0.772, 1.392 max_d=1.392 avg_d=0.540 std_dev=0.233
N1 B 0, 0.288, 0.535, 0.782, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.535 std_dev=0.247
C6 B 0, 0.247, 0.497, 0.746, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.497 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.289, 0.544, 0.799, 1.524 max_d=1.524 avg_d=0.544 std_dev=0.255
C5 B 0, 0.233, 0.491, 0.750, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.491 std_dev=0.259
C2 B 0, 0.320, 0.579, 0.838, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.579 std_dev=0.259
C2' B 0, 0.298, 0.561, 0.824, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.561 std_dev=0.263
C4 B 0, 0.262, 0.528, 0.795, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.528 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.304, 0.574, 0.844, 1.522 max_d=1.522 avg_d=0.574 std_dev=0.270
O2 B 0, 0.356, 0.636, 0.915, 1.365 max_d=1.365 avg_d=0.636 std_dev=0.280
O2' B 0, 0.297, 0.584, 0.871, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.584 std_dev=0.287
N4 B 0, 0.235, 0.533, 0.831, 1.788 max_d=1.788 avg_d=0.533 std_dev=0.298

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.00 0.06 0.16 0.05 0.06
C2 0.02 0.00 0.10 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.06 0.04 0.08 0.13 0.06 0.07
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.05 0.01 0.03 0.06 0.05 0.06 0.08 0.10 0.04 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.12 0.09 0.10 0.08
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.12 0.06 0.05
C4 0.01 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.02 0.10 0.13 0.07 0.07
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.13 0.04 0.05
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.12 0.12 0.09 0.09
C5' 0.03 0.04 0.06 0.02 0.05 0.01 0.08 0.00 0.07 0.10 0.06 0.03 0.09 0.10 0.06 0.04 0.04 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.05 0.03 0.12 0.12 0.09 0.09
C8 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.14 0.12 0.08 0.08
N1 0.01 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.03 0.10 0.12 0.08 0.08
N3 0.02 0.00 0.10 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.06 0.04 0.07 0.14 0.06 0.06
N6 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02 0.13 0.12 0.10 0.10
N7 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.15 0.12 0.10 0.10
N9 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.10 0.14 0.06 0.06
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.08 0.07 0.12 0.15 0.07 0.07 0.04 0.00 0.05 0.01 0.12 0.10 0.11 0.09
O3' 0.06 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.04 0.05 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.06 0.05 0.00 0.06 0.04 0.12 0.06 0.05
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.04 0.21 0.09 0.12
O5' 0.06 0.08 0.12 0.04 0.10 0.01 0.12 0.01 0.12 0.14 0.10 0.07 0.13 0.15 0.10 0.12 0.04 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.13 0.09 0.12 0.13 0.13 0.12 0.05 0.12 0.12 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.10 0.12 0.21 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.06 0.10 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.10 0.06 0.11 0.06 0.09 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.07 0.08 0.05 0.07 0.05 0.09 0.01 0.09 0.08 0.08 0.06 0.10 0.10 0.06 0.09 0.05 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.19 0.17 0.16 0.20 0.16 0.18 0.15 0.18 0.18 0.21 0.24 0.20 0.17 0.16 0.18 0.14 0.17 0.14 0.14
C2 0.16 0.16 0.15 0.14 0.18 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.18 0.23 0.16 0.16 0.14 0.18 0.13 0.17 0.13 0.14
C2' 0.18 0.20 0.17 0.16 0.21 0.17 0.18 0.16 0.18 0.17 0.23 0.26 0.21 0.17 0.17 0.18 0.15 0.20 0.15 0.16
C3' 0.17 0.19 0.17 0.16 0.20 0.16 0.18 0.15 0.18 0.17 0.22 0.24 0.21 0.17 0.17 0.18 0.15 0.19 0.15 0.16
C4 0.17 0.17 0.16 0.15 0.19 0.15 0.17 0.14 0.17 0.16 0.20 0.24 0.18 0.16 0.15 0.18 0.13 0.17 0.14 0.14
C4' 0.17 0.19 0.16 0.15 0.19 0.14 0.17 0.13 0.17 0.17 0.21 0.23 0.21 0.17 0.15 0.17 0.13 0.17 0.14 0.14
C5 0.17 0.18 0.16 0.15 0.20 0.15 0.17 0.14 0.17 0.16 0.20 0.24 0.18 0.16 0.16 0.17 0.14 0.17 0.14 0.14
C5' 0.17 0.21 0.16 0.13 0.20 0.13 0.17 0.11 0.17 0.17 0.23 0.23 0.24 0.17 0.13 0.16 0.12 0.15 0.13 0.12
C6 0.16 0.16 0.15 0.14 0.19 0.15 0.16 0.14 0.16 0.15 0.19 0.24 0.17 0.15 0.15 0.17 0.13 0.16 0.14 0.14
C8 0.18 0.20 0.18 0.17 0.21 0.16 0.18 0.15 0.18 0.18 0.22 0.25 0.21 0.18 0.17 0.18 0.14 0.17 0.15 0.14
N1 0.16 0.16 0.15 0.14 0.19 0.15 0.16 0.14 0.15 0.15 0.18 0.23 0.16 0.15 0.14 0.18 0.13 0.16 0.13 0.13
N3 0.17 0.16 0.15 0.14 0.19 0.15 0.16 0.14 0.16 0.16 0.19 0.23 0.17 0.16 0.15 0.18 0.13 0.17 0.13 0.14
N6 0.16 0.17 0.15 0.14 0.20 0.15 0.17 0.14 0.15 0.16 0.19 0.25 0.17 0.15 0.15 0.17 0.13 0.16 0.15 0.14
N7 0.18 0.20 0.17 0.17 0.21 0.16 0.18 0.15 0.18 0.18 0.22 0.25 0.20 0.18 0.17 0.18 0.15 0.17 0.15 0.15
N9 0.18 0.19 0.17 0.16 0.20 0.16 0.18 0.14 0.18 0.17 0.21 0.24 0.20 0.17 0.16 0.18 0.14 0.17 0.14 0.14
O2' 0.19 0.20 0.18 0.18 0.23 0.18 0.19 0.18 0.18 0.18 0.23 0.28 0.21 0.18 0.18 0.20 0.17 0.18 0.15 0.17
O3' 0.16 0.20 0.16 0.14 0.21 0.14 0.17 0.13 0.17 0.17 0.23 0.26 0.21 0.16 0.15 0.16 0.13 0.17 0.13 0.13
O4' 0.17 0.19 0.16 0.15 0.20 0.14 0.17 0.13 0.17 0.17 0.21 0.23 0.21 0.17 0.15 0.16 0.13 0.16 0.14 0.13
O5' 0.16 0.22 0.16 0.13 0.21 0.12 0.16 0.11 0.16 0.17 0.25 0.25 0.25 0.16 0.13 0.15 0.12 0.15 0.13 0.12
OP1 0.16 0.20 0.16 0.13 0.18 0.14 0.16 0.13 0.16 0.16 0.22 0.21 0.23 0.17 0.13 0.16 0.14 0.18 0.16 0.15
OP2 0.17 0.19 0.16 0.14 0.17 0.14 0.17 0.13 0.17 0.17 0.20 0.19 0.22 0.17 0.14 0.16 0.14 0.17 0.15 0.14
P 0.16 0.19 0.15 0.13 0.18 0.13 0.15 0.12 0.16 0.16 0.22 0.20 0.22 0.16 0.13 0.15 0.13 0.17 0.14 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.08 0.09 0.12 0.09
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.11 0.00 0.01 0.00 0.03 0.09 0.04 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.03 0.05 0.06 0.10 0.01 0.00 0.01 0.04 0.11 0.05 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02 0.14 0.16 0.17 0.15
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.03 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.07 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.10 0.02 0.16 0.17 0.17 0.16
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.10 0.01 0.12 0.00 0.10 0.05 0.07 0.11 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.09 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.13 0.13 0.12 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.08 0.10 0.08
N3 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.02 0.11 0.13 0.15 0.12
N4 0.01 0.00 0.02 0.06 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.15 0.18 0.20 0.18
O2 0.03 0.00 0.11 0.10 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.12 0.13 0.03 0.07 0.08 0.11 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.12 0.00 0.02 0.02 0.03 0.10 0.04 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.10 0.03 0.06 0.07 0.13 0.02 0.00 0.01 0.06 0.17 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.05 0.10 0.07
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.14 0.01 0.16 0.00 0.13 0.08 0.11 0.15 0.07 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.09 0.11 0.16 0.06 0.17 0.05 0.13 0.08 0.13 0.18 0.08 0.10 0.17 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.12 0.04 0.05 0.17 0.03 0.17 0.01 0.12 0.10 0.15 0.20 0.11 0.04 0.09 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.09 0.03 0.05 0.15 0.01 0.16 0.01 0.11 0.08 0.12 0.18 0.08 0.03 0.09 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00