ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55041

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 8, 15, 13, 7, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.003, 0.008, 0.014, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N9 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.006, 0.018, 0.029, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.004, 0.021, 0.039, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.021 std_dev=0.018
O4' A 0, 0.040, 0.096, 0.151, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.096 std_dev=0.055
C4' A 0, 0.070, 0.145, 0.220, 0.324 max_d=0.324 avg_d=0.145 std_dev=0.075
C2' A 0, 0.060, 0.136, 0.211, 0.304 max_d=0.304 avg_d=0.136 std_dev=0.076
C3' A 0, 0.102, 0.208, 0.314, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.208 std_dev=0.106
O2' A 0, 0.095, 0.210, 0.325, 0.454 max_d=0.454 avg_d=0.210 std_dev=0.115
O3' A 0, 0.137, 0.288, 0.439, 0.597 max_d=0.597 avg_d=0.288 std_dev=0.151
C5' A 0, 0.134, 0.292, 0.450, 0.615 max_d=0.615 avg_d=0.292 std_dev=0.158
P B 0, 0.223, 0.404, 0.585, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.404 std_dev=0.181
OP2 B 0, 0.217, 0.424, 0.632, 1.257 max_d=1.257 avg_d=0.424 std_dev=0.207
OP1 B 0, 0.167, 0.374, 0.582, 1.276 max_d=1.276 avg_d=0.374 std_dev=0.208
O5' A 0, 0.220, 0.460, 0.700, 1.037 max_d=1.037 avg_d=0.460 std_dev=0.240
C5' B 0, 0.240, 0.537, 0.835, 1.560 max_d=1.560 avg_d=0.537 std_dev=0.298
OP1 A 0, 0.302, 0.609, 0.916, 1.660 max_d=1.660 avg_d=0.609 std_dev=0.307
O5' B 0, 0.181, 0.521, 0.860, 2.227 max_d=2.227 avg_d=0.521 std_dev=0.339
P A 0, 0.127, 0.471, 0.815, 2.025 max_d=2.025 avg_d=0.471 std_dev=0.344
C4' B 0, 0.157, 0.646, 1.135, 3.115 max_d=3.115 avg_d=0.646 std_dev=0.489
OP2 A 0, -0.006, 0.504, 1.015, 3.513 max_d=3.513 avg_d=0.504 std_dev=0.511
O4' B 0, 0.051, 0.649, 1.246, 4.138 max_d=4.138 avg_d=0.649 std_dev=0.598
C3' B 0, -0.046, 0.737, 1.520, 5.596 max_d=5.596 avg_d=0.737 std_dev=0.783
C1' B 0, -0.144, 0.746, 1.636, 6.448 max_d=6.448 avg_d=0.746 std_dev=0.890
O3' B 0, -0.113, 0.803, 1.719, 6.648 max_d=6.648 avg_d=0.803 std_dev=0.916
C2' B 0, -0.171, 0.822, 1.814, 7.186 max_d=7.186 avg_d=0.822 std_dev=0.993
C6 B 0, -0.397, 0.637, 1.672, 7.707 max_d=7.707 avg_d=0.637 std_dev=1.035
O2' B 0, -0.148, 0.903, 1.953, 7.517 max_d=7.517 avg_d=0.903 std_dev=1.050
N1 B 0, -0.359, 0.724, 1.807, 8.013 max_d=8.013 avg_d=0.724 std_dev=1.083
C5 B 0, -0.608, 0.644, 1.896, 9.397 max_d=9.397 avg_d=0.644 std_dev=1.252
C2 B 0, -0.484, 0.856, 2.195, 10.001 max_d=10.001 avg_d=0.856 std_dev=1.339
O2 B 0, -0.345, 1.028, 2.400, 10.256 max_d=10.256 avg_d=1.028 std_dev=1.372
C4 B 0, -0.821, 0.708, 2.236, 11.433 max_d=11.433 avg_d=0.708 std_dev=1.528
N3 B 0, -0.723, 0.832, 2.388, 11.663 max_d=11.663 avg_d=0.832 std_dev=1.556
N4 B 0, -1.036, 0.729, 2.494, 13.245 max_d=13.245 avg_d=0.729 std_dev=1.765

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.17 0.09 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.02 0.08 0.23 0.19 0.08
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.12 0.08 0.03
C3' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.04 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.03 0.08 0.11 0.04
C4 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.23 0.18 0.07
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.08 0.02
C5 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.09 0.26 0.23 0.09
C5' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.07 0.05 0.04 0.06 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.01 0.09 0.26 0.25 0.10
C8 0.00 0.00 0.04 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.10 0.24 0.21 0.09
N1 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.09 0.25 0.23 0.09
N3 0.01 0.00 0.06 0.05 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.02 0.07 0.22 0.16 0.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.10 0.28 0.28 0.11
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.11 0.27 0.26 0.11
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.21 0.16 0.07
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.12 0.09 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.03 0.01 0.05 0.02 0.04 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.03 0.03 0.00 0.01 0.05 0.10 0.18 0.05
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.16 0.07 0.07
O5' 0.03 0.08 0.02 0.03 0.07 0.01 0.09 0.01 0.09 0.10 0.09 0.07 0.10 0.11 0.07 0.02 0.05 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.17 0.23 0.12 0.08 0.23 0.09 0.26 0.07 0.26 0.24 0.25 0.22 0.28 0.27 0.21 0.12 0.10 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.09 0.19 0.08 0.11 0.18 0.08 0.23 0.12 0.25 0.21 0.23 0.16 0.28 0.26 0.16 0.09 0.18 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.03 0.04 0.07 0.02 0.09 0.01 0.10 0.09 0.09 0.07 0.11 0.11 0.07 0.03 0.05 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 1.03 0.45 0.25 1.33 0.19 1.17 0.10 0.93 0.87 1.25 1.55 0.96 0.35 0.07 0.46 0.10 0.12 0.16 0.09
C2 0.39 0.68 0.21 0.10 0.92 0.11 0.86 0.11 0.67 0.58 0.83 1.07 0.60 0.14 0.20 0.33 0.11 0.14 0.17 0.12
C2' 0.61 1.02 0.46 0.26 1.32 0.19 1.15 0.09 0.91 0.85 1.25 1.55 0.96 0.36 0.07 0.45 0.10 0.12 0.16 0.09
C3' 0.66 1.10 0.53 0.32 1.41 0.21 1.21 0.09 0.96 0.91 1.34 1.65 1.04 0.44 0.12 0.47 0.12 0.10 0.15 0.07
C4 0.54 0.89 0.37 0.20 1.17 0.16 1.06 0.09 0.84 0.76 1.08 1.35 0.81 0.27 0.07 0.41 0.09 0.12 0.16 0.09
C4' 0.70 1.16 0.55 0.33 1.46 0.23 1.25 0.11 1.00 0.96 1.40 1.71 1.10 0.46 0.12 0.50 0.12 0.12 0.14 0.08
C5 0.55 0.88 0.40 0.23 1.15 0.18 1.07 0.09 0.86 0.77 1.06 1.30 0.81 0.31 0.06 0.43 0.10 0.13 0.16 0.09
C5' 0.76 1.24 0.63 0.40 1.54 0.27 1.31 0.13 1.05 1.02 1.49 1.80 1.19 0.54 0.19 0.53 0.15 0.12 0.12 0.07
C6 0.46 0.73 0.31 0.17 0.97 0.14 0.92 0.09 0.74 0.65 0.87 1.08 0.66 0.23 0.09 0.37 0.10 0.12 0.16 0.09
C8 0.67 1.08 0.53 0.33 1.37 0.24 1.22 0.12 0.98 0.92 1.29 1.58 1.00 0.44 0.14 0.49 0.14 0.14 0.16 0.10
N1 0.37 0.63 0.22 0.11 0.85 0.12 0.81 0.10 0.64 0.55 0.76 0.97 0.56 0.14 0.18 0.32 0.11 0.13 0.17 0.12
N3 0.46 0.79 0.28 0.13 1.07 0.12 0.97 0.09 0.76 0.68 0.97 1.24 0.72 0.19 0.15 0.37 0.10 0.13 0.17 0.11
N6 0.45 0.68 0.33 0.20 0.87 0.16 0.85 0.09 0.71 0.62 0.79 0.94 0.61 0.25 0.08 0.37 0.11 0.13 0.16 0.09
N7 0.65 1.02 0.52 0.33 1.31 0.24 1.19 0.12 0.96 0.89 1.21 1.47 0.94 0.43 0.14 0.48 0.14 0.15 0.16 0.10
N9 0.61 1.00 0.45 0.26 1.30 0.19 1.16 0.10 0.92 0.85 1.21 1.50 0.93 0.36 0.07 0.46 0.11 0.13 0.16 0.09
O2' 0.59 1.01 0.42 0.23 1.30 0.18 1.13 0.10 0.89 0.84 1.23 1.53 0.94 0.33 0.07 0.44 0.10 0.13 0.17 0.10
O3' 0.66 1.11 0.54 0.32 1.41 0.21 1.20 0.09 0.95 0.91 1.34 1.66 1.05 0.44 0.12 0.46 0.12 0.10 0.15 0.06
O4' 0.67 1.11 0.51 0.29 1.41 0.21 1.22 0.11 0.98 0.92 1.34 1.64 1.05 0.41 0.10 0.49 0.11 0.13 0.16 0.10
O5' 0.76 1.24 0.66 0.43 1.55 0.28 1.31 0.14 1.05 1.02 1.49 1.81 1.18 0.56 0.23 0.52 0.17 0.14 0.13 0.08
OP1 1.06 1.55 0.97 0.73 1.80 0.56 1.54 0.39 1.31 1.31 1.80 2.03 1.52 0.90 0.54 0.79 0.42 0.24 0.17 0.24
OP2 0.46 0.96 0.40 0.18 1.25 0.10 0.98 0.24 0.73 0.72 1.23 1.52 0.93 0.33 0.09 0.19 0.17 0.33 0.40 0.32
P 0.78 1.29 0.70 0.46 1.59 0.28 1.32 0.13 1.07 1.05 1.56 1.86 1.24 0.61 0.28 0.51 0.17 0.10 0.10 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.11 0.23 0.03 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.03 0.17 0.33 0.06 0.17
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.03 0.11 0.00 0.01 0.00 0.06 0.11 0.06 0.05
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.05 0.06 0.10 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.07 0.03
C4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.01 0.21 0.41 0.11 0.23
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.02
C5 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.09 0.02 0.22 0.42 0.13 0.24
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.08 0.10 0.05 0.04 0.02 0.01 0.01 0.09 0.05 0.01
C6 0.00 0.01 0.05 0.08 0.00 0.05 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02 0.20 0.37 0.10 0.20
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.17 0.32 0.05 0.16
N3 0.01 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.19 0.37 0.08 0.20
N4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.02 0.22 0.44 0.13 0.24
O2 0.02 0.00 0.11 0.10 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.12 0.04 0.16 0.29 0.08 0.15
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.01 0.05 0.03 0.10 0.00 0.03 0.03 0.03 0.09 0.06 0.03
O3' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.06 0.01 0.09 0.02 0.09 0.03 0.07 0.07 0.12 0.03 0.00 0.01 0.08 0.15 0.09 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.11 0.25 0.05 0.10
O5' 0.11 0.17 0.06 0.03 0.21 0.01 0.22 0.01 0.20 0.17 0.19 0.22 0.16 0.03 0.08 0.11 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.23 0.33 0.11 0.06 0.41 0.09 0.42 0.09 0.37 0.32 0.37 0.44 0.29 0.09 0.15 0.25 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.06 0.06 0.07 0.11 0.04 0.13 0.05 0.10 0.05 0.08 0.13 0.08 0.06 0.09 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.17 0.05 0.03 0.23 0.02 0.24 0.01 0.20 0.16 0.20 0.24 0.15 0.03 0.07 0.10 0.00 0.01 0.00 0.00