ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55042

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 5, 10, 15, 6, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.009, 0.012, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.010 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.005, 0.012, 0.019, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.007, 0.014, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.002, 0.010, 0.017, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.010 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N9 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N6 A 0, 0.006, 0.021, 0.035, 0.085 max_d=0.085 avg_d=0.021 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.024 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.048, 0.097, 0.146, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.097 std_dev=0.049
C3' A 0, 0.072, 0.126, 0.181, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.126 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.042, 0.098, 0.154, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.098 std_dev=0.056
O3' A 0, 0.131, 0.195, 0.260, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.195 std_dev=0.065
C4' A 0, 0.061, 0.138, 0.216, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.138 std_dev=0.078
O2' A 0, 0.093, 0.186, 0.279, 0.426 max_d=0.426 avg_d=0.186 std_dev=0.093
C5' B 0, 0.269, 0.382, 0.495, 0.652 max_d=0.652 avg_d=0.382 std_dev=0.113
C5' A 0, 0.067, 0.182, 0.298, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.182 std_dev=0.116
C4' B 0, 0.175, 0.296, 0.418, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.296 std_dev=0.121
P B 0, 0.144, 0.273, 0.402, 0.643 max_d=0.643 avg_d=0.273 std_dev=0.129
O3' B 0, 0.226, 0.364, 0.503, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.364 std_dev=0.138
OP2 B 0, 0.118, 0.260, 0.401, 0.712 max_d=0.712 avg_d=0.260 std_dev=0.142
O5' A 0, 0.064, 0.207, 0.350, 0.773 max_d=0.773 avg_d=0.207 std_dev=0.143
C3' B 0, 0.194, 0.341, 0.488, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.341 std_dev=0.147
O4' B 0, 0.204, 0.353, 0.503, 0.759 max_d=0.759 avg_d=0.353 std_dev=0.150
O2' B 0, 0.264, 0.422, 0.580, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.422 std_dev=0.158
C2' B 0, 0.228, 0.402, 0.575, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.402 std_dev=0.174
OP2 A 0, 0.084, 0.264, 0.443, 0.999 max_d=0.999 avg_d=0.264 std_dev=0.179
P A 0, 0.064, 0.244, 0.425, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.244 std_dev=0.180
C1' B 0, 0.214, 0.398, 0.583, 0.806 max_d=0.806 avg_d=0.398 std_dev=0.185
OP1 A 0, 0.096, 0.296, 0.497, 1.000 max_d=1.000 avg_d=0.296 std_dev=0.200
N1 B 0, 0.195, 0.411, 0.627, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.411 std_dev=0.216
C2 B 0, 0.156, 0.384, 0.611, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.384 std_dev=0.227
OP1 B 0, 0.430, 0.660, 0.890, 1.018 max_d=1.018 avg_d=0.660 std_dev=0.230
O2 B 0, 0.133, 0.371, 0.609, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.371 std_dev=0.238
N3 B 0, 0.155, 0.403, 0.651, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.403 std_dev=0.248
C6 B 0, 0.213, 0.466, 0.719, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.466 std_dev=0.253
C4 B 0, 0.173, 0.431, 0.689, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.431 std_dev=0.258
O5' B 0, 0.373, 0.637, 0.901, 1.209 max_d=1.209 avg_d=0.637 std_dev=0.264
C5 B 0, 0.187, 0.464, 0.742, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.464 std_dev=0.278
N4 B 0, 0.172, 0.457, 0.741, 1.227 max_d=1.227 avg_d=0.457 std_dev=0.285

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.10 0.04
C2 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.04 0.07 0.09 0.11 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.09 0.04
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.11 0.04
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.04 0.07 0.09 0.05
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.04
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.05 0.08 0.08 0.05
C5' 0.01 0.06 0.02 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.05 0.08 0.08 0.06
C8 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.09 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.06 0.08 0.10 0.07
N3 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.04 0.06 0.08 0.11 0.07
N6 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.09 0.07 0.07
N7 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.07 0.10 0.08 0.07
N9 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.09 0.05
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.04 0.05 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.10 0.03
O3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.07 0.14 0.06
O4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.05 0.10 0.05
O5' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.05 0.09 0.04 0.04 0.07 0.04 0.08 0.02 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.10 0.07 0.04 0.07 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.11 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.04 0.08 0.09 0.10 0.11 0.07 0.08 0.09 0.10 0.14 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.08 0.04 0.04 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.06 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.07 0.10 0.05 0.07 0.11 0.09 0.26 0.09 0.07 0.07 0.07 0.08 0.16 0.06 0.09 0.23 0.32 0.10 0.08
C2 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.14 0.11 0.32 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.14 0.10 0.12 0.13 0.24 0.14 0.09
C2' 0.07 0.06 0.10 0.05 0.06 0.10 0.08 0.24 0.09 0.07 0.06 0.06 0.08 0.15 0.05 0.09 0.28 0.32 0.10 0.07
C3' 0.09 0.07 0.11 0.06 0.08 0.10 0.10 0.22 0.11 0.09 0.07 0.08 0.07 0.14 0.05 0.11 0.23 0.36 0.10 0.08
C4 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.12 0.08 0.30 0.08 0.06 0.06 0.06 0.09 0.15 0.08 0.08 0.23 0.27 0.10 0.07
C4' 0.11 0.08 0.12 0.06 0.08 0.10 0.11 0.19 0.12 0.10 0.08 0.08 0.08 0.14 0.05 0.12 0.19 0.40 0.11 0.09
C5 0.08 0.08 0.07 0.06 0.07 0.11 0.08 0.30 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.15 0.10 0.08 0.31 0.22 0.10 0.07
C5' 0.12 0.08 0.12 0.07 0.09 0.09 0.11 0.15 0.12 0.11 0.08 0.08 0.08 0.12 0.05 0.14 0.23 0.43 0.11 0.09
C6 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.11 0.09 0.31 0.08 0.08 0.08 0.08 0.11 0.13 0.11 0.11 0.26 0.17 0.09 0.06
C8 0.08 0.09 0.10 0.07 0.08 0.11 0.09 0.26 0.09 0.08 0.09 0.08 0.12 0.17 0.09 0.09 0.37 0.26 0.10 0.08
N1 0.10 0.08 0.07 0.08 0.08 0.12 0.10 0.32 0.10 0.08 0.08 0.09 0.10 0.13 0.11 0.12 0.14 0.18 0.13 0.08
N3 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.13 0.10 0.31 0.10 0.07 0.07 0.08 0.09 0.15 0.07 0.09 0.14 0.28 0.12 0.08
N6 0.12 0.12 0.08 0.09 0.11 0.11 0.11 0.27 0.10 0.11 0.12 0.11 0.14 0.12 0.12 0.13 0.33 0.13 0.11 0.09
N7 0.09 0.10 0.09 0.08 0.09 0.11 0.09 0.27 0.09 0.09 0.10 0.09 0.13 0.16 0.10 0.09 0.40 0.22 0.11 0.09
N9 0.06 0.07 0.09 0.05 0.06 0.11 0.08 0.27 0.08 0.06 0.07 0.06 0.09 0.16 0.07 0.08 0.28 0.29 0.10 0.07
O2' 0.06 0.06 0.09 0.05 0.06 0.11 0.07 0.27 0.08 0.06 0.06 0.06 0.08 0.15 0.06 0.08 0.29 0.27 0.10 0.07
O3' 0.10 0.09 0.12 0.07 0.09 0.11 0.11 0.24 0.12 0.10 0.09 0.09 0.09 0.15 0.07 0.11 0.20 0.34 0.11 0.08
O4' 0.09 0.07 0.11 0.06 0.08 0.10 0.10 0.22 0.11 0.08 0.07 0.08 0.08 0.15 0.05 0.10 0.19 0.38 0.12 0.09
O5' 0.13 0.09 0.12 0.06 0.09 0.07 0.11 0.10 0.12 0.11 0.08 0.09 0.08 0.10 0.05 0.14 0.17 0.47 0.11 0.09
OP1 0.12 0.08 0.10 0.08 0.08 0.06 0.10 0.06 0.11 0.10 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.12 0.08 0.58 0.12 0.16
OP2 0.12 0.08 0.12 0.08 0.08 0.06 0.10 0.07 0.12 0.10 0.08 0.09 0.09 0.08 0.06 0.13 0.10 0.50 0.13 0.11
P 0.12 0.08 0.11 0.07 0.08 0.05 0.10 0.07 0.11 0.10 0.08 0.08 0.08 0.06 0.05 0.13 0.11 0.53 0.11 0.12

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.65 0.11 0.24
C2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.11 0.05 0.03 0.17 0.65 0.10 0.24
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.05 0.04 0.08 0.00 0.01 0.01 0.12 0.57 0.08 0.18
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.06 0.08 0.06 0.02 0.00 0.03 0.19 0.47 0.10 0.15
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.11 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.25 0.55 0.11 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.07 0.12 0.02 0.04 0.02 0.00 0.02 0.44 0.09 0.09
C5 0.01 0.00 0.03 0.09 0.00 0.14 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.08 0.03 0.27 0.50 0.11 0.20
C5' 0.05 0.15 0.02 0.01 0.28 0.01 0.32 0.00 0.28 0.17 0.21 0.30 0.08 0.04 0.04 0.02 0.01 0.28 0.08 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.09 0.00 0.14 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.09 0.03 0.25 0.56 0.09 0.21
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.18 0.63 0.10 0.24
N3 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.11 0.05 0.03 0.21 0.61 0.10 0.22
N4 0.01 0.01 0.04 0.08 0.00 0.12 0.01 0.30 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.06 0.03 0.26 0.51 0.12 0.20
O2 0.01 0.00 0.08 0.06 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.09 0.03 0.13 0.67 0.12 0.24
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.11 0.09 0.15 0.00 0.03 0.06 0.06 0.50 0.12 0.11
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.05 0.02 0.08 0.04 0.09 0.03 0.05 0.06 0.09 0.03 0.00 0.01 0.12 0.34 0.20 0.05
O4' 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.06 0.01 0.00 0.06 0.62 0.14 0.25
O5' 0.10 0.17 0.12 0.19 0.25 0.02 0.27 0.01 0.25 0.18 0.21 0.26 0.13 0.06 0.12 0.06 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.65 0.65 0.57 0.47 0.55 0.44 0.50 0.28 0.56 0.63 0.61 0.51 0.67 0.50 0.34 0.62 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.11 0.10 0.08 0.10 0.11 0.09 0.11 0.08 0.09 0.10 0.10 0.12 0.12 0.12 0.20 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.24 0.24 0.18 0.15 0.21 0.09 0.20 0.01 0.21 0.24 0.22 0.20 0.24 0.11 0.05 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00