ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55043

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.018, 0.036, 0.055, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.025, 0.046, 0.067, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.046 std_dev=0.021
N3 A 0, 0.013, 0.036, 0.059, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N9 A 0, 0.020, 0.044, 0.067, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.044 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.029, 0.053, 0.078, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.053 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.015, 0.042, 0.068, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.042 std_dev=0.026
N6 A 0, 0.013, 0.068, 0.122, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.068 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.095, 0.262, 0.429, 0.494 max_d=0.494 avg_d=0.262 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.180, 0.348, 0.515, 0.582 max_d=0.582 avg_d=0.348 std_dev=0.168
C5' A 0, 0.226, 0.397, 0.569, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.397 std_dev=0.171
O5' A 0, 0.203, 0.384, 0.565, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.384 std_dev=0.181
OP1 A 0, 0.246, 0.432, 0.618, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.432 std_dev=0.186
C3' A 0, 0.212, 0.404, 0.597, 0.659 max_d=0.659 avg_d=0.404 std_dev=0.193
OP2 B 0, 0.169, 0.376, 0.582, 0.804 max_d=0.804 avg_d=0.376 std_dev=0.207
P A 0, 0.256, 0.477, 0.698, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.477 std_dev=0.221
P B 0, 0.251, 0.488, 0.724, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.488 std_dev=0.237
O3' B 0, 0.384, 0.643, 0.902, 0.996 max_d=0.996 avg_d=0.643 std_dev=0.259
C5' B 0, 0.284, 0.545, 0.806, 0.849 max_d=0.849 avg_d=0.545 std_dev=0.261
C4' B 0, 0.388, 0.658, 0.927, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.658 std_dev=0.269
C2' A 0, 0.220, 0.491, 0.762, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.491 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.411, 0.694, 0.977, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.694 std_dev=0.283
O5' B 0, 0.340, 0.642, 0.943, 1.009 max_d=1.009 avg_d=0.642 std_dev=0.301
O4' B 0, 0.458, 0.765, 1.073, 1.171 max_d=1.171 avg_d=0.765 std_dev=0.307
OP2 A 0, 0.276, 0.588, 0.900, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.588 std_dev=0.312
C2' B 0, 0.499, 0.834, 1.168, 1.272 max_d=1.272 avg_d=0.834 std_dev=0.334
C1' B 0, 0.510, 0.858, 1.207, 1.346 max_d=1.346 avg_d=0.858 std_dev=0.348
C6 B 0, 0.537, 0.890, 1.243, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.890 std_dev=0.353
O2' B 0, 0.544, 0.900, 1.256, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.900 std_dev=0.356
OP1 B 0, 0.452, 0.824, 1.196, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.824 std_dev=0.372
N1 B 0, 0.524, 0.904, 1.284, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.904 std_dev=0.380
O3' A 0, 0.464, 0.860, 1.256, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.860 std_dev=0.396
C5 B 0, 0.584, 1.002, 1.420, 1.634 max_d=1.634 avg_d=1.002 std_dev=0.418
C2 B 0, 0.580, 1.045, 1.510, 1.646 max_d=1.646 avg_d=1.045 std_dev=0.465
O2 B 0, 0.628, 1.125, 1.621, 1.700 max_d=1.700 avg_d=1.125 std_dev=0.496
C4 B 0, 0.606, 1.108, 1.611, 1.864 max_d=1.864 avg_d=1.108 std_dev=0.503
N3 B 0, 0.626, 1.144, 1.661, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.144 std_dev=0.517
N4 B 0, 0.650, 1.222, 1.794, 2.121 max_d=2.121 avg_d=1.222 std_dev=0.572
O2' A 0, 0.564, 1.196, 1.828, 1.862 max_d=1.862 avg_d=1.196 std_dev=0.632

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.05 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.00 0.02 0.15 0.01 0.09 0.14 0.16 0.10
C2 0.05 0.00 0.09 0.04 0.01 0.07 0.02 0.10 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.17 0.22 0.10 0.09 0.12 0.12 0.10
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03 0.12 0.03 0.10 0.07 0.09 0.05 0.08 0.03 0.01 0.04 0.03 0.27 0.26 0.32 0.27
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.03 0.08 0.02 0.05 0.05 0.07 0.03 0.01 0.01 0.02 0.08 0.19 0.21 0.11
C4 0.02 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.17 0.05 0.08 0.13 0.12 0.09
C4' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.07 0.05 0.07 0.03 0.06 0.03 0.11 0.04 0.01 0.03 0.14 0.10 0.04
C5 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.12 0.14 0.04 0.09 0.14 0.12 0.10
C5' 0.05 0.10 0.12 0.03 0.08 0.01 0.08 0.00 0.09 0.08 0.10 0.10 0.08 0.09 0.06 0.05 0.13 0.03 0.01 0.10 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.07 0.16 0.05 0.10 0.14 0.12 0.10
C8 0.02 0.02 0.10 0.08 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.00 0.29 0.09 0.09 0.09 0.15 0.14 0.10
N1 0.04 0.00 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.08 0.19 0.07 0.10 0.13 0.12 0.10
N3 0.05 0.01 0.09 0.05 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.17 0.21 0.10 0.09 0.12 0.12 0.09
N6 0.02 0.02 0.05 0.05 0.02 0.03 0.02 0.08 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.05 0.02 0.14 0.16 0.04 0.11 0.14 0.14 0.11
N7 0.01 0.02 0.08 0.07 0.01 0.06 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.26 0.10 0.08 0.10 0.15 0.13 0.11
N9 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.13 0.03 0.07 0.13 0.13 0.09
O2' 0.02 0.17 0.01 0.01 0.03 0.11 0.12 0.05 0.07 0.29 0.08 0.17 0.14 0.26 0.10 0.00 0.08 0.05 0.24 0.28 0.40 0.29
O3' 0.15 0.22 0.04 0.01 0.17 0.04 0.14 0.13 0.16 0.09 0.19 0.21 0.16 0.10 0.13 0.08 0.00 0.09 0.09 0.30 0.28 0.19
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.05 0.01 0.04 0.03 0.05 0.09 0.07 0.10 0.04 0.08 0.03 0.05 0.09 0.00 0.10 0.14 0.14 0.09
O5' 0.09 0.09 0.27 0.08 0.08 0.03 0.09 0.01 0.10 0.09 0.10 0.09 0.11 0.10 0.07 0.24 0.09 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.14 0.12 0.26 0.19 0.13 0.14 0.14 0.10 0.14 0.15 0.13 0.12 0.14 0.15 0.13 0.28 0.30 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.12 0.32 0.21 0.12 0.10 0.12 0.03 0.12 0.14 0.12 0.12 0.14 0.13 0.13 0.40 0.28 0.14 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.27 0.11 0.09 0.04 0.10 0.02 0.10 0.10 0.10 0.09 0.11 0.11 0.09 0.29 0.19 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.16 0.14 0.17 0.18 0.23 0.16 0.24 0.16 0.19 0.15 0.19 0.27 0.12 0.19 0.22 0.16 0.19 0.40 0.23 0.14
C2 0.17 0.15 0.18 0.19 0.25 0.17 0.27 0.17 0.22 0.17 0.19 0.30 0.13 0.18 0.22 0.16 0.17 0.38 0.28 0.14
C2' 0.16 0.16 0.16 0.16 0.25 0.15 0.25 0.16 0.19 0.16 0.20 0.29 0.13 0.20 0.20 0.16 0.21 0.41 0.24 0.15
C3' 0.20 0.19 0.20 0.20 0.25 0.20 0.26 0.19 0.21 0.19 0.22 0.28 0.17 0.22 0.24 0.20 0.21 0.40 0.25 0.15
C4 0.16 0.14 0.17 0.18 0.23 0.16 0.25 0.16 0.19 0.15 0.18 0.27 0.12 0.18 0.22 0.16 0.18 0.40 0.24 0.13
C4' 0.17 0.14 0.18 0.18 0.22 0.18 0.24 0.17 0.19 0.15 0.18 0.27 0.13 0.19 0.21 0.18 0.17 0.40 0.23 0.12
C5 0.16 0.13 0.17 0.18 0.21 0.17 0.23 0.16 0.18 0.14 0.17 0.25 0.12 0.19 0.22 0.16 0.18 0.41 0.22 0.12
C5' 0.16 0.13 0.17 0.16 0.23 0.16 0.25 0.16 0.19 0.14 0.17 0.27 0.10 0.20 0.19 0.16 0.17 0.41 0.19 0.12
C6 0.16 0.13 0.18 0.18 0.22 0.17 0.24 0.17 0.19 0.15 0.17 0.26 0.12 0.18 0.22 0.16 0.18 0.41 0.24 0.13
C8 0.15 0.13 0.17 0.17 0.20 0.16 0.21 0.15 0.17 0.13 0.16 0.23 0.12 0.20 0.21 0.15 0.19 0.40 0.20 0.12
N1 0.17 0.15 0.18 0.19 0.24 0.17 0.27 0.17 0.21 0.16 0.18 0.28 0.13 0.18 0.22 0.16 0.17 0.39 0.28 0.14
N3 0.16 0.14 0.17 0.18 0.24 0.16 0.26 0.16 0.21 0.16 0.19 0.29 0.12 0.18 0.22 0.16 0.17 0.38 0.27 0.13
N6 0.16 0.13 0.18 0.19 0.21 0.17 0.24 0.17 0.19 0.14 0.16 0.24 0.12 0.19 0.23 0.16 0.18 0.42 0.21 0.13
N7 0.15 0.12 0.17 0.17 0.19 0.16 0.21 0.15 0.17 0.13 0.15 0.23 0.11 0.20 0.21 0.15 0.19 0.40 0.20 0.13
N9 0.15 0.13 0.17 0.17 0.22 0.16 0.23 0.16 0.18 0.14 0.17 0.26 0.12 0.19 0.22 0.16 0.19 0.40 0.23 0.12
O2' 0.22 0.15 0.22 0.20 0.17 0.21 0.17 0.20 0.14 0.16 0.15 0.21 0.17 0.31 0.23 0.23 0.27 0.36 0.24 0.12
O3' 0.10 0.08 0.11 0.11 0.15 0.10 0.16 0.11 0.11 0.08 0.11 0.20 0.09 0.16 0.16 0.11 0.19 0.35 0.26 0.10
O4' 0.18 0.14 0.19 0.19 0.22 0.18 0.24 0.17 0.18 0.15 0.17 0.26 0.14 0.19 0.22 0.18 0.16 0.39 0.22 0.10
O5' 0.16 0.14 0.16 0.15 0.23 0.15 0.25 0.15 0.20 0.15 0.18 0.27 0.12 0.19 0.17 0.17 0.15 0.36 0.25 0.10
OP1 0.16 0.16 0.16 0.14 0.26 0.15 0.28 0.15 0.23 0.18 0.21 0.30 0.12 0.21 0.16 0.17 0.15 0.36 0.24 0.12
OP2 0.16 0.14 0.17 0.15 0.23 0.15 0.25 0.15 0.21 0.16 0.18 0.26 0.12 0.22 0.18 0.17 0.18 0.41 0.17 0.15
P 0.15 0.13 0.15 0.14 0.22 0.14 0.25 0.14 0.20 0.15 0.17 0.26 0.11 0.19 0.16 0.16 0.15 0.38 0.19 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.07 0.02 0.03 0.01 0.08 0.26 0.13 0.08
C2 0.03 0.00 0.09 0.07 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.13 0.10 0.05 0.08 0.32 0.13 0.09
C2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.05 0.18 0.01 0.02 0.02 0.11 0.17 0.22 0.08
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.14 0.03 0.15 0.07 0.07 0.11 0.15 0.01 0.01 0.02 0.11 0.09 0.25 0.08
C4 0.03 0.01 0.05 0.10 0.00 0.11 0.01 0.17 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.11 0.07 0.16 0.40 0.24 0.21
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.06 0.06 0.12 0.10 0.06 0.03 0.01 0.04 0.15 0.15 0.03
C5 0.02 0.02 0.05 0.14 0.01 0.14 0.00 0.21 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.16 0.06 0.20 0.41 0.28 0.26
C5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.17 0.01 0.21 0.00 0.18 0.08 0.11 0.19 0.09 0.05 0.04 0.03 0.02 0.15 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.15 0.02 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.16 0.06 0.16 0.35 0.21 0.19
N1 0.02 0.01 0.03 0.07 0.01 0.06 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04 0.08 0.31 0.13 0.10
N3 0.03 0.01 0.07 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.12 0.09 0.06 0.11 0.36 0.17 0.14
N4 0.04 0.02 0.05 0.11 0.01 0.12 0.03 0.19 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.09 0.12 0.07 0.18 0.42 0.28 0.25
O2 0.07 0.01 0.18 0.15 0.02 0.10 0.02 0.09 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.23 0.20 0.07 0.12 0.31 0.16 0.10
O2' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.12 0.09 0.23 0.00 0.04 0.07 0.06 0.14 0.23 0.06
O3' 0.03 0.10 0.02 0.01 0.11 0.03 0.16 0.04 0.16 0.07 0.09 0.12 0.20 0.04 0.00 0.04 0.11 0.04 0.33 0.12
O4' 0.01 0.05 0.02 0.02 0.07 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.07 0.07 0.04 0.00 0.09 0.26 0.10 0.08
O5' 0.08 0.08 0.11 0.11 0.16 0.04 0.20 0.02 0.16 0.08 0.11 0.18 0.12 0.06 0.11 0.09 0.00 0.03 0.03 0.01
OP1 0.26 0.32 0.17 0.09 0.40 0.15 0.41 0.15 0.35 0.31 0.36 0.42 0.31 0.14 0.04 0.26 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.13 0.13 0.22 0.25 0.24 0.15 0.28 0.09 0.21 0.13 0.17 0.28 0.16 0.23 0.33 0.10 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.09 0.08 0.08 0.21 0.03 0.26 0.02 0.19 0.10 0.14 0.25 0.10 0.06 0.12 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00