ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55047

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.009, 0.017, 0.024, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.019 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.011, 0.021, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.009, 0.021, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.021 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.013, 0.025, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.025 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.025, 0.042, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.025 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.022, 0.040, 0.059, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.040 std_dev=0.018
N7 A 0, 0.025, 0.043, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.043 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.020, 0.050, 0.081, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.050 std_dev=0.030
O2' A 0, 0.072, 0.163, 0.255, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.163 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.048, 0.152, 0.256, 0.271 max_d=0.271 avg_d=0.152 std_dev=0.104
P B 0, 0.091, 0.205, 0.319, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.205 std_dev=0.114
O4' A 0, 0.038, 0.154, 0.270, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.154 std_dev=0.116
O5' A 0, 0.084, 0.216, 0.348, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.216 std_dev=0.132
OP2 B 0, 0.120, 0.254, 0.389, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.254 std_dev=0.135
O5' B 0, 0.106, 0.251, 0.396, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.251 std_dev=0.145
OP1 B 0, 0.106, 0.256, 0.407, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.256 std_dev=0.151
P A 0, 0.085, 0.249, 0.413, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.249 std_dev=0.164
C4' A 0, 0.065, 0.233, 0.401, 0.408 max_d=0.408 avg_d=0.233 std_dev=0.168
C3' A 0, 0.066, 0.237, 0.409, 0.420 max_d=0.420 avg_d=0.237 std_dev=0.171
OP2 A 0, 0.087, 0.285, 0.482, 0.669 max_d=0.669 avg_d=0.285 std_dev=0.197
OP1 A 0, 0.118, 0.357, 0.595, 0.692 max_d=0.692 avg_d=0.357 std_dev=0.238
O3' A 0, 0.093, 0.338, 0.584, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.338 std_dev=0.246
O4' B 0, 0.153, 0.418, 0.682, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.418 std_dev=0.265
C4' B 0, 0.117, 0.389, 0.660, 0.855 max_d=0.855 avg_d=0.389 std_dev=0.271
C3' B 0, 0.140, 0.413, 0.686, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.413 std_dev=0.273
C5' B 0, 0.084, 0.362, 0.641, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.362 std_dev=0.278
C5' A 0, 0.103, 0.387, 0.671, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.387 std_dev=0.284
C1' B 0, 0.161, 0.470, 0.778, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.470 std_dev=0.308
C2' B 0, 0.160, 0.468, 0.777, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.468 std_dev=0.309
C6 B 0, 0.196, 0.522, 0.848, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.522 std_dev=0.326
N1 B 0, 0.163, 0.495, 0.827, 1.022 max_d=1.022 avg_d=0.495 std_dev=0.332
O2' B 0, 0.223, 0.565, 0.908, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.565 std_dev=0.342
C5 B 0, 0.202, 0.584, 0.967, 1.145 max_d=1.145 avg_d=0.584 std_dev=0.382
C2 B 0, 0.136, 0.525, 0.915, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.525 std_dev=0.390
C4 B 0, 0.170, 0.594, 1.018, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.594 std_dev=0.424
N3 B 0, 0.135, 0.563, 0.990, 1.288 max_d=1.288 avg_d=0.563 std_dev=0.427
O2 B 0, 0.114, 0.547, 0.980, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.547 std_dev=0.433
N4 B 0, 0.176, 0.663, 1.150, 1.437 max_d=1.437 avg_d=0.663 std_dev=0.487
O3' B 0, 0.154, 0.670, 1.186, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.670 std_dev=0.516

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.06 0.03 0.04
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.04 0.01 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.03 0.10 0.08 0.07 0.07
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.04 0.04 0.06 0.09 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.06 0.11 0.05
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.06 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.08 0.09 0.06 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.13 0.08
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.10 0.07 0.07 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02
C5 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.03 0.05 0.02 0.11 0.08 0.08 0.07
C5' 0.02 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.06 0.00 0.05 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.05 0.03 0.02 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.07 0.01 0.10 0.07 0.08 0.07
C8 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.11 0.08 0.07 0.07
N1 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.10 0.08 0.08 0.07
N3 0.02 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.05 0.09 0.03 0.09 0.07 0.07 0.06
N6 0.01 0.02 0.04 0.06 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.06 0.02 0.09 0.06 0.07 0.06
N7 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.07 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.03 0.11 0.09 0.08 0.08
N9 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.09 0.07 0.06 0.05
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.04 0.03 0.02 0.04 0.08 0.02
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.09 0.09 0.06 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.10 0.12 0.15 0.11
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.10 0.04 0.08
O5' 0.05 0.10 0.05 0.08 0.10 0.01 0.11 0.01 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.02 0.10 0.07 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.06 0.08 0.06 0.10 0.07 0.05 0.08 0.07 0.07 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.04 0.12 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.07 0.11 0.13 0.07 0.02 0.08 0.02 0.08 0.07 0.08 0.07 0.07 0.08 0.06 0.08 0.15 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.05 0.08 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.05 0.02 0.11 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.11 0.10 0.06 0.19 0.03 0.24 0.05 0.20 0.11 0.13 0.23 0.13 0.12 0.14 0.09 0.10 0.16 0.10 0.10
C2 0.06 0.11 0.13 0.11 0.20 0.10 0.25 0.12 0.21 0.12 0.14 0.24 0.12 0.14 0.10 0.07 0.13 0.18 0.07 0.11
C2' 0.08 0.12 0.10 0.06 0.19 0.05 0.24 0.07 0.20 0.12 0.13 0.22 0.15 0.11 0.15 0.10 0.11 0.19 0.12 0.12
C3' 0.09 0.11 0.15 0.10 0.18 0.09 0.23 0.08 0.18 0.11 0.12 0.21 0.15 0.17 0.16 0.11 0.09 0.17 0.14 0.12
C4 0.04 0.10 0.12 0.07 0.19 0.04 0.24 0.05 0.19 0.10 0.12 0.22 0.12 0.14 0.12 0.08 0.09 0.15 0.09 0.10
C4' 0.06 0.09 0.14 0.08 0.18 0.06 0.23 0.05 0.18 0.09 0.11 0.22 0.13 0.16 0.15 0.08 0.07 0.14 0.12 0.10
C5 0.04 0.08 0.14 0.07 0.18 0.04 0.23 0.04 0.18 0.08 0.10 0.22 0.11 0.17 0.16 0.08 0.07 0.12 0.09 0.09
C5' 0.06 0.06 0.18 0.11 0.16 0.09 0.21 0.07 0.16 0.06 0.08 0.21 0.11 0.22 0.15 0.08 0.06 0.14 0.15 0.12
C6 0.04 0.06 0.16 0.10 0.18 0.07 0.23 0.08 0.18 0.08 0.10 0.22 0.08 0.19 0.14 0.06 0.08 0.13 0.09 0.10
C8 0.05 0.09 0.11 0.03 0.18 0.03 0.22 0.02 0.17 0.09 0.10 0.22 0.13 0.15 0.20 0.11 0.06 0.10 0.09 0.07
N1 0.05 0.08 0.16 0.12 0.19 0.10 0.24 0.13 0.19 0.10 0.12 0.23 0.09 0.17 0.11 0.06 0.11 0.17 0.08 0.11
N3 0.06 0.12 0.12 0.09 0.21 0.07 0.25 0.09 0.21 0.12 0.14 0.24 0.14 0.13 0.09 0.08 0.12 0.19 0.08 0.11
N6 0.06 0.04 0.19 0.11 0.17 0.09 0.23 0.10 0.17 0.07 0.09 0.21 0.05 0.24 0.18 0.05 0.08 0.11 0.12 0.11
N7 0.05 0.08 0.13 0.05 0.17 0.03 0.22 0.02 0.17 0.08 0.10 0.21 0.12 0.17 0.21 0.10 0.05 0.08 0.09 0.07
N9 0.05 0.10 0.11 0.04 0.18 0.02 0.23 0.03 0.18 0.10 0.11 0.22 0.13 0.14 0.14 0.09 0.08 0.13 0.09 0.09
O2' 0.12 0.16 0.08 0.10 0.23 0.09 0.28 0.12 0.25 0.17 0.17 0.25 0.17 0.09 0.17 0.14 0.17 0.24 0.13 0.15
O3' 0.12 0.15 0.14 0.11 0.20 0.11 0.24 0.10 0.20 0.14 0.15 0.23 0.19 0.15 0.19 0.14 0.11 0.18 0.14 0.13
O4' 0.04 0.10 0.12 0.05 0.19 0.02 0.23 0.03 0.18 0.09 0.12 0.23 0.13 0.14 0.14 0.08 0.08 0.12 0.10 0.08
O5' 0.08 0.05 0.21 0.11 0.17 0.09 0.23 0.08 0.17 0.08 0.08 0.22 0.09 0.25 0.18 0.07 0.09 0.14 0.19 0.14
OP1 0.06 0.04 0.19 0.10 0.16 0.06 0.21 0.05 0.16 0.06 0.07 0.20 0.08 0.24 0.26 0.06 0.08 0.12 0.17 0.12
OP2 0.06 0.05 0.18 0.08 0.15 0.05 0.20 0.05 0.14 0.06 0.07 0.19 0.10 0.24 0.30 0.08 0.07 0.08 0.16 0.11
P 0.06 0.03 0.19 0.08 0.14 0.05 0.20 0.04 0.14 0.04 0.05 0.19 0.10 0.24 0.23 0.07 0.05 0.09 0.16 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.36 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06
C2 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.44 0.04 0.08 0.07 0.10 0.07
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.04 0.06 0.12 0.06 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.11 0.02 0.16 0.13 0.09 0.13
C3' 0.03 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.01 0.01 0.06 0.07 0.13 0.06
C4 0.00 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.30 0.01 0.12 0.11 0.07 0.10
C4' 0.01 0.04 0.04 0.00 0.05 0.00 0.10 0.01 0.10 0.02 0.03 0.05 0.09 0.03 0.07 0.00 0.02 0.07 0.07 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.10 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.19 0.05 0.16 0.13 0.09 0.13
C5' 0.04 0.06 0.12 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.14 0.06 0.08 0.13 0.08 0.12 0.11 0.02 0.01 0.09 0.03 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.09 0.00 0.10 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.12 0.19 0.06 0.13 0.11 0.08 0.10
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.33 0.01 0.07 0.07 0.09 0.06
N3 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.40 0.03 0.09 0.07 0.08 0.07
N4 0.01 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.00 0.13 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.29 0.01 0.14 0.12 0.08 0.12
O2 0.04 0.00 0.05 0.10 0.02 0.09 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.07 0.55 0.08 0.10 0.08 0.12 0.10
O2' 0.02 0.03 0.00 0.02 0.05 0.03 0.11 0.12 0.12 0.05 0.02 0.05 0.07 0.00 0.10 0.02 0.21 0.19 0.17 0.19
O3' 0.36 0.44 0.11 0.01 0.30 0.07 0.19 0.11 0.19 0.33 0.40 0.29 0.55 0.10 0.00 0.28 0.10 0.34 0.33 0.24
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.06 0.01 0.03 0.01 0.08 0.02 0.28 0.00 0.11 0.10 0.13 0.11
O5' 0.05 0.08 0.16 0.06 0.12 0.02 0.16 0.01 0.13 0.07 0.09 0.14 0.10 0.21 0.10 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.07 0.13 0.07 0.11 0.07 0.13 0.09 0.11 0.07 0.07 0.12 0.08 0.19 0.34 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.07 0.10 0.09 0.13 0.07 0.07 0.09 0.03 0.08 0.09 0.08 0.08 0.12 0.17 0.33 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.06 0.07 0.13 0.06 0.10 0.02 0.13 0.01 0.10 0.06 0.07 0.12 0.10 0.19 0.24 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00