ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55048

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2 A 0, 0.002, 0.004, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C1' A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.005, 0.008, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N9 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N6 A 0, 0.004, 0.011, 0.017, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N7 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C8 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C4' A 0, 0.023, 0.042, 0.061, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.042 std_dev=0.019
C2' A 0, 0.016, 0.037, 0.059, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.037 std_dev=0.022
C3' A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.031 std_dev=0.023
O4' A 0, 0.009, 0.034, 0.059, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.034 std_dev=0.025
O3' A 0, 0.029, 0.063, 0.096, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.063 std_dev=0.033
C5' A 0, 0.040, 0.075, 0.110, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.075 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.031, 0.073, 0.116, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.073 std_dev=0.043
C4' B 0, 0.037, 0.088, 0.140, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.088 std_dev=0.052
P A 0, 0.049, 0.102, 0.155, 0.156 max_d=0.156 avg_d=0.102 std_dev=0.053
O5' A 0, 0.039, 0.094, 0.149, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.094 std_dev=0.055
C3' B 0, 0.047, 0.103, 0.159, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.103 std_dev=0.056
O4' B 0, 0.036, 0.093, 0.150, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.057
C5' B 0, 0.035, 0.093, 0.152, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.093 std_dev=0.058
O3' B 0, 0.051, 0.110, 0.168, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.110 std_dev=0.058
C2' B 0, 0.051, 0.112, 0.174, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.112 std_dev=0.061
OP2 A 0, 0.052, 0.115, 0.178, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.115 std_dev=0.063
C1' B 0, 0.042, 0.104, 0.167, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.104 std_dev=0.063
O2' B 0, 0.051, 0.114, 0.178, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.114 std_dev=0.063
OP1 A 0, 0.061, 0.133, 0.204, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.133 std_dev=0.071
C2 B 0, 0.071, 0.143, 0.216, 0.242 max_d=0.242 avg_d=0.143 std_dev=0.072
OP2 B 0, 0.042, 0.115, 0.188, 0.235 max_d=0.235 avg_d=0.115 std_dev=0.073
N1 B 0, 0.041, 0.115, 0.188, 0.246 max_d=0.246 avg_d=0.115 std_dev=0.073
O2 B 0, 0.076, 0.150, 0.223, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.150 std_dev=0.073
O5' B 0, 0.038, 0.113, 0.188, 0.227 max_d=0.227 avg_d=0.113 std_dev=0.075
P B 0, 0.031, 0.111, 0.191, 0.267 max_d=0.267 avg_d=0.111 std_dev=0.080
OP1 B 0, 0.057, 0.138, 0.218, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.138 std_dev=0.081
N3 B 0, 0.083, 0.167, 0.250, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.167 std_dev=0.083
C4 B 0, 0.070, 0.162, 0.253, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.162 std_dev=0.092
C6 B 0, 0.014, 0.106, 0.198, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.106 std_dev=0.092
C5 B 0, 0.032, 0.131, 0.230, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.131 std_dev=0.099
N4 B 0, 0.087, 0.193, 0.299, 0.320 max_d=0.320 avg_d=0.193 std_dev=0.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.02
C5' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C8 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.03
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.05 0.04 0.04
N6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
N7 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02
O5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.05 0.04 0.04 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
C2 0.05 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.05 0.06 0.04
C2' 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03
C3' 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
C4 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.05 0.03
C4' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.05 0.02 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
C5 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03
C5' 0.03 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04
C6 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.06 0.06 0.05 0.03
C8 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04
N1 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04
N3 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.05 0.05 0.05 0.04
N6 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.06 0.05 0.04
N7 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03 0.03 0.04 0.06 0.05 0.04
N9 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
O2' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.02 0.04 0.05 0.06 0.04 0.04
O3' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.05 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
O4' 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.04 0.05 0.05 0.03
O5' 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.03 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03
OP1 0.03 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.06 0.04
OP2 0.02 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.07 0.06 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.05 0.03
P 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.05 0.05 0.05 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C5 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.07 0.04 0.06 0.04
C5' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03
N1 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02
N3 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.03
N4 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.05 0.06 0.05
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
O3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.07 0.04 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00
OP1 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00