ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55049

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.012, 0.023, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.012 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.022, 0.035, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.022 std_dev=0.016
C5 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.006, 0.024, 0.042, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.029 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.010, 0.030, 0.050, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N6 A 0, 0.016, 0.040, 0.064, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.040 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.043 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.011, 0.044, 0.076, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.044 std_dev=0.032
C2' A 0, 0.073, 0.167, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.167 std_dev=0.094
O4' A 0, 0.043, 0.142, 0.241, 0.293 max_d=0.293 avg_d=0.142 std_dev=0.099
C3' A 0, 0.071, 0.205, 0.339, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.205 std_dev=0.134
O2' A 0, 0.113, 0.290, 0.467, 0.609 max_d=0.609 avg_d=0.290 std_dev=0.177
O3' A 0, 0.112, 0.296, 0.480, 0.457 max_d=0.457 avg_d=0.296 std_dev=0.184
C4' A 0, 0.044, 0.240, 0.435, 0.618 max_d=0.618 avg_d=0.240 std_dev=0.195
P B 0, 0.085, 0.357, 0.630, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.357 std_dev=0.272
OP1 B 0, 0.076, 0.374, 0.671, 0.925 max_d=0.925 avg_d=0.374 std_dev=0.298
O5' B 0, 0.072, 0.449, 0.826, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.449 std_dev=0.377
O5' A 0, 0.074, 0.460, 0.845, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.460 std_dev=0.386
OP2 B 0, 0.103, 0.495, 0.887, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.495 std_dev=0.392
P A 0, 0.093, 0.494, 0.895, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.494 std_dev=0.401
O4' B 0, 0.168, 0.593, 1.019, 1.480 max_d=1.480 avg_d=0.593 std_dev=0.425
C5' A 0, 0.040, 0.468, 0.896, 1.367 max_d=1.367 avg_d=0.468 std_dev=0.428
O3' B 0, 0.261, 0.691, 1.121, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.691 std_dev=0.430
OP1 A 0, 0.112, 0.560, 1.008, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.560 std_dev=0.448
OP2 A 0, 0.131, 0.593, 1.055, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.593 std_dev=0.462
C3' B 0, 0.181, 0.643, 1.106, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.643 std_dev=0.463
C4' B 0, 0.100, 0.583, 1.066, 1.604 max_d=1.604 avg_d=0.583 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.199, 0.696, 1.192, 1.768 max_d=1.768 avg_d=0.696 std_dev=0.497
O2' B 0, 0.212, 0.715, 1.218, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.715 std_dev=0.503
C5' B 0, 0.184, 0.690, 1.196, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.690 std_dev=0.506
C6 B 0, 0.164, 0.673, 1.182, 1.728 max_d=1.728 avg_d=0.673 std_dev=0.509
C1' B 0, 0.174, 0.689, 1.203, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.689 std_dev=0.515
C5 B 0, 0.200, 0.759, 1.318, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.759 std_dev=0.559
N1 B 0, 0.128, 0.704, 1.279, 1.900 max_d=1.900 avg_d=0.704 std_dev=0.576
C4 B 0, 0.196, 0.862, 1.528, 2.194 max_d=2.194 avg_d=0.862 std_dev=0.666
C2 B 0, 0.122, 0.810, 1.498, 2.196 max_d=2.196 avg_d=0.810 std_dev=0.688
O2 B 0, 0.179, 0.896, 1.613, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.896 std_dev=0.717
N4 B 0, 0.243, 0.963, 1.683, 2.382 max_d=2.382 avg_d=0.963 std_dev=0.720
N3 B 0, 0.165, 0.886, 1.607, 2.324 max_d=2.324 avg_d=0.886 std_dev=0.721

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.13 0.26 0.16 0.15
C2 0.06 0.00 0.11 0.12 0.02 0.08 0.02 0.22 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.19 0.15 0.07 0.15 0.24 0.14 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.04 0.04 0.06 0.03 0.10 0.11 0.06 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.21 0.27 0.18 0.16
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.05 0.09 0.10 0.11 0.11 0.09 0.10 0.06 0.03 0.02 0.04 0.27 0.29 0.20 0.18
C4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.00 0.08 0.00 0.23 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.10 0.08 0.04 0.13 0.24 0.14 0.14
C4' 0.01 0.08 0.02 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.16 0.09 0.07 0.14 0.17 0.08 0.05 0.05 0.01 0.04 0.21 0.09 0.05
C5 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.12 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.04 0.13 0.26 0.19 0.19
C5' 0.05 0.22 0.04 0.05 0.23 0.00 0.31 0.00 0.32 0.31 0.28 0.18 0.36 0.36 0.20 0.04 0.07 0.03 0.01 0.23 0.10 0.02
C6 0.03 0.01 0.06 0.09 0.02 0.12 0.01 0.32 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.11 0.09 0.05 0.14 0.27 0.19 0.19
C8 0.02 0.03 0.03 0.10 0.01 0.16 0.02 0.31 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.10 0.04 0.14 0.27 0.21 0.21
N1 0.05 0.00 0.10 0.11 0.02 0.09 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.16 0.13 0.06 0.14 0.25 0.15 0.15
N3 0.05 0.01 0.11 0.11 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.14 0.06 0.15 0.24 0.15 0.13
N6 0.03 0.02 0.06 0.09 0.02 0.14 0.01 0.36 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.09 0.05 0.16 0.29 0.24 0.23
N7 0.02 0.02 0.02 0.10 0.01 0.17 0.01 0.36 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.10 0.05 0.16 0.29 0.25 0.25
N9 0.00 0.03 0.02 0.06 0.01 0.08 0.01 0.20 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.05 0.03 0.12 0.25 0.14 0.15
O2' 0.03 0.19 0.01 0.03 0.10 0.05 0.08 0.04 0.11 0.03 0.16 0.17 0.10 0.03 0.03 0.00 0.05 0.08 0.12 0.24 0.14 0.11
O3' 0.04 0.15 0.04 0.02 0.08 0.05 0.07 0.07 0.09 0.10 0.13 0.14 0.09 0.10 0.05 0.05 0.00 0.04 0.22 0.24 0.17 0.14
O4' 0.01 0.07 0.02 0.04 0.04 0.01 0.04 0.03 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.08 0.04 0.00 0.19 0.26 0.19 0.19
O5' 0.13 0.15 0.21 0.27 0.13 0.04 0.13 0.01 0.14 0.14 0.14 0.15 0.16 0.16 0.12 0.12 0.22 0.19 0.00 0.03 0.05 0.01
OP1 0.26 0.24 0.27 0.29 0.24 0.21 0.26 0.23 0.27 0.27 0.25 0.24 0.29 0.29 0.25 0.24 0.24 0.26 0.03 0.00 0.03 0.00
OP2 0.16 0.14 0.18 0.20 0.14 0.09 0.19 0.10 0.19 0.21 0.15 0.15 0.24 0.25 0.14 0.14 0.17 0.19 0.05 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.14 0.16 0.18 0.14 0.05 0.19 0.02 0.19 0.21 0.15 0.13 0.23 0.25 0.15 0.11 0.14 0.19 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.07 0.05 0.07 0.12 0.05 0.13 0.09 0.10 0.06 0.09 0.12 0.06 0.08 0.12 0.11 0.10 0.05 0.12 0.05
C2 0.13 0.13 0.09 0.13 0.17 0.12 0.19 0.18 0.16 0.13 0.14 0.19 0.12 0.09 0.17 0.13 0.18 0.19 0.15 0.15
C2' 0.12 0.10 0.08 0.11 0.13 0.09 0.15 0.13 0.12 0.09 0.11 0.12 0.09 0.11 0.14 0.12 0.11 0.08 0.17 0.10
C3' 0.15 0.13 0.11 0.13 0.17 0.12 0.18 0.15 0.15 0.12 0.15 0.17 0.12 0.09 0.15 0.16 0.15 0.08 0.16 0.11
C4 0.08 0.06 0.04 0.07 0.12 0.05 0.13 0.09 0.11 0.06 0.09 0.12 0.05 0.09 0.13 0.09 0.10 0.06 0.12 0.06
C4' 0.15 0.13 0.12 0.13 0.18 0.12 0.18 0.15 0.15 0.12 0.15 0.19 0.11 0.07 0.15 0.16 0.16 0.12 0.15 0.12
C5 0.10 0.10 0.09 0.10 0.14 0.07 0.15 0.06 0.13 0.10 0.12 0.13 0.10 0.15 0.16 0.10 0.09 0.04 0.13 0.06
C5' 0.34 0.31 0.32 0.34 0.34 0.33 0.35 0.35 0.33 0.31 0.32 0.36 0.30 0.26 0.34 0.35 0.36 0.35 0.32 0.33
C6 0.09 0.09 0.08 0.10 0.13 0.07 0.15 0.06 0.12 0.08 0.10 0.13 0.08 0.15 0.16 0.09 0.08 0.05 0.12 0.05
C8 0.13 0.15 0.11 0.12 0.19 0.09 0.19 0.08 0.17 0.14 0.17 0.18 0.14 0.16 0.16 0.13 0.10 0.09 0.17 0.08
N1 0.09 0.08 0.04 0.09 0.15 0.07 0.17 0.13 0.13 0.08 0.11 0.17 0.06 0.09 0.14 0.09 0.14 0.17 0.14 0.13
N3 0.12 0.10 0.08 0.11 0.14 0.10 0.16 0.15 0.14 0.10 0.12 0.16 0.09 0.08 0.16 0.12 0.15 0.14 0.13 0.11
N6 0.16 0.15 0.15 0.15 0.16 0.14 0.17 0.10 0.16 0.14 0.15 0.14 0.16 0.22 0.20 0.16 0.13 0.09 0.13 0.08
N7 0.16 0.18 0.15 0.16 0.21 0.13 0.22 0.11 0.20 0.18 0.20 0.19 0.18 0.20 0.20 0.15 0.12 0.11 0.19 0.11
N9 0.09 0.08 0.05 0.07 0.13 0.04 0.14 0.07 0.11 0.07 0.10 0.13 0.06 0.10 0.13 0.10 0.09 0.04 0.13 0.05
O2' 0.14 0.13 0.14 0.16 0.15 0.15 0.16 0.17 0.16 0.13 0.13 0.12 0.12 0.20 0.21 0.13 0.15 0.16 0.20 0.15
O3' 0.15 0.13 0.11 0.13 0.16 0.12 0.17 0.15 0.15 0.12 0.14 0.16 0.12 0.10 0.15 0.15 0.15 0.08 0.16 0.11
O4' 0.11 0.08 0.08 0.09 0.14 0.07 0.14 0.08 0.11 0.08 0.11 0.13 0.07 0.09 0.13 0.12 0.11 0.08 0.13 0.06
O5' 0.08 0.11 0.12 0.15 0.18 0.12 0.19 0.14 0.15 0.10 0.14 0.18 0.10 0.20 0.23 0.10 0.10 0.13 0.21 0.12
OP1 0.20 0.16 0.16 0.15 0.17 0.16 0.17 0.16 0.15 0.16 0.16 0.19 0.17 0.15 0.16 0.22 0.17 0.19 0.09 0.14
OP2 0.21 0.12 0.15 0.13 0.13 0.17 0.13 0.19 0.11 0.13 0.12 0.16 0.13 0.10 0.11 0.24 0.18 0.19 0.05 0.14
P 0.17 0.10 0.11 0.10 0.14 0.12 0.13 0.13 0.10 0.10 0.11 0.16 0.11 0.08 0.11 0.20 0.13 0.14 0.06 0.09

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.07 0.03 0.02 0.04 0.03 0.07 0.02 0.03 0.01 0.10 0.09 0.18 0.09
C2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.10 0.03 0.05 0.11 0.09 0.12 0.07
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.03 0.03 0.06 0.03 0.00 0.04 0.03 0.05 0.08 0.12 0.06
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.08 0.08 0.07 0.04 0.05 0.06 0.06 0.05 0.02 0.03 0.10 0.11 0.08 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.09 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.08 0.05 0.06 0.16 0.09 0.07 0.09
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.07 0.10 0.06 0.12 0.04 0.01 0.02 0.06 0.09 0.04
C5 0.03 0.01 0.05 0.08 0.01 0.12 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.07 0.08 0.17 0.09 0.06 0.10
C5' 0.07 0.19 0.07 0.08 0.24 0.01 0.26 0.00 0.24 0.18 0.21 0.24 0.17 0.13 0.11 0.02 0.04 0.11 0.05 0.03
C6 0.03 0.01 0.05 0.07 0.01 0.11 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.07 0.15 0.09 0.10 0.08
N1 0.02 0.01 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.04 0.04 0.11 0.08 0.13 0.07
N3 0.04 0.01 0.03 0.05 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.04 0.06 0.13 0.09 0.09 0.07
N4 0.03 0.03 0.06 0.06 0.01 0.10 0.03 0.24 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.09 0.06 0.07 0.17 0.09 0.06 0.09
O2 0.07 0.02 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.17 0.03 0.03 0.03 0.06 0.00 0.13 0.03 0.08 0.10 0.09 0.13 0.08
O2' 0.02 0.10 0.00 0.05 0.08 0.12 0.05 0.13 0.04 0.05 0.10 0.09 0.13 0.00 0.10 0.12 0.13 0.15 0.08 0.12
O3' 0.03 0.03 0.04 0.02 0.05 0.04 0.07 0.11 0.07 0.04 0.04 0.06 0.03 0.10 0.00 0.04 0.22 0.18 0.09 0.16
O4' 0.01 0.05 0.03 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.07 0.04 0.06 0.07 0.08 0.12 0.04 0.00 0.15 0.11 0.22 0.12
O5' 0.10 0.11 0.05 0.10 0.16 0.02 0.17 0.04 0.15 0.11 0.13 0.17 0.10 0.13 0.22 0.15 0.00 0.03 0.04 0.01
OP1 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.06 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.09 0.09 0.15 0.18 0.11 0.03 0.00 0.02 0.00
OP2 0.18 0.12 0.12 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.10 0.13 0.09 0.06 0.13 0.08 0.09 0.22 0.04 0.02 0.00 0.01
P 0.09 0.07 0.06 0.08 0.09 0.04 0.10 0.03 0.08 0.07 0.07 0.09 0.08 0.12 0.16 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00