ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55050

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.003, 0.017, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, -0.003, 0.013, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.013 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.004, 0.023, 0.041, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.002, 0.022, 0.042, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.022 std_dev=0.020
N3 A 0, -0.002, 0.018, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.018 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.009, 0.031, 0.053, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.031 std_dev=0.022
C8 A 0, 0.007, 0.040, 0.073, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.040 std_dev=0.033
N6 A 0, -0.016, 0.051, 0.118, 0.198 max_d=0.198 avg_d=0.051 std_dev=0.067
P B 0, 0.141, 0.332, 0.523, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.332 std_dev=0.191
O4' A 0, 0.038, 0.234, 0.429, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.234 std_dev=0.195
O5' A 0, 0.307, 0.599, 0.891, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.599 std_dev=0.292
C2' A 0, -0.022, 0.274, 0.569, 0.916 max_d=0.916 avg_d=0.274 std_dev=0.296
C4' A 0, 0.035, 0.369, 0.704, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.369 std_dev=0.334
C3' A 0, 0.031, 0.380, 0.729, 1.118 max_d=1.118 avg_d=0.380 std_dev=0.349
OP1 B 0, 0.135, 0.489, 0.842, 1.054 max_d=1.054 avg_d=0.489 std_dev=0.353
C5' A 0, 0.200, 0.586, 0.972, 1.311 max_d=1.311 avg_d=0.586 std_dev=0.386
P A 0, 0.388, 0.818, 1.248, 1.449 max_d=1.449 avg_d=0.818 std_dev=0.430
OP2 A 0, 0.424, 0.919, 1.413, 1.623 max_d=1.623 avg_d=0.919 std_dev=0.495
OP1 A 0, 0.343, 0.941, 1.539, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.941 std_dev=0.598
O3' A 0, -0.079, 0.580, 1.239, 2.017 max_d=2.017 avg_d=0.580 std_dev=0.659
O2' A 0, -0.209, 0.463, 1.136, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.463 std_dev=0.672
OP2 B 0, -0.044, 0.735, 1.514, 2.401 max_d=2.401 avg_d=0.735 std_dev=0.779
O5' B 0, -0.316, 0.721, 1.759, 3.016 max_d=3.016 avg_d=0.721 std_dev=1.037
C5' B 0, -0.632, 1.096, 2.824, 4.932 max_d=4.932 avg_d=1.096 std_dev=1.728
C4' B 0, -0.938, 1.631, 4.199, 7.337 max_d=7.337 avg_d=1.631 std_dev=2.568
C3' B 0, -0.893, 1.789, 4.471, 7.734 max_d=7.734 avg_d=1.789 std_dev=2.682
O4' B 0, -1.181, 1.851, 4.883, 8.598 max_d=8.598 avg_d=1.851 std_dev=3.032
C2' B 0, -1.164, 2.114, 5.393, 9.397 max_d=9.397 avg_d=2.114 std_dev=3.279
O3' B 0, -1.077, 2.235, 5.546, 9.573 max_d=9.573 avg_d=2.235 std_dev=3.311
C6 B 0, -1.457, 2.102, 5.662, 10.034 max_d=10.034 avg_d=2.102 std_dev=3.560
C1' B 0, -1.381, 2.235, 5.851, 10.281 max_d=10.281 avg_d=2.235 std_dev=3.616
N1 B 0, -1.574, 2.293, 6.160, 10.907 max_d=10.907 avg_d=2.293 std_dev=3.867
C5 B 0, -1.718, 2.254, 6.227, 11.114 max_d=11.114 avg_d=2.254 std_dev=3.972
O2' B 0, -1.392, 2.682, 6.756, 11.726 max_d=11.726 avg_d=2.682 std_dev=4.074
C4 B 0, -2.064, 2.547, 7.158, 12.836 max_d=12.836 avg_d=2.547 std_dev=4.611
C2 B 0, -1.968, 2.662, 7.293, 12.985 max_d=12.985 avg_d=2.662 std_dev=4.630
N3 B 0, -2.182, 2.764, 7.710, 13.799 max_d=13.799 avg_d=2.764 std_dev=4.946
N4 B 0, -2.317, 2.702, 7.720, 13.907 max_d=13.907 avg_d=2.702 std_dev=5.019
O2 B 0, -2.126, 2.939, 8.004, 14.226 max_d=14.226 avg_d=2.939 std_dev=5.065

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.03 0.27 0.00 0.05 0.30 0.03 0.11
C2 0.01 0.00 0.11 0.01 0.01 0.17 0.01 0.21 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.14 0.36 0.19 0.05 0.11 0.23 0.05
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.03 0.01 0.05 0.15 0.03 0.15 0.05 0.13 0.10 0.13 0.04 0.00 0.07 0.02 0.31 0.67 0.46 0.49
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.12 0.01 0.09 0.21 0.04 0.01 0.09 0.20 0.11 0.01 0.01 0.01 0.04 0.39 0.13 0.22
C4 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.04 0.23 0.12 0.02 0.07 0.22 0.08
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.13 0.16 0.05 0.11 0.04 0.20 0.01 0.01 0.01 0.18 0.02 0.08
C5 0.02 0.01 0.05 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.02 0.20 0.13 0.06 0.11 0.08 0.35 0.21
C5' 0.04 0.21 0.15 0.01 0.09 0.01 0.02 0.00 0.08 0.16 0.16 0.20 0.06 0.13 0.02 0.05 0.18 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01
C6 0.02 0.00 0.03 0.09 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.04 0.03 0.15 0.19 0.11 0.07 0.09 0.38 0.21
C8 0.02 0.03 0.15 0.21 0.01 0.15 0.03 0.16 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.01 0.37 0.07 0.07 0.22 0.11 0.30 0.23
N1 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.13 0.01 0.16 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.28 0.16 0.02 0.03 0.32 0.14
N3 0.02 0.01 0.13 0.01 0.00 0.16 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.18 0.35 0.19 0.06 0.16 0.17 0.02
N6 0.05 0.00 0.10 0.09 0.03 0.05 0.04 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.08 0.06 0.27 0.16 0.10 0.09 0.16 0.44 0.26
N7 0.01 0.02 0.13 0.20 0.00 0.11 0.01 0.13 0.04 0.00 0.03 0.01 0.08 0.00 0.00 0.36 0.06 0.04 0.23 0.21 0.44 0.32
N9 0.01 0.01 0.04 0.11 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.15 0.14 0.01 0.07 0.09 0.16 0.07
O2' 0.03 0.14 0.00 0.01 0.04 0.20 0.20 0.05 0.15 0.37 0.03 0.18 0.27 0.36 0.15 0.00 0.10 0.16 0.24 0.77 0.55 0.51
O3' 0.27 0.36 0.07 0.01 0.23 0.01 0.13 0.18 0.19 0.07 0.28 0.35 0.16 0.06 0.14 0.10 0.00 0.17 0.13 0.11 0.06 0.04
O4' 0.00 0.19 0.02 0.01 0.12 0.01 0.06 0.01 0.11 0.07 0.16 0.19 0.10 0.04 0.01 0.16 0.17 0.00 0.03 0.12 0.10 0.03
O5' 0.05 0.05 0.31 0.04 0.02 0.01 0.11 0.01 0.07 0.22 0.02 0.06 0.09 0.23 0.07 0.24 0.13 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.30 0.11 0.67 0.39 0.07 0.18 0.08 0.02 0.09 0.11 0.03 0.16 0.16 0.21 0.09 0.77 0.11 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.03 0.23 0.46 0.13 0.22 0.02 0.35 0.01 0.38 0.30 0.32 0.17 0.44 0.44 0.16 0.55 0.06 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.11 0.05 0.49 0.22 0.08 0.08 0.21 0.01 0.21 0.23 0.14 0.02 0.26 0.32 0.07 0.51 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.06 2.62 2.05 1.57 3.11 1.31 2.84 0.88 2.47 2.38 2.96 3.45 2.48 2.37 1.66 1.62 0.58 0.20 0.36 0.12
C2 2.25 2.74 1.99 1.71 2.51 1.73 2.14 1.28 2.11 2.41 2.79 2.39 2.81 2.12 1.86 2.10 0.79 0.30 0.62 0.15
C2' 1.76 2.26 1.79 1.33 2.76 1.07 2.54 0.70 2.19 2.07 2.60 3.11 2.12 2.09 1.39 1.34 0.42 0.26 0.41 0.19
C3' 1.99 2.50 2.07 1.55 3.09 1.21 2.91 0.82 2.52 2.33 2.86 3.48 2.32 2.43 1.59 1.51 0.61 0.08 0.13 0.03
C4 1.96 2.39 1.91 1.52 2.65 1.35 2.47 0.96 2.24 2.21 2.59 2.71 2.29 2.13 1.59 1.65 0.63 0.23 0.44 0.13
C4' 2.15 2.78 2.20 1.60 3.43 1.22 3.17 0.73 2.72 2.54 3.20 3.90 2.59 2.63 1.68 1.58 0.53 0.21 0.23 0.14
C5 1.62 1.84 1.68 1.32 2.04 1.12 2.05 0.82 1.92 1.81 1.95 2.01 1.71 1.86 1.33 1.33 0.55 0.20 0.39 0.11
C5' 2.06 2.65 2.19 1.53 3.40 1.06 3.23 0.55 2.75 2.48 3.08 3.86 2.40 2.68 1.57 1.41 0.46 0.19 0.13 0.14
C6 1.61 1.71 1.61 1.33 1.64 1.23 1.62 0.96 1.66 1.69 1.70 1.51 1.66 1.72 1.36 1.43 0.64 0.22 0.49 0.11
C8 1.47 1.73 1.64 1.19 2.22 0.87 2.27 0.58 1.98 1.73 1.95 2.38 1.52 1.91 1.18 1.06 0.40 0.17 0.27 0.13
N1 1.97 2.20 1.78 1.56 1.91 1.59 1.69 1.23 1.77 2.03 2.15 1.73 2.26 1.86 1.66 1.89 0.77 0.29 0.63 0.14
N3 2.25 2.83 2.05 1.70 2.90 1.62 2.50 1.17 2.32 2.49 3.03 2.92 2.82 2.25 1.83 1.99 0.73 0.28 0.54 0.14
N6 1.13 1.02 1.28 1.08 0.91 0.94 0.98 0.80 1.10 1.10 0.95 0.78 0.98 1.35 1.05 1.00 0.56 0.15 0.43 0.07
N7 1.27 1.41 1.48 1.08 1.77 0.77 1.91 0.54 1.73 1.47 1.55 1.82 1.20 1.70 1.04 0.91 0.37 0.17 0.26 0.12
N9 1.85 2.28 1.89 1.44 2.73 1.19 2.59 0.81 2.27 2.14 2.55 2.93 2.13 2.16 1.49 1.46 0.54 0.20 0.36 0.12
O2' 1.66 2.18 1.66 1.26 2.57 1.03 2.29 0.66 1.99 1.93 2.49 2.91 2.10 1.96 1.36 1.28 0.30 0.38 0.63 0.33
O3' 1.82 2.34 1.89 1.38 2.87 1.07 2.65 0.67 2.28 2.14 2.69 3.26 2.19 2.26 1.45 1.35 0.43 0.30 0.35 0.20
O4' 2.22 2.86 2.22 1.65 3.49 1.31 3.19 0.79 2.74 2.61 3.28 3.95 2.69 2.63 1.75 1.67 0.55 0.25 0.33 0.17
O5' 1.93 2.38 2.15 1.50 3.13 1.01 3.12 0.58 2.67 2.32 2.75 3.50 2.08 2.60 1.49 1.30 0.53 0.04 0.11 0.05
OP1 1.74 2.03 2.10 1.48 2.77 0.92 2.88 0.58 2.50 2.08 2.35 3.09 1.69 2.56 1.42 1.12 0.60 0.27 0.39 0.26
OP2 1.78 1.98 2.21 1.57 2.73 0.96 2.96 0.66 2.62 2.12 2.26 2.97 1.59 2.65 1.46 1.14 0.76 0.54 0.72 0.50
P 1.92 2.24 2.26 1.60 3.00 1.02 3.12 0.64 2.71 2.28 2.57 3.32 1.89 2.74 1.54 1.26 0.68 0.32 0.46 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.12 0.01 0.07 0.00 0.11 0.26 0.26 0.21
C2 0.04 0.00 0.09 0.04 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.10 0.07 0.02 0.28 0.53 0.67 0.47
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.06 0.03 0.18 0.01 0.01 0.01 0.20 0.09 0.19 0.10
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.06 0.04 0.03 0.05 0.09 0.01 0.00 0.01 0.20 0.15 0.26 0.19
C4 0.01 0.02 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.33 0.79 0.87 0.64
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02
C5 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.11 0.04 0.04 0.31 0.87 0.81 0.65
C5' 0.02 0.03 0.03 0.03 0.08 0.01 0.13 0.00 0.14 0.07 0.03 0.08 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.08 0.02 0.03
C6 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.00 0.02 0.02 0.05 0.12 0.03 0.04 0.27 0.78 0.65 0.56
N1 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.03 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.02 0.06 0.01 0.25 0.55 0.56 0.45
N3 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.07 0.02 0.31 0.64 0.79 0.56
N4 0.02 0.02 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.35 0.87 0.95 0.70
O2 0.12 0.01 0.18 0.09 0.02 0.02 0.05 0.03 0.05 0.06 0.00 0.01 0.00 0.25 0.04 0.02 0.29 0.41 0.62 0.42
O2' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.03 0.01 0.11 0.03 0.12 0.02 0.06 0.03 0.25 0.00 0.01 0.01 0.25 0.08 0.34 0.20
O3' 0.07 0.07 0.01 0.00 0.06 0.02 0.04 0.06 0.03 0.06 0.07 0.06 0.04 0.01 0.00 0.03 0.15 0.28 0.28 0.21
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.22 0.26 0.36 0.27
O5' 0.11 0.28 0.20 0.20 0.33 0.02 0.31 0.01 0.27 0.25 0.31 0.35 0.29 0.25 0.15 0.22 0.00 0.04 0.01 0.02
OP1 0.26 0.53 0.09 0.15 0.79 0.04 0.87 0.08 0.78 0.55 0.64 0.87 0.41 0.08 0.28 0.26 0.04 0.00 0.03 0.02
OP2 0.26 0.67 0.19 0.26 0.87 0.04 0.81 0.02 0.65 0.56 0.79 0.95 0.62 0.34 0.28 0.36 0.01 0.03 0.00 0.00
P 0.21 0.47 0.10 0.19 0.64 0.02 0.65 0.03 0.56 0.45 0.56 0.70 0.42 0.20 0.21 0.27 0.02 0.02 0.00 0.00