ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55051

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C1' A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N9 A 0, 0.010, 0.029, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N7 A 0, 0.016, 0.037, 0.057, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.037 std_dev=0.021
C8 A 0, 0.024, 0.049, 0.074, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.049 std_dev=0.025
OP2 B 0, 0.097, 0.401, 0.705, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.401 std_dev=0.304
OP1 B 0, 0.093, 0.525, 0.956, 1.194 max_d=1.194 avg_d=0.525 std_dev=0.432
P B 0, 0.147, 0.631, 1.115, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.631 std_dev=0.484
C5' B 0, 0.223, 0.822, 1.422, 1.526 max_d=1.526 avg_d=0.822 std_dev=0.600
O4' A 0, -0.158, 0.472, 1.103, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.472 std_dev=0.631
C2' A 0, -0.175, 0.533, 1.241, 1.562 max_d=1.562 avg_d=0.533 std_dev=0.708
C3' A 0, -0.237, 0.689, 1.614, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.689 std_dev=0.925
C4' A 0, -0.164, 0.797, 1.758, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.797 std_dev=0.961
O3' A 0, -0.195, 0.785, 1.764, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.785 std_dev=0.980
O5' B 0, 0.083, 1.080, 2.077, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.080 std_dev=0.997
O2' A 0, -0.245, 0.853, 1.950, 2.447 max_d=2.447 avg_d=0.853 std_dev=1.097
C4' B 0, 0.187, 1.363, 2.540, 2.922 max_d=2.922 avg_d=1.363 std_dev=1.177
O5' A 0, -0.089, 1.400, 2.889, 3.526 max_d=3.526 avg_d=1.400 std_dev=1.489
C5' A 0, -0.183, 1.307, 2.797, 3.438 max_d=3.438 avg_d=1.307 std_dev=1.490
C3' B 0, -0.024, 1.783, 3.591, 4.307 max_d=4.307 avg_d=1.783 std_dev=1.807
O4' B 0, 0.116, 2.044, 3.971, 4.670 max_d=4.670 avg_d=2.044 std_dev=1.928
O3' B 0, -0.038, 2.045, 4.128, 4.983 max_d=4.983 avg_d=2.045 std_dev=2.083
P A 0, -0.121, 1.976, 4.072, 4.952 max_d=4.952 avg_d=1.976 std_dev=2.097
OP1 A 0, -0.155, 1.976, 4.107, 5.219 max_d=5.219 avg_d=1.976 std_dev=2.131
OP2 A 0, 0.027, 2.171, 4.316, 5.277 max_d=5.277 avg_d=2.171 std_dev=2.145
C2' B 0, -0.102, 2.512, 5.127, 6.152 max_d=6.152 avg_d=2.512 std_dev=2.615
C1' B 0, -0.063, 2.673, 5.408, 6.478 max_d=6.478 avg_d=2.673 std_dev=2.736
O2' B 0, 0.146, 3.326, 6.507, 7.653 max_d=7.653 avg_d=3.326 std_dev=3.181
N1 B 0, -0.313, 3.105, 6.523, 7.930 max_d=7.930 avg_d=3.105 std_dev=3.418
C6 B 0, -0.537, 3.045, 6.626, 8.675 max_d=8.675 avg_d=3.045 std_dev=3.581
C2 B 0, -0.360, 3.762, 7.885, 9.794 max_d=9.794 avg_d=3.762 std_dev=4.123
O2 B 0, -0.233, 3.975, 8.182, 10.296 max_d=10.296 avg_d=3.975 std_dev=4.208
C5 B 0, -0.764, 3.528, 7.820, 10.128 max_d=10.128 avg_d=3.528 std_dev=4.292
N3 B 0, -0.585, 4.248, 9.081, 11.204 max_d=11.204 avg_d=4.248 std_dev=4.833
C4 B 0, -0.772, 4.119, 9.009, 11.115 max_d=11.115 avg_d=4.119 std_dev=4.890
N4 B 0, -1.024, 4.650, 10.323, 12.781 max_d=12.781 avg_d=4.650 std_dev=5.673

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.01 0.10 0.17 0.25 0.09
C2 0.01 0.00 0.40 0.30 0.01 0.08 0.02 0.12 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.16 0.08 0.25 0.18 0.45 0.27 0.14
C2' 0.00 0.40 0.00 0.00 0.21 0.02 0.09 0.14 0.17 0.22 0.31 0.40 0.11 0.12 0.00 0.00 0.02 0.02 0.34 0.42 0.47 0.37
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.29 0.00 0.34 0.01 0.37 0.24 0.35 0.26 0.39 0.31 0.21 0.02 0.01 0.02 0.05 0.31 0.14 0.04
C4 0.01 0.01 0.21 0.29 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.13 0.23 0.52 0.29 0.18
C4' 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.00 0.10 0.01 0.07 0.22 0.02 0.09 0.11 0.20 0.09 0.28 0.01 0.00 0.01 0.14 0.22 0.02
C5 0.01 0.02 0.09 0.34 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.27 0.08 0.05 0.35 0.77 0.33 0.32
C5' 0.04 0.12 0.14 0.01 0.05 0.01 0.13 0.00 0.10 0.27 0.06 0.12 0.15 0.26 0.09 0.14 0.17 0.01 0.01 0.12 0.36 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.37 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.20 0.10 0.10 0.36 0.80 0.33 0.34
C8 0.01 0.02 0.22 0.24 0.01 0.22 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.47 0.07 0.17 0.40 0.79 0.37 0.34
N1 0.01 0.00 0.31 0.35 0.00 0.02 0.01 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.19 0.28 0.64 0.30 0.25
N3 0.01 0.00 0.40 0.26 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.12 0.25 0.14 0.35 0.26 0.09
N6 0.01 0.01 0.11 0.39 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.30 0.15 0.06 0.42 0.96 0.35 0.43
N7 0.01 0.02 0.12 0.31 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.13 0.10 0.45 0.95 0.38 0.43
N9 0.00 0.01 0.00 0.21 0.00 0.09 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.07 0.01 0.22 0.48 0.30 0.16
O2' 0.01 0.16 0.00 0.02 0.08 0.28 0.27 0.14 0.20 0.47 0.05 0.20 0.30 0.46 0.22 0.00 0.02 0.18 0.21 0.35 0.36 0.28
O3' 0.27 0.08 0.02 0.01 0.06 0.01 0.08 0.17 0.10 0.07 0.06 0.12 0.15 0.13 0.07 0.02 0.00 0.17 0.17 0.19 0.63 0.25
O4' 0.01 0.25 0.02 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.10 0.17 0.19 0.25 0.06 0.10 0.01 0.18 0.17 0.00 0.07 0.26 0.06 0.03
O5' 0.10 0.18 0.34 0.05 0.23 0.01 0.35 0.01 0.36 0.40 0.28 0.14 0.42 0.45 0.22 0.21 0.17 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.17 0.45 0.42 0.31 0.52 0.14 0.77 0.12 0.80 0.79 0.64 0.35 0.96 0.95 0.48 0.35 0.19 0.26 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.27 0.47 0.14 0.29 0.22 0.33 0.36 0.33 0.37 0.30 0.26 0.35 0.38 0.30 0.36 0.63 0.06 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.14 0.37 0.04 0.18 0.02 0.32 0.02 0.34 0.34 0.25 0.09 0.43 0.43 0.16 0.28 0.25 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.93 0.46 0.64 1.34 0.11 1.20 0.33 0.88 0.67 1.25 1.60 0.91 0.74 1.35 0.55 0.58 0.16 0.19 0.17
C2 0.83 1.68 0.22 0.11 1.95 0.32 1.72 0.43 1.40 1.31 1.97 2.17 1.71 0.15 0.76 0.98 0.75 0.23 0.19 0.16
C2' 0.45 1.04 0.25 0.43 1.47 0.27 1.37 0.61 1.07 0.87 1.34 1.71 0.93 0.55 1.16 0.83 0.81 0.17 0.45 0.39
C3' 0.67 1.19 0.04 0.14 1.57 0.55 1.48 0.87 1.22 1.03 1.45 1.78 1.09 0.25 0.75 1.04 1.02 0.41 0.70 0.62
C4 0.32 1.10 0.33 0.54 1.39 0.10 1.22 0.38 0.93 0.76 1.37 1.61 1.17 0.56 1.20 0.61 0.63 0.16 0.19 0.18
C4' 0.42 1.03 0.24 0.40 1.40 0.26 1.26 0.56 0.97 0.80 1.31 1.63 1.00 0.49 1.05 0.77 0.72 0.14 0.32 0.29
C5 0.15 0.89 0.54 0.68 1.07 0.13 0.96 0.38 0.73 0.51 1.12 1.27 1.10 0.78 1.30 0.44 0.59 0.14 0.18 0.20
C5' 0.38 0.99 0.27 0.38 1.28 0.31 1.14 0.65 0.88 0.73 1.24 1.50 1.01 0.53 0.99 0.77 0.77 0.17 0.35 0.34
C6 0.25 1.07 0.35 0.51 1.19 0.09 1.06 0.42 0.83 0.65 1.28 1.37 1.32 0.54 1.08 0.51 0.64 0.13 0.17 0.21
C8 0.26 0.60 0.84 0.90 0.82 0.27 0.77 0.33 0.57 0.28 0.82 1.04 0.81 1.15 1.55 0.32 0.51 0.15 0.18 0.20
N1 0.66 1.52 0.09 0.17 1.68 0.27 1.47 0.46 1.20 1.11 1.76 1.87 1.67 0.11 0.77 0.83 0.76 0.20 0.18 0.19
N3 0.66 1.47 0.03 0.28 1.80 0.21 1.59 0.40 1.27 1.14 1.77 2.04 1.46 0.21 0.95 0.86 0.69 0.20 0.19 0.16
N6 0.11 0.85 0.55 0.63 0.84 0.11 0.85 0.39 0.72 0.37 1.00 1.00 1.26 0.74 1.09 0.30 0.56 0.12 0.16 0.25
N7 0.31 0.58 0.88 0.92 0.71 0.28 0.72 0.34 0.58 0.22 0.77 0.91 0.88 1.18 1.54 0.27 0.49 0.15 0.18 0.22
N9 0.16 0.87 0.54 0.70 1.19 0.14 1.06 0.35 0.77 0.56 1.15 1.42 0.94 0.82 1.38 0.49 0.57 0.15 0.19 0.18
O2' 0.16 0.51 0.81 1.00 1.05 0.41 0.97 0.12 0.64 0.37 0.85 1.32 0.35 1.13 1.77 0.29 0.28 0.44 0.12 0.17
O3' 0.53 0.98 0.07 0.22 1.37 0.34 1.31 0.58 1.06 0.87 1.23 1.57 0.84 0.30 0.84 0.85 0.72 0.14 0.45 0.31
O4' 0.20 0.90 0.48 0.65 1.26 0.11 1.11 0.31 0.80 0.62 1.20 1.52 0.93 0.74 1.31 0.52 0.52 0.18 0.12 0.11
O5' 0.43 1.01 0.23 0.25 1.24 0.49 1.12 0.91 0.88 0.75 1.22 1.44 1.08 0.51 0.84 0.87 1.00 0.48 0.66 0.64
OP1 0.65 1.26 0.21 0.26 1.47 0.81 1.34 1.31 1.09 0.97 1.47 1.68 1.37 0.37 0.51 1.12 1.44 1.10 1.19 1.19
OP2 0.23 0.36 0.89 0.84 0.39 0.09 0.38 0.42 0.29 0.03 0.46 0.55 0.59 1.18 1.39 0.31 0.41 0.12 0.06 0.06
P 0.43 0.97 0.23 0.22 1.13 0.58 1.01 1.01 0.80 0.70 1.15 1.30 1.10 0.50 0.73 0.90 1.06 0.59 0.74 0.73

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.06 0.16 0.50 0.20
C2 0.04 0.00 0.17 0.41 0.00 0.31 0.00 0.51 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.32 0.15 0.76 0.80 1.14 1.04
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.06 0.01 0.21 0.04 0.24 0.03 0.11 0.07 0.36 0.00 0.04 0.02 0.09 0.34 0.69 0.24
C3' 0.02 0.41 0.00 0.00 0.16 0.00 0.32 0.01 0.38 0.11 0.33 0.16 0.76 0.02 0.01 0.02 0.03 0.31 0.78 0.21
C4 0.01 0.00 0.06 0.16 0.00 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.19 0.14 0.01 0.34 0.31 0.32 0.51
C4' 0.01 0.31 0.01 0.00 0.10 0.00 0.28 0.00 0.33 0.06 0.25 0.11 0.59 0.11 0.02 0.01 0.01 0.17 0.49 0.09
C5 0.02 0.00 0.21 0.32 0.00 0.28 0.00 0.45 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.33 0.13 0.58 0.65 0.52 0.63
C5' 0.02 0.51 0.04 0.01 0.23 0.00 0.45 0.00 0.50 0.13 0.45 0.25 0.94 0.08 0.12 0.01 0.01 0.06 0.26 0.02
C6 0.02 0.02 0.24 0.38 0.01 0.33 0.00 0.50 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.37 0.17 0.64 0.69 0.53 0.64
N1 0.01 0.01 0.03 0.11 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.10 0.07 0.01 0.20 0.05 0.45 0.33
N3 0.04 0.00 0.11 0.33 0.00 0.25 0.01 0.45 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.14 0.28 0.11 0.69 0.78 0.97 0.99
N4 0.01 0.01 0.07 0.16 0.00 0.11 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.16 0.01 0.37 0.40 0.27 0.55
O2 0.08 0.01 0.36 0.76 0.01 0.59 0.01 0.94 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.65 0.28 1.32 1.47 1.91 1.73
O2' 0.01 0.12 0.00 0.02 0.19 0.11 0.24 0.08 0.21 0.10 0.14 0.21 0.20 0.00 0.11 0.10 0.07 0.35 0.75 0.24
O3' 0.09 0.32 0.04 0.01 0.14 0.02 0.33 0.12 0.37 0.07 0.28 0.16 0.65 0.11 0.00 0.04 0.14 0.28 1.00 0.28
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.13 0.01 0.17 0.01 0.11 0.01 0.28 0.10 0.04 0.00 0.04 0.14 0.29 0.07
O5' 0.06 0.76 0.09 0.03 0.34 0.01 0.58 0.01 0.64 0.20 0.69 0.37 1.32 0.07 0.14 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.16 0.80 0.34 0.31 0.31 0.17 0.65 0.06 0.69 0.05 0.78 0.40 1.47 0.35 0.28 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.50 1.14 0.69 0.78 0.32 0.49 0.52 0.26 0.53 0.45 0.97 0.27 1.91 0.75 1.00 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 1.04 0.24 0.21 0.51 0.09 0.63 0.02 0.64 0.33 0.99 0.55 1.73 0.24 0.28 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00