ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55052

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.035, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.011, 0.024, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.024 std_dev=0.013
N9 A 0, 0.010, 0.024, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.018, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.018 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.006, 0.021, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.028, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.028 std_dev=0.021
C4 A 0, 0.006, 0.028, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.008, 0.031, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.031 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.008, 0.040, 0.071, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.040 std_dev=0.032
N6 A 0, 0.031, 0.066, 0.101, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.066 std_dev=0.035
OP1 B 0, 0.148, 0.337, 0.525, 0.568 max_d=0.568 avg_d=0.337 std_dev=0.189
P B 0, 0.186, 0.402, 0.618, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.402 std_dev=0.216
O5' B 0, 0.199, 0.444, 0.688, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.444 std_dev=0.245
C3' B 0, 0.236, 0.548, 0.859, 0.861 max_d=0.861 avg_d=0.548 std_dev=0.312
O3' B 0, 0.069, 0.398, 0.727, 0.941 max_d=0.941 avg_d=0.398 std_dev=0.329
O2' A 0, 0.015, 0.345, 0.674, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.345 std_dev=0.329
C2' A 0, -0.030, 0.315, 0.660, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.315 std_dev=0.345
O4' A 0, -0.030, 0.334, 0.697, 0.813 max_d=0.813 avg_d=0.334 std_dev=0.364
C5' B 0, 0.225, 0.591, 0.956, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.591 std_dev=0.366
C4' B 0, 0.216, 0.727, 1.238, 1.404 max_d=1.404 avg_d=0.727 std_dev=0.511
C4' A 0, -0.060, 0.476, 1.013, 1.196 max_d=1.196 avg_d=0.476 std_dev=0.537
OP2 B 0, 0.171, 0.719, 1.267, 1.382 max_d=1.382 avg_d=0.719 std_dev=0.548
C3' A 0, -0.053, 0.507, 1.066, 1.265 max_d=1.265 avg_d=0.507 std_dev=0.559
C2' B 0, 0.211, 0.905, 1.600, 1.780 max_d=1.780 avg_d=0.905 std_dev=0.695
O3' A 0, -0.072, 0.701, 1.473, 1.752 max_d=1.752 avg_d=0.701 std_dev=0.772
O4' B 0, 0.227, 1.030, 1.834, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.030 std_dev=0.803
C5' A 0, -0.079, 0.809, 1.698, 2.028 max_d=2.028 avg_d=0.809 std_dev=0.888
O2' B 0, 0.170, 1.073, 1.976, 2.244 max_d=2.244 avg_d=1.073 std_dev=0.903
OP1 A 0, 0.075, 0.991, 1.907, 2.291 max_d=2.291 avg_d=0.991 std_dev=0.916
C1' B 0, 0.188, 1.190, 2.193, 2.418 max_d=2.418 avg_d=1.190 std_dev=1.003
P A 0, -0.012, 1.004, 2.020, 2.442 max_d=2.442 avg_d=1.004 std_dev=1.016
C6 B 0, 0.234, 1.276, 2.318, 2.594 max_d=2.594 avg_d=1.276 std_dev=1.042
O5' A 0, -0.102, 0.981, 2.064, 2.451 max_d=2.451 avg_d=0.981 std_dev=1.083
N1 B 0, 0.186, 1.351, 2.516, 2.844 max_d=2.844 avg_d=1.351 std_dev=1.165
C5 B 0, 0.232, 1.600, 2.968, 3.359 max_d=3.359 avg_d=1.600 std_dev=1.368
OP2 A 0, -0.061, 1.362, 2.785, 3.376 max_d=3.376 avg_d=1.362 std_dev=1.423
C2 B 0, 0.143, 1.695, 3.248, 3.736 max_d=3.736 avg_d=1.695 std_dev=1.552
O2 B 0, 0.087, 1.785, 3.482, 4.045 max_d=4.045 avg_d=1.785 std_dev=1.697
C4 B 0, 0.190, 1.947, 3.704, 4.238 max_d=4.238 avg_d=1.947 std_dev=1.757
N3 B 0, 0.152, 1.974, 3.796, 4.374 max_d=4.374 avg_d=1.974 std_dev=1.822
N4 B 0, 0.176, 2.297, 4.418, 5.068 max_d=5.068 avg_d=2.297 std_dev=2.121

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.05 0.10 0.11
C2 0.02 0.00 0.22 0.23 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.16 0.29 0.11 0.06 0.22 0.07 0.09
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.12 0.01 0.06 0.01 0.10 0.09 0.17 0.22 0.06 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.12 0.16
C3' 0.00 0.23 0.00 0.00 0.13 0.00 0.08 0.02 0.13 0.08 0.20 0.22 0.09 0.03 0.03 0.03 0.00 0.00 0.04 0.05 0.11 0.14
C4 0.01 0.01 0.12 0.13 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.15 0.06 0.07 0.19 0.08 0.12
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.17 0.06 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.09 0.03 0.07 0.27 0.09 0.13
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.00 0.23 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.13 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.15 0.05 0.06 0.30 0.07 0.11
C8 0.02 0.01 0.09 0.08 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.09 0.08 0.11 0.18 0.17 0.18
N1 0.01 0.01 0.17 0.20 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.25 0.08 0.05 0.28 0.06 0.09
N3 0.03 0.00 0.22 0.22 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.27 0.12 0.06 0.17 0.07 0.10
N6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.11 0.04 0.06 0.35 0.07 0.11
N7 0.02 0.01 0.05 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.04 0.05 0.09 0.27 0.14 0.16
N9 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.09 0.13 0.12 0.14
O2' 0.02 0.16 0.01 0.03 0.08 0.05 0.04 0.05 0.07 0.05 0.12 0.16 0.04 0.03 0.01 0.00 0.04 0.06 0.04 0.04 0.12 0.13
O3' 0.01 0.29 0.02 0.00 0.15 0.02 0.09 0.03 0.15 0.09 0.25 0.27 0.11 0.04 0.03 0.04 0.00 0.01 0.08 0.05 0.11 0.14
O4' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.00 0.03 0.01 0.05 0.08 0.08 0.12 0.04 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.09 0.15 0.07 0.05
O5' 0.07 0.06 0.02 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.05 0.06 0.06 0.09 0.09 0.04 0.08 0.09 0.00 0.03 0.03 0.00
OP1 0.05 0.22 0.07 0.05 0.19 0.17 0.27 0.23 0.30 0.18 0.28 0.17 0.35 0.27 0.13 0.04 0.05 0.15 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.10 0.07 0.12 0.11 0.08 0.06 0.09 0.04 0.07 0.17 0.06 0.07 0.07 0.14 0.12 0.12 0.11 0.07 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.11 0.09 0.16 0.14 0.12 0.04 0.13 0.02 0.11 0.18 0.09 0.10 0.11 0.16 0.14 0.13 0.14 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 0.49 0.36 0.19 0.32 0.27 0.26 0.12 0.32 0.44 0.43 0.28 0.57 0.40 0.06 0.46 0.11 0.07 0.11 0.10
C2 0.56 0.62 0.37 0.17 0.51 0.21 0.42 0.07 0.44 0.55 0.60 0.49 0.69 0.37 0.06 0.48 0.09 0.07 0.19 0.10
C2' 0.39 0.37 0.24 0.08 0.21 0.16 0.15 0.07 0.20 0.32 0.31 0.18 0.46 0.29 0.10 0.35 0.04 0.06 0.06 0.04
C3' 0.33 0.31 0.17 0.06 0.17 0.11 0.12 0.08 0.15 0.27 0.26 0.16 0.39 0.22 0.18 0.30 0.06 0.09 0.06 0.06
C4 0.49 0.47 0.34 0.18 0.33 0.25 0.27 0.10 0.31 0.43 0.42 0.28 0.55 0.37 0.05 0.45 0.10 0.05 0.12 0.09
C4' 0.47 0.46 0.30 0.13 0.32 0.22 0.26 0.09 0.30 0.41 0.41 0.28 0.54 0.34 0.05 0.43 0.09 0.05 0.11 0.09
C5 0.43 0.36 0.31 0.18 0.21 0.26 0.18 0.14 0.23 0.35 0.29 0.18 0.43 0.35 0.07 0.43 0.11 0.08 0.08 0.09
C5' 0.46 0.44 0.29 0.13 0.31 0.23 0.26 0.11 0.30 0.40 0.39 0.28 0.51 0.32 0.04 0.44 0.12 0.09 0.14 0.12
C6 0.43 0.38 0.31 0.17 0.24 0.25 0.20 0.12 0.26 0.36 0.32 0.20 0.44 0.34 0.06 0.43 0.11 0.06 0.10 0.09
C8 0.40 0.30 0.30 0.18 0.15 0.27 0.13 0.17 0.18 0.30 0.22 0.16 0.38 0.36 0.10 0.41 0.11 0.12 0.05 0.08
N1 0.51 0.53 0.35 0.17 0.41 0.23 0.35 0.07 0.38 0.49 0.50 0.38 0.59 0.35 0.04 0.47 0.10 0.06 0.17 0.10
N3 0.54 0.59 0.37 0.17 0.47 0.22 0.39 0.07 0.41 0.53 0.56 0.44 0.66 0.37 0.05 0.47 0.09 0.04 0.17 0.10
N6 0.36 0.25 0.27 0.17 0.13 0.25 0.12 0.16 0.16 0.26 0.18 0.15 0.31 0.32 0.10 0.39 0.11 0.10 0.06 0.07
N7 0.38 0.26 0.29 0.18 0.13 0.28 0.12 0.18 0.15 0.26 0.18 0.18 0.33 0.35 0.12 0.40 0.12 0.14 0.05 0.08
N9 0.47 0.42 0.33 0.18 0.26 0.26 0.21 0.13 0.27 0.39 0.35 0.22 0.50 0.38 0.06 0.44 0.11 0.08 0.09 0.09
O2' 0.46 0.46 0.31 0.13 0.30 0.20 0.22 0.08 0.26 0.40 0.41 0.26 0.56 0.35 0.10 0.39 0.06 0.05 0.07 0.05
O3' 0.29 0.28 0.12 0.11 0.15 0.09 0.11 0.13 0.12 0.23 0.23 0.15 0.36 0.17 0.26 0.26 0.10 0.14 0.09 0.10
O4' 0.55 0.54 0.40 0.23 0.39 0.30 0.33 0.16 0.38 0.50 0.49 0.34 0.62 0.43 0.09 0.51 0.16 0.13 0.17 0.15
O5' 0.46 0.43 0.29 0.14 0.31 0.25 0.27 0.16 0.32 0.41 0.39 0.29 0.49 0.33 0.03 0.47 0.16 0.13 0.18 0.17
OP1 0.71 0.60 0.60 0.51 0.44 0.61 0.44 0.55 0.53 0.61 0.52 0.37 0.66 0.65 0.44 0.74 0.53 0.56 0.47 0.50
OP2 0.39 0.32 0.22 0.09 0.21 0.23 0.18 0.16 0.23 0.32 0.27 0.20 0.38 0.27 0.07 0.42 0.15 0.14 0.14 0.15
P 0.46 0.37 0.31 0.18 0.23 0.31 0.21 0.24 0.28 0.37 0.30 0.21 0.44 0.37 0.06 0.49 0.22 0.21 0.17 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.05 0.07 0.09
C2 0.02 0.00 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.06 0.02 0.13 0.09 0.12 0.08
C2' 0.01 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.05 0.08 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.07 0.06
C3' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.04 0.07 0.06 0.02 0.01 0.03 0.03 0.08 0.07 0.03
C4 0.01 0.01 0.04 0.06 0.00 0.06 0.00 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.08 0.03 0.20 0.19 0.21 0.17
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.08 0.03 0.03 0.07 0.04 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.03 0.22 0.20 0.20 0.18
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.14 0.01 0.17 0.00 0.15 0.09 0.10 0.16 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.00 0.03 0.06 0.01 0.08 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.03 0.19 0.13 0.11 0.11
N1 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.12 0.08 0.09 0.07
N3 0.02 0.00 0.05 0.04 0.00 0.03 0.01 0.10 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.16 0.14 0.17 0.13
N4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.04 0.10 0.04 0.22 0.24 0.27 0.22
O2 0.03 0.00 0.08 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.09 0.03 0.10 0.05 0.09 0.06
O2' 0.04 0.05 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.01 0.05 0.04 0.09 0.00 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.07
O3' 0.02 0.06 0.03 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.06 0.03 0.08 0.10 0.09 0.05 0.00 0.03 0.07 0.12 0.08 0.04
O4' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.00 0.02 0.11 0.13 0.14
O5' 0.04 0.13 0.03 0.03 0.20 0.01 0.22 0.00 0.19 0.12 0.16 0.22 0.10 0.03 0.07 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.05 0.09 0.05 0.08 0.19 0.03 0.20 0.03 0.13 0.08 0.14 0.24 0.05 0.03 0.12 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.07 0.12 0.07 0.07 0.21 0.04 0.20 0.02 0.11 0.09 0.17 0.27 0.09 0.07 0.08 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.08 0.06 0.03 0.17 0.05 0.18 0.01 0.11 0.07 0.13 0.22 0.06 0.07 0.04 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00