ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55053

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.007, 0.021, 0.036, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.011, 0.031, 0.051, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.009, 0.029, 0.049, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.020
N1 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.033 std_dev=0.023
N3 A 0, 0.012, 0.037, 0.062, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.037 std_dev=0.025
N7 A 0, 0.016, 0.043, 0.070, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.027
C2 A 0, 0.005, 0.033, 0.061, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.033 std_dev=0.028
N6 A 0, 0.013, 0.057, 0.101, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.057 std_dev=0.044
C2' A 0, -0.054, 0.171, 0.395, 0.554 max_d=0.554 avg_d=0.171 std_dev=0.224
O5' B 0, 0.078, 0.306, 0.534, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.306 std_dev=0.228
O4' A 0, -0.076, 0.176, 0.428, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.176 std_dev=0.252
C5' B 0, 0.103, 0.373, 0.642, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.373 std_dev=0.269
C4' B 0, 0.120, 0.414, 0.709, 0.708 max_d=0.708 avg_d=0.414 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.142, 0.437, 0.731, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.437 std_dev=0.294
C4 B 0, 0.119, 0.425, 0.731, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.425 std_dev=0.306
O4' B 0, 0.194, 0.511, 0.828, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.511 std_dev=0.317
N4 B 0, 0.088, 0.419, 0.750, 0.926 max_d=0.926 avg_d=0.419 std_dev=0.331
C4' A 0, -0.085, 0.259, 0.602, 0.847 max_d=0.847 avg_d=0.259 std_dev=0.344
N1 B 0, 0.181, 0.535, 0.889, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.535 std_dev=0.354
C6 B 0, 0.164, 0.519, 0.875, 0.967 max_d=0.967 avg_d=0.519 std_dev=0.355
C2 B 0, 0.178, 0.535, 0.891, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.535 std_dev=0.356
P B 0, 0.135, 0.513, 0.890, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.513 std_dev=0.378
N3 B 0, 0.131, 0.514, 0.896, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.514 std_dev=0.382
O3' B 0, 0.138, 0.531, 0.924, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.531 std_dev=0.393
O2 B 0, 0.233, 0.638, 1.043, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.638 std_dev=0.405
C1' B 0, 0.158, 0.587, 1.016, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.587 std_dev=0.429
C3' B 0, 0.138, 0.572, 1.005, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.572 std_dev=0.434
OP1 B 0, 0.182, 0.642, 1.102, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.642 std_dev=0.460
OP2 B 0, 0.138, 0.659, 1.180, 1.457 max_d=1.457 avg_d=0.659 std_dev=0.521
C3' A 0, -0.195, 0.428, 1.052, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.428 std_dev=0.624
O2' A 0, -0.250, 0.446, 1.143, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.446 std_dev=0.697
C2' B 0, 0.039, 0.746, 1.454, 1.889 max_d=1.889 avg_d=0.746 std_dev=0.708
C5' A 0, -0.199, 0.558, 1.314, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.558 std_dev=0.757
O5' A 0, -0.045, 0.799, 1.643, 2.209 max_d=2.209 avg_d=0.799 std_dev=0.844
O3' A 0, -0.393, 0.749, 1.892, 2.724 max_d=2.724 avg_d=0.749 std_dev=1.142
O2' B 0, -0.103, 1.119, 2.340, 3.184 max_d=3.184 avg_d=1.119 std_dev=1.221
P A 0, -0.323, 1.124, 2.571, 3.609 max_d=3.609 avg_d=1.124 std_dev=1.447
OP1 A 0, -0.455, 1.345, 3.145, 4.445 max_d=4.445 avg_d=1.345 std_dev=1.800
OP2 A 0, -0.500, 1.464, 3.428, 4.847 max_d=4.847 avg_d=1.464 std_dev=1.964

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.01 0.26 0.31 0.39 0.30
C2 0.05 0.00 0.05 0.11 0.02 0.18 0.02 0.35 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.03 0.02 0.33 0.25 0.18 0.69 0.75 1.26 0.86
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.09 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.41 0.28 0.32
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.17 0.00 0.26 0.02 0.24 0.36 0.18 0.08 0.26 0.36 0.21 0.02 0.00 0.01 0.33 0.44 0.29 0.38
C4 0.01 0.02 0.05 0.17 0.00 0.14 0.01 0.24 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.27 0.09 0.09 0.66 0.80 1.10 0.82
C4' 0.01 0.18 0.02 0.00 0.14 0.00 0.14 0.01 0.16 0.11 0.18 0.16 0.15 0.13 0.09 0.26 0.03 0.00 0.01 0.10 0.10 0.04
C5 0.01 0.02 0.04 0.26 0.01 0.14 0.00 0.23 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.08 0.03 0.76 1.07 1.36 1.04
C5' 0.01 0.35 0.09 0.02 0.24 0.01 0.23 0.00 0.29 0.08 0.34 0.30 0.26 0.16 0.11 0.15 0.14 0.02 0.01 0.06 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.16 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.02 0.07 0.79 1.11 1.52 1.11
C8 0.02 0.03 0.02 0.36 0.01 0.11 0.01 0.08 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.14 0.31 0.07 0.66 1.05 1.01 0.90
N1 0.04 0.00 0.05 0.18 0.02 0.18 0.02 0.34 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.35 0.13 0.14 0.77 0.96 1.45 1.02
N3 0.05 0.01 0.05 0.08 0.01 0.16 0.01 0.30 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.29 0.28 0.18 0.61 0.63 1.05 0.73
N6 0.01 0.03 0.07 0.26 0.01 0.15 0.01 0.26 0.01 0.04 0.03 0.02 0.00 0.04 0.02 0.36 0.10 0.03 0.81 1.25 1.64 1.20
N7 0.01 0.03 0.02 0.36 0.02 0.13 0.01 0.16 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.22 0.30 0.04 0.77 1.24 1.36 1.11
N9 0.00 0.02 0.01 0.21 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.16 0.02 0.00 0.55 0.71 0.83 0.68
O2' 0.02 0.33 0.01 0.02 0.27 0.26 0.29 0.15 0.34 0.14 0.35 0.29 0.36 0.22 0.16 0.00 0.03 0.22 0.36 0.44 0.32 0.39
O3' 0.20 0.25 0.01 0.00 0.09 0.03 0.08 0.14 0.02 0.31 0.13 0.28 0.10 0.30 0.02 0.03 0.00 0.16 0.25 0.45 0.28 0.35
O4' 0.01 0.18 0.01 0.01 0.09 0.00 0.03 0.02 0.07 0.07 0.14 0.18 0.03 0.04 0.00 0.22 0.16 0.00 0.05 0.09 0.09 0.06
O5' 0.26 0.69 0.26 0.33 0.66 0.01 0.76 0.01 0.79 0.66 0.77 0.61 0.81 0.77 0.55 0.36 0.25 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01
OP1 0.31 0.75 0.41 0.44 0.80 0.10 1.07 0.06 1.11 1.05 0.96 0.63 1.25 1.24 0.71 0.44 0.45 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.39 1.26 0.28 0.29 1.10 0.10 1.36 0.25 1.52 1.01 1.45 1.05 1.64 1.36 0.83 0.32 0.28 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00
P 0.30 0.86 0.32 0.38 0.82 0.04 1.04 0.02 1.11 0.90 1.02 0.73 1.20 1.11 0.68 0.39 0.35 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.12 0.14 0.19 0.09 0.22 0.21 0.11 0.27 0.18 0.19 0.22 0.15 0.12 0.10 0.25 0.22 0.34 0.48 0.37
C2 0.39 0.21 0.30 0.31 0.17 0.30 0.26 0.16 0.44 0.27 0.39 0.33 0.35 0.37 0.25 0.30 0.25 0.30 0.45 0.38
C2' 0.23 0.13 0.10 0.18 0.13 0.25 0.13 0.14 0.21 0.16 0.21 0.29 0.15 0.09 0.10 0.28 0.24 0.38 0.50 0.40
C3' 0.18 0.28 0.31 0.21 0.34 0.12 0.25 0.20 0.19 0.22 0.34 0.44 0.27 0.41 0.27 0.12 0.13 0.05 0.11 0.06
C4 0.23 0.21 0.12 0.19 0.20 0.23 0.20 0.12 0.30 0.16 0.36 0.37 0.29 0.11 0.11 0.26 0.22 0.33 0.48 0.37
C4' 0.16 0.27 0.23 0.14 0.28 0.09 0.15 0.10 0.12 0.19 0.33 0.38 0.28 0.36 0.26 0.10 0.03 0.13 0.27 0.16
C5 0.12 0.33 0.11 0.09 0.31 0.17 0.08 0.09 0.18 0.11 0.45 0.41 0.41 0.17 0.05 0.21 0.20 0.33 0.48 0.37
C5' 0.49 0.59 0.58 0.43 0.61 0.31 0.50 0.29 0.46 0.52 0.64 0.68 0.60 0.82 0.61 0.30 0.17 0.07 0.15 0.04
C6 0.13 0.41 0.11 0.11 0.33 0.17 0.08 0.10 0.21 0.12 0.51 0.39 0.52 0.13 0.06 0.21 0.21 0.33 0.47 0.38
C8 0.10 0.25 0.14 0.06 0.25 0.15 0.05 0.09 0.11 0.11 0.34 0.37 0.30 0.26 0.05 0.21 0.18 0.35 0.46 0.35
N1 0.28 0.35 0.18 0.24 0.26 0.26 0.18 0.15 0.36 0.15 0.49 0.36 0.50 0.22 0.19 0.27 0.25 0.31 0.45 0.38
N3 0.36 0.15 0.27 0.28 0.13 0.28 0.28 0.14 0.41 0.27 0.32 0.32 0.24 0.31 0.21 0.30 0.24 0.31 0.47 0.38
N6 0.13 0.51 0.29 0.07 0.36 0.07 0.08 0.03 0.06 0.25 0.55 0.38 0.62 0.33 0.08 0.12 0.16 0.33 0.49 0.38
N7 0.09 0.34 0.22 0.04 0.33 0.12 0.08 0.07 0.07 0.16 0.43 0.42 0.40 0.35 0.08 0.18 0.17 0.35 0.47 0.35
N9 0.20 0.17 0.09 0.16 0.16 0.21 0.17 0.11 0.25 0.14 0.28 0.31 0.22 0.09 0.08 0.25 0.21 0.34 0.48 0.37
O2' 0.46 0.14 0.31 0.43 0.07 0.52 0.25 0.43 0.40 0.34 0.13 0.29 0.11 0.26 0.36 0.53 0.53 0.68 0.78 0.71
O3' 0.24 0.19 0.09 0.14 0.08 0.22 0.08 0.06 0.11 0.18 0.13 0.14 0.23 0.11 0.09 0.28 0.06 0.09 0.14 0.12
O4' 0.14 0.18 0.11 0.12 0.14 0.13 0.12 0.07 0.15 0.11 0.26 0.26 0.23 0.16 0.12 0.15 0.17 0.29 0.46 0.32
O5' 0.76 0.71 0.85 0.74 0.70 0.68 0.77 0.73 0.78 0.77 0.67 0.63 0.67 1.03 0.88 0.64 0.66 0.57 0.47 0.56
OP1 1.02 0.71 1.22 1.13 0.70 1.03 1.03 1.18 1.11 0.97 0.57 0.50 0.60 1.39 1.21 0.92 1.20 1.26 1.25 1.24
OP2 1.75 1.47 1.94 1.79 1.34 1.66 1.67 1.70 1.78 1.69 1.28 1.02 1.40 2.18 1.90 1.56 1.66 1.59 1.51 1.59
P 1.15 0.91 1.30 1.18 0.88 1.08 1.15 1.16 1.21 1.11 0.79 0.68 0.83 1.51 1.30 1.00 1.13 1.11 1.05 1.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.06 0.03 0.02 0.06 0.06 0.11 0.02 0.15 0.01 0.12 0.35 0.21 0.20
C2 0.06 0.00 0.19 0.03 0.03 0.17 0.03 0.28 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.33 0.13 0.26 0.26 0.35 0.23 0.27
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.15 0.14 0.04 0.17 0.08 0.30 0.00 0.01 0.00 0.37 0.70 0.63 0.57
C3' 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.07 0.03 0.06 0.02 0.04 0.07 0.08 0.01 0.00 0.01 0.19 0.54 0.38 0.37
C4 0.05 0.03 0.08 0.06 0.00 0.03 0.01 0.12 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.09 0.12 0.03 0.09 0.13 0.03 0.07
C4' 0.01 0.17 0.01 0.00 0.03 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.13 0.03 0.33 0.06 0.02 0.01 0.02 0.23 0.07 0.09
C5 0.04 0.03 0.09 0.07 0.01 0.14 0.00 0.11 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.29 0.11 0.18 0.12 0.05 0.09 0.08
C5' 0.06 0.28 0.15 0.03 0.12 0.01 0.11 0.00 0.14 0.09 0.26 0.13 0.45 0.09 0.07 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.03 0.01 0.14 0.06 0.01 0.17 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.35 0.11 0.25 0.13 0.08 0.02 0.05
N1 0.02 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.03 0.09 0.01 0.00 0.02 0.04 0.04 0.04 0.13 0.01 0.12 0.27 0.16 0.16
N3 0.06 0.01 0.17 0.04 0.01 0.13 0.01 0.26 0.02 0.02 0.00 0.04 0.03 0.26 0.13 0.20 0.22 0.27 0.16 0.21
N4 0.06 0.05 0.08 0.07 0.01 0.03 0.01 0.13 0.02 0.04 0.04 0.00 0.05 0.10 0.12 0.04 0.08 0.09 0.04 0.04
O2 0.11 0.01 0.30 0.08 0.04 0.33 0.04 0.45 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.64 0.16 0.47 0.40 0.49 0.34 0.41
O2' 0.02 0.33 0.00 0.01 0.09 0.06 0.29 0.09 0.35 0.04 0.26 0.10 0.64 0.00 0.10 0.03 0.38 0.85 0.81 0.67
O3' 0.15 0.13 0.01 0.00 0.12 0.02 0.11 0.07 0.11 0.13 0.13 0.12 0.16 0.10 0.00 0.12 0.11 0.45 0.32 0.27
O4' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.03 0.01 0.18 0.02 0.25 0.01 0.20 0.04 0.47 0.03 0.12 0.00 0.09 0.09 0.13 0.08
O5' 0.12 0.26 0.37 0.19 0.09 0.02 0.12 0.01 0.13 0.12 0.22 0.08 0.40 0.38 0.11 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.35 0.35 0.70 0.54 0.13 0.23 0.05 0.03 0.08 0.27 0.27 0.09 0.49 0.85 0.45 0.09 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.21 0.23 0.63 0.38 0.03 0.07 0.09 0.02 0.02 0.16 0.16 0.04 0.34 0.81 0.32 0.13 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.20 0.27 0.57 0.37 0.07 0.09 0.08 0.02 0.05 0.16 0.21 0.04 0.41 0.67 0.27 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00