ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55054

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.003, 0.008, 0.013, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.002, 0.007, 0.012, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.007 std_dev=0.005
C6 A 0, 0.001, 0.007, 0.012, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.002, 0.009, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.006, 0.014, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.002, 0.011, 0.020, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N7 A 0, 0.001, 0.011, 0.020, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.010
N6 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C8 A 0, 0.001, 0.016, 0.031, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.015
O4' A 0, -0.031, 0.209, 0.449, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.209 std_dev=0.240
C2' A 0, 0.004, 0.269, 0.533, 0.606 max_d=0.606 avg_d=0.269 std_dev=0.265
OP1 B 0, 0.016, 0.301, 0.586, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.301 std_dev=0.285
P B 0, 0.020, 0.393, 0.766, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.393 std_dev=0.373
O5' A 0, -0.009, 0.533, 1.075, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.533 std_dev=0.542
C4' A 0, -0.054, 0.503, 1.061, 1.368 max_d=1.368 avg_d=0.503 std_dev=0.557
C5' A 0, -0.071, 0.522, 1.116, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.522 std_dev=0.593
P A 0, -0.035, 0.622, 1.279, 1.635 max_d=1.635 avg_d=0.622 std_dev=0.657
OP2 B 0, -0.066, 0.599, 1.264, 1.645 max_d=1.645 avg_d=0.599 std_dev=0.665
O2' A 0, 0.009, 0.694, 1.378, 1.495 max_d=1.495 avg_d=0.694 std_dev=0.685
C3' A 0, -0.027, 0.681, 1.389, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.681 std_dev=0.708
OP1 A 0, -0.058, 0.845, 1.748, 2.239 max_d=2.239 avg_d=0.845 std_dev=0.903
O3' A 0, -0.009, 1.266, 2.541, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.266 std_dev=1.275
O5' B 0, -0.210, 1.079, 2.367, 3.193 max_d=3.193 avg_d=1.079 std_dev=1.289
OP2 A 0, -0.458, 1.247, 2.951, 4.154 max_d=4.154 avg_d=1.247 std_dev=1.705
C5' B 0, -0.606, 1.597, 3.800, 5.358 max_d=5.358 avg_d=1.597 std_dev=2.203
C5 B 0, -0.610, 1.715, 4.040, 5.677 max_d=5.677 avg_d=1.715 std_dev=2.325
C6 B 0, -0.757, 1.864, 4.484, 6.351 max_d=6.351 avg_d=1.864 std_dev=2.620
N4 B 0, -0.657, 2.210, 5.077, 7.045 max_d=7.045 avg_d=2.210 std_dev=2.867
C4 B 0, -0.745, 2.265, 5.275, 7.369 max_d=7.369 avg_d=2.265 std_dev=3.010
C4' B 0, -1.027, 2.241, 5.509, 7.858 max_d=7.858 avg_d=2.241 std_dev=3.268
C3' B 0, -1.103, 2.322, 5.748, 8.218 max_d=8.218 avg_d=2.322 std_dev=3.426
O4' B 0, -1.074, 2.496, 6.065, 8.618 max_d=8.618 avg_d=2.496 std_dev=3.569
N1 B 0, -1.049, 2.553, 6.156, 8.724 max_d=8.724 avg_d=2.553 std_dev=3.603
N3 B 0, -0.998, 2.918, 6.834, 9.565 max_d=9.565 avg_d=2.918 std_dev=3.916
C1' B 0, -1.289, 2.794, 6.877, 9.814 max_d=9.814 avg_d=2.794 std_dev=4.083
O3' B 0, -1.481, 2.655, 6.792, 9.802 max_d=9.802 avg_d=2.655 std_dev=4.137
C2' B 0, -1.408, 2.841, 7.090, 10.161 max_d=10.161 avg_d=2.841 std_dev=4.249
C2 B 0, -1.169, 3.089, 7.348, 10.354 max_d=10.354 avg_d=3.089 std_dev=4.259
O2 B 0, -1.449, 3.738, 8.925, 12.594 max_d=12.594 avg_d=3.738 std_dev=5.187
O2' B 0, -1.917, 3.475, 8.866, 12.785 max_d=12.785 avg_d=3.475 std_dev=5.392

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.00 0.06 0.32 0.18 0.10
C2 0.02 0.00 0.12 0.08 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.17 0.44 0.11 0.11 0.46 0.62 0.10
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.06 0.02 0.03 0.17 0.05 0.09 0.10 0.12 0.04 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.36 0.39 0.18 0.33
C3' 0.03 0.08 0.01 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.23 0.32 0.15 0.06 0.29 0.34 0.17 0.04 0.01 0.01 0.03 0.20 0.20 0.11
C4 0.01 0.00 0.06 0.15 0.00 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.21 0.27 0.05 0.13 0.42 0.61 0.11
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.00 0.09 0.01 0.06 0.19 0.01 0.08 0.10 0.18 0.07 0.26 0.04 0.00 0.01 0.21 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.25 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.30 0.16 0.02 0.24 0.45 0.85 0.21
C5' 0.04 0.02 0.17 0.00 0.05 0.01 0.13 0.00 0.12 0.21 0.05 0.04 0.16 0.22 0.07 0.12 0.17 0.02 0.01 0.29 0.26 0.03
C6 0.02 0.00 0.05 0.23 0.01 0.06 0.01 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.20 0.05 0.25 0.48 0.91 0.23
C8 0.01 0.00 0.09 0.32 0.00 0.19 0.00 0.21 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.31 0.17 0.06 0.26 0.37 0.76 0.19
N1 0.02 0.00 0.10 0.15 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.24 0.33 0.08 0.19 0.48 0.79 0.18
N3 0.02 0.00 0.12 0.06 0.00 0.08 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.14 0.46 0.11 0.06 0.43 0.49 0.07
N6 0.02 0.01 0.04 0.29 0.01 0.10 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.34 0.16 0.03 0.31 0.49 1.06 0.30
N7 0.01 0.00 0.06 0.34 0.01 0.18 0.00 0.22 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.35 0.19 0.03 0.31 0.42 0.97 0.28
N9 0.00 0.00 0.02 0.17 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.20 0.15 0.00 0.11 0.37 0.50 0.07
O2' 0.01 0.17 0.00 0.04 0.21 0.26 0.30 0.12 0.30 0.31 0.24 0.14 0.34 0.35 0.20 0.00 0.03 0.18 0.27 0.32 0.13 0.26
O3' 0.30 0.44 0.02 0.01 0.27 0.04 0.16 0.17 0.20 0.17 0.33 0.46 0.16 0.19 0.15 0.03 0.00 0.19 0.13 0.54 0.45 0.32
O4' 0.00 0.11 0.03 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.08 0.11 0.03 0.03 0.00 0.18 0.19 0.00 0.05 0.26 0.06 0.06
O5' 0.06 0.11 0.36 0.03 0.13 0.01 0.24 0.01 0.25 0.26 0.19 0.06 0.31 0.31 0.11 0.27 0.13 0.05 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.32 0.46 0.39 0.20 0.42 0.21 0.45 0.29 0.48 0.37 0.48 0.43 0.49 0.42 0.37 0.32 0.54 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.18 0.62 0.18 0.20 0.61 0.09 0.85 0.26 0.91 0.76 0.79 0.49 1.06 0.97 0.50 0.13 0.45 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.10 0.33 0.11 0.11 0.02 0.21 0.03 0.23 0.19 0.18 0.07 0.30 0.28 0.07 0.26 0.32 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.19 0.85 1.51 1.43 0.58 1.22 0.68 0.85 0.87 0.96 0.67 0.42 0.95 1.80 1.79 1.00 0.52 0.30 0.20 0.19
C2 1.30 1.12 1.30 1.18 0.93 1.31 0.95 1.09 1.08 1.16 1.01 0.81 1.19 1.47 1.23 1.29 0.71 0.27 0.24 0.30
C2' 1.48 1.09 1.86 1.72 0.68 1.49 0.74 1.00 0.99 1.17 0.84 0.47 1.27 2.27 2.16 1.24 0.58 0.27 0.28 0.20
C3' 1.09 0.66 1.54 1.43 0.37 1.13 0.44 0.67 0.64 0.78 0.44 0.35 0.81 1.95 1.92 0.83 0.32 0.31 0.54 0.41
C4 1.09 0.81 1.34 1.29 0.61 1.16 0.70 0.85 0.86 0.91 0.67 0.47 0.88 1.56 1.56 0.96 0.53 0.29 0.21 0.20
C4' 0.89 0.50 1.32 1.26 0.29 0.96 0.40 0.60 0.59 0.65 0.32 0.25 0.57 1.62 1.70 0.67 0.32 0.26 0.28 0.22
C5 0.84 0.56 1.16 1.16 0.42 0.94 0.54 0.66 0.68 0.69 0.44 0.31 0.59 1.33 1.49 0.68 0.41 0.29 0.19 0.16
C5' 0.55 0.19 1.06 1.06 0.28 0.67 0.26 0.35 0.36 0.35 0.24 0.44 0.18 1.33 1.55 0.34 0.17 0.26 0.32 0.31
C6 0.82 0.61 1.03 1.03 0.51 0.92 0.61 0.71 0.72 0.71 0.51 0.41 0.62 1.15 1.24 0.73 0.45 0.29 0.20 0.19
C8 0.77 0.41 1.24 1.26 0.25 0.88 0.39 0.54 0.57 0.57 0.25 0.15 0.45 1.47 1.72 0.54 0.31 0.29 0.17 0.15
N1 1.09 0.92 1.11 1.05 0.79 1.14 0.84 0.97 0.95 0.98 0.83 0.70 0.96 1.23 1.10 1.08 0.64 0.27 0.23 0.28
N3 1.31 1.08 1.41 1.30 0.85 1.33 0.89 1.03 1.04 1.14 0.94 0.71 1.17 1.63 1.45 1.24 0.66 0.28 0.23 0.27
N6 0.51 0.32 0.76 0.82 0.31 0.60 0.43 0.43 0.51 0.44 0.27 0.24 0.30 0.83 1.05 0.38 0.28 0.28 0.17 0.14
N7 0.63 0.29 1.09 1.15 0.18 0.75 0.33 0.45 0.48 0.46 0.16 0.13 0.31 1.28 1.60 0.40 0.25 0.29 0.16 0.14
N9 1.03 0.70 1.38 1.34 0.48 1.10 0.59 0.76 0.77 0.83 0.54 0.34 0.77 1.63 1.71 0.85 0.46 0.30 0.19 0.17
O2' 2.07 1.72 2.40 2.20 1.23 2.02 1.24 1.49 1.51 1.75 1.45 0.98 1.95 2.84 2.59 1.83 1.02 0.48 0.15 0.37
O3' 1.38 0.91 1.83 1.68 0.41 1.42 0.50 0.91 0.80 1.02 0.60 0.16 1.11 2.29 2.17 1.12 0.44 0.14 0.33 0.12
O4' 0.87 0.53 1.24 1.21 0.35 0.94 0.49 0.63 0.66 0.68 0.37 0.23 0.57 1.47 1.57 0.68 0.39 0.31 0.16 0.16
O5' 0.35 0.24 0.89 0.92 0.45 0.46 0.34 0.23 0.29 0.23 0.42 0.63 0.17 1.15 1.46 0.22 0.22 0.32 0.45 0.47
OP1 0.53 0.07 1.21 1.34 0.15 0.75 0.31 0.51 0.48 0.35 0.17 0.29 0.03 1.38 1.92 0.26 0.45 0.76 0.52 0.36
OP2 0.90 1.44 0.28 0.22 1.71 0.67 1.46 0.99 1.20 1.19 1.69 1.95 1.39 0.33 0.67 1.19 1.18 0.94 1.32 1.40
P 0.21 0.57 0.66 0.74 0.76 0.22 0.53 0.24 0.35 0.36 0.78 0.95 0.56 0.90 1.34 0.41 0.33 0.24 0.43 0.53

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03
C2 0.02 0.00 0.19 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.16 0.19 0.09 0.05 0.05 0.15 0.07
C2' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.10 0.01 0.04 0.01 0.07 0.05 0.17 0.10 0.29 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.05 0.03
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.13 0.01 0.12 0.01 0.11 0.07 0.16 0.14 0.20 0.01 0.01 0.01 0.04 0.12 0.06 0.05
C4 0.02 0.00 0.10 0.13 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.16 0.02 0.15 0.18 0.26 0.20
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.13 0.04 0.02 0.06 0.07 0.03 0.01 0.00 0.01 0.09 0.01 0.01
C5 0.02 0.01 0.04 0.12 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.09 0.24 0.26 0.29 0.29
C5' 0.02 0.01 0.01 0.01 0.11 0.00 0.21 0.00 0.21 0.07 0.03 0.10 0.07 0.03 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.13 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.12 0.13 0.23 0.22 0.22 0.25
N1 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.09 0.09 0.13 0.11
N3 0.02 0.00 0.17 0.16 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.19 0.08 0.08 0.10 0.20 0.11
N4 0.01 0.01 0.10 0.14 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.17 0.03 0.16 0.20 0.29 0.21
O2 0.04 0.00 0.29 0.20 0.01 0.07 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.28 0.27 0.14 0.04 0.02 0.13 0.06
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.07 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.15 0.08 0.28 0.00 0.04 0.02 0.03 0.13 0.04 0.02
O3' 0.02 0.19 0.02 0.01 0.16 0.01 0.14 0.03 0.12 0.08 0.19 0.17 0.27 0.04 0.00 0.01 0.03 0.22 0.15 0.12
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.02 0.00 0.09 0.02 0.13 0.01 0.08 0.03 0.14 0.02 0.01 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
O5' 0.02 0.05 0.05 0.04 0.15 0.01 0.24 0.00 0.23 0.09 0.08 0.16 0.04 0.03 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.05 0.05 0.10 0.12 0.18 0.09 0.26 0.06 0.22 0.09 0.10 0.20 0.02 0.13 0.22 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.04 0.15 0.05 0.06 0.26 0.01 0.29 0.01 0.22 0.13 0.20 0.29 0.13 0.04 0.15 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.03 0.05 0.20 0.01 0.29 0.00 0.25 0.11 0.11 0.21 0.06 0.02 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00