ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55055

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.009, 0.014, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.013 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.017 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.004, 0.015, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.015 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.002, 0.017, 0.031, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.005, 0.022, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.016
O4' A 0, 0.004, 0.027, 0.049, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.027 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.012, 0.035, 0.058, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.035 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.018, 0.042, 0.066, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.042 std_dev=0.024
C8 A 0, 0.008, 0.038, 0.068, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.038 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.034, 0.084, 0.134, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.084 std_dev=0.050
C3' A 0, 0.040, 0.096, 0.152, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.096 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.010, 0.067, 0.124, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.067 std_dev=0.057
O2' A 0, 0.046, 0.119, 0.193, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.119 std_dev=0.074
C5' A 0, 0.028, 0.112, 0.196, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.112 std_dev=0.084
O3' A 0, 0.055, 0.145, 0.235, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.145 std_dev=0.090
O5' A 0, 0.034, 0.243, 0.451, 0.493 max_d=0.493 avg_d=0.243 std_dev=0.208
C5 B 0, 0.154, 0.379, 0.604, 0.591 max_d=0.591 avg_d=0.379 std_dev=0.225
C6 B 0, 0.121, 0.360, 0.599, 0.673 max_d=0.673 avg_d=0.360 std_dev=0.239
C4 B 0, 0.166, 0.415, 0.664, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.415 std_dev=0.249
N4 B 0, 0.195, 0.461, 0.727, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.461 std_dev=0.266
C5' B 0, 0.114, 0.393, 0.671, 0.786 max_d=0.786 avg_d=0.393 std_dev=0.279
O5' B 0, 0.102, 0.411, 0.719, 0.867 max_d=0.867 avg_d=0.411 std_dev=0.309
N3 B 0, 0.211, 0.537, 0.862, 0.869 max_d=0.869 avg_d=0.537 std_dev=0.325
N1 B 0, 0.184, 0.519, 0.853, 0.927 max_d=0.927 avg_d=0.519 std_dev=0.335
C4' B 0, 0.166, 0.507, 0.848, 0.957 max_d=0.957 avg_d=0.507 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.151, 0.499, 0.847, 0.901 max_d=0.901 avg_d=0.499 std_dev=0.348
O4' B 0, 0.168, 0.525, 0.882, 1.002 max_d=1.002 avg_d=0.525 std_dev=0.357
P B 0, 0.064, 0.423, 0.782, 0.990 max_d=0.990 avg_d=0.423 std_dev=0.359
OP1 B 0, 0.097, 0.466, 0.836, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.466 std_dev=0.370
P A 0, 0.069, 0.449, 0.829, 0.883 max_d=0.883 avg_d=0.449 std_dev=0.380
C2 B 0, 0.250, 0.637, 1.023, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.637 std_dev=0.387
C3' B 0, 0.211, 0.605, 1.000, 1.097 max_d=1.097 avg_d=0.605 std_dev=0.394
OP2 B 0, 0.103, 0.498, 0.894, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.498 std_dev=0.396
C1' B 0, 0.223, 0.641, 1.058, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.641 std_dev=0.417
O3' B 0, 0.275, 0.730, 1.186, 1.242 max_d=1.242 avg_d=0.730 std_dev=0.456
C2' B 0, 0.256, 0.719, 1.182, 1.283 max_d=1.283 avg_d=0.719 std_dev=0.463
O2 B 0, 0.351, 0.853, 1.354, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.853 std_dev=0.502
OP2 A 0, 0.189, 0.718, 1.247, 1.275 max_d=1.275 avg_d=0.718 std_dev=0.529
O2' B 0, 0.333, 0.905, 1.478, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.905 std_dev=0.573

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.03 0.02 0.02 0.06 0.11 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.03 0.05 0.02 0.08 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.10 0.05
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.03 0.04 0.00 0.09 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.05 0.07 0.11 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.06 0.02 0.01 0.02 0.05 0.10 0.03
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.03 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C5 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.07 0.05 0.01 0.02 0.05 0.09 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.07 0.02 0.03 0.05 0.08 0.02
C8 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.03 0.04 0.07 0.03
N1 0.03 0.00 0.05 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.05 0.02 0.01 0.06 0.10 0.03
N3 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.03 0.06 0.11 0.04
N6 0.03 0.00 0.08 0.09 0.02 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.10 0.10 0.03 0.05 0.05 0.05 0.04
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.05 0.08 0.03
N9 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.03 0.09 0.03
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.09 0.03 0.09 0.06 0.10 0.05 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.07 0.10 0.05
O3' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.05 0.01 0.10 0.05 0.02 0.04 0.00 0.01 0.06 0.09 0.12 0.08
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
O5' 0.02 0.02 0.04 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.02 0.05 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.02 0.06 0.06 0.07 0.05 0.01 0.05 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.05 0.05 0.03 0.07 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.11 0.10 0.11 0.10 0.04 0.09 0.02 0.08 0.07 0.10 0.11 0.05 0.08 0.09 0.10 0.12 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.04 0.05 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.08 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.09 0.07 0.03 0.13 0.02 0.11 0.06 0.08 0.07 0.11 0.17 0.08 0.07 0.03 0.04 0.05 0.14 0.09 0.09
C2 0.04 0.08 0.05 0.01 0.13 0.03 0.11 0.07 0.07 0.05 0.11 0.18 0.07 0.06 0.05 0.03 0.07 0.16 0.11 0.12
C2' 0.06 0.09 0.06 0.02 0.12 0.04 0.11 0.06 0.08 0.07 0.11 0.16 0.08 0.06 0.03 0.05 0.06 0.14 0.10 0.10
C3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.11 0.04 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.13 0.07 0.04 0.04 0.06 0.07 0.15 0.11 0.11
C4 0.04 0.07 0.06 0.03 0.12 0.02 0.10 0.06 0.07 0.05 0.10 0.17 0.07 0.06 0.04 0.03 0.05 0.15 0.09 0.10
C4' 0.05 0.08 0.05 0.02 0.11 0.03 0.10 0.06 0.08 0.06 0.10 0.15 0.07 0.05 0.03 0.05 0.06 0.14 0.09 0.10
C5 0.04 0.08 0.06 0.03 0.12 0.02 0.11 0.06 0.07 0.06 0.11 0.17 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.16 0.07 0.10
C5' 0.04 0.06 0.03 0.01 0.10 0.05 0.10 0.08 0.08 0.06 0.08 0.13 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.16 0.11 0.12
C6 0.03 0.08 0.05 0.03 0.13 0.03 0.11 0.07 0.07 0.06 0.11 0.18 0.08 0.05 0.06 0.02 0.05 0.19 0.07 0.11
C8 0.04 0.07 0.06 0.03 0.11 0.02 0.10 0.06 0.07 0.05 0.10 0.15 0.07 0.06 0.05 0.03 0.04 0.14 0.06 0.09
N1 0.04 0.09 0.05 0.02 0.14 0.02 0.12 0.07 0.08 0.06 0.12 0.20 0.08 0.05 0.06 0.02 0.06 0.18 0.09 0.11
N3 0.04 0.07 0.05 0.01 0.11 0.03 0.10 0.07 0.07 0.05 0.10 0.17 0.06 0.06 0.04 0.03 0.06 0.15 0.11 0.11
N6 0.03 0.09 0.04 0.05 0.14 0.04 0.12 0.08 0.07 0.06 0.12 0.19 0.08 0.04 0.08 0.02 0.05 0.22 0.03 0.11
N7 0.03 0.08 0.06 0.04 0.12 0.02 0.10 0.06 0.07 0.05 0.10 0.16 0.07 0.06 0.06 0.03 0.04 0.15 0.05 0.08
N9 0.04 0.07 0.06 0.03 0.12 0.02 0.10 0.06 0.07 0.06 0.10 0.16 0.07 0.06 0.04 0.03 0.05 0.14 0.08 0.10
O2' 0.12 0.14 0.11 0.07 0.17 0.07 0.15 0.06 0.12 0.12 0.16 0.21 0.14 0.12 0.02 0.10 0.06 0.12 0.07 0.07
O3' 0.06 0.08 0.03 0.02 0.10 0.05 0.10 0.07 0.08 0.07 0.09 0.13 0.08 0.04 0.05 0.06 0.07 0.16 0.12 0.12
O4' 0.05 0.08 0.07 0.03 0.12 0.02 0.11 0.06 0.07 0.06 0.10 0.16 0.08 0.07 0.04 0.04 0.04 0.14 0.08 0.09
O5' 0.06 0.06 0.03 0.04 0.08 0.07 0.10 0.10 0.09 0.07 0.06 0.10 0.05 0.02 0.05 0.08 0.09 0.17 0.12 0.14
OP1 0.17 0.16 0.12 0.12 0.17 0.16 0.18 0.18 0.18 0.17 0.16 0.17 0.15 0.12 0.11 0.19 0.17 0.23 0.20 0.21
OP2 0.18 0.16 0.14 0.14 0.16 0.18 0.18 0.20 0.19 0.18 0.15 0.15 0.15 0.14 0.14 0.20 0.19 0.25 0.21 0.23
P 0.10 0.09 0.06 0.07 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11 0.09 0.10 0.08 0.06 0.07 0.13 0.12 0.19 0.15 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.06 0.04
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.04 0.04 0.09 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.04 0.05 0.02 0.00 0.00 0.03 0.08 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.06 0.09 0.13 0.09
C4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.07 0.11 0.14 0.10
C5' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.08 0.12 0.09
N1 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.05 0.09 0.07
N3 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.05 0.07 0.11 0.08
N4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.06 0.11 0.13 0.09
O2 0.02 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.07 0.03 0.03 0.03 0.08 0.05
O2' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.03 0.07 0.01 0.03
O3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.05 0.04 0.07 0.03 0.00 0.02 0.05 0.12 0.07 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.03 0.03 0.06 0.05
O5' 0.02 0.04 0.01 0.03 0.06 0.00 0.07 0.00 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.03 0.05 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.04 0.05 0.08 0.09 0.02 0.11 0.01 0.08 0.05 0.07 0.11 0.03 0.07 0.12 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.09 0.01 0.04 0.13 0.01 0.14 0.02 0.12 0.09 0.11 0.13 0.08 0.01 0.07 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.06 0.01 0.04 0.09 0.01 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.09 0.05 0.03 0.08 0.05 0.00 0.01 0.01 0.00