ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55059

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C8 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2' A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4' A 0, 0.000, 0.034, 0.068, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.034 std_dev=0.034
C3' A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O3' A 0, 0.000, 0.035, 0.071, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.035
O2' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
C4' A 0, 0.000, 0.043, 0.087, 0.087 max_d=0.087 avg_d=0.043 std_dev=0.043
P B 0, 0.000, 0.069, 0.138, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.069 std_dev=0.069
C5' A 0, 0.000, 0.074, 0.147, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.074 std_dev=0.074
O5' A 0, 0.000, 0.077, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.077 std_dev=0.077
P A 0, 0.000, 0.107, 0.213, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.107 std_dev=0.107
OP2 A 0, 0.000, 0.109, 0.217, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C5 B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C6 B 0, 0.000, 0.152, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.152 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.000, 0.152, 0.305, 0.305 max_d=0.305 avg_d=0.152 std_dev=0.152
N3 B 0, 0.000, 0.153, 0.307, 0.307 max_d=0.307 avg_d=0.153 std_dev=0.153
OP1 A 0, 0.000, 0.155, 0.311, 0.311 max_d=0.311 avg_d=0.155 std_dev=0.155
C2 B 0, 0.000, 0.169, 0.337, 0.337 max_d=0.337 avg_d=0.169 std_dev=0.169
OP2 B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
OP1 B 0, 0.000, 0.212, 0.424, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.212 std_dev=0.212
N1 B 0, 0.000, 0.216, 0.433, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.216 std_dev=0.216
N4 B 0, 0.000, 0.233, 0.465, 0.465 max_d=0.465 avg_d=0.233 std_dev=0.233
O4' B 0, 0.000, 0.239, 0.478, 0.478 max_d=0.478 avg_d=0.239 std_dev=0.239
O2 B 0, 0.000, 0.289, 0.578, 0.578 max_d=0.578 avg_d=0.289 std_dev=0.289
C4' B 0, 0.000, 0.293, 0.586, 0.586 max_d=0.586 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C1' B 0, 0.000, 0.316, 0.632, 0.632 max_d=0.632 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O5' B 0, 0.000, 0.331, 0.662, 0.662 max_d=0.662 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C3' B 0, 0.000, 0.429, 0.858, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.429 std_dev=0.429
C5' B 0, 0.000, 0.492, 0.985, 0.985 max_d=0.985 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C2' B 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
O3' B 0, 0.000, 0.764, 1.529, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.764 std_dev=0.764
O2' B 0, 0.000, 1.381, 2.762, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.381 std_dev=1.381

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01
C2 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00
C2' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.00
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
C4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.00
C5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.05 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01
C6 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.05 0.01
N1 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00
N6 0.02 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02
N7 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.04 0.00
N9 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.03 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.05 0.02 0.01
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01
O5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.03 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.02 0.02 0.03 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.00 0.03 0.05 0.04 0.04 0.01 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.17 0.06 0.01 0.23 0.01 0.14 0.06 0.24 0.11 0.14 0.00 0.04 0.06 0.49 0.31 0.11 0.16 0.07 0.06 0.03
C2 0.16 0.04 0.00 0.24 0.00 0.16 0.05 0.27 0.10 0.13 0.01 0.05 0.04 0.50 0.34 0.10 0.17 0.02 0.04 0.03
C2' 0.16 0.05 0.00 0.25 0.00 0.14 0.05 0.24 0.11 0.13 0.01 0.05 0.05 0.53 0.34 0.10 0.13 0.07 0.06 0.03
C3' 0.17 0.06 0.01 0.24 0.02 0.11 0.07 0.20 0.12 0.15 0.01 0.03 0.06 0.50 0.29 0.13 0.14 0.10 0.06 0.04
C4 0.16 0.05 0.05 0.23 0.01 0.14 0.06 0.24 0.11 0.13 0.00 0.03 0.05 0.43 0.29 0.12 0.15 0.06 0.07 0.03
C4' 0.18 0.07 0.02 0.22 0.02 0.11 0.07 0.21 0.12 0.15 0.02 0.03 0.07 0.48 0.28 0.13 0.16 0.10 0.05 0.05
C5 0.13 0.05 0.10 0.23 0.02 0.12 0.06 0.22 0.11 0.13 0.01 0.02 0.03 0.33 0.24 0.13 0.14 0.08 0.09 0.02
C5' 0.18 0.08 0.04 0.20 0.03 0.09 0.08 0.18 0.13 0.16 0.03 0.01 0.08 0.43 0.23 0.15 0.17 0.12 0.05 0.06
C6 0.12 0.04 0.11 0.23 0.01 0.12 0.06 0.22 0.10 0.12 0.00 0.02 0.02 0.31 0.23 0.13 0.14 0.07 0.08 0.02
C8 0.14 0.06 0.09 0.22 0.02 0.11 0.07 0.20 0.11 0.13 0.01 0.02 0.05 0.34 0.23 0.13 0.14 0.09 0.08 0.02
N1 0.15 0.04 0.05 0.23 0.01 0.13 0.06 0.24 0.11 0.13 0.00 0.03 0.03 0.41 0.28 0.12 0.17 0.04 0.04 0.04
N3 0.16 0.04 0.01 0.24 0.01 0.16 0.04 0.27 0.10 0.12 0.01 0.05 0.04 0.50 0.34 0.09 0.16 0.03 0.05 0.03
N6 0.09 0.02 0.18 0.23 0.01 0.10 0.06 0.19 0.09 0.10 0.01 0.02 0.00 0.18 0.18 0.13 0.10 0.08 0.11 0.00
N7 0.13 0.05 0.12 0.22 0.03 0.10 0.07 0.19 0.11 0.13 0.02 0.01 0.04 0.28 0.20 0.14 0.13 0.10 0.09 0.02
N9 0.16 0.06 0.05 0.23 0.01 0.13 0.06 0.23 0.11 0.14 0.01 0.03 0.05 0.43 0.28 0.12 0.15 0.08 0.07 0.03
O2' 0.15 0.03 0.01 0.27 0.02 0.18 0.03 0.27 0.09 0.11 0.03 0.07 0.03 0.56 0.39 0.07 0.12 0.04 0.07 0.01
O3' 0.17 0.06 0.00 0.25 0.02 0.11 0.07 0.19 0.12 0.14 0.01 0.03 0.06 0.53 0.30 0.12 0.13 0.10 0.06 0.04
O4' 0.17 0.07 0.03 0.21 0.01 0.13 0.06 0.23 0.11 0.15 0.01 0.03 0.07 0.45 0.28 0.12 0.17 0.08 0.06 0.04
O5' 0.17 0.08 0.06 0.19 0.05 0.07 0.09 0.15 0.14 0.16 0.04 0.00 0.08 0.38 0.19 0.16 0.16 0.14 0.05 0.06
OP1 0.13 0.05 0.13 0.22 0.01 0.09 0.05 0.16 0.09 0.12 0.01 0.03 0.04 0.29 0.17 0.14 0.11 0.11 0.09 0.02
OP2 0.08 0.01 0.19 0.24 0.01 0.11 0.04 0.17 0.07 0.09 0.02 0.04 0.00 0.19 0.17 0.11 0.07 0.09 0.12 0.01
P 0.12 0.04 0.14 0.22 0.01 0.10 0.05 0.17 0.09 0.12 0.00 0.03 0.03 0.27 0.18 0.13 0.11 0.11 0.09 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.00 0.07 0.07 0.12 0.05
C2 0.01 0.00 0.14 0.11 0.00 0.07 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.21 0.16 0.08 0.12 0.08 0.03
C2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.05 0.02 0.04 0.12 0.08 0.01 0.13 0.05 0.18 0.01 0.01 0.02 0.23 0.34 0.10 0.23
C3' 0.00 0.11 0.02 0.00 0.23 0.01 0.29 0.00 0.29 0.17 0.16 0.23 0.02 0.03 0.02 0.01 0.30 0.29 0.15 0.20
C4 0.01 0.00 0.05 0.23 0.00 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.01 0.11 0.11 0.11 0.09 0.05
C4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.12 0.04 0.07 0.02 0.17 0.28 0.07 0.00 0.00 0.16 0.10 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.29 0.00 0.08 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.36 0.12 0.02 0.14 0.06 0.14 0.09
C5' 0.02 0.10 0.12 0.00 0.05 0.01 0.05 0.00 0.09 0.02 0.11 0.07 0.18 0.13 0.10 0.03 0.01 0.23 0.11 0.03
C6 0.00 0.02 0.08 0.29 0.01 0.12 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.36 0.12 0.03 0.14 0.04 0.16 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.17 0.01 0.04 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.17 0.10 0.03 0.13 0.05 0.15 0.09
N3 0.01 0.00 0.13 0.16 0.00 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.14 0.16 0.08 0.14 0.07 0.02
N4 0.01 0.00 0.05 0.23 0.00 0.02 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.01 0.12 0.10 0.13 0.08 0.03
O2 0.01 0.01 0.18 0.02 0.00 0.17 0.00 0.18 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.20 0.41 0.22 0.02 0.15 0.03 0.02
O2' 0.01 0.02 0.01 0.03 0.22 0.28 0.36 0.13 0.36 0.17 0.05 0.22 0.20 0.00 0.03 0.17 0.05 0.05 0.23 0.04
O3' 0.27 0.21 0.01 0.02 0.01 0.07 0.12 0.10 0.12 0.10 0.14 0.01 0.41 0.03 0.00 0.21 0.21 0.17 0.04 0.04
O4' 0.00 0.16 0.02 0.01 0.11 0.00 0.02 0.03 0.03 0.03 0.16 0.12 0.22 0.17 0.21 0.00 0.24 0.03 0.24 0.19
O5' 0.07 0.08 0.23 0.30 0.11 0.00 0.14 0.01 0.14 0.13 0.08 0.10 0.02 0.05 0.21 0.24 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.07 0.12 0.34 0.29 0.11 0.16 0.06 0.23 0.04 0.05 0.14 0.13 0.15 0.05 0.17 0.03 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.12 0.08 0.10 0.15 0.09 0.10 0.14 0.11 0.16 0.15 0.07 0.08 0.03 0.23 0.04 0.24 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.03 0.23 0.20 0.05 0.03 0.09 0.03 0.11 0.09 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00