ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55060

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.008, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N7 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.012, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N9 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C8 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C2' A 0, 0.000, 0.039, 0.078, 0.078 max_d=0.078 avg_d=0.039 std_dev=0.039
C3' A 0, 0.000, 0.048, 0.095, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.048 std_dev=0.048
O4' A 0, 0.000, 0.062, 0.124, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.062 std_dev=0.062
OP1 B 0, 0.000, 0.063, 0.127, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.063 std_dev=0.063
O3' A 0, 0.000, 0.079, 0.159, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.079 std_dev=0.079
C4' A 0, 0.000, 0.093, 0.186, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.093 std_dev=0.093
O2' A 0, 0.000, 0.094, 0.188, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.094 std_dev=0.094
O5' A 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C5' A 0, 0.000, 0.133, 0.266, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.133 std_dev=0.133
OP1 A 0, 0.000, 0.149, 0.299, 0.299 max_d=0.299 avg_d=0.149 std_dev=0.149
P B 0, 0.000, 0.174, 0.349, 0.349 max_d=0.349 avg_d=0.174 std_dev=0.174
OP2 B 0, 0.000, 0.192, 0.384, 0.384 max_d=0.384 avg_d=0.192 std_dev=0.192
P A 0, 0.000, 0.196, 0.392, 0.392 max_d=0.392 avg_d=0.196 std_dev=0.196
OP2 A 0, 0.000, 0.266, 0.533, 0.533 max_d=0.533 avg_d=0.266 std_dev=0.266
O2' B 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O4' B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
C4' B 0, 0.000, 0.294, 0.588, 0.588 max_d=0.588 avg_d=0.294 std_dev=0.294
O3' B 0, 0.000, 0.295, 0.590, 0.590 max_d=0.590 avg_d=0.295 std_dev=0.295
C1' B 0, 0.000, 0.297, 0.594, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.297 std_dev=0.297
C2' B 0, 0.000, 0.301, 0.602, 0.602 max_d=0.602 avg_d=0.301 std_dev=0.301
C3' B 0, 0.000, 0.305, 0.610, 0.610 max_d=0.610 avg_d=0.305 std_dev=0.305
N4 B 0, 0.000, 0.306, 0.612, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.306 std_dev=0.306
C5' B 0, 0.000, 0.310, 0.620, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.310 std_dev=0.310
C5 B 0, 0.000, 0.311, 0.621, 0.621 max_d=0.621 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C4 B 0, 0.000, 0.311, 0.622, 0.622 max_d=0.622 avg_d=0.311 std_dev=0.311
N1 B 0, 0.000, 0.311, 0.623, 0.623 max_d=0.623 avg_d=0.311 std_dev=0.311
C6 B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
O5' B 0, 0.000, 0.312, 0.624, 0.624 max_d=0.624 avg_d=0.312 std_dev=0.312
C2 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
O2 B 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316
N3 B 0, 0.000, 0.316, 0.633, 0.633 max_d=0.633 avg_d=0.316 std_dev=0.316

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.05 0.04
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C4 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02
C4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C8 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
N1 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04
N6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00
N7 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.03
N9 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.04 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.03 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.04 0.03
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00
O5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.10 0.13 0.12 0.10 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.13 0.07 0.07 0.02 0.04 0.02
C2 0.08 0.08 0.12 0.12 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.08 0.09 0.12 0.13 0.05 0.06 0.01 0.01 0.01
C2' 0.09 0.10 0.13 0.12 0.10 0.08 0.10 0.06 0.09 0.09 0.10 0.11 0.10 0.12 0.13 0.07 0.07 0.02 0.04 0.03
C3' 0.10 0.11 0.13 0.12 0.11 0.08 0.10 0.06 0.10 0.10 0.12 0.12 0.11 0.13 0.12 0.07 0.07 0.02 0.03 0.02
C4 0.08 0.08 0.12 0.12 0.08 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.12 0.13 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01
C4' 0.09 0.11 0.12 0.11 0.11 0.07 0.10 0.05 0.09 0.10 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.07 0.05 0.03 0.01 0.00
C5 0.07 0.07 0.11 0.11 0.07 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.07 0.07 0.07 0.11 0.12 0.05 0.06 0.02 0.03 0.01
C5' 0.07 0.09 0.10 0.09 0.10 0.05 0.08 0.02 0.07 0.08 0.10 0.11 0.10 0.11 0.09 0.05 0.02 0.04 0.01 0.02
C6 0.07 0.07 0.11 0.11 0.06 0.06 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.07 0.11 0.12 0.04 0.05 0.02 0.03 0.01
C8 0.07 0.08 0.11 0.11 0.08 0.06 0.07 0.05 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.11 0.12 0.05 0.06 0.03 0.04 0.02
N1 0.07 0.07 0.12 0.12 0.07 0.07 0.06 0.05 0.07 0.07 0.07 0.06 0.07 0.11 0.13 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01
N3 0.08 0.09 0.12 0.12 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.13 0.06 0.06 0.02 0.02 0.00
N6 0.05 0.05 0.10 0.10 0.04 0.05 0.04 0.03 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.10 0.12 0.03 0.04 0.03 0.03 0.01
N7 0.07 0.07 0.11 0.11 0.07 0.06 0.07 0.04 0.06 0.07 0.07 0.07 0.07 0.10 0.12 0.04 0.06 0.03 0.04 0.02
N9 0.08 0.09 0.12 0.12 0.09 0.07 0.08 0.05 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.12 0.12 0.06 0.06 0.02 0.03 0.02
O2' 0.11 0.11 0.14 0.15 0.11 0.10 0.11 0.09 0.11 0.11 0.11 0.11 0.11 0.14 0.15 0.09 0.10 0.01 0.08 0.06
O3' 0.13 0.13 0.15 0.15 0.14 0.11 0.13 0.10 0.13 0.13 0.14 0.14 0.13 0.15 0.15 0.11 0.11 0.01 0.06 0.05
O4' 0.09 0.10 0.12 0.11 0.10 0.07 0.09 0.05 0.09 0.09 0.11 0.11 0.10 0.12 0.12 0.06 0.06 0.02 0.02 0.01
O5' 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.03 0.07 0.01 0.06 0.07 0.09 0.10 0.08 0.10 0.08 0.03 0.01 0.05 0.01 0.02
OP1 0.05 0.07 0.09 0.08 0.08 0.03 0.06 0.00 0.05 0.06 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.02
OP2 0.08 0.10 0.12 0.10 0.11 0.04 0.08 0.01 0.07 0.08 0.11 0.12 0.11 0.12 0.11 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01
P 0.07 0.09 0.11 0.09 0.10 0.04 0.08 0.01 0.06 0.08 0.11 0.11 0.10 0.11 0.09 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.09 0.04 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05
C5' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04
N4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05
O2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.10 0.04 0.03
O3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.14 0.06 0.07
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03
O5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.04 0.02 0.09 0.10 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.10 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.04 0.01 0.04 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.05 0.00 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00