ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55061

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.000, 0.009, 0.019, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
N7 A 0, 0.000, 0.017, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C8 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N6 A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
O4' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C2' B 0, 0.000, 0.032, 0.064, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.032 std_dev=0.032
C3' B 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O5' B 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
C4' B 0, 0.000, 0.036, 0.073, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O4' B 0, 0.000, 0.040, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.040 std_dev=0.040
C5' B 0, 0.000, 0.048, 0.096, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.048 std_dev=0.048
P A 0, 0.000, 0.051, 0.101, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.051 std_dev=0.051
C1' B 0, 0.000, 0.052, 0.105, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.052 std_dev=0.052
C4' A 0, 0.000, 0.054, 0.109, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.054 std_dev=0.054
OP1 A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
OP2 A 0, 0.000, 0.078, 0.155, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.078 std_dev=0.078
O2' B 0, 0.000, 0.082, 0.164, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.082 std_dev=0.082
C2' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O3' B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
N4 B 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.000, 0.095, 0.190, 0.190 max_d=0.190 avg_d=0.095 std_dev=0.095
P B 0, 0.000, 0.103, 0.206, 0.206 max_d=0.206 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C3' A 0, 0.000, 0.108, 0.216, 0.216 max_d=0.216 avg_d=0.108 std_dev=0.108
N1 B 0, 0.000, 0.109, 0.219, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.109 std_dev=0.109
C4 B 0, 0.000, 0.110, 0.220, 0.220 max_d=0.220 avg_d=0.110 std_dev=0.110
O2' A 0, 0.000, 0.116, 0.232, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.116 std_dev=0.116
C5' A 0, 0.000, 0.125, 0.250, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.125 std_dev=0.125
OP2 B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O3' A 0, 0.000, 0.168, 0.336, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.168 std_dev=0.168
OP1 B 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
N3 B 0, 0.000, 1.079, 2.158, 2.158 max_d=2.158 avg_d=1.079 std_dev=1.079
C2 B 0, 0.000, 1.105, 2.209, 2.209 max_d=2.209 avg_d=1.105 std_dev=1.105
C6 B 0, 0.000, 1.302, 2.604, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.302 std_dev=1.302
C5 B 0, 0.000, 1.331, 2.661, 2.661 max_d=2.661 avg_d=1.331 std_dev=1.331
O2 B 0, 0.000, 2.176, 4.353, 4.353 max_d=4.353 avg_d=2.176 std_dev=2.176

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.08 0.00 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.10 0.03 0.05
C4 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.06 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00
C5' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02
C6 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00
C8 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01
N1 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00
N3 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01
N6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00
N7 0.00 0.01 0.04 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.00
N9 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.01
O3' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.14 0.07 0.08
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.06 0.02
O5' 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
OP1 0.03 0.01 0.08 0.10 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.14 0.03 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.05 0.00 0.03 0.05 0.02 0.05 0.00 0.04 0.06 0.05 0.05 0.04 0.05 0.06 0.01 0.07 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.16 0.02 0.01 0.05 0.02 0.27 0.03 0.22 0.03 0.19 0.05 0.31 0.05 0.02 0.01 0.03 0.05 0.05 0.04
C2 0.04 0.28 0.02 0.00 0.06 0.01 0.39 0.01 0.40 0.06 0.25 0.05 0.53 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01
C2' 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.04 0.06 0.03 0.04 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.11 0.00 0.02 0.02 0.03 0.16 0.03 0.13 0.01 0.13 0.03 0.22 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03
C4 0.03 0.36 0.02 0.00 0.07 0.02 0.53 0.02 0.47 0.06 0.38 0.06 0.67 0.04 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03
C4' 0.03 0.12 0.02 0.00 0.04 0.02 0.21 0.02 0.18 0.03 0.14 0.04 0.25 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03
C5 0.04 0.49 0.02 0.01 0.08 0.02 0.68 0.02 0.63 0.07 0.50 0.05 0.94 0.04 0.00 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04
C5' 0.05 0.18 0.05 0.02 0.07 0.00 0.34 0.00 0.29 0.06 0.20 0.06 0.38 0.09 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01
C6 0.04 0.52 0.02 0.01 0.08 0.01 0.68 0.02 0.68 0.08 0.49 0.05 1.02 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03
C8 0.04 0.42 0.03 0.00 0.08 0.01 0.63 0.02 0.55 0.07 0.45 0.06 0.80 0.06 0.02 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
N1 0.04 0.44 0.02 0.01 0.07 0.01 0.54 0.01 0.57 0.07 0.39 0.05 0.85 0.03 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02
N3 0.04 0.22 0.03 0.01 0.06 0.00 0.35 0.01 0.32 0.06 0.22 0.05 0.40 0.05 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01
N6 0.04 0.58 0.02 0.01 0.08 0.01 0.74 0.01 0.74 0.08 0.54 0.05 1.16 0.03 0.01 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03
N7 0.05 0.51 0.03 0.00 0.09 0.01 0.73 0.02 0.66 0.08 0.53 0.06 0.98 0.05 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.04
N9 0.04 0.31 0.03 0.00 0.07 0.01 0.50 0.02 0.42 0.06 0.35 0.06 0.59 0.05 0.02 0.00 0.02 0.05 0.04 0.04
O2' 0.02 0.08 0.03 0.03 0.04 0.04 0.18 0.04 0.16 0.03 0.09 0.03 0.16 0.00 0.01 0.04 0.04 0.03 0.03 0.03
O3' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.05 0.03 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.08 0.01 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.03
O4' 0.03 0.19 0.03 0.00 0.05 0.02 0.33 0.03 0.26 0.04 0.23 0.06 0.37 0.06 0.03 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04
O5' 0.05 0.28 0.05 0.02 0.07 0.01 0.47 0.01 0.41 0.07 0.32 0.06 0.57 0.08 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01
OP1 0.06 0.30 0.05 0.02 0.08 0.00 0.49 0.01 0.44 0.08 0.32 0.07 0.61 0.08 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.04
OP2 0.02 0.51 0.03 0.06 0.01 0.07 0.58 0.07 0.51 0.01 0.54 0.01 0.94 0.00 0.04 0.06 0.06 0.10 0.09 0.08
P 0.03 0.38 0.02 0.00 0.05 0.02 0.53 0.02 0.47 0.05 0.41 0.03 0.73 0.05 0.01 0.01 0.02 0.06 0.05 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C2 0.05 0.00 0.17 0.18 0.02 0.23 0.02 0.45 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.09 0.47 0.53 0.62 0.52
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.03 0.00 0.18 0.01 0.22 0.02 0.11 0.03 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.03 0.00 0.19 0.01 0.23 0.02 0.13 0.02 0.34 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
C4 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02
C4' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.02 0.00 0.22 0.00 0.27 0.02 0.17 0.01 0.44 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00
C5 0.01 0.02 0.18 0.19 0.00 0.22 0.00 0.44 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.06 0.04 0.09 0.47 0.51 0.63 0.53
C5' 0.02 0.45 0.01 0.01 0.03 0.00 0.44 0.00 0.53 0.04 0.36 0.01 0.90 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.22 0.23 0.01 0.27 0.00 0.53 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.10 0.54 0.56 0.69 0.59
N1 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04
N3 0.04 0.01 0.11 0.13 0.00 0.17 0.00 0.36 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.04 0.06 0.39 0.47 0.55 0.45
N4 0.03 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00
O2 0.09 0.00 0.31 0.34 0.01 0.44 0.02 0.90 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.07 0.14 0.94 1.03 1.22 1.03
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.01 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.02
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.07 0.01 0.00 0.02 0.05 0.04 0.03 0.03
O4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.01 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00
O5' 0.00 0.47 0.01 0.03 0.03 0.02 0.47 0.01 0.54 0.03 0.39 0.01 0.94 0.02 0.05 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.00 0.53 0.03 0.03 0.00 0.00 0.51 0.01 0.56 0.02 0.47 0.02 1.03 0.05 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.01 0.62 0.02 0.03 0.02 0.01 0.63 0.01 0.69 0.03 0.55 0.01 1.22 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.01 0.52 0.01 0.02 0.02 0.00 0.53 0.01 0.59 0.04 0.45 0.00 1.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00