ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55062

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N7 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N9 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C8 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.007, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N6 A 0, 0.000, 0.010, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.010 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.000, 0.011, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.011
OP2 A 0, 0.000, 0.139, 0.278, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.139 std_dev=0.139
O4' A 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2' A 0, 0.000, 0.223, 0.445, 0.445 max_d=0.445 avg_d=0.223 std_dev=0.223
C4' A 0, 0.000, 0.278, 0.556, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.278 std_dev=0.278
O5' A 0, 0.000, 0.286, 0.573, 0.573 max_d=0.573 avg_d=0.286 std_dev=0.286
O2' A 0, 0.000, 0.334, 0.668, 0.668 max_d=0.668 avg_d=0.334 std_dev=0.334
C3' A 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
C5' A 0, 0.000, 0.492, 0.983, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.492 std_dev=0.492
O3' A 0, 0.000, 0.504, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.504 std_dev=0.504
OP1 B 0, 0.000, 0.577, 1.153, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.577 std_dev=0.577
P B 0, 0.000, 0.625, 1.249, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.625 std_dev=0.625
OP2 B 0, 0.000, 0.649, 1.297, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.649 std_dev=0.649
P A 0, 0.000, 0.651, 1.302, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.651 std_dev=0.651
O5' B 0, 0.000, 0.786, 1.571, 1.571 max_d=1.571 avg_d=0.786 std_dev=0.786
C5' B 0, 0.000, 0.901, 1.802, 1.802 max_d=1.802 avg_d=0.901 std_dev=0.901
N3 B 0, 0.000, 0.904, 1.809, 1.809 max_d=1.809 avg_d=0.904 std_dev=0.904
O2 B 0, 0.000, 0.949, 1.898, 1.898 max_d=1.898 avg_d=0.949 std_dev=0.949
C2 B 0, 0.000, 1.071, 2.142, 2.142 max_d=2.142 avg_d=1.071 std_dev=1.071
C4 B 0, 0.000, 1.274, 2.548, 2.548 max_d=2.548 avg_d=1.274 std_dev=1.274
OP1 A 0, 0.000, 1.283, 2.566, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.283 std_dev=1.283
N4 B 0, 0.000, 1.325, 2.650, 2.650 max_d=2.650 avg_d=1.325 std_dev=1.325
C4' B 0, 0.000, 1.447, 2.895, 2.895 max_d=2.895 avg_d=1.447 std_dev=1.447
N1 B 0, 0.000, 1.541, 3.082, 3.082 max_d=3.082 avg_d=1.541 std_dev=1.541
C3' B 0, 0.000, 1.572, 3.144, 3.144 max_d=3.144 avg_d=1.572 std_dev=1.572
O4' B 0, 0.000, 1.682, 3.363, 3.363 max_d=3.363 avg_d=1.682 std_dev=1.682
C5 B 0, 0.000, 1.715, 3.430, 3.430 max_d=3.430 avg_d=1.715 std_dev=1.715
C6 B 0, 0.000, 1.810, 3.621, 3.621 max_d=3.621 avg_d=1.810 std_dev=1.810
C1' B 0, 0.000, 1.834, 3.669, 3.669 max_d=3.669 avg_d=1.834 std_dev=1.834
C2' B 0, 0.000, 1.930, 3.860, 3.860 max_d=3.860 avg_d=1.930 std_dev=1.930
O3' B 0, 0.000, 1.967, 3.935, 3.935 max_d=3.935 avg_d=1.967 std_dev=1.967
O2' B 0, 0.000, 2.535, 5.070, 5.070 max_d=5.070 avg_d=2.535 std_dev=2.535

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.02 0.08
C2 0.01 0.00 0.08 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.10 0.10 0.03 0.01 0.33 0.02 0.11
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.05 0.09 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.12 0.15 0.04
C3' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.12 0.03 0.07 0.04 0.10 0.04 0.01 0.00 0.00 0.09 0.05 0.21 0.00
C4 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.02 0.02 0.00 0.28 0.02 0.08
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.04 0.08 0.01 0.01 0.05 0.08 0.04 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.07 0.02
C5 0.01 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.04 0.33 0.02 0.06
C5' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.04 0.01 0.08 0.11 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.21 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.04 0.37 0.02 0.07
C8 0.01 0.00 0.06 0.12 0.00 0.08 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.12 0.01 0.05 0.23 0.03 0.01
N1 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.06 0.03 0.02 0.37 0.02 0.09
N3 0.01 0.00 0.09 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.10 0.03 0.02 0.29 0.02 0.11
N6 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.40 0.03 0.04
N7 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.10 0.01 0.07 0.31 0.03 0.01
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.00 0.21 0.02 0.06
O2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.02 0.02 0.02 0.04 0.03 0.08 0.10 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.04 0.19 0.01
O3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.12 0.06 0.10 0.03 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.13 0.02 0.33 0.05
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.02 0.06 0.09
O5' 0.04 0.01 0.04 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.04 0.13 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.12 0.33 0.12 0.05 0.28 0.08 0.33 0.21 0.37 0.23 0.37 0.29 0.40 0.31 0.21 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.02 0.15 0.21 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.19 0.33 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.04 0.00 0.08 0.02 0.06 0.01 0.07 0.01 0.09 0.11 0.04 0.01 0.06 0.01 0.05 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.23 0.03 0.33 0.26 0.31 0.26 0.32 0.07 0.15 0.03 0.15 0.45 0.19 0.55 0.38 0.20 0.01 0.05 0.04 0.00
C2 0.32 0.07 0.39 0.36 0.28 0.43 0.27 0.26 0.09 0.09 0.12 0.41 0.25 0.58 0.45 0.37 0.09 0.18 0.13 0.09
C2' 0.27 0.07 0.42 0.36 0.28 0.30 0.32 0.11 0.16 0.05 0.10 0.42 0.26 0.66 0.52 0.20 0.03 0.08 0.10 0.04
C3' 0.20 0.05 0.36 0.30 0.29 0.22 0.34 0.05 0.20 0.01 0.11 0.42 0.23 0.58 0.46 0.12 0.02 0.01 0.06 0.01
C4 0.18 0.01 0.23 0.19 0.28 0.22 0.30 0.07 0.16 0.00 0.14 0.40 0.17 0.42 0.27 0.19 0.02 0.06 0.04 0.00
C4' 0.21 0.03 0.33 0.26 0.31 0.22 0.33 0.04 0.17 0.01 0.14 0.44 0.20 0.56 0.39 0.15 0.04 0.01 0.02 0.04
C5 0.05 0.04 0.05 0.01 0.27 0.06 0.30 0.02 0.20 0.07 0.15 0.35 0.10 0.19 0.04 0.07 0.09 0.01 0.01 0.06
C5' 0.13 0.02 0.24 0.17 0.33 0.13 0.35 0.02 0.21 0.04 0.17 0.45 0.15 0.45 0.29 0.08 0.09 0.08 0.03 0.10
C6 0.02 0.04 0.01 0.02 0.25 0.05 0.28 0.01 0.20 0.08 0.15 0.32 0.09 0.12 0.02 0.07 0.09 0.03 0.00 0.06
C8 0.04 0.05 0.06 0.01 0.28 0.04 0.31 0.06 0.22 0.08 0.16 0.37 0.09 0.21 0.04 0.04 0.10 0.03 0.04 0.08
N1 0.16 0.01 0.18 0.16 0.26 0.24 0.27 0.15 0.14 0.00 0.13 0.36 0.17 0.32 0.20 0.22 0.01 0.15 0.08 0.04
N3 0.32 0.07 0.41 0.36 0.29 0.40 0.28 0.20 0.10 0.09 0.12 0.43 0.24 0.62 0.47 0.33 0.06 0.14 0.11 0.07
N6 0.11 0.10 0.18 0.22 0.23 0.12 0.26 0.12 0.23 0.15 0.15 0.26 0.01 0.11 0.27 0.05 0.17 0.06 0.07 0.13
N7 0.03 0.07 0.04 0.09 0.27 0.04 0.30 0.10 0.23 0.12 0.16 0.34 0.05 0.07 0.09 0.01 0.13 0.06 0.06 0.11
N9 0.15 0.00 0.21 0.16 0.29 0.18 0.31 0.03 0.18 0.02 0.15 0.41 0.16 0.40 0.24 0.15 0.04 0.03 0.02 0.03
O2' 0.40 0.15 0.57 0.49 0.24 0.42 0.26 0.19 0.07 0.15 0.05 0.39 0.33 0.84 0.66 0.32 0.11 0.15 0.16 0.12
O3' 0.25 0.10 0.45 0.40 0.26 0.28 0.32 0.09 0.17 0.05 0.07 0.39 0.29 0.70 0.59 0.15 0.03 0.04 0.10 0.03
O4' 0.21 0.01 0.29 0.22 0.31 0.22 0.32 0.05 0.16 0.01 0.16 0.45 0.17 0.52 0.33 0.18 0.04 0.01 0.01 0.03
O5' 0.00 0.08 0.07 0.02 0.34 0.00 0.38 0.10 0.28 0.12 0.19 0.43 0.08 0.24 0.10 0.03 0.14 0.11 0.08 0.13
OP1 0.39 0.36 0.46 0.44 0.09 0.41 0.02 0.34 0.11 0.28 0.26 0.01 0.53 0.58 0.50 0.36 0.29 0.34 0.40 0.31
OP2 0.16 0.16 0.08 0.10 0.41 0.15 0.49 0.20 0.42 0.25 0.25 0.48 0.00 0.04 0.03 0.20 0.21 0.14 0.12 0.17
P 0.06 0.03 0.14 0.10 0.23 0.07 0.29 0.01 0.20 0.04 0.08 0.31 0.19 0.28 0.17 0.03 0.05 0.03 0.03 0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.07 0.16 0.05
C2 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.01 0.06 0.07 0.07 0.04 0.07
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.10 0.00 0.02 0.00 0.06 0.26 0.36 0.23
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.00 0.10 0.31 0.35 0.28
C4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.11 0.08
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.08 0.02 0.01 0.04 0.12 0.04 0.00 0.00 0.01 0.12 0.15 0.09
C5 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.14 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.07 0.05 0.03 0.04 0.05
C5' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.14 0.00 0.13 0.03 0.01 0.09 0.19 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.01 0.03 0.02 0.00 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.00 0.08 0.03 0.01 0.03 0.02
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.01
N3 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.03 0.03 0.10 0.12 0.10
N4 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.10 0.15 0.10
O2 0.02 0.00 0.10 0.05 0.00 0.12 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.14 0.02 0.12 0.16 0.10 0.03 0.09
O2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.04 0.04 0.03 0.05 0.01 0.05 0.00 0.14 0.00 0.05 0.01 0.02 0.26 0.39 0.23
O3' 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.15 0.48 0.47 0.40
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00 0.12 0.04 0.03 0.06
O5' 0.04 0.07 0.06 0.10 0.02 0.01 0.05 0.01 0.03 0.02 0.03 0.04 0.16 0.02 0.15 0.12 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.07 0.07 0.26 0.31 0.08 0.12 0.03 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.10 0.26 0.48 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.16 0.04 0.36 0.35 0.11 0.15 0.04 0.01 0.03 0.06 0.12 0.15 0.03 0.39 0.47 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.23 0.28 0.08 0.09 0.05 0.00 0.02 0.01 0.10 0.10 0.09 0.23 0.40 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00