ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55069

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 10, 5, 4, 12, 24, 21, 14, 15, 3, 3, 8, 3, 1, 3, 1, 1, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.002, 0.012, 0.022, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.012 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.018 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.038, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.011, 0.025, 0.040, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.025 std_dev=0.015
C4 A 0, 0.010, 0.027, 0.043, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.014, 0.031, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.031 std_dev=0.017
N6 A 0, 0.012, 0.034, 0.056, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.034 std_dev=0.022
N7 A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.036 std_dev=0.025
C8 A 0, 0.015, 0.046, 0.076, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.046 std_dev=0.030
C4 B 0, 0.251, 0.519, 0.786, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.519 std_dev=0.267
N3 B 0, 0.224, 0.492, 0.761, 1.622 max_d=1.622 avg_d=0.492 std_dev=0.269
C2 B 0, 0.309, 0.626, 0.942, 1.707 max_d=1.707 avg_d=0.626 std_dev=0.317
C5 B 0, 0.345, 0.665, 0.986, 1.736 max_d=1.736 avg_d=0.665 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.177, 0.500, 0.823, 1.671 max_d=1.671 avg_d=0.500 std_dev=0.323
C8 B 0, 0.243, 0.580, 0.918, 1.951 max_d=1.951 avg_d=0.580 std_dev=0.338
N7 B 0, 0.334, 0.682, 1.031, 1.908 max_d=1.908 avg_d=0.682 std_dev=0.349
N2 B 0, 0.290, 0.660, 1.030, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.660 std_dev=0.370
C1' B 0, 0.199, 0.599, 0.999, 1.834 max_d=1.834 avg_d=0.599 std_dev=0.400
N1 B 0, 0.398, 0.801, 1.204, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.801 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.413, 0.836, 1.260, 2.236 max_d=2.236 avg_d=0.836 std_dev=0.423
O4' B 0, 0.215, 0.687, 1.160, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.687 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.271, 0.779, 1.286, 2.043 max_d=2.043 avg_d=0.779 std_dev=0.507
C4' B 0, 0.342, 0.894, 1.447, 2.723 max_d=2.723 avg_d=0.894 std_dev=0.553
O6 B 0, 0.470, 1.033, 1.596, 2.827 max_d=2.827 avg_d=1.033 std_dev=0.563
C3' B 0, 0.287, 0.871, 1.454, 2.623 max_d=2.623 avg_d=0.871 std_dev=0.584
C5' B 0, 0.432, 1.076, 1.720, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.076 std_dev=0.644
O2' B 0, 0.390, 1.040, 1.690, 2.339 max_d=2.339 avg_d=1.040 std_dev=0.650
O5' B 0, 0.249, 0.936, 1.624, 3.866 max_d=3.866 avg_d=0.936 std_dev=0.688
O3' B 0, 0.335, 1.168, 2.000, 3.437 max_d=3.437 avg_d=1.168 std_dev=0.832
O4' A 0, 0.093, 0.972, 1.851, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.972 std_dev=0.879
P B 0, 0.140, 1.034, 1.929, 4.930 max_d=4.930 avg_d=1.034 std_dev=0.895
C2' A 0, 0.141, 1.038, 1.935, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.038 std_dev=0.897
OP2 B 0, 0.094, 1.044, 1.993, 4.968 max_d=4.968 avg_d=1.044 std_dev=0.950
C4' A 0, 0.282, 1.318, 2.354, 3.243 max_d=3.243 avg_d=1.318 std_dev=1.036
C3' A 0, 0.324, 1.423, 2.523, 3.832 max_d=3.832 avg_d=1.423 std_dev=1.099
OP1 B 0, 0.168, 1.344, 2.521, 6.696 max_d=6.696 avg_d=1.344 std_dev=1.176
O3' A 0, 0.551, 1.792, 3.034, 5.143 max_d=5.143 avg_d=1.792 std_dev=1.241
O2' A 0, 0.338, 1.652, 2.966, 4.023 max_d=4.023 avg_d=1.652 std_dev=1.314
C5' A 0, 0.300, 2.284, 4.268, 6.149 max_d=6.149 avg_d=2.284 std_dev=1.984
O5' A 0, 0.566, 2.902, 5.238, 7.449 max_d=7.449 avg_d=2.902 std_dev=2.336
P A 0, 0.716, 3.949, 7.183, 10.504 max_d=10.504 avg_d=3.949 std_dev=3.234
OP1 A 0, 1.073, 4.319, 7.565, 10.990 max_d=10.990 avg_d=4.319 std_dev=3.246
OP2 A 0, 0.811, 4.419, 8.027, 11.729 max_d=11.729 avg_d=4.419 std_dev=3.608

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.03 0.32 0.01 0.32 0.52 0.29 0.32
C2 0.03 0.00 0.49 0.57 0.01 0.54 0.01 1.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.45 0.41 1.23 1.54 1.20 1.39
C2' 0.01 0.49 0.00 0.00 0.24 0.02 0.10 0.22 0.20 0.27 0.37 0.49 0.13 0.16 0.03 0.00 0.03 0.02 0.30 0.47 0.47 0.36
C3' 0.02 0.57 0.00 0.00 0.32 0.00 0.32 0.03 0.37 0.41 0.48 0.54 0.37 0.39 0.21 0.02 0.01 0.03 0.38 0.59 0.35 0.36
C4 0.02 0.01 0.24 0.32 0.00 0.24 0.00 0.47 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.22 0.22 0.76 1.07 0.65 0.79
C4' 0.01 0.54 0.02 0.00 0.24 0.00 0.12 0.01 0.22 0.34 0.41 0.52 0.16 0.24 0.07 0.32 0.03 0.01 0.03 0.26 0.30 0.07
C5 0.01 0.01 0.10 0.32 0.00 0.12 0.00 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.28 0.15 0.10 0.80 1.21 0.87 0.87
C5' 0.09 1.04 0.22 0.03 0.47 0.01 0.28 0.00 0.48 0.51 0.82 0.96 0.37 0.37 0.14 0.11 0.22 0.02 0.01 0.40 0.40 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.37 0.01 0.22 0.01 0.48 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.26 0.22 0.19 0.91 1.38 0.91 1.02
C8 0.01 0.01 0.27 0.41 0.01 0.34 0.01 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.46 0.20 0.23 0.97 1.22 1.23 1.08
N1 0.03 0.01 0.37 0.48 0.01 0.41 0.01 0.82 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.27 0.35 0.32 1.11 1.53 1.05 1.26
N3 0.03 0.01 0.49 0.54 0.00 0.52 0.01 0.96 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.36 0.43 0.41 1.09 1.30 1.02 1.18
N6 0.02 0.01 0.13 0.37 0.01 0.16 0.01 0.37 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.32 0.21 0.13 0.92 1.46 1.06 1.06
N7 0.01 0.01 0.16 0.39 0.01 0.24 0.00 0.37 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.18 0.12 0.94 1.33 1.30 1.09
N9 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.07 0.01 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.14 0.01 0.59 0.85 0.60 0.60
O2' 0.03 0.36 0.00 0.02 0.19 0.32 0.28 0.11 0.26 0.46 0.27 0.36 0.32 0.45 0.21 0.00 0.05 0.21 0.32 0.53 0.49 0.38
O3' 0.32 0.45 0.03 0.01 0.22 0.03 0.15 0.22 0.22 0.20 0.35 0.43 0.21 0.18 0.14 0.05 0.00 0.23 0.42 0.75 0.44 0.44
O4' 0.01 0.41 0.02 0.03 0.22 0.01 0.10 0.02 0.19 0.23 0.32 0.41 0.13 0.12 0.01 0.21 0.23 0.00 0.37 0.56 0.26 0.33
O5' 0.32 1.23 0.30 0.38 0.76 0.03 0.80 0.01 0.91 0.97 1.11 1.09 0.92 0.94 0.59 0.32 0.42 0.37 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 1.54 0.47 0.59 1.07 0.26 1.21 0.40 1.38 1.22 1.53 1.30 1.46 1.33 0.85 0.53 0.75 0.56 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.29 1.20 0.47 0.35 0.65 0.30 0.87 0.40 0.91 1.23 1.05 1.02 1.06 1.30 0.60 0.49 0.44 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.32 1.39 0.36 0.36 0.79 0.07 0.87 0.02 1.02 1.08 1.26 1.18 1.06 1.09 0.60 0.38 0.44 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.30 0.17 0.50 0.52 0.16 0.44 0.15 0.42 0.17 0.20 0.19 0.22 0.16 0.16 0.21 0.62 0.71 0.34 0.42 0.19 0.62 0.41 0.48
C2 0.31 0.19 0.41 0.41 0.20 0.36 0.18 0.39 0.19 0.21 0.20 0.21 0.20 0.18 0.24 0.47 0.51 0.33 0.36 0.21 0.39 0.32 0.32
C2' 0.28 0.49 0.51 0.56 0.33 0.43 0.37 0.42 0.48 0.27 0.54 0.58 0.37 0.32 0.26 0.65 0.80 0.32 0.40 0.52 0.58 0.40 0.45
C3' 0.50 0.57 0.73 0.81 0.46 0.74 0.48 0.72 0.55 0.44 0.61 0.66 0.49 0.45 0.45 0.85 1.02 0.50 0.71 0.58 0.93 0.59 0.71
C4 0.30 0.17 0.48 0.48 0.16 0.41 0.15 0.40 0.16 0.20 0.19 0.23 0.16 0.16 0.22 0.59 0.64 0.34 0.39 0.18 0.52 0.37 0.42
C4' 0.33 0.46 0.53 0.59 0.31 0.54 0.33 0.51 0.42 0.27 0.49 0.56 0.36 0.28 0.28 0.66 0.79 0.35 0.52 0.46 0.78 0.45 0.56
C5 0.31 0.17 0.51 0.50 0.15 0.42 0.13 0.40 0.15 0.20 0.18 0.25 0.15 0.16 0.21 0.64 0.66 0.34 0.40 0.17 0.53 0.38 0.42
C5' 0.42 0.87 0.61 0.65 0.59 0.58 0.65 0.58 0.80 0.45 0.91 1.03 0.69 0.54 0.46 0.70 0.85 0.42 0.57 0.86 0.85 0.50 0.61
C6 0.31 0.17 0.47 0.45 0.16 0.38 0.14 0.39 0.15 0.20 0.18 0.25 0.15 0.16 0.22 0.57 0.57 0.34 0.37 0.16 0.44 0.34 0.36
C8 0.30 0.17 0.56 0.57 0.14 0.48 0.14 0.45 0.16 0.20 0.19 0.25 0.14 0.16 0.20 0.72 0.79 0.35 0.45 0.18 0.66 0.45 0.52
N1 0.31 0.17 0.42 0.41 0.19 0.35 0.17 0.39 0.17 0.21 0.19 0.22 0.19 0.18 0.24 0.47 0.49 0.33 0.36 0.19 0.38 0.32 0.31
N3 0.30 0.18 0.43 0.44 0.19 0.38 0.17 0.38 0.18 0.21 0.20 0.21 0.19 0.17 0.23 0.51 0.56 0.33 0.37 0.20 0.46 0.34 0.37
N6 0.32 0.20 0.50 0.46 0.14 0.39 0.13 0.39 0.15 0.20 0.20 0.30 0.15 0.15 0.21 0.60 0.57 0.34 0.37 0.16 0.43 0.34 0.36
N7 0.31 0.18 0.57 0.57 0.14 0.47 0.13 0.45 0.16 0.20 0.19 0.26 0.14 0.16 0.20 0.75 0.77 0.35 0.44 0.18 0.63 0.44 0.50
N9 0.30 0.17 0.51 0.52 0.15 0.44 0.14 0.42 0.16 0.20 0.19 0.23 0.15 0.16 0.21 0.64 0.71 0.34 0.42 0.18 0.60 0.41 0.47
O2' 0.48 0.47 0.66 0.70 0.41 0.56 0.45 0.58 0.52 0.44 0.54 0.52 0.40 0.44 0.42 0.79 0.96 0.59 0.51 0.57 0.59 0.59 0.59
O3' 0.37 0.48 0.62 0.71 0.35 0.64 0.38 0.62 0.48 0.33 0.53 0.56 0.37 0.35 0.32 0.75 0.97 0.39 0.61 0.53 0.86 0.49 0.62
O4' 0.34 0.35 0.53 0.56 0.26 0.51 0.27 0.48 0.34 0.25 0.38 0.43 0.29 0.25 0.26 0.66 0.75 0.37 0.48 0.38 0.73 0.46 0.55
O5' 1.05 1.12 1.25 1.35 1.02 1.35 1.01 1.32 1.05 0.99 1.12 1.23 1.07 0.98 1.01 1.35 1.50 1.04 1.38 1.06 1.66 1.15 1.37
OP1 1.67 1.67 1.88 2.00 1.64 1.98 1.63 1.99 1.65 1.65 1.67 1.70 1.65 1.64 1.65 1.93 2.16 1.67 2.08 1.65 2.42 1.93 2.12
OP2 1.33 1.17 1.51 1.69 1.11 1.78 1.11 1.86 1.14 1.21 1.21 1.29 1.11 1.14 1.20 1.62 1.88 1.47 1.75 1.17 2.09 1.56 1.79
P 1.24 1.32 1.48 1.60 1.19 1.60 1.19 1.61 1.26 1.18 1.34 1.44 1.24 1.16 1.19 1.56 1.78 1.26 1.64 1.27 1.98 1.43 1.66

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.19 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.27 0.02 0.27 0.18 0.19
C2 0.03 0.00 0.16 0.18 0.01 0.10 0.01 0.43 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.23 0.06 0.32 0.01 0.22 0.30 0.20
C2' 0.00 0.16 0.00 0.01 0.09 0.03 0.07 0.08 0.09 0.10 0.12 0.20 0.16 0.09 0.04 0.00 0.02 0.03 0.21 0.09 0.29 0.11 0.14
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.11 0.01 0.11 0.01 0.14 0.14 0.16 0.22 0.17 0.13 0.07 0.02 0.01 0.02 0.18 0.14 0.34 0.13 0.15
C4 0.02 0.01 0.09 0.11 0.00 0.11 0.00 0.46 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.13 0.03 0.33 0.02 0.23 0.28 0.20
C4' 0.01 0.10 0.03 0.01 0.11 0.00 0.16 0.01 0.16 0.20 0.13 0.09 0.08 0.20 0.12 0.08 0.03 0.00 0.02 0.18 0.19 0.23 0.09
C5 0.01 0.01 0.07 0.11 0.00 0.16 0.00 0.56 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.02 0.37 0.01 0.28 0.36 0.27
C5' 0.19 0.43 0.08 0.01 0.46 0.01 0.56 0.00 0.57 0.58 0.51 0.38 0.38 0.62 0.43 0.05 0.16 0.06 0.01 0.61 0.35 0.38 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.01 0.16 0.01 0.57 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.10 0.18 0.03 0.38 0.01 0.30 0.40 0.29
C8 0.01 0.01 0.10 0.14 0.01 0.20 0.01 0.58 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.04 0.38 0.02 0.27 0.30 0.25
N1 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.13 0.01 0.51 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.14 0.21 0.05 0.35 0.01 0.26 0.36 0.25
N2 0.04 0.01 0.20 0.22 0.01 0.09 0.01 0.38 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.20 0.28 0.07 0.30 0.02 0.22 0.29 0.18
N3 0.03 0.01 0.16 0.17 0.00 0.08 0.01 0.38 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.16 0.20 0.05 0.30 0.01 0.21 0.26 0.18
N7 0.01 0.01 0.09 0.13 0.01 0.20 0.00 0.62 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.03 0.40 0.02 0.32 0.40 0.32
N9 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.12 0.01 0.43 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.32 0.02 0.23 0.23 0.18
O2' 0.03 0.17 0.00 0.02 0.09 0.08 0.08 0.05 0.10 0.06 0.14 0.20 0.16 0.06 0.03 0.00 0.06 0.11 0.12 0.10 0.28 0.14 0.16
O3' 0.03 0.23 0.02 0.01 0.13 0.03 0.14 0.16 0.18 0.16 0.21 0.28 0.20 0.17 0.07 0.06 0.00 0.05 0.14 0.19 0.40 0.21 0.19
O4' 0.01 0.06 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.06 0.03 0.04 0.05 0.07 0.05 0.03 0.01 0.11 0.05 0.00 0.30 0.03 0.35 0.25 0.28
O5' 0.27 0.32 0.21 0.18 0.33 0.02 0.37 0.01 0.38 0.38 0.35 0.30 0.30 0.40 0.32 0.12 0.14 0.30 0.00 0.39 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.09 0.14 0.02 0.18 0.01 0.61 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.19 0.03 0.39 0.00 0.36 0.46 0.34
OP1 0.27 0.22 0.29 0.34 0.23 0.19 0.28 0.35 0.30 0.27 0.26 0.22 0.21 0.32 0.23 0.28 0.40 0.35 0.02 0.36 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.30 0.11 0.13 0.28 0.23 0.36 0.38 0.40 0.30 0.36 0.29 0.26 0.40 0.23 0.14 0.21 0.25 0.02 0.46 0.01 0.00 0.01
P 0.19 0.20 0.14 0.15 0.20 0.09 0.27 0.03 0.29 0.25 0.25 0.18 0.18 0.32 0.18 0.16 0.19 0.28 0.01 0.34 0.01 0.01 0.00