ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55071

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 13, 9, 5, 6, 1, 1, 19, 6, 3, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.030, 0.037, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.037 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.021, 0.033, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.033 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.047, 0.061, 0.074, 0.104 max_d=0.104 avg_d=0.061 std_dev=0.013
N6 A 0, 0.052, 0.067, 0.083, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.067 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.042, 0.060, 0.078, 0.119 max_d=0.119 avg_d=0.060 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.053, 0.071, 0.089, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.071 std_dev=0.018
N9 A 0, 0.045, 0.066, 0.086, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.066 std_dev=0.020
N7 A 0, 0.023, 0.044, 0.064, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.044 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.070, 0.093, 0.117, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.093 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.031, 0.057, 0.083, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.057 std_dev=0.026
N2 B 0, 0.548, 0.765, 0.982, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.765 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.201, 0.443, 0.684, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.443 std_dev=0.241
C2 B 0, 0.359, 0.646, 0.933, 1.357 max_d=1.357 avg_d=0.646 std_dev=0.287
N9 B 0, 0.288, 0.604, 0.920, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.604 std_dev=0.316
C4 B 0, 0.211, 0.548, 0.885, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.548 std_dev=0.337
C1' B 0, 0.201, 0.541, 0.880, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.541 std_dev=0.339
O2' B 0, 0.248, 0.592, 0.935, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.592 std_dev=0.344
C2' B 0, 0.197, 0.584, 0.971, 2.412 max_d=2.412 avg_d=0.584 std_dev=0.387
C8 B 0, 0.444, 0.842, 1.240, 2.038 max_d=2.038 avg_d=0.842 std_dev=0.398
N1 B 0, 0.445, 0.865, 1.284, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.865 std_dev=0.420
O4' B 0, 0.225, 0.671, 1.117, 2.936 max_d=2.936 avg_d=0.671 std_dev=0.446
C5 B 0, 0.301, 0.772, 1.243, 1.731 max_d=1.731 avg_d=0.772 std_dev=0.471
N7 B 0, 0.448, 0.938, 1.427, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.938 std_dev=0.490
C6 B 0, 0.415, 0.941, 1.466, 1.805 max_d=1.805 avg_d=0.941 std_dev=0.526
C3' B 0, 0.213, 0.761, 1.308, 3.957 max_d=3.957 avg_d=0.761 std_dev=0.548
O3' B 0, 0.365, 0.966, 1.567, 4.768 max_d=4.768 avg_d=0.966 std_dev=0.601
C4' B 0, 0.128, 0.740, 1.351, 4.198 max_d=4.198 avg_d=0.740 std_dev=0.611
O6 B 0, 0.616, 1.232, 1.849, 2.313 max_d=2.313 avg_d=1.232 std_dev=0.616
O5' B 0, 0.401, 1.048, 1.696, 4.967 max_d=4.967 avg_d=1.048 std_dev=0.647
C5' B 0, 0.197, 0.939, 1.681, 5.351 max_d=5.351 avg_d=0.939 std_dev=0.742
OP2 B 0, 0.826, 1.570, 2.314, 5.661 max_d=5.661 avg_d=1.570 std_dev=0.744
P B 0, 0.499, 1.304, 2.109, 6.046 max_d=6.046 avg_d=1.304 std_dev=0.805
OP1 B 0, 0.267, 1.313, 2.359, 7.074 max_d=7.074 avg_d=1.313 std_dev=1.046
O4' A 0, 0.165, 1.225, 2.285, 2.604 max_d=2.604 avg_d=1.225 std_dev=1.060
C2' A 0, 0.169, 1.240, 2.310, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.240 std_dev=1.070
O3' A 0, 0.476, 1.709, 2.941, 3.328 max_d=3.328 avg_d=1.709 std_dev=1.233
C3' A 0, 0.318, 1.579, 2.841, 3.260 max_d=3.260 avg_d=1.579 std_dev=1.262
C4' A 0, 0.415, 1.701, 2.987, 3.197 max_d=3.197 avg_d=1.701 std_dev=1.286
O2' A 0, 0.325, 1.985, 3.644, 4.398 max_d=4.398 avg_d=1.985 std_dev=1.660
C5' A 0, 0.614, 2.920, 5.225, 5.951 max_d=5.951 avg_d=2.920 std_dev=2.306
O5' A 0, 2.112, 4.548, 6.984, 7.677 max_d=7.677 avg_d=4.548 std_dev=2.436
OP1 A 0, 3.889, 6.588, 9.288, 10.500 max_d=10.500 avg_d=6.588 std_dev=2.700
P A 0, 2.886, 6.073, 9.260, 10.408 max_d=10.408 avg_d=6.073 std_dev=3.187
OP2 A 0, 5.023, 8.221, 11.420, 12.696 max_d=12.696 avg_d=8.221 std_dev=3.198

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.01 0.02 0.38 0.01 0.40 0.52 0.31 0.28
C2 0.04 0.00 0.60 0.98 0.01 0.55 0.01 0.80 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.76 0.25 1.55 1.77 1.62 1.73
C2' 0.00 0.60 0.00 0.01 0.31 0.01 0.14 0.23 0.26 0.28 0.45 0.61 0.18 0.15 0.03 0.00 0.04 0.02 0.24 0.25 0.66 0.30
C3' 0.01 0.98 0.01 0.00 0.58 0.01 0.47 0.01 0.63 0.34 0.85 0.93 0.58 0.34 0.24 0.02 0.01 0.03 0.21 0.24 0.57 0.23
C4 0.02 0.01 0.31 0.58 0.00 0.28 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.19 0.29 0.13 1.12 1.31 0.93 1.11
C4' 0.01 0.55 0.01 0.01 0.28 0.00 0.19 0.01 0.29 0.30 0.45 0.53 0.24 0.22 0.09 0.33 0.03 0.01 0.02 0.21 0.29 0.06
C5 0.01 0.01 0.14 0.47 0.00 0.19 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.06 1.18 1.48 1.15 1.21
C5' 0.09 0.80 0.23 0.01 0.33 0.01 0.20 0.00 0.37 0.49 0.64 0.72 0.30 0.36 0.10 0.10 0.27 0.02 0.01 0.32 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.26 0.63 0.01 0.29 0.01 0.37 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.34 0.11 1.37 1.74 1.39 1.50
C8 0.02 0.01 0.28 0.34 0.01 0.30 0.01 0.49 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.42 0.35 0.16 0.98 1.15 1.21 0.97
N1 0.03 0.01 0.45 0.85 0.01 0.45 0.01 0.64 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.20 0.60 0.20 1.53 1.86 1.60 1.73
N3 0.04 0.00 0.61 0.93 0.00 0.53 0.01 0.72 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.68 0.25 1.36 1.49 1.29 1.44
N6 0.02 0.01 0.18 0.58 0.01 0.24 0.01 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.37 0.28 0.08 1.38 1.85 1.52 1.55
N7 0.01 0.01 0.15 0.34 0.01 0.22 0.00 0.36 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.45 0.24 0.09 1.10 1.41 1.35 1.14
N9 0.01 0.01 0.03 0.24 0.00 0.09 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.23 0.15 0.01 0.79 0.94 0.64 0.69
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.19 0.33 0.33 0.10 0.30 0.42 0.20 0.17 0.37 0.45 0.23 0.00 0.07 0.22 0.24 0.25 0.71 0.24
O3' 0.38 0.76 0.04 0.01 0.29 0.03 0.16 0.27 0.34 0.35 0.60 0.68 0.28 0.24 0.15 0.07 0.00 0.25 0.24 0.36 0.61 0.29
O4' 0.01 0.25 0.02 0.03 0.13 0.01 0.06 0.02 0.11 0.16 0.20 0.25 0.08 0.09 0.01 0.22 0.25 0.00 0.39 0.59 0.26 0.37
O5' 0.40 1.55 0.24 0.21 1.12 0.02 1.18 0.01 1.37 0.98 1.53 1.36 1.38 1.10 0.79 0.24 0.24 0.39 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.52 1.77 0.25 0.24 1.31 0.21 1.48 0.32 1.74 1.15 1.86 1.49 1.85 1.41 0.94 0.25 0.36 0.59 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 1.62 0.66 0.57 0.93 0.29 1.15 0.27 1.39 1.21 1.60 1.29 1.52 1.35 0.64 0.71 0.61 0.26 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.28 1.73 0.30 0.23 1.11 0.06 1.21 0.02 1.50 0.97 1.73 1.44 1.55 1.14 0.69 0.24 0.29 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.21 0.31 0.33 0.23 0.32 0.24 0.34 0.23 0.26 0.22 0.21 0.22 0.25 0.25 0.34 0.42 0.28 0.30 0.24 0.37 0.39 0.31
C2 0.20 0.19 0.19 0.20 0.19 0.26 0.19 0.27 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.22 0.30 0.25 0.20 0.20 0.23 0.32 0.21
C2' 0.23 0.33 0.34 0.41 0.21 0.37 0.22 0.39 0.28 0.20 0.34 0.43 0.25 0.19 0.20 0.42 0.58 0.26 0.33 0.30 0.47 0.40 0.34
C3' 0.43 0.80 0.37 0.38 0.61 0.43 0.67 0.45 0.78 0.51 0.85 0.89 0.67 0.59 0.51 0.34 0.46 0.42 0.39 0.83 0.41 0.49 0.42
C4 0.24 0.19 0.27 0.28 0.22 0.29 0.22 0.30 0.21 0.23 0.20 0.19 0.20 0.23 0.23 0.30 0.37 0.26 0.26 0.21 0.31 0.36 0.26
C4' 0.20 0.46 0.21 0.27 0.32 0.34 0.37 0.39 0.47 0.25 0.52 0.54 0.35 0.32 0.24 0.23 0.38 0.28 0.29 0.52 0.38 0.37 0.32
C5 0.25 0.19 0.28 0.29 0.22 0.28 0.22 0.29 0.21 0.24 0.20 0.19 0.20 0.23 0.24 0.31 0.37 0.26 0.27 0.21 0.31 0.36 0.27
C5' 0.22 0.71 0.23 0.31 0.46 0.42 0.57 0.50 0.74 0.34 0.81 0.82 0.51 0.48 0.30 0.24 0.43 0.34 0.37 0.83 0.48 0.40 0.39
C6 0.23 0.18 0.23 0.23 0.21 0.25 0.21 0.26 0.20 0.23 0.19 0.18 0.20 0.22 0.23 0.25 0.32 0.24 0.22 0.20 0.25 0.34 0.23
C8 0.26 0.19 0.33 0.36 0.23 0.32 0.23 0.34 0.22 0.27 0.20 0.19 0.20 0.26 0.25 0.36 0.46 0.28 0.32 0.23 0.39 0.41 0.33
N1 0.20 0.18 0.19 0.19 0.19 0.24 0.19 0.24 0.19 0.20 0.19 0.19 0.19 0.19 0.20 0.21 0.29 0.24 0.19 0.19 0.22 0.32 0.20
N3 0.22 0.19 0.23 0.24 0.20 0.28 0.20 0.29 0.20 0.21 0.20 0.20 0.20 0.21 0.21 0.27 0.34 0.26 0.23 0.21 0.27 0.33 0.24
N6 0.23 0.18 0.24 0.23 0.22 0.23 0.22 0.23 0.20 0.24 0.18 0.18 0.20 0.23 0.24 0.24 0.30 0.24 0.22 0.20 0.24 0.35 0.23
N7 0.26 0.19 0.33 0.35 0.23 0.31 0.23 0.32 0.22 0.27 0.20 0.19 0.20 0.26 0.26 0.36 0.44 0.27 0.31 0.22 0.37 0.40 0.31
N9 0.25 0.20 0.30 0.32 0.22 0.31 0.23 0.33 0.22 0.25 0.21 0.19 0.20 0.24 0.24 0.34 0.42 0.27 0.29 0.22 0.36 0.38 0.30
O2' 0.67 0.45 0.89 0.94 0.60 0.76 0.61 0.78 0.55 0.71 0.47 0.34 0.51 0.69 0.66 0.89 1.07 0.62 0.83 0.56 0.97 0.92 0.84
O3' 0.26 0.64 0.27 0.32 0.44 0.35 0.51 0.38 0.65 0.35 0.71 0.73 0.48 0.44 0.33 0.33 0.48 0.27 0.29 0.71 0.38 0.38 0.31
O4' 0.25 0.31 0.26 0.28 0.26 0.33 0.27 0.37 0.31 0.24 0.32 0.34 0.27 0.25 0.24 0.29 0.38 0.31 0.30 0.32 0.36 0.38 0.31
O5' 1.31 1.67 1.38 1.39 1.53 1.30 1.63 1.33 1.74 1.47 1.76 1.70 1.54 1.58 1.43 1.24 1.40 1.24 1.37 1.81 1.35 1.48 1.39
OP1 1.92 2.19 2.07 2.12 2.14 1.95 2.26 2.00 2.36 2.14 2.33 2.16 2.09 2.25 2.06 1.89 2.14 1.86 2.08 2.45 2.08 2.22 2.11
OP2 1.73 1.93 1.70 1.84 1.80 1.95 1.92 2.03 2.07 1.82 2.09 1.97 1.77 1.90 1.76 1.67 1.88 1.84 1.94 2.19 2.02 1.94 1.98
P 1.57 2.02 1.63 1.67 1.86 1.59 1.99 1.65 2.15 1.80 2.17 2.06 1.85 1.94 1.73 1.46 1.66 1.54 1.68 2.26 1.67 1.81 1.71

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.04 0.06 0.04 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.08 0.03 0.09 0.26 0.11
C2 0.04 0.00 0.12 0.12 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.19 0.09 0.17 0.02 0.16 0.31 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.08 0.01 0.07 0.02 0.09 0.05 0.11 0.14 0.12 0.06 0.03 0.00 0.03 0.01 0.10 0.09 0.13 0.23 0.09
C3' 0.01 0.12 0.01 0.00 0.10 0.01 0.13 0.02 0.14 0.13 0.13 0.14 0.11 0.15 0.08 0.02 0.01 0.01 0.11 0.15 0.14 0.21 0.09
C4 0.02 0.01 0.08 0.10 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.11 0.05 0.17 0.02 0.17 0.30 0.17
C4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.10 0.06 0.12 0.08 0.09 0.04 0.08 0.02 0.00 0.02 0.06 0.08 0.19 0.05
C5 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.00 0.10 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.12 0.03 0.22 0.01 0.24 0.35 0.24
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.00 0.10 0.15 0.08 0.11 0.08 0.15 0.07 0.07 0.07 0.02 0.01 0.12 0.08 0.12 0.02
C6 0.03 0.01 0.09 0.14 0.01 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.15 0.05 0.23 0.01 0.26 0.37 0.25
C8 0.01 0.02 0.05 0.13 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.05 0.24 0.02 0.23 0.32 0.24
N1 0.04 0.01 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.08 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.17 0.07 0.20 0.02 0.21 0.34 0.21
N2 0.06 0.01 0.14 0.14 0.02 0.12 0.02 0.11 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.12 0.23 0.11 0.16 0.03 0.15 0.30 0.15
N3 0.04 0.01 0.12 0.11 0.01 0.08 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.17 0.09 0.15 0.02 0.14 0.28 0.14
N7 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.09 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.13 0.03 0.26 0.02 0.29 0.37 0.28
N9 0.01 0.02 0.03 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.16 0.02 0.15 0.28 0.16
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.06 0.08 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.12 0.08 0.08 0.05 0.00 0.07 0.07 0.05 0.10 0.11 0.22 0.07
O3' 0.06 0.19 0.03 0.01 0.11 0.02 0.12 0.07 0.15 0.11 0.17 0.23 0.17 0.13 0.06 0.07 0.00 0.03 0.15 0.16 0.21 0.24 0.16
O4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.02 0.05 0.05 0.07 0.11 0.09 0.03 0.01 0.07 0.03 0.00 0.08 0.04 0.11 0.27 0.14
O5' 0.08 0.17 0.10 0.11 0.17 0.02 0.22 0.01 0.23 0.24 0.20 0.16 0.15 0.26 0.16 0.05 0.15 0.08 0.00 0.26 0.02 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.09 0.15 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.10 0.16 0.04 0.26 0.00 0.31 0.40 0.29
OP1 0.09 0.16 0.13 0.14 0.17 0.08 0.24 0.08 0.26 0.23 0.21 0.15 0.14 0.29 0.15 0.11 0.21 0.11 0.02 0.31 0.00 0.02 0.01
OP2 0.26 0.31 0.23 0.21 0.30 0.19 0.35 0.12 0.37 0.32 0.34 0.30 0.28 0.37 0.28 0.22 0.24 0.27 0.02 0.40 0.02 0.00 0.01
P 0.11 0.17 0.09 0.09 0.17 0.05 0.24 0.02 0.25 0.24 0.21 0.15 0.14 0.28 0.16 0.07 0.16 0.14 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00