ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55073

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 2, 1, 6, 11, 6, 4, 4, 1, 2, 3, 1, 1, 1, 1, 1, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.007, 0.018, 0.028, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.030 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.014, 0.031, 0.049, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C5 A 0, 0.007, 0.025, 0.044, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.013, 0.039, 0.064, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.039 std_dev=0.025
N9 A 0, 0.021, 0.050, 0.079, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.050 std_dev=0.029
N6 A 0, 0.014, 0.049, 0.084, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.049 std_dev=0.035
N7 A 0, 0.013, 0.055, 0.096, 0.137 max_d=0.137 avg_d=0.055 std_dev=0.041
C8 A 0, 0.021, 0.075, 0.128, 0.185 max_d=0.185 avg_d=0.075 std_dev=0.053
N2 B 0, 0.192, 0.484, 0.777, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.484 std_dev=0.293
N3 B 0, 0.302, 0.622, 0.942, 1.290 max_d=1.290 avg_d=0.622 std_dev=0.320
C2 B 0, 0.158, 0.496, 0.835, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.496 std_dev=0.339
N1 B 0, 0.232, 0.586, 0.940, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.586 std_dev=0.354
O4' A 0, 0.317, 0.722, 1.126, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.722 std_dev=0.404
C2' A 0, 0.349, 0.756, 1.163, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.756 std_dev=0.407
C1' B 0, 0.741, 1.158, 1.574, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.158 std_dev=0.416
C4 B 0, 0.257, 0.679, 1.100, 1.684 max_d=1.684 avg_d=0.679 std_dev=0.422
C6 B 0, 0.256, 0.686, 1.115, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.686 std_dev=0.430
O4' B 0, 0.795, 1.237, 1.678, 2.111 max_d=2.111 avg_d=1.237 std_dev=0.442
O6 B 0, 0.402, 0.847, 1.293, 2.040 max_d=2.040 avg_d=0.847 std_dev=0.446
N9 B 0, 0.441, 0.891, 1.342, 2.027 max_d=2.027 avg_d=0.891 std_dev=0.451
C2' B 0, 0.902, 1.367, 1.832, 2.566 max_d=2.566 avg_d=1.367 std_dev=0.465
C5 B 0, 0.142, 0.658, 1.175, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.658 std_dev=0.516
C3' B 0, 0.796, 1.314, 1.833, 2.193 max_d=2.193 avg_d=1.314 std_dev=0.518
C4' B 0, 0.814, 1.343, 1.873, 2.255 max_d=2.255 avg_d=1.343 std_dev=0.529
O2' A 0, 0.565, 1.105, 1.644, 1.980 max_d=1.980 avg_d=1.105 std_dev=0.539
O3' B 0, 1.353, 1.901, 2.449, 2.711 max_d=2.711 avg_d=1.901 std_dev=0.548
C8 B 0, 0.295, 0.889, 1.483, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.889 std_dev=0.594
O5' B 0, 0.734, 1.353, 1.973, 2.532 max_d=2.532 avg_d=1.353 std_dev=0.619
N7 B 0, 0.161, 0.784, 1.407, 2.258 max_d=2.258 avg_d=0.784 std_dev=0.623
C5' B 0, 0.838, 1.482, 2.126, 2.764 max_d=2.764 avg_d=1.482 std_dev=0.644
C4' A 0, 0.676, 1.330, 1.984, 2.230 max_d=2.230 avg_d=1.330 std_dev=0.654
C3' A 0, 0.763, 1.494, 2.225, 2.256 max_d=2.256 avg_d=1.494 std_dev=0.731
C5' A 0, 0.865, 1.606, 2.347, 3.544 max_d=3.544 avg_d=1.606 std_dev=0.741
P B 0, 0.776, 1.524, 2.271, 3.018 max_d=3.018 avg_d=1.524 std_dev=0.748
OP2 B 0, 0.633, 1.394, 2.156, 3.633 max_d=3.633 avg_d=1.394 std_dev=0.762
O5' A 0, 0.677, 1.544, 2.412, 4.888 max_d=4.888 avg_d=1.544 std_dev=0.867
OP1 B 0, 0.779, 1.720, 2.662, 3.550 max_d=3.550 avg_d=1.720 std_dev=0.942
O2' B 0, 1.300, 2.302, 3.305, 4.035 max_d=4.035 avg_d=2.302 std_dev=1.002
P A 0, 0.675, 1.731, 2.786, 5.938 max_d=5.938 avg_d=1.731 std_dev=1.056
OP1 A 0, 0.637, 1.725, 2.813, 5.100 max_d=5.100 avg_d=1.725 std_dev=1.088
O3' A 0, 1.213, 2.389, 3.566, 3.359 max_d=3.359 avg_d=2.389 std_dev=1.176
OP2 A 0, 1.188, 2.998, 4.808, 6.449 max_d=6.449 avg_d=2.998 std_dev=1.810

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.10 0.02 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.32 0.00 0.27 0.59 0.55 0.40
C2 0.03 0.00 0.31 0.24 0.01 0.11 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.20 0.29 0.24 0.25 0.89 0.77 0.47
C2' 0.00 0.31 0.00 0.00 0.17 0.02 0.09 0.22 0.16 0.15 0.26 0.30 0.12 0.08 0.02 0.00 0.02 0.02 0.57 0.77 0.55 0.62
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.25 0.00 0.33 0.03 0.34 0.31 0.30 0.19 0.38 0.36 0.22 0.02 0.01 0.02 0.22 0.18 0.19 0.17
C4 0.02 0.01 0.17 0.25 0.00 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.17 0.13 0.27 0.92 0.69 0.50
C4' 0.01 0.11 0.02 0.00 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.17 0.09 0.11 0.09 0.15 0.07 0.31 0.04 0.01 0.02 0.31 0.32 0.07
C5 0.02 0.01 0.09 0.33 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.14 0.09 0.32 1.11 0.70 0.57
C5' 0.10 0.20 0.22 0.03 0.15 0.01 0.17 0.00 0.19 0.19 0.20 0.18 0.20 0.20 0.12 0.11 0.20 0.02 0.01 0.41 0.34 0.02
C6 0.02 0.01 0.16 0.34 0.01 0.08 0.01 0.19 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.22 0.16 0.14 0.31 1.14 0.75 0.57
C8 0.01 0.01 0.15 0.31 0.01 0.17 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.37 0.16 0.11 0.39 1.11 0.59 0.62
N1 0.03 0.00 0.26 0.30 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.20 0.20 0.27 1.03 0.77 0.52
N3 0.03 0.00 0.30 0.19 0.00 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.32 0.22 0.24 0.81 0.72 0.45
N6 0.03 0.01 0.12 0.38 0.01 0.09 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.27 0.19 0.12 0.34 1.25 0.74 0.61
N7 0.01 0.01 0.08 0.36 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.36 0.20 0.05 0.40 1.23 0.64 0.65
N9 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.19 0.11 0.02 0.29 0.87 0.61 0.50
O2' 0.02 0.20 0.00 0.02 0.15 0.31 0.25 0.11 0.22 0.37 0.18 0.19 0.27 0.36 0.19 0.00 0.06 0.21 0.48 0.69 0.46 0.54
O3' 0.32 0.29 0.02 0.01 0.17 0.04 0.14 0.20 0.16 0.16 0.20 0.32 0.19 0.20 0.11 0.06 0.00 0.24 0.24 0.46 0.44 0.31
O4' 0.00 0.24 0.02 0.02 0.13 0.01 0.09 0.02 0.14 0.11 0.20 0.22 0.12 0.05 0.02 0.21 0.24 0.00 0.08 0.47 0.53 0.23
O5' 0.27 0.25 0.57 0.22 0.27 0.02 0.32 0.01 0.31 0.39 0.27 0.24 0.34 0.40 0.29 0.48 0.24 0.08 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.59 0.89 0.77 0.18 0.92 0.31 1.11 0.41 1.14 1.11 1.03 0.81 1.25 1.23 0.87 0.69 0.46 0.47 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.55 0.77 0.55 0.19 0.69 0.32 0.70 0.34 0.75 0.59 0.77 0.72 0.74 0.64 0.61 0.46 0.44 0.53 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.40 0.47 0.62 0.17 0.50 0.07 0.57 0.02 0.57 0.62 0.52 0.45 0.61 0.65 0.50 0.54 0.31 0.23 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.35 0.16 0.76 0.31 0.17 0.32 0.16 0.35 0.18 0.22 0.20 0.19 0.16 0.17 0.24 1.15 0.64 0.28 0.30 0.22 0.33 0.41 0.36
C2 0.28 0.16 0.67 0.27 0.18 0.19 0.17 0.20 0.19 0.20 0.20 0.18 0.17 0.18 0.22 0.77 0.54 0.19 0.18 0.21 0.18 0.30 0.21
C2' 0.41 0.30 0.87 0.36 0.28 0.33 0.26 0.35 0.28 0.30 0.31 0.34 0.29 0.26 0.32 1.27 0.61 0.27 0.29 0.30 0.33 0.38 0.33
C3' 0.60 0.30 1.10 0.63 0.37 0.49 0.31 0.46 0.27 0.43 0.28 0.31 0.36 0.34 0.46 1.55 0.72 0.37 0.45 0.27 0.49 0.53 0.46
C4 0.34 0.15 0.74 0.28 0.18 0.27 0.16 0.29 0.17 0.22 0.19 0.19 0.16 0.18 0.24 1.06 0.61 0.25 0.25 0.19 0.27 0.37 0.30
C4' 0.37 0.23 0.82 0.36 0.19 0.33 0.23 0.37 0.31 0.24 0.32 0.26 0.17 0.23 0.25 1.31 0.62 0.28 0.33 0.38 0.36 0.45 0.40
C5 0.36 0.17 0.74 0.27 0.21 0.29 0.19 0.32 0.18 0.26 0.19 0.21 0.18 0.22 0.27 1.13 0.62 0.28 0.28 0.20 0.29 0.40 0.34
C5' 0.38 0.36 0.76 0.30 0.31 0.38 0.38 0.46 0.46 0.34 0.46 0.38 0.29 0.38 0.32 1.31 0.60 0.38 0.42 0.53 0.47 0.55 0.53
C6 0.33 0.18 0.71 0.25 0.20 0.23 0.19 0.26 0.19 0.25 0.20 0.21 0.18 0.21 0.26 0.99 0.58 0.25 0.24 0.20 0.24 0.35 0.28
C8 0.40 0.17 0.76 0.32 0.22 0.36 0.20 0.41 0.19 0.29 0.20 0.21 0.19 0.24 0.29 1.26 0.67 0.33 0.36 0.21 0.39 0.47 0.43
N1 0.28 0.16 0.66 0.26 0.18 0.19 0.17 0.20 0.17 0.21 0.18 0.19 0.17 0.18 0.22 0.77 0.53 0.20 0.19 0.18 0.18 0.30 0.21
N3 0.30 0.16 0.71 0.27 0.17 0.22 0.16 0.23 0.18 0.20 0.20 0.19 0.16 0.17 0.22 0.91 0.57 0.21 0.20 0.21 0.21 0.33 0.24
N6 0.36 0.23 0.70 0.24 0.25 0.23 0.25 0.27 0.24 0.29 0.24 0.25 0.23 0.27 0.30 1.04 0.57 0.27 0.26 0.25 0.25 0.37 0.30
N7 0.40 0.19 0.75 0.31 0.24 0.36 0.23 0.40 0.21 0.31 0.21 0.22 0.20 0.26 0.31 1.26 0.66 0.34 0.36 0.22 0.38 0.47 0.42
N9 0.36 0.16 0.76 0.30 0.19 0.32 0.17 0.35 0.17 0.24 0.19 0.20 0.17 0.19 0.26 1.16 0.64 0.29 0.30 0.20 0.33 0.42 0.36
O2' 0.44 0.25 0.73 0.46 0.29 0.56 0.27 0.59 0.26 0.34 0.27 0.27 0.28 0.29 0.35 1.02 0.82 0.51 0.49 0.28 0.52 0.46 0.50
O3' 0.43 0.29 0.94 0.55 0.21 0.43 0.23 0.42 0.32 0.25 0.37 0.36 0.21 0.21 0.28 1.35 0.72 0.30 0.38 0.39 0.45 0.44 0.40
O4' 0.35 0.32 0.71 0.30 0.26 0.35 0.32 0.41 0.39 0.29 0.41 0.35 0.25 0.31 0.27 1.16 0.65 0.34 0.37 0.46 0.40 0.49 0.45
O5' 0.47 0.36 0.82 0.52 0.33 0.53 0.36 0.57 0.41 0.38 0.42 0.38 0.32 0.37 0.37 1.38 0.85 0.45 0.53 0.46 0.58 0.62 0.60
OP1 1.26 1.13 1.17 1.46 1.22 1.57 1.23 1.65 1.20 1.28 1.16 1.08 1.17 1.27 1.26 1.28 1.79 1.49 1.60 1.21 1.68 1.64 1.68
OP2 0.54 0.99 0.48 0.66 0.86 0.80 1.00 0.91 1.14 0.82 1.13 1.01 0.84 0.97 0.73 1.03 1.03 0.82 0.87 1.24 0.88 0.97 0.95
P 0.57 0.57 0.75 0.72 0.54 0.79 0.58 0.85 0.63 0.55 0.64 0.59 0.52 0.58 0.54 1.30 1.06 0.71 0.80 0.68 0.87 0.87 0.88

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.33 0.00 0.21 0.02 0.19 0.28 0.18
C2 0.03 0.00 0.26 0.22 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.33 0.15 0.19 0.01 0.12 0.14 0.11
C2' 0.01 0.26 0.00 0.00 0.13 0.01 0.06 0.21 0.11 0.16 0.19 0.32 0.25 0.11 0.03 0.00 0.04 0.02 0.48 0.08 0.52 0.59 0.51
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.25 0.00 0.34 0.01 0.35 0.35 0.29 0.19 0.18 0.39 0.23 0.02 0.01 0.02 0.14 0.38 0.21 0.09 0.10
C4 0.01 0.01 0.13 0.25 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.17 0.08 0.19 0.01 0.12 0.15 0.11
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.05 0.00 0.11 0.01 0.09 0.19 0.05 0.10 0.06 0.18 0.08 0.33 0.03 0.00 0.01 0.12 0.08 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.34 0.00 0.11 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.36 0.12 0.04 0.22 0.01 0.13 0.13 0.13
C5' 0.07 0.09 0.21 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.08 0.13 0.07 0.12 0.09 0.14 0.05 0.11 0.23 0.01 0.01 0.11 0.09 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.11 0.35 0.01 0.09 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.14 0.07 0.22 0.01 0.14 0.15 0.14
C8 0.02 0.01 0.16 0.35 0.01 0.19 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.21 0.10 0.22 0.02 0.12 0.14 0.12
N1 0.03 0.00 0.19 0.29 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.21 0.12 0.20 0.01 0.13 0.13 0.12
N2 0.04 0.01 0.32 0.19 0.01 0.10 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.17 0.44 0.19 0.19 0.01 0.14 0.15 0.12
N3 0.03 0.00 0.25 0.18 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.14 0.36 0.15 0.18 0.01 0.14 0.16 0.12
N7 0.02 0.01 0.11 0.39 0.00 0.18 0.00 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.44 0.24 0.06 0.25 0.02 0.16 0.14 0.16
N9 0.01 0.01 0.03 0.23 0.00 0.08 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.10 0.01 0.19 0.01 0.13 0.19 0.12
O2' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.23 0.33 0.36 0.11 0.36 0.39 0.26 0.17 0.14 0.44 0.24 0.00 0.06 0.23 0.31 0.42 0.37 0.65 0.40
O3' 0.33 0.33 0.04 0.01 0.17 0.03 0.12 0.23 0.14 0.21 0.21 0.44 0.36 0.24 0.10 0.06 0.00 0.22 0.28 0.18 0.45 0.35 0.35
O4' 0.00 0.15 0.02 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.07 0.10 0.12 0.19 0.15 0.06 0.01 0.23 0.22 0.00 0.09 0.05 0.07 0.25 0.11
O5' 0.21 0.19 0.48 0.14 0.19 0.01 0.22 0.01 0.22 0.22 0.20 0.19 0.18 0.25 0.19 0.31 0.28 0.09 0.00 0.24 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.08 0.38 0.01 0.12 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.42 0.18 0.05 0.24 0.00 0.18 0.19 0.18
OP1 0.19 0.12 0.52 0.21 0.12 0.08 0.13 0.09 0.14 0.12 0.13 0.14 0.14 0.16 0.13 0.37 0.45 0.07 0.02 0.18 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.14 0.59 0.09 0.15 0.16 0.13 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.16 0.14 0.19 0.65 0.35 0.25 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.11 0.51 0.10 0.11 0.04 0.13 0.01 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.16 0.12 0.40 0.35 0.11 0.01 0.18 0.01 0.01 0.00