ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55074

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 5, 13, 5, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.013, 0.020, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.013, 0.022, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.016, 0.029, 0.043, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.029 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.015, 0.029, 0.043, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.014
N7 A 0, 0.019, 0.035, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.035 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.021, 0.037, 0.053, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.037 std_dev=0.016
N3 A 0, 0.025, 0.043, 0.061, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.043 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.020, 0.039, 0.058, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.039 std_dev=0.019
C8 A 0, 0.025, 0.044, 0.064, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.044 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.025, 0.049, 0.073, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.049 std_dev=0.024
N6 A 0, 0.018, 0.048, 0.079, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.048 std_dev=0.031
N3 B 0, 0.373, 0.547, 0.721, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.547 std_dev=0.174
C2 B 0, 0.436, 0.639, 0.842, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.639 std_dev=0.203
N1 B 0, 0.444, 0.686, 0.927, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.686 std_dev=0.242
C4 B 0, 0.325, 0.594, 0.864, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.594 std_dev=0.269
C6 B 0, 0.380, 0.675, 0.969, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.675 std_dev=0.294
C5 B 0, 0.351, 0.678, 1.006, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.678 std_dev=0.327
N2 B 0, 0.469, 0.814, 1.158, 1.596 max_d=1.596 avg_d=0.814 std_dev=0.345
O6 B 0, 0.420, 0.792, 1.163, 2.174 max_d=2.174 avg_d=0.792 std_dev=0.372
O2' B 0, 0.541, 0.920, 1.298, 2.215 max_d=2.215 avg_d=0.920 std_dev=0.379
C1' B 0, 0.481, 0.862, 1.243, 2.046 max_d=2.046 avg_d=0.862 std_dev=0.381
N9 B 0, 0.404, 0.785, 1.166, 1.784 max_d=1.784 avg_d=0.785 std_dev=0.381
C2' B 0, 0.526, 0.910, 1.294, 2.220 max_d=2.220 avg_d=0.910 std_dev=0.384
O4' B 0, 0.564, 1.038, 1.512, 2.727 max_d=2.727 avg_d=1.038 std_dev=0.474
N7 B 0, 0.395, 0.892, 1.390, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.892 std_dev=0.498
C4' B 0, 0.651, 1.171, 1.692, 3.217 max_d=3.217 avg_d=1.171 std_dev=0.521
O4' A 0, 1.257, 1.783, 2.309, 2.277 max_d=2.277 avg_d=1.783 std_dev=0.526
C8 B 0, 0.426, 0.955, 1.485, 2.356 max_d=2.356 avg_d=0.955 std_dev=0.529
C3' B 0, 0.604, 1.137, 1.670, 2.989 max_d=2.989 avg_d=1.137 std_dev=0.533
O2' A 0, 1.806, 2.364, 2.923, 2.992 max_d=2.992 avg_d=2.364 std_dev=0.559
C2' A 0, 1.356, 1.927, 2.499, 2.438 max_d=2.438 avg_d=1.927 std_dev=0.572
O3' B 0, 0.613, 1.251, 1.889, 3.412 max_d=3.412 avg_d=1.251 std_dev=0.638
O5' B 0, 0.744, 1.392, 2.040, 3.685 max_d=3.685 avg_d=1.392 std_dev=0.648
C5' B 0, 0.774, 1.434, 2.094, 3.991 max_d=3.991 avg_d=1.434 std_dev=0.660
C3' A 0, 2.248, 2.980, 3.712, 3.664 max_d=3.664 avg_d=2.980 std_dev=0.732
C4' A 0, 1.795, 2.533, 3.271, 3.220 max_d=3.220 avg_d=2.533 std_dev=0.738
P B 0, 0.711, 1.555, 2.398, 4.371 max_d=4.371 avg_d=1.555 std_dev=0.844
O3' A 0, 3.287, 4.230, 5.173, 5.013 max_d=5.013 avg_d=4.230 std_dev=0.943
OP2 B 0, 0.531, 1.493, 2.455, 4.399 max_d=4.399 avg_d=1.493 std_dev=0.962
OP1 B 0, 0.740, 1.703, 2.666, 4.800 max_d=4.800 avg_d=1.703 std_dev=0.963
O5' A 0, 4.003, 5.236, 6.470, 6.428 max_d=6.428 avg_d=5.236 std_dev=1.234
C5' A 0, 3.232, 4.515, 5.797, 5.699 max_d=5.699 avg_d=4.515 std_dev=1.282
OP1 A 0, 5.090, 6.749, 8.407, 9.027 max_d=9.027 avg_d=6.749 std_dev=1.658
P A 0, 5.456, 7.161, 8.866, 9.021 max_d=9.021 avg_d=7.161 std_dev=1.705
OP2 A 0, 6.301, 8.472, 10.642, 10.556 max_d=10.556 avg_d=8.472 std_dev=2.170

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.14 0.01 0.22 0.20 0.20 0.17
C2 0.04 0.00 0.23 0.32 0.02 0.28 0.02 0.52 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.23 0.37 0.23 0.26 0.36 0.47 0.28
C2' 0.01 0.23 0.00 0.01 0.13 0.02 0.08 0.10 0.12 0.11 0.18 0.24 0.10 0.08 0.02 0.01 0.05 0.01 0.10 0.18 0.17 0.10
C3' 0.02 0.32 0.01 0.00 0.21 0.01 0.25 0.02 0.26 0.34 0.28 0.31 0.28 0.33 0.17 0.03 0.01 0.02 0.16 0.29 0.16 0.14
C4 0.02 0.02 0.13 0.21 0.00 0.12 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.18 0.23 0.12 0.30 0.22 0.46 0.29
C4' 0.01 0.28 0.02 0.01 0.12 0.00 0.10 0.01 0.12 0.25 0.20 0.28 0.11 0.21 0.08 0.20 0.03 0.01 0.02 0.17 0.21 0.05
C5 0.02 0.02 0.08 0.25 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.20 0.25 0.06 0.54 0.48 0.77 0.58
C5' 0.04 0.52 0.10 0.02 0.21 0.01 0.14 0.00 0.20 0.40 0.38 0.50 0.17 0.33 0.10 0.11 0.10 0.02 0.01 0.24 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.12 0.26 0.01 0.12 0.01 0.20 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.22 0.31 0.10 0.44 0.39 0.73 0.49
C8 0.02 0.03 0.11 0.34 0.02 0.25 0.02 0.40 0.03 0.00 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.19 0.22 0.14 0.87 0.83 1.00 0.90
N1 0.04 0.01 0.18 0.28 0.01 0.20 0.01 0.38 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.22 0.35 0.17 0.27 0.27 0.54 0.28
N3 0.04 0.01 0.24 0.31 0.01 0.28 0.01 0.50 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.21 0.33 0.23 0.23 0.31 0.40 0.25
N6 0.03 0.02 0.10 0.28 0.02 0.11 0.02 0.17 0.01 0.04 0.02 0.02 0.00 0.05 0.03 0.24 0.32 0.08 0.57 0.56 0.93 0.66
N7 0.02 0.03 0.08 0.33 0.01 0.21 0.01 0.33 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.01 0.21 0.26 0.09 0.85 0.84 1.12 0.94
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.13 0.13 0.02 0.46 0.39 0.52 0.44
O2' 0.02 0.23 0.01 0.03 0.18 0.20 0.20 0.11 0.22 0.19 0.22 0.21 0.24 0.21 0.13 0.00 0.08 0.15 0.16 0.22 0.15 0.12
O3' 0.14 0.37 0.05 0.01 0.23 0.03 0.25 0.10 0.31 0.22 0.35 0.33 0.32 0.26 0.13 0.08 0.00 0.09 0.20 0.40 0.18 0.16
O4' 0.01 0.23 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.14 0.17 0.23 0.08 0.09 0.02 0.15 0.09 0.00 0.21 0.21 0.15 0.14
O5' 0.22 0.26 0.10 0.16 0.30 0.02 0.54 0.01 0.44 0.87 0.27 0.23 0.57 0.85 0.46 0.16 0.20 0.21 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.20 0.36 0.18 0.29 0.22 0.17 0.48 0.24 0.39 0.83 0.27 0.31 0.56 0.84 0.39 0.22 0.40 0.21 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.47 0.17 0.16 0.46 0.21 0.77 0.24 0.73 1.00 0.54 0.40 0.93 1.12 0.52 0.15 0.18 0.15 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.28 0.10 0.14 0.29 0.05 0.58 0.01 0.49 0.90 0.28 0.25 0.66 0.94 0.44 0.12 0.16 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.20 0.21 0.26 0.28 0.17 0.26 0.17 0.29 0.20 0.19 0.22 0.26 0.17 0.18 0.18 0.31 0.39 0.27 0.26 0.21 0.37 0.33 0.35
C2 0.22 0.24 0.25 0.25 0.22 0.22 0.24 0.21 0.25 0.23 0.26 0.29 0.22 0.24 0.22 0.28 0.30 0.25 0.28 0.27 0.32 0.40 0.33
C2' 0.23 0.29 0.25 0.25 0.24 0.25 0.27 0.27 0.30 0.25 0.32 0.34 0.24 0.26 0.23 0.27 0.37 0.29 0.26 0.33 0.33 0.36 0.34
C3' 0.26 0.36 0.45 0.48 0.27 0.37 0.30 0.38 0.36 0.26 0.39 0.42 0.29 0.28 0.25 0.48 0.65 0.28 0.29 0.38 0.43 0.28 0.30
C4 0.20 0.21 0.25 0.26 0.17 0.24 0.18 0.24 0.20 0.19 0.21 0.25 0.18 0.18 0.18 0.30 0.35 0.25 0.24 0.21 0.32 0.33 0.31
C4' 0.21 0.30 0.35 0.40 0.18 0.37 0.20 0.41 0.28 0.18 0.33 0.39 0.21 0.18 0.17 0.41 0.57 0.31 0.32 0.30 0.48 0.31 0.40
C5 0.19 0.19 0.26 0.26 0.16 0.24 0.17 0.24 0.18 0.17 0.19 0.23 0.17 0.17 0.17 0.31 0.35 0.24 0.24 0.19 0.32 0.32 0.31
C5' 0.27 0.45 0.42 0.51 0.23 0.53 0.28 0.58 0.41 0.21 0.50 0.59 0.29 0.22 0.19 0.52 0.73 0.42 0.45 0.46 0.65 0.36 0.52
C6 0.20 0.19 0.26 0.25 0.17 0.22 0.18 0.21 0.19 0.18 0.19 0.23 0.18 0.18 0.18 0.29 0.31 0.22 0.25 0.19 0.30 0.34 0.30
C8 0.19 0.19 0.27 0.30 0.16 0.27 0.16 0.30 0.17 0.18 0.18 0.23 0.16 0.16 0.17 0.33 0.42 0.26 0.28 0.18 0.39 0.33 0.36
N1 0.22 0.23 0.26 0.25 0.21 0.22 0.22 0.21 0.23 0.22 0.23 0.26 0.21 0.22 0.22 0.27 0.29 0.23 0.29 0.24 0.32 0.39 0.32
N3 0.21 0.23 0.25 0.24 0.20 0.23 0.22 0.22 0.24 0.21 0.25 0.28 0.20 0.22 0.21 0.28 0.32 0.25 0.25 0.25 0.31 0.36 0.31
N6 0.19 0.18 0.27 0.26 0.16 0.22 0.16 0.21 0.17 0.17 0.18 0.20 0.16 0.17 0.17 0.29 0.31 0.21 0.25 0.18 0.31 0.34 0.30
N7 0.19 0.18 0.27 0.29 0.15 0.26 0.15 0.28 0.16 0.17 0.18 0.22 0.16 0.16 0.17 0.33 0.41 0.25 0.27 0.17 0.36 0.32 0.34
N9 0.20 0.20 0.26 0.28 0.16 0.26 0.17 0.27 0.19 0.18 0.20 0.25 0.17 0.17 0.18 0.31 0.39 0.26 0.26 0.20 0.36 0.33 0.34
O2' 0.48 0.38 0.38 0.38 0.42 0.48 0.44 0.52 0.43 0.49 0.41 0.39 0.38 0.48 0.46 0.37 0.39 0.58 0.53 0.44 0.54 0.64 0.61
O3' 0.28 0.43 0.45 0.47 0.35 0.33 0.40 0.34 0.46 0.34 0.48 0.49 0.36 0.38 0.31 0.43 0.62 0.29 0.29 0.49 0.39 0.33 0.29
O4' 0.24 0.28 0.30 0.34 0.21 0.35 0.22 0.39 0.27 0.22 0.30 0.35 0.22 0.22 0.21 0.37 0.48 0.33 0.33 0.29 0.48 0.37 0.43
O5' 0.79 0.29 0.96 1.09 0.46 1.10 0.41 1.15 0.30 0.64 0.29 0.33 0.39 0.51 0.63 1.08 1.30 0.92 0.99 0.29 1.20 0.84 1.02
OP1 0.86 0.35 1.07 1.27 0.45 1.29 0.41 1.36 0.35 0.69 0.39 0.46 0.36 0.53 0.66 1.22 1.55 1.04 1.25 0.39 1.53 1.09 1.32
OP2 1.33 0.65 1.51 1.69 0.93 1.72 0.89 1.78 0.75 1.19 0.66 0.59 0.80 1.04 1.15 1.64 1.92 1.49 1.56 0.73 1.79 1.40 1.58
P 1.00 0.33 1.17 1.35 0.59 1.40 0.53 1.47 0.38 0.84 0.33 0.35 0.47 0.68 0.81 1.32 1.59 1.18 1.30 0.35 1.54 1.13 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.23 0.03 0.24 0.23 0.19
C2 0.04 0.00 0.09 0.12 0.01 0.05 0.02 0.15 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.15 0.14 0.04 0.36 0.02 0.37 0.39 0.32
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.07 0.07 0.12 0.09 0.06 0.02 0.01 0.01 0.02 0.17 0.06 0.25 0.13 0.11
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.10 0.01 0.13 0.03 0.14 0.15 0.13 0.13 0.10 0.15 0.08 0.02 0.01 0.02 0.22 0.15 0.33 0.12 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.10 0.00 0.06 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.10 0.02 0.38 0.02 0.37 0.35 0.31
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.01 0.10 0.12 0.07 0.06 0.05 0.13 0.07 0.07 0.02 0.01 0.03 0.12 0.16 0.20 0.06
C5 0.02 0.02 0.04 0.13 0.01 0.10 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.14 0.02 0.46 0.02 0.46 0.45 0.41
C5' 0.05 0.15 0.03 0.03 0.17 0.01 0.23 0.00 0.24 0.24 0.20 0.13 0.13 0.27 0.16 0.07 0.04 0.03 0.01 0.27 0.25 0.26 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.14 0.01 0.10 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.15 0.03 0.48 0.01 0.49 0.50 0.44
C8 0.02 0.02 0.07 0.15 0.01 0.12 0.01 0.24 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.17 0.05 0.48 0.03 0.43 0.36 0.38
N1 0.04 0.01 0.07 0.13 0.01 0.07 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.13 0.14 0.04 0.42 0.02 0.44 0.46 0.39
N2 0.04 0.01 0.12 0.13 0.02 0.06 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.02 0.19 0.17 0.05 0.33 0.03 0.35 0.38 0.31
N3 0.04 0.01 0.09 0.10 0.01 0.05 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.14 0.12 0.05 0.32 0.02 0.32 0.33 0.28
N7 0.02 0.02 0.06 0.15 0.01 0.13 0.01 0.27 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.00 0.01 0.05 0.18 0.05 0.52 0.03 0.51 0.48 0.46
N9 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.01 0.36 0.02 0.33 0.29 0.27
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.09 0.07 0.07 0.07 0.09 0.05 0.13 0.19 0.14 0.05 0.03 0.00 0.04 0.07 0.07 0.09 0.16 0.13 0.07
O3' 0.02 0.14 0.01 0.01 0.10 0.02 0.14 0.04 0.15 0.17 0.14 0.17 0.12 0.18 0.08 0.04 0.00 0.02 0.28 0.18 0.40 0.21 0.25
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.05 0.05 0.05 0.01 0.07 0.02 0.00 0.24 0.04 0.25 0.28 0.23
O5' 0.23 0.36 0.17 0.22 0.38 0.03 0.46 0.01 0.48 0.48 0.42 0.33 0.32 0.52 0.36 0.07 0.28 0.24 0.00 0.52 0.03 0.02 0.01
O6 0.03 0.02 0.06 0.15 0.02 0.12 0.02 0.27 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.02 0.09 0.18 0.04 0.52 0.00 0.56 0.57 0.50
OP1 0.24 0.37 0.25 0.33 0.37 0.16 0.46 0.25 0.49 0.43 0.44 0.35 0.32 0.51 0.33 0.16 0.40 0.25 0.03 0.56 0.00 0.02 0.02
OP2 0.23 0.39 0.13 0.12 0.35 0.20 0.45 0.26 0.50 0.36 0.46 0.38 0.33 0.48 0.29 0.13 0.21 0.28 0.02 0.57 0.02 0.00 0.01
P 0.19 0.32 0.11 0.17 0.31 0.06 0.41 0.02 0.44 0.38 0.39 0.31 0.28 0.46 0.27 0.07 0.25 0.23 0.01 0.50 0.02 0.01 0.00