ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55076

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 4, 3, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.002, 0.007, 0.013, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.007 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.013, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.009
N9 A 0, 0.004, 0.016, 0.028, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.016 std_dev=0.012
N6 A 0, 0.006, 0.022, 0.037, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.022 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.007, 0.025, 0.042, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.025 std_dev=0.018
C8 A 0, 0.006, 0.027, 0.048, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.027 std_dev=0.021
N1 B 0, 0.136, 0.289, 0.443, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.289 std_dev=0.153
C6 B 0, 0.145, 0.302, 0.459, 0.703 max_d=0.703 avg_d=0.302 std_dev=0.157
C5 B 0, 0.133, 0.302, 0.472, 0.619 max_d=0.619 avg_d=0.302 std_dev=0.169
C2 B 0, 0.101, 0.281, 0.460, 0.690 max_d=0.690 avg_d=0.281 std_dev=0.179
O6 B 0, 0.158, 0.346, 0.533, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.346 std_dev=0.188
N2 B 0, 0.108, 0.308, 0.507, 0.729 max_d=0.729 avg_d=0.308 std_dev=0.200
N7 B 0, 0.132, 0.337, 0.542, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.337 std_dev=0.205
C4 B 0, 0.091, 0.298, 0.506, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.298 std_dev=0.207
O4' B 0, 0.110, 0.318, 0.526, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.318 std_dev=0.208
N3 B 0, 0.064, 0.287, 0.510, 0.844 max_d=0.844 avg_d=0.287 std_dev=0.223
C8 B 0, 0.088, 0.350, 0.612, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.350 std_dev=0.262
N9 B 0, 0.056, 0.337, 0.618, 0.922 max_d=0.922 avg_d=0.337 std_dev=0.281
C4' B 0, 0.018, 0.415, 0.812, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.415 std_dev=0.397
C1' B 0, -0.027, 0.393, 0.814, 1.285 max_d=1.285 avg_d=0.393 std_dev=0.421
C5' B 0, 0.035, 0.477, 0.918, 1.533 max_d=1.533 avg_d=0.477 std_dev=0.442
O5' B 0, 0.013, 0.558, 1.104, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.558 std_dev=0.545
C2' A 0, -0.312, 0.379, 1.070, 2.019 max_d=2.019 avg_d=0.379 std_dev=0.691
O4' A 0, -0.320, 0.395, 1.110, 2.108 max_d=2.108 avg_d=0.395 std_dev=0.715
O2' A 0, -0.294, 0.424, 1.143, 2.241 max_d=2.241 avg_d=0.424 std_dev=0.718
C3' B 0, -0.193, 0.544, 1.282, 2.267 max_d=2.267 avg_d=0.544 std_dev=0.738
C2' B 0, -0.228, 0.530, 1.288, 2.247 max_d=2.247 avg_d=0.530 std_dev=0.758
P B 0, -0.061, 0.731, 1.524, 2.466 max_d=2.466 avg_d=0.731 std_dev=0.793
OP2 B 0, -0.119, 0.835, 1.790, 2.939 max_d=2.939 avg_d=0.835 std_dev=0.955
O2' B 0, -0.308, 0.686, 1.680, 2.941 max_d=2.941 avg_d=0.686 std_dev=0.994
OP1 B 0, -0.138, 0.857, 1.853, 3.050 max_d=3.050 avg_d=0.857 std_dev=0.996
C4' A 0, -0.455, 0.579, 1.614, 3.024 max_d=3.024 avg_d=0.579 std_dev=1.035
C3' A 0, -0.488, 0.616, 1.720, 3.230 max_d=3.230 avg_d=0.616 std_dev=1.104
O3' B 0, -0.373, 0.747, 1.867, 3.237 max_d=3.237 avg_d=0.747 std_dev=1.120
O3' A 0, -0.647, 0.860, 2.367, 4.435 max_d=4.435 avg_d=0.860 std_dev=1.507
C5' A 0, -0.765, 1.000, 2.765, 5.191 max_d=5.191 avg_d=1.000 std_dev=1.765
O5' A 0, -0.846, 1.417, 3.680, 6.702 max_d=6.702 avg_d=1.417 std_dev=2.263
P A 0, -1.410, 1.668, 4.746, 8.816 max_d=8.816 avg_d=1.668 std_dev=3.078
OP1 A 0, -1.183, 1.997, 5.178, 9.407 max_d=9.407 avg_d=1.997 std_dev=3.180
OP2 A 0, -1.428, 2.102, 5.631, 10.374 max_d=10.374 avg_d=2.102 std_dev=3.529

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.36 0.40 0.25 0.28
C2 0.02 0.00 0.33 0.09 0.00 0.35 0.01 0.65 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.15 0.42 0.18 0.48 0.35 0.39
C2' 0.00 0.33 0.00 0.00 0.13 0.01 0.02 0.03 0.09 0.24 0.22 0.35 0.03 0.17 0.05 0.00 0.01 0.00 0.18 0.33 0.37 0.13
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.04 0.00 0.09 0.03 0.07 0.14 0.05 0.10 0.10 0.14 0.07 0.01 0.01 0.01 0.08 0.34 0.40 0.17
C4 0.01 0.00 0.13 0.04 0.00 0.17 0.00 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.16 0.04 0.21 0.43 0.75 0.45 0.60
C4' 0.01 0.35 0.01 0.00 0.17 0.00 0.10 0.01 0.16 0.11 0.27 0.35 0.13 0.06 0.03 0.03 0.04 0.00 0.02 0.44 0.22 0.19
C5 0.01 0.01 0.02 0.09 0.00 0.10 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.07 0.58 1.13 0.64 0.87
C5' 0.03 0.65 0.03 0.03 0.27 0.01 0.15 0.00 0.28 0.21 0.50 0.61 0.21 0.13 0.05 0.04 0.05 0.02 0.01 0.20 0.30 0.01
C6 0.02 0.00 0.09 0.07 0.01 0.16 0.00 0.28 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.07 0.15 0.49 1.14 0.66 0.87
C8 0.01 0.01 0.24 0.14 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.21 0.18 0.23 0.72 1.14 0.64 0.88
N1 0.02 0.00 0.22 0.05 0.01 0.27 0.01 0.50 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.27 0.07 0.30 0.30 0.83 0.51 0.65
N3 0.02 0.00 0.35 0.10 0.00 0.35 0.01 0.61 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.16 0.45 0.18 0.39 0.30 0.31
N6 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.13 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.12 0.09 0.57 1.35 0.78 1.02
N7 0.01 0.01 0.17 0.14 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.19 0.14 0.74 1.34 0.75 1.01
N9 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.07 0.01 0.53 0.76 0.44 0.61
O2' 0.01 0.36 0.00 0.01 0.16 0.03 0.06 0.04 0.13 0.21 0.27 0.35 0.08 0.15 0.03 0.00 0.02 0.04 0.03 0.62 0.61 0.34
O3' 0.02 0.15 0.01 0.01 0.04 0.04 0.10 0.05 0.07 0.18 0.07 0.16 0.12 0.19 0.07 0.02 0.00 0.03 0.28 0.71 0.82 0.56
O4' 0.00 0.42 0.00 0.01 0.21 0.00 0.07 0.02 0.15 0.23 0.30 0.45 0.09 0.14 0.01 0.04 0.03 0.00 0.33 0.38 0.27 0.25
O5' 0.36 0.18 0.18 0.08 0.43 0.02 0.58 0.01 0.49 0.72 0.30 0.18 0.57 0.74 0.53 0.03 0.28 0.33 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.40 0.48 0.33 0.34 0.75 0.44 1.13 0.20 1.14 1.14 0.83 0.39 1.35 1.34 0.76 0.62 0.71 0.38 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.25 0.35 0.37 0.40 0.45 0.22 0.64 0.30 0.66 0.64 0.51 0.30 0.78 0.75 0.44 0.61 0.82 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.39 0.13 0.17 0.60 0.19 0.87 0.01 0.87 0.88 0.65 0.31 1.02 1.01 0.61 0.34 0.56 0.25 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.18 0.10 0.57 0.69 0.14 0.37 0.12 0.36 0.09 0.16 0.09 0.10 0.13 0.14 0.17 0.60 1.01 0.14 0.38 0.08 0.46 0.36 0.32
C2 0.15 0.11 0.50 0.55 0.13 0.27 0.12 0.25 0.09 0.14 0.09 0.11 0.14 0.13 0.15 0.51 0.76 0.12 0.28 0.08 0.32 0.27 0.22
C2' 0.36 0.39 0.80 0.89 0.40 0.51 0.41 0.49 0.40 0.41 0.39 0.37 0.40 0.42 0.40 0.78 1.20 0.24 0.56 0.40 0.61 0.56 0.48
C3' 0.29 0.13 0.79 0.95 0.23 0.55 0.20 0.55 0.14 0.29 0.11 0.12 0.20 0.25 0.27 0.79 1.32 0.21 0.59 0.12 0.70 0.56 0.51
C4 0.20 0.10 0.60 0.67 0.15 0.35 0.13 0.32 0.10 0.17 0.08 0.09 0.14 0.15 0.18 0.65 0.96 0.14 0.35 0.09 0.39 0.31 0.27
C4' 0.14 0.41 0.54 0.74 0.22 0.41 0.27 0.43 0.40 0.14 0.47 0.52 0.27 0.20 0.14 0.58 1.15 0.13 0.41 0.45 0.58 0.35 0.35
C5 0.24 0.09 0.68 0.71 0.16 0.38 0.14 0.33 0.10 0.20 0.08 0.08 0.14 0.17 0.20 0.77 1.02 0.15 0.34 0.09 0.36 0.28 0.25
C5' 0.20 0.79 0.50 0.76 0.48 0.44 0.57 0.48 0.78 0.31 0.89 0.96 0.55 0.45 0.30 0.57 1.23 0.18 0.42 0.88 0.64 0.32 0.36
C6 0.25 0.10 0.69 0.68 0.17 0.36 0.15 0.29 0.11 0.20 0.09 0.10 0.15 0.17 0.21 0.80 0.94 0.14 0.30 0.09 0.31 0.24 0.21
C8 0.24 0.09 0.67 0.75 0.16 0.42 0.14 0.37 0.10 0.20 0.08 0.08 0.14 0.17 0.20 0.75 1.10 0.16 0.38 0.09 0.43 0.32 0.29
N1 0.19 0.09 0.58 0.58 0.15 0.29 0.13 0.24 0.10 0.17 0.08 0.08 0.14 0.14 0.17 0.62 0.79 0.13 0.27 0.09 0.29 0.24 0.20
N3 0.16 0.11 0.52 0.59 0.14 0.30 0.12 0.28 0.10 0.15 0.09 0.12 0.14 0.13 0.15 0.53 0.85 0.13 0.32 0.09 0.37 0.30 0.26
N6 0.31 0.12 0.77 0.70 0.20 0.39 0.17 0.28 0.12 0.24 0.11 0.14 0.17 0.20 0.25 0.95 0.95 0.16 0.29 0.11 0.27 0.20 0.18
N7 0.26 0.09 0.71 0.76 0.17 0.43 0.15 0.36 0.10 0.22 0.08 0.08 0.14 0.18 0.22 0.82 1.10 0.17 0.36 0.09 0.39 0.29 0.27
N9 0.20 0.10 0.62 0.71 0.15 0.38 0.13 0.35 0.10 0.18 0.09 0.09 0.14 0.15 0.18 0.66 1.03 0.15 0.38 0.09 0.43 0.34 0.30
O2' 0.36 0.47 0.74 0.83 0.44 0.47 0.46 0.45 0.48 0.43 0.48 0.47 0.45 0.46 0.41 0.71 1.10 0.23 0.53 0.49 0.57 0.55 0.46
O3' 0.33 0.20 0.84 1.00 0.29 0.58 0.27 0.58 0.22 0.34 0.18 0.15 0.25 0.32 0.32 0.82 1.37 0.23 0.64 0.20 0.75 0.63 0.56
O4' 0.14 0.44 0.42 0.60 0.27 0.32 0.32 0.33 0.43 0.19 0.49 0.53 0.31 0.26 0.18 0.48 0.99 0.15 0.31 0.48 0.45 0.24 0.25
O5' 0.79 0.27 1.38 1.66 0.39 1.31 0.28 1.34 0.25 0.57 0.35 0.42 0.34 0.39 0.60 1.46 2.15 0.82 1.27 0.35 1.49 1.12 1.19
OP1 1.63 0.47 2.21 2.61 1.03 2.33 0.84 2.43 0.45 1.35 0.28 0.29 0.88 1.06 1.36 2.28 3.15 1.77 2.31 0.27 2.64 2.14 2.27
OP2 1.31 0.32 1.97 2.38 0.81 1.98 0.67 2.09 0.34 1.13 0.20 0.22 0.67 0.89 1.11 1.97 2.94 1.38 2.03 0.21 2.38 1.91 1.98
P 1.38 0.34 2.00 2.37 0.86 2.02 0.69 2.10 0.32 1.15 0.16 0.16 0.73 0.89 1.16 2.04 2.90 1.47 2.03 0.15 2.32 1.87 1.97

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06
C2 0.02 0.00 0.17 0.14 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.09 0.05 0.00 0.07 0.08 0.06
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.07 0.01 0.02 0.01 0.02 0.15 0.10 0.22 0.18 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.05 0.04 0.02
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.05 0.23 0.08 0.21 0.15 0.19 0.07 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.07 0.05 0.05
C4 0.01 0.01 0.07 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.04 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.03 0.08 0.02 0.03 0.02 0.07 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.04 0.04 0.02 0.02
C5 0.00 0.01 0.02 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.07 0.10 0.07
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.08 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.08 0.10 0.08
C8 0.01 0.01 0.15 0.23 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.10 0.27 0.06 0.07 0.02 0.07 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.10 0.08 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.11 0.06 0.05 0.00 0.07 0.09 0.07
N2 0.03 0.00 0.22 0.21 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.24 0.31 0.11 0.06 0.01 0.08 0.08 0.06
N3 0.02 0.00 0.18 0.15 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.21 0.09 0.05 0.01 0.07 0.08 0.06
N7 0.01 0.01 0.12 0.19 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.26 0.04 0.08 0.02 0.09 0.11 0.08
N9 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.06 0.08 0.06
O2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.05 0.06 0.10 0.12 0.24 0.18 0.07 0.01 0.00 0.04 0.04 0.03 0.04 0.05 0.02 0.04
O3' 0.01 0.21 0.01 0.01 0.05 0.02 0.10 0.03 0.06 0.27 0.11 0.31 0.21 0.26 0.07 0.04 0.00 0.02 0.10 0.11 0.12 0.13 0.12
O4' 0.00 0.09 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.03 0.06 0.06 0.11 0.09 0.04 0.01 0.04 0.02 0.00 0.06 0.02 0.08 0.09 0.08
O5' 0.05 0.05 0.02 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.06 0.07 0.05 0.06 0.05 0.08 0.04 0.03 0.10 0.06 0.00 0.07 0.02 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.11 0.02 0.07 0.00 0.10 0.12 0.09
OP1 0.06 0.07 0.05 0.07 0.06 0.04 0.07 0.04 0.08 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.12 0.08 0.02 0.10 0.00 0.00 0.01
OP2 0.07 0.08 0.04 0.05 0.08 0.02 0.10 0.01 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.02 0.13 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.06 0.02 0.05 0.06 0.02 0.07 0.01 0.08 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.06 0.04 0.12 0.08 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00