ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55077

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 3, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.016, 0.027, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.016 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C5 A 0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.026 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.009, 0.025, 0.041, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.016
N9 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.031 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.030 std_dev=0.020
N3 A 0, 0.009, 0.030, 0.051, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.030 std_dev=0.021
N7 A 0, 0.020, 0.050, 0.080, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.050 std_dev=0.030
N6 A 0, 0.018, 0.052, 0.087, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.052 std_dev=0.035
C8 A 0, 0.017, 0.056, 0.094, 0.101 max_d=0.101 avg_d=0.056 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.018, 0.088, 0.159, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.088 std_dev=0.070
C2' A 0, 0.025, 0.102, 0.179, 0.252 max_d=0.252 avg_d=0.102 std_dev=0.077
O2' A 0, 0.063, 0.168, 0.273, 0.338 max_d=0.338 avg_d=0.168 std_dev=0.105
C3' A 0, 0.021, 0.154, 0.287, 0.452 max_d=0.452 avg_d=0.154 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.007, 0.159, 0.311, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.159 std_dev=0.152
P A 0, 0.043, 0.255, 0.467, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.255 std_dev=0.212
N2 B 0, 0.036, 0.248, 0.460, 0.676 max_d=0.676 avg_d=0.248 std_dev=0.212
O3' A 0, 0.012, 0.237, 0.461, 0.736 max_d=0.736 avg_d=0.237 std_dev=0.224
OP2 A 0, 0.070, 0.306, 0.542, 0.719 max_d=0.719 avg_d=0.306 std_dev=0.236
C2 B 0, 0.028, 0.271, 0.514, 0.717 max_d=0.717 avg_d=0.271 std_dev=0.243
N1 B 0, 0.035, 0.281, 0.527, 0.767 max_d=0.767 avg_d=0.281 std_dev=0.246
O5' A 0, 0.025, 0.283, 0.540, 0.949 max_d=0.949 avg_d=0.283 std_dev=0.257
C5' A 0, -0.038, 0.245, 0.528, 1.072 max_d=1.072 avg_d=0.245 std_dev=0.283
N3 B 0, 0.031, 0.314, 0.598, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.314 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.037, 0.334, 0.631, 0.937 max_d=0.937 avg_d=0.334 std_dev=0.297
O6 B 0, 0.053, 0.356, 0.658, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.356 std_dev=0.302
C4 B 0, 0.030, 0.362, 0.693, 1.044 max_d=1.044 avg_d=0.362 std_dev=0.331
OP1 A 0, 0.083, 0.427, 0.771, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.427 std_dev=0.344
C5 B 0, 0.027, 0.374, 0.720, 1.066 max_d=1.066 avg_d=0.374 std_dev=0.347
C1' B 0, 0.020, 0.389, 0.759, 1.215 max_d=1.215 avg_d=0.389 std_dev=0.370
N9 B 0, 0.021, 0.399, 0.777, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.399 std_dev=0.378
O4' B 0, 0.044, 0.429, 0.814, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.429 std_dev=0.385
O2' B 0, -0.012, 0.404, 0.820, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.404 std_dev=0.416
N7 B 0, 0.007, 0.425, 0.843, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.425 std_dev=0.418
C8 B 0, 0.007, 0.440, 0.873, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.440 std_dev=0.433
C2' B 0, 0.014, 0.454, 0.894, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.454 std_dev=0.440
C4' B 0, 0.062, 0.522, 0.981, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.522 std_dev=0.460
C3' B 0, 0.041, 0.549, 1.058, 1.500 max_d=1.500 avg_d=0.549 std_dev=0.509
C5' B 0, 0.087, 0.618, 1.149, 1.519 max_d=1.519 avg_d=0.618 std_dev=0.531
O3' B 0, 0.045, 0.588, 1.131, 1.534 max_d=1.534 avg_d=0.588 std_dev=0.543
O5' B 0, 0.043, 0.616, 1.188, 1.685 max_d=1.685 avg_d=0.616 std_dev=0.573
P B 0, 0.051, 0.722, 1.393, 1.933 max_d=1.933 avg_d=0.722 std_dev=0.671
OP2 B 0, 0.029, 0.722, 1.415, 1.956 max_d=1.956 avg_d=0.722 std_dev=0.693
OP1 B 0, 0.078, 0.837, 1.596, 2.079 max_d=2.079 avg_d=0.837 std_dev=0.759

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.05 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.12 0.26 0.11 0.13
C2 0.04 0.00 0.11 0.13 0.01 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.16 0.02 0.17 0.25 0.14 0.13
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.07 0.02 0.06 0.01 0.09 0.03 0.10 0.10 0.08 0.04 0.03 0.01 0.02 0.01 0.07 0.24 0.10 0.09
C3' 0.01 0.13 0.00 0.00 0.10 0.00 0.10 0.02 0.13 0.06 0.13 0.12 0.13 0.08 0.06 0.03 0.01 0.02 0.10 0.22 0.11 0.07
C4 0.02 0.01 0.07 0.10 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.11 0.02 0.18 0.23 0.14 0.13
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.06 0.07 0.06 0.08 0.04 0.04 0.03 0.01 0.01 0.22 0.12 0.04
C5 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.05 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.13 0.04 0.21 0.18 0.19 0.11
C5' 0.04 0.09 0.01 0.02 0.12 0.01 0.17 0.00 0.17 0.21 0.13 0.09 0.20 0.22 0.13 0.07 0.04 0.03 0.01 0.26 0.18 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.06 0.01 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.17 0.03 0.21 0.17 0.19 0.11
C8 0.02 0.01 0.03 0.06 0.00 0.08 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.05 0.22 0.16 0.18 0.11
N1 0.03 0.00 0.10 0.13 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.12 0.18 0.02 0.19 0.21 0.17 0.11
N3 0.05 0.01 0.10 0.12 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.11 0.14 0.03 0.16 0.28 0.12 0.15
N6 0.01 0.02 0.08 0.13 0.02 0.06 0.01 0.20 0.02 0.01 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.09 0.18 0.05 0.22 0.14 0.23 0.11
N7 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.22 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.09 0.06 0.23 0.14 0.22 0.11
N9 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.18 0.23 0.14 0.13
O2' 0.02 0.12 0.01 0.03 0.06 0.04 0.06 0.07 0.09 0.02 0.12 0.11 0.09 0.03 0.02 0.00 0.06 0.03 0.04 0.25 0.09 0.08
O3' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.11 0.03 0.13 0.04 0.17 0.06 0.18 0.14 0.18 0.09 0.06 0.06 0.00 0.02 0.07 0.20 0.13 0.06
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.05 0.02 0.03 0.05 0.06 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.27 0.10 0.14
O5' 0.12 0.17 0.07 0.10 0.18 0.01 0.21 0.01 0.21 0.22 0.19 0.16 0.22 0.23 0.18 0.04 0.07 0.13 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.26 0.25 0.24 0.22 0.23 0.22 0.18 0.26 0.17 0.16 0.21 0.28 0.14 0.14 0.23 0.25 0.20 0.27 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.14 0.10 0.11 0.14 0.12 0.19 0.18 0.19 0.18 0.17 0.12 0.23 0.22 0.14 0.09 0.13 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.13 0.09 0.07 0.13 0.04 0.11 0.01 0.11 0.11 0.11 0.15 0.11 0.11 0.13 0.08 0.06 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.13 0.28 0.27 0.19 0.22 0.18 0.22 0.14 0.22 0.12 0.10 0.17 0.20 0.22 0.27 0.26 0.22 0.21 0.13 0.23 0.18 0.20
C2 0.16 0.15 0.18 0.17 0.17 0.13 0.16 0.14 0.14 0.17 0.14 0.13 0.18 0.17 0.18 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.14 0.15 0.14
C2' 0.22 0.11 0.27 0.27 0.17 0.21 0.15 0.21 0.11 0.20 0.10 0.10 0.16 0.17 0.20 0.25 0.26 0.20 0.20 0.10 0.22 0.18 0.20
C3' 0.21 0.12 0.25 0.24 0.16 0.21 0.15 0.21 0.12 0.19 0.11 0.11 0.15 0.17 0.19 0.24 0.23 0.20 0.20 0.11 0.23 0.18 0.20
C4 0.21 0.14 0.23 0.22 0.19 0.18 0.18 0.19 0.15 0.21 0.13 0.10 0.18 0.19 0.21 0.21 0.19 0.19 0.18 0.15 0.18 0.15 0.17
C4' 0.26 0.13 0.29 0.29 0.20 0.27 0.19 0.27 0.15 0.24 0.12 0.10 0.18 0.21 0.24 0.29 0.27 0.26 0.26 0.13 0.29 0.22 0.25
C5 0.18 0.11 0.19 0.17 0.16 0.16 0.16 0.17 0.14 0.19 0.11 0.06 0.14 0.18 0.18 0.16 0.14 0.17 0.15 0.14 0.16 0.13 0.14
C5' 0.37 0.23 0.39 0.41 0.31 0.41 0.30 0.42 0.25 0.36 0.22 0.18 0.27 0.33 0.35 0.40 0.38 0.39 0.40 0.24 0.44 0.37 0.40
C6 0.12 0.09 0.12 0.11 0.14 0.10 0.14 0.12 0.13 0.15 0.10 0.05 0.11 0.15 0.14 0.08 0.08 0.12 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10
C8 0.23 0.12 0.26 0.25 0.18 0.23 0.18 0.24 0.15 0.22 0.12 0.07 0.15 0.20 0.21 0.27 0.23 0.22 0.21 0.15 0.23 0.17 0.19
N1 0.12 0.12 0.13 0.12 0.15 0.09 0.14 0.11 0.13 0.15 0.12 0.08 0.14 0.15 0.15 0.09 0.11 0.11 0.11 0.13 0.11 0.13 0.11
N3 0.20 0.16 0.23 0.22 0.20 0.17 0.18 0.18 0.16 0.20 0.15 0.14 0.20 0.19 0.21 0.18 0.20 0.18 0.18 0.15 0.18 0.16 0.17
N6 0.10 0.06 0.11 0.10 0.10 0.11 0.11 0.12 0.10 0.12 0.07 0.07 0.09 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.09 0.11 0.10 0.10 0.09
N7 0.20 0.09 0.21 0.20 0.16 0.20 0.16 0.21 0.14 0.20 0.11 0.05 0.12 0.18 0.19 0.21 0.18 0.20 0.18 0.14 0.20 0.14 0.16
N9 0.23 0.14 0.27 0.25 0.20 0.22 0.18 0.22 0.16 0.22 0.13 0.10 0.18 0.20 0.22 0.26 0.23 0.21 0.20 0.15 0.21 0.17 0.19
O2' 0.21 0.11 0.26 0.26 0.16 0.20 0.14 0.20 0.10 0.19 0.10 0.10 0.15 0.15 0.19 0.24 0.26 0.19 0.19 0.09 0.21 0.18 0.19
O3' 0.18 0.13 0.20 0.21 0.15 0.17 0.13 0.17 0.12 0.16 0.12 0.14 0.14 0.14 0.16 0.19 0.20 0.17 0.17 0.12 0.20 0.16 0.17
O4' 0.25 0.15 0.29 0.28 0.21 0.25 0.20 0.25 0.16 0.24 0.14 0.11 0.19 0.22 0.24 0.29 0.26 0.24 0.24 0.15 0.26 0.20 0.23
O5' 0.31 0.21 0.32 0.33 0.26 0.33 0.25 0.34 0.22 0.30 0.20 0.18 0.23 0.27 0.29 0.33 0.32 0.32 0.32 0.22 0.36 0.30 0.32
OP1 0.26 0.14 0.30 0.33 0.18 0.35 0.17 0.38 0.14 0.24 0.14 0.16 0.15 0.21 0.22 0.32 0.34 0.30 0.33 0.14 0.42 0.29 0.34
OP2 0.46 0.29 0.48 0.52 0.38 0.53 0.38 0.56 0.34 0.45 0.30 0.24 0.33 0.42 0.43 0.49 0.51 0.48 0.52 0.34 0.59 0.50 0.53
P 0.27 0.12 0.30 0.33 0.20 0.34 0.19 0.37 0.16 0.26 0.12 0.10 0.16 0.23 0.24 0.32 0.33 0.31 0.33 0.15 0.40 0.30 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.02 0.05 0.06 0.04
C2 0.03 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.14 0.09
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.05 0.06 0.04 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05 0.09 0.04
C3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.04 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.04 0.01 0.02 0.06 0.08 0.06 0.09 0.06
C4 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.05 0.01 0.08 0.02 0.08 0.13 0.09
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.04 0.03 0.06 0.03 0.06 0.03 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.05 0.00 0.04 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.06 0.02 0.10 0.02 0.12 0.17 0.13
C5' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.00 0.08 0.10 0.06 0.04 0.04 0.11 0.05 0.07 0.02 0.02 0.01 0.09 0.06 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.07 0.03 0.11 0.01 0.13 0.18 0.13
C8 0.01 0.01 0.05 0.04 0.00 0.06 0.00 0.10 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.04 0.06 0.11 0.03 0.12 0.14 0.12
N1 0.02 0.01 0.05 0.07 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.02 0.09 0.01 0.11 0.17 0.11
N2 0.03 0.01 0.06 0.06 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.08 0.07 0.05 0.07 0.02 0.07 0.14 0.08
N3 0.03 0.01 0.04 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.05 0.04 0.07 0.01 0.07 0.12 0.08
N7 0.01 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.06 0.05 0.13 0.03 0.15 0.18 0.15
N9 0.01 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.02 0.07 0.02 0.07 0.10 0.08
O2' 0.03 0.08 0.01 0.04 0.06 0.06 0.07 0.07 0.09 0.05 0.09 0.08 0.06 0.07 0.04 0.00 0.05 0.05 0.05 0.10 0.08 0.06 0.05
O3' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.07 0.04 0.08 0.07 0.05 0.06 0.03 0.05 0.00 0.02 0.09 0.09 0.08 0.11 0.08
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.04 0.05 0.02 0.05 0.02 0.00 0.07 0.04 0.08 0.07 0.06
O5' 0.04 0.07 0.05 0.06 0.08 0.02 0.10 0.01 0.11 0.11 0.09 0.07 0.07 0.13 0.07 0.05 0.09 0.07 0.00 0.11 0.02 0.03 0.01
O6 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.10 0.09 0.04 0.11 0.00 0.15 0.20 0.14
OP1 0.05 0.08 0.05 0.06 0.08 0.06 0.12 0.06 0.13 0.12 0.11 0.07 0.07 0.15 0.07 0.08 0.08 0.08 0.02 0.15 0.00 0.02 0.00
OP2 0.06 0.14 0.09 0.09 0.13 0.05 0.17 0.03 0.18 0.14 0.17 0.14 0.12 0.18 0.10 0.06 0.11 0.07 0.03 0.20 0.02 0.00 0.02
P 0.04 0.09 0.04 0.06 0.09 0.03 0.13 0.02 0.13 0.12 0.11 0.08 0.08 0.15 0.08 0.05 0.08 0.06 0.01 0.14 0.00 0.02 0.00