ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55079

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 3, 1, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.010, 0.022, 0.033, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N7 A 0, 0.013, 0.028, 0.043, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.028 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.015, 0.030, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C8 A 0, 0.019, 0.035, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.028, 0.046, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.028 std_dev=0.018
N3 A 0, 0.008, 0.029, 0.050, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.005, 0.028, 0.052, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.028 std_dev=0.023
N6 A 0, 0.013, 0.038, 0.063, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.038 std_dev=0.025
C1' A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.032 std_dev=0.026
C4 B 0, 0.373, 0.589, 0.806, 0.810 max_d=0.810 avg_d=0.589 std_dev=0.217
N3 B 0, 0.230, 0.460, 0.691, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.460 std_dev=0.231
N9 B 0, 0.397, 0.710, 1.023, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.710 std_dev=0.313
C1' B 0, 0.265, 0.617, 0.968, 1.321 max_d=1.321 avg_d=0.617 std_dev=0.351
C5 B 0, 0.470, 0.839, 1.209, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.839 std_dev=0.369
C2 B 0, 0.144, 0.521, 0.898, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.521 std_dev=0.377
N1 B 0, 0.235, 0.656, 1.077, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.656 std_dev=0.421
C6 B 0, 0.423, 0.857, 1.291, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.857 std_dev=0.434
C8 B 0, 0.487, 1.019, 1.551, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.019 std_dev=0.532
N7 B 0, 0.545, 1.111, 1.676, 2.270 max_d=2.270 avg_d=1.111 std_dev=0.565
O6 B 0, 0.493, 1.089, 1.685, 2.203 max_d=2.203 avg_d=1.089 std_dev=0.596
N2 B 0, 0.040, 0.645, 1.250, 2.307 max_d=2.307 avg_d=0.645 std_dev=0.605
O2' B 0, 0.693, 1.337, 1.981, 2.326 max_d=2.326 avg_d=1.337 std_dev=0.644
C3' A 0, 0.888, 1.544, 2.199, 2.161 max_d=2.161 avg_d=1.544 std_dev=0.655
C2' B 0, 0.484, 1.142, 1.799, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.142 std_dev=0.658
C2' A 0, 0.549, 1.366, 2.182, 2.583 max_d=2.583 avg_d=1.366 std_dev=0.817
O4' A 0, 0.518, 1.347, 2.176, 2.560 max_d=2.560 avg_d=1.347 std_dev=0.829
O3' A 0, 0.589, 1.479, 2.369, 3.099 max_d=3.099 avg_d=1.479 std_dev=0.890
O4' B 0, 0.625, 1.517, 2.409, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.517 std_dev=0.892
C4' A 0, 0.957, 1.854, 2.751, 2.868 max_d=2.868 avg_d=1.854 std_dev=0.897
C3' B 0, 1.057, 2.153, 3.248, 3.884 max_d=3.884 avg_d=2.153 std_dev=1.096
C4' B 0, 0.941, 2.122, 3.302, 4.452 max_d=4.452 avg_d=2.122 std_dev=1.181
O2' A 0, 1.157, 2.411, 3.664, 4.397 max_d=4.397 avg_d=2.411 std_dev=1.253
O3' B 0, 1.547, 2.909, 4.270, 4.484 max_d=4.484 avg_d=2.909 std_dev=1.361
O5' B 0, 0.901, 2.412, 3.923, 6.179 max_d=6.179 avg_d=2.412 std_dev=1.511
C5' B 0, 0.950, 2.605, 4.260, 6.408 max_d=6.408 avg_d=2.605 std_dev=1.655
OP2 B 0, 0.363, 2.062, 3.760, 6.704 max_d=6.704 avg_d=2.062 std_dev=1.698
C5' A 0, 1.400, 3.186, 4.971, 5.614 max_d=5.614 avg_d=3.186 std_dev=1.785
P B 0, 0.374, 2.174, 3.974, 7.021 max_d=7.021 avg_d=2.174 std_dev=1.800
OP1 B 0, 0.796, 2.756, 4.715, 7.614 max_d=7.614 avg_d=2.756 std_dev=1.959
O5' A 0, 1.336, 3.631, 5.925, 7.282 max_d=7.282 avg_d=3.631 std_dev=2.295
OP2 A 0, 3.194, 6.244, 9.294, 10.518 max_d=10.518 avg_d=6.244 std_dev=3.050
P A 0, 1.972, 5.099, 8.226, 9.966 max_d=9.966 avg_d=5.099 std_dev=3.127
OP1 A 0, 2.170, 5.596, 9.022, 11.054 max_d=11.054 avg_d=5.596 std_dev=3.426

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.09 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.01 0.01 0.02 0.31 0.01 0.22 0.25 0.28 0.24
C2 0.05 0.00 0.40 0.43 0.02 0.57 0.01 1.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.49 0.48 0.45 1.16 1.20 0.99 1.20
C2' 0.01 0.40 0.00 0.01 0.21 0.02 0.11 0.22 0.20 0.18 0.32 0.39 0.15 0.10 0.02 0.01 0.05 0.03 0.42 0.35 0.66 0.56
C3' 0.02 0.43 0.01 0.00 0.16 0.01 0.19 0.02 0.18 0.47 0.30 0.42 0.21 0.41 0.17 0.04 0.01 0.02 0.31 0.46 0.50 0.36
C4 0.02 0.02 0.21 0.16 0.00 0.25 0.01 0.49 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.28 0.23 0.57 0.73 0.49 0.61
C4' 0.01 0.57 0.02 0.01 0.25 0.00 0.15 0.01 0.24 0.35 0.44 0.55 0.19 0.26 0.08 0.28 0.03 0.01 0.02 0.30 0.30 0.13
C5 0.02 0.01 0.11 0.19 0.01 0.15 0.00 0.35 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.14 0.11 0.51 0.86 0.67 0.64
C5' 0.09 1.07 0.22 0.02 0.49 0.01 0.35 0.00 0.52 0.59 0.85 0.98 0.44 0.49 0.21 0.08 0.21 0.02 0.01 0.36 0.35 0.01
C6 0.03 0.01 0.20 0.18 0.01 0.24 0.01 0.52 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.40 0.20 0.21 0.64 0.99 0.66 0.76
C8 0.02 0.01 0.18 0.47 0.01 0.35 0.01 0.59 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.27 0.19 0.24 0.81 0.94 1.09 0.90
N1 0.05 0.00 0.32 0.30 0.03 0.44 0.02 0.85 0.01 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.46 0.36 0.36 0.96 1.13 0.79 1.03
N3 0.04 0.01 0.39 0.42 0.01 0.55 0.01 0.98 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.45 0.49 0.44 1.04 1.03 0.87 1.04
N6 0.03 0.02 0.15 0.21 0.02 0.19 0.01 0.44 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.03 0.40 0.13 0.14 0.59 1.10 0.79 0.78
N7 0.01 0.01 0.10 0.41 0.01 0.26 0.00 0.49 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.31 0.18 0.13 0.71 1.07 1.11 0.89
N9 0.01 0.02 0.02 0.17 0.01 0.08 0.01 0.21 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.20 0.16 0.03 0.38 0.50 0.50 0.43
O2' 0.02 0.49 0.01 0.04 0.33 0.28 0.34 0.08 0.40 0.27 0.46 0.45 0.40 0.31 0.20 0.00 0.13 0.18 0.40 0.39 0.72 0.60
O3' 0.31 0.48 0.05 0.01 0.28 0.03 0.14 0.21 0.20 0.19 0.36 0.49 0.13 0.18 0.16 0.13 0.00 0.21 0.37 0.70 0.43 0.37
O4' 0.01 0.45 0.03 0.02 0.23 0.01 0.11 0.02 0.21 0.24 0.36 0.44 0.14 0.13 0.03 0.18 0.21 0.00 0.14 0.40 0.23 0.21
O5' 0.22 1.16 0.42 0.31 0.57 0.02 0.51 0.01 0.64 0.81 0.96 1.04 0.59 0.71 0.38 0.40 0.37 0.14 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.25 1.20 0.35 0.46 0.73 0.30 0.86 0.36 0.99 0.94 1.13 1.03 1.10 1.07 0.50 0.39 0.70 0.40 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.28 0.99 0.66 0.50 0.49 0.30 0.67 0.35 0.66 1.09 0.79 0.87 0.79 1.11 0.50 0.72 0.43 0.23 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.24 1.20 0.56 0.36 0.61 0.13 0.64 0.01 0.76 0.90 1.03 1.04 0.78 0.89 0.43 0.60 0.37 0.21 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.32 0.50 0.74 0.27 0.61 0.34 0.63 0.42 0.28 0.40 0.31 0.25 0.33 0.25 0.61 1.24 0.52 0.56 0.47 0.50 0.60 0.48
C2 0.23 0.27 0.57 0.67 0.31 0.50 0.41 0.54 0.45 0.36 0.38 0.18 0.24 0.42 0.29 0.56 1.03 0.45 0.47 0.50 0.47 0.53 0.44
C2' 0.31 0.44 0.44 0.77 0.36 0.61 0.41 0.61 0.49 0.32 0.49 0.44 0.37 0.38 0.31 0.56 1.33 0.55 0.57 0.55 0.54 0.67 0.52
C3' 0.23 0.53 0.48 0.78 0.36 0.60 0.44 0.60 0.58 0.28 0.61 0.59 0.39 0.38 0.26 0.61 1.31 0.44 0.57 0.64 0.58 0.66 0.54
C4 0.24 0.30 0.52 0.68 0.27 0.56 0.33 0.58 0.39 0.27 0.38 0.28 0.24 0.32 0.24 0.63 1.15 0.50 0.48 0.43 0.43 0.56 0.42
C4' 0.35 0.71 0.46 0.82 0.51 0.73 0.58 0.76 0.74 0.40 0.79 0.79 0.56 0.50 0.39 0.48 1.32 0.58 0.73 0.81 0.65 0.76 0.66
C5 0.25 0.28 0.48 0.64 0.23 0.58 0.26 0.59 0.32 0.23 0.33 0.32 0.22 0.24 0.22 0.66 1.10 0.53 0.47 0.34 0.40 0.59 0.43
C5' 0.63 1.18 0.70 1.13 0.85 1.03 0.93 1.07 1.14 0.67 1.26 1.34 0.95 0.80 0.68 0.59 1.60 0.81 1.05 1.22 0.99 1.07 1.00
C6 0.23 0.26 0.51 0.58 0.23 0.52 0.26 0.54 0.31 0.23 0.30 0.27 0.22 0.25 0.22 0.64 0.99 0.50 0.39 0.32 0.35 0.55 0.37
C8 0.28 0.30 0.44 0.70 0.21 0.65 0.24 0.68 0.31 0.23 0.34 0.37 0.22 0.22 0.22 0.64 1.20 0.57 0.60 0.34 0.50 0.67 0.53
N1 0.22 0.25 0.56 0.61 0.29 0.47 0.35 0.50 0.39 0.32 0.33 0.15 0.23 0.36 0.27 0.58 0.95 0.45 0.41 0.42 0.40 0.51 0.38
N3 0.23 0.28 0.55 0.69 0.30 0.53 0.39 0.56 0.45 0.33 0.39 0.22 0.24 0.39 0.27 0.59 1.12 0.46 0.48 0.50 0.47 0.54 0.43
N6 0.25 0.22 0.46 0.49 0.18 0.53 0.19 0.55 0.21 0.21 0.22 0.29 0.19 0.19 0.21 0.66 0.87 0.54 0.38 0.21 0.32 0.59 0.38
N7 0.29 0.28 0.43 0.67 0.20 0.65 0.21 0.69 0.27 0.23 0.31 0.38 0.21 0.21 0.22 0.66 1.15 0.59 0.59 0.29 0.48 0.68 0.53
N9 0.26 0.31 0.49 0.71 0.25 0.60 0.31 0.63 0.38 0.25 0.38 0.33 0.24 0.29 0.23 0.63 1.21 0.52 0.53 0.42 0.47 0.60 0.47
O2' 0.59 0.51 0.56 0.86 0.53 0.76 0.54 0.77 0.54 0.55 0.51 0.49 0.53 0.55 0.55 0.66 1.40 0.80 0.71 0.56 0.69 0.82 0.68
O3' 0.21 0.43 0.41 0.66 0.31 0.50 0.36 0.50 0.47 0.24 0.49 0.47 0.33 0.31 0.23 0.58 1.17 0.45 0.48 0.53 0.45 0.60 0.44
O4' 0.36 0.62 0.52 0.78 0.46 0.71 0.53 0.74 0.67 0.38 0.70 0.67 0.49 0.47 0.37 0.62 1.25 0.58 0.66 0.74 0.57 0.67 0.57
O5' 0.73 1.33 0.86 1.25 0.97 1.10 1.03 1.11 1.26 0.77 1.39 1.52 1.09 0.89 0.79 0.76 1.71 0.85 1.12 1.32 1.07 1.17 1.08
OP1 1.41 1.57 1.46 1.87 1.37 1.80 1.39 1.88 1.51 1.36 1.61 1.72 1.43 1.35 1.35 1.36 2.21 1.59 1.92 1.55 1.99 2.04 2.00
OP2 0.75 1.27 0.95 1.26 0.90 1.07 0.95 1.11 1.17 0.76 1.32 1.50 1.03 0.82 0.77 0.94 1.74 0.84 1.12 1.23 1.21 1.15 1.14
P 0.92 1.49 1.09 1.45 1.11 1.25 1.17 1.27 1.39 0.92 1.55 1.72 1.25 1.02 0.95 0.99 1.91 0.98 1.31 1.45 1.33 1.39 1.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.02 0.03 0.08 0.04 0.02 0.01 0.01 0.25 0.01 0.10 0.04 0.14 0.43 0.18
C2 0.05 0.00 0.33 0.24 0.02 0.12 0.02 0.18 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.25 0.29 0.22 0.24 0.03 0.23 0.46 0.26
C2' 0.01 0.33 0.00 0.01 0.18 0.01 0.11 0.15 0.18 0.15 0.27 0.40 0.32 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.26 0.16 0.43 0.73 0.45
C3' 0.01 0.24 0.01 0.00 0.20 0.01 0.26 0.02 0.28 0.26 0.26 0.26 0.21 0.28 0.16 0.03 0.01 0.02 0.12 0.31 0.21 0.34 0.16
C4 0.01 0.02 0.18 0.20 0.00 0.04 0.01 0.11 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.09 0.13 0.12 0.27 0.03 0.20 0.43 0.24
C4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.07 0.19 0.08 0.19 0.12 0.17 0.07 0.22 0.02 0.01 0.03 0.10 0.21 0.23 0.07
C5 0.02 0.02 0.11 0.26 0.01 0.09 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.17 0.06 0.06 0.39 0.03 0.30 0.47 0.33
C5' 0.05 0.18 0.15 0.02 0.11 0.01 0.14 0.00 0.14 0.21 0.15 0.23 0.16 0.21 0.08 0.08 0.15 0.02 0.02 0.16 0.29 0.17 0.06
C6 0.03 0.02 0.18 0.28 0.02 0.07 0.01 0.14 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.14 0.10 0.10 0.41 0.02 0.34 0.51 0.36
C8 0.02 0.03 0.15 0.26 0.01 0.19 0.01 0.21 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.34 0.16 0.14 0.43 0.04 0.26 0.41 0.30
N1 0.03 0.01 0.27 0.26 0.01 0.08 0.01 0.15 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.16 0.19 0.17 0.32 0.02 0.29 0.49 0.31
N2 0.08 0.00 0.40 0.26 0.03 0.19 0.02 0.23 0.03 0.04 0.02 0.00 0.03 0.02 0.04 0.38 0.39 0.27 0.21 0.04 0.22 0.47 0.26
N3 0.04 0.01 0.32 0.21 0.01 0.12 0.01 0.16 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.02 0.03 0.25 0.29 0.22 0.20 0.03 0.18 0.44 0.23
N7 0.02 0.02 0.09 0.28 0.01 0.17 0.01 0.21 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.32 0.16 0.08 0.49 0.04 0.36 0.48 0.39
N9 0.01 0.03 0.02 0.16 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.14 0.09 0.02 0.26 0.04 0.16 0.41 0.20
O2' 0.01 0.25 0.01 0.03 0.09 0.22 0.17 0.08 0.14 0.34 0.16 0.38 0.25 0.32 0.14 0.00 0.05 0.15 0.20 0.18 0.44 0.77 0.42
O3' 0.25 0.29 0.03 0.01 0.13 0.02 0.06 0.15 0.10 0.16 0.19 0.39 0.29 0.16 0.09 0.05 0.00 0.17 0.15 0.13 0.35 0.28 0.16
O4' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.02 0.10 0.14 0.17 0.27 0.22 0.08 0.02 0.15 0.17 0.00 0.22 0.07 0.27 0.28 0.23
O5' 0.10 0.24 0.26 0.12 0.27 0.03 0.39 0.02 0.41 0.43 0.32 0.21 0.20 0.49 0.26 0.20 0.15 0.22 0.00 0.47 0.04 0.04 0.01
O6 0.04 0.03 0.16 0.31 0.03 0.10 0.03 0.16 0.02 0.04 0.02 0.04 0.03 0.04 0.04 0.18 0.13 0.07 0.47 0.00 0.40 0.54 0.42
OP1 0.14 0.23 0.43 0.21 0.20 0.21 0.30 0.29 0.34 0.26 0.29 0.22 0.18 0.36 0.16 0.44 0.35 0.27 0.04 0.40 0.00 0.01 0.01
OP2 0.43 0.46 0.73 0.34 0.43 0.23 0.47 0.17 0.51 0.41 0.49 0.47 0.44 0.48 0.41 0.77 0.28 0.28 0.04 0.54 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.26 0.45 0.16 0.24 0.07 0.33 0.06 0.36 0.30 0.31 0.26 0.23 0.39 0.20 0.42 0.16 0.23 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00