ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55084

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 4, 1, 2, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.023, 0.034, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.034 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.011, 0.022, 0.033, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.017, 0.029, 0.040, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.020, 0.032, 0.043, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.032 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.049, 0.083, 0.116, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.083 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.005, 0.050, 0.095, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.050 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.161, 0.324, 0.487, 0.679 max_d=0.679 avg_d=0.324 std_dev=0.163
O4' A 0, 0.077, 0.313, 0.550, 0.724 max_d=0.724 avg_d=0.313 std_dev=0.236
C3' A 0, 0.076, 0.319, 0.561, 0.757 max_d=0.757 avg_d=0.319 std_dev=0.242
C5 B 0, 0.433, 0.681, 0.930, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.681 std_dev=0.248
O4' B 0, 0.488, 0.753, 1.018, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.753 std_dev=0.265
C4 B 0, 0.357, 0.624, 0.892, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.624 std_dev=0.268
C2' A 0, 0.083, 0.353, 0.622, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.353 std_dev=0.269
N4 B 0, 0.403, 0.672, 0.941, 1.035 max_d=1.035 avg_d=0.672 std_dev=0.269
N1 B 0, 0.445, 0.719, 0.993, 1.148 max_d=1.148 avg_d=0.719 std_dev=0.274
C4' A 0, 0.143, 0.418, 0.693, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.418 std_dev=0.275
P B 0, 0.261, 0.544, 0.826, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.544 std_dev=0.283
C6 B 0, 0.432, 0.716, 1.000, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.716 std_dev=0.284
C4' B 0, 0.468, 0.753, 1.039, 1.176 max_d=1.176 avg_d=0.753 std_dev=0.286
C1' B 0, 0.536, 0.836, 1.137, 1.294 max_d=1.294 avg_d=0.836 std_dev=0.300
C2 B 0, 0.348, 0.678, 1.009, 1.208 max_d=1.208 avg_d=0.678 std_dev=0.331
N3 B 0, 0.299, 0.641, 0.982, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.641 std_dev=0.342
C3' B 0, 0.451, 0.820, 1.188, 1.492 max_d=1.492 avg_d=0.820 std_dev=0.368
C5' B 0, 0.332, 0.703, 1.073, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.703 std_dev=0.371
C2' B 0, 0.569, 0.944, 1.318, 1.402 max_d=1.402 avg_d=0.944 std_dev=0.374
O2 B 0, 0.360, 0.769, 1.178, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.769 std_dev=0.409
O2' B 0, 0.695, 1.137, 1.579, 1.627 max_d=1.627 avg_d=1.137 std_dev=0.442
OP1 B 0, 0.628, 1.102, 1.576, 1.806 max_d=1.806 avg_d=1.102 std_dev=0.474
O2' A 0, 0.147, 0.624, 1.101, 1.329 max_d=1.329 avg_d=0.624 std_dev=0.477
O3' B 0, 0.371, 0.866, 1.362, 1.892 max_d=1.892 avg_d=0.866 std_dev=0.495
C5' A 0, 0.257, 0.792, 1.327, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.792 std_dev=0.535
O5' B 0, 0.355, 0.901, 1.447, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.901 std_dev=0.546
OP2 B 0, 0.647, 1.226, 1.806, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.226 std_dev=0.580
O5' A 0, 0.416, 1.090, 1.764, 2.237 max_d=2.237 avg_d=1.090 std_dev=0.674
P A 0, 0.255, 1.284, 2.314, 3.235 max_d=3.235 avg_d=1.284 std_dev=1.029
OP2 A 0, 0.846, 2.044, 3.243, 3.397 max_d=3.397 avg_d=2.044 std_dev=1.199
OP1 A 0, 1.296, 2.687, 4.079, 4.968 max_d=4.968 avg_d=2.687 std_dev=1.392

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.05 0.04 0.01 0.06 0.13 0.18 0.08
C2 0.03 0.00 0.11 0.06 0.02 0.05 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.01 0.16 0.08 0.02 0.08 0.15 0.19 0.29 0.19
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.05 0.01 0.11 0.05 0.13 0.03 0.08 0.20 0.00 0.03 0.05 0.01 0.12 0.23 0.24 0.14
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.10 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.24 0.21 0.12
C4 0.04 0.02 0.05 0.05 0.00 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.07 0.01 0.09 0.25 0.29 0.34 0.29
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.10 0.00 0.14 0.01 0.14 0.05 0.05 0.11 0.02 0.03 0.10 0.00 0.02 0.13 0.11 0.03
C5 0.03 0.02 0.11 0.05 0.01 0.14 0.00 0.25 0.01 0.02 0.01 0.02 0.20 0.06 0.01 0.15 0.27 0.29 0.29 0.29
C5' 0.04 0.08 0.05 0.01 0.20 0.01 0.25 0.00 0.23 0.11 0.13 0.09 0.04 0.05 0.20 0.02 0.00 0.11 0.07 0.01
C6 0.03 0.02 0.13 0.05 0.01 0.14 0.01 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.20 0.06 0.02 0.16 0.23 0.23 0.23 0.23
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.06 0.02 0.04 0.14 0.18 0.23 0.16
N3 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.05 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.11 0.07 0.02 0.07 0.20 0.25 0.34 0.25
O2 0.05 0.01 0.20 0.10 0.03 0.11 0.02 0.09 0.02 0.02 0.02 0.00 0.34 0.10 0.03 0.16 0.12 0.17 0.28 0.16
O2' 0.02 0.16 0.00 0.01 0.10 0.02 0.20 0.04 0.20 0.05 0.11 0.34 0.00 0.05 0.11 0.02 0.14 0.28 0.31 0.19
O3' 0.05 0.08 0.03 0.01 0.07 0.03 0.06 0.05 0.06 0.06 0.07 0.10 0.05 0.00 0.07 0.05 0.11 0.25 0.20 0.11
O4 0.04 0.02 0.05 0.04 0.01 0.10 0.01 0.20 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.07 0.00 0.09 0.26 0.32 0.37 0.31
O4' 0.01 0.08 0.01 0.01 0.09 0.00 0.15 0.02 0.16 0.04 0.07 0.16 0.02 0.05 0.09 0.00 0.06 0.08 0.18 0.11
O5' 0.06 0.15 0.12 0.12 0.25 0.02 0.27 0.00 0.23 0.14 0.20 0.12 0.14 0.11 0.26 0.06 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.13 0.19 0.23 0.24 0.29 0.13 0.29 0.11 0.23 0.18 0.25 0.17 0.28 0.25 0.32 0.08 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.29 0.24 0.21 0.34 0.11 0.29 0.07 0.23 0.23 0.34 0.28 0.31 0.20 0.37 0.18 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.08 0.19 0.14 0.12 0.29 0.03 0.29 0.01 0.23 0.16 0.25 0.16 0.19 0.11 0.31 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.07 0.14 0.08 0.13 0.27 0.12 0.18 0.24 0.08 0.08 0.22 0.39 0.13 0.08 0.19 0.14 0.16 0.25 0.17 0.06
C2 0.24 0.13 0.25 0.27 0.10 0.24 0.18 0.27 0.24 0.20 0.10 0.16 0.12 0.24 0.31 0.29 0.24 0.24 0.32 0.11
C2' 0.13 0.08 0.17 0.21 0.12 0.17 0.11 0.24 0.12 0.10 0.11 0.20 0.09 0.17 0.26 0.19 0.16 0.17 0.30 0.11
C3' 0.14 0.24 0.11 0.13 0.34 0.15 0.32 0.25 0.23 0.19 0.30 0.40 0.22 0.12 0.18 0.15 0.13 0.17 0.24 0.03
C4 0.24 0.16 0.24 0.24 0.12 0.21 0.18 0.25 0.23 0.21 0.12 0.09 0.16 0.24 0.27 0.27 0.18 0.25 0.27 0.07
C4' 0.43 0.52 0.36 0.30 0.63 0.33 0.62 0.38 0.53 0.49 0.58 0.66 0.49 0.37 0.26 0.37 0.38 0.34 0.26 0.14
C5 0.16 0.10 0.17 0.17 0.08 0.15 0.10 0.23 0.15 0.14 0.08 0.15 0.10 0.16 0.21 0.20 0.14 0.27 0.22 0.05
C5' 0.57 0.59 0.46 0.39 0.63 0.49 0.64 0.52 0.60 0.58 0.61 0.65 0.57 0.50 0.33 0.55 0.50 0.33 0.38 0.15
C6 0.12 0.08 0.12 0.15 0.13 0.12 0.09 0.23 0.10 0.10 0.11 0.23 0.08 0.12 0.19 0.16 0.13 0.27 0.20 0.05
N1 0.14 0.08 0.15 0.18 0.14 0.16 0.09 0.24 0.12 0.11 0.12 0.26 0.08 0.14 0.23 0.20 0.17 0.24 0.23 0.06
N3 0.27 0.18 0.28 0.28 0.14 0.25 0.23 0.27 0.27 0.24 0.13 0.09 0.17 0.28 0.32 0.31 0.23 0.24 0.32 0.10
O2 0.28 0.16 0.31 0.33 0.12 0.30 0.26 0.30 0.31 0.25 0.12 0.17 0.14 0.30 0.37 0.34 0.32 0.26 0.40 0.18
O2' 0.43 0.34 0.46 0.45 0.27 0.41 0.39 0.36 0.45 0.40 0.28 0.20 0.34 0.45 0.46 0.46 0.38 0.23 0.42 0.23
O3' 0.09 0.22 0.12 0.16 0.32 0.14 0.28 0.23 0.19 0.15 0.29 0.38 0.20 0.12 0.21 0.13 0.03 0.02 0.03 0.01
O4 0.27 0.21 0.27 0.26 0.17 0.23 0.23 0.26 0.26 0.25 0.17 0.12 0.20 0.27 0.29 0.30 0.19 0.25 0.28 0.07
O4' 0.28 0.42 0.23 0.19 0.57 0.18 0.53 0.29 0.39 0.36 0.51 0.66 0.40 0.24 0.19 0.20 0.27 0.41 0.16 0.14
O5' 0.38 0.38 0.28 0.25 0.43 0.37 0.43 0.45 0.39 0.38 0.40 0.45 0.37 0.32 0.23 0.39 0.39 0.35 0.40 0.13
OP1 0.54 0.47 0.40 0.38 0.46 0.55 0.48 0.58 0.49 0.49 0.46 0.46 0.47 0.49 0.38 0.60 0.46 0.53 0.76 0.32
OP2 0.30 0.29 0.20 0.22 0.34 0.33 0.33 0.43 0.31 0.29 0.32 0.37 0.28 0.24 0.27 0.35 0.31 0.49 0.59 0.24
P 0.46 0.44 0.32 0.27 0.47 0.44 0.47 0.50 0.45 0.44 0.45 0.48 0.43 0.38 0.25 0.50 0.40 0.43 0.55 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.04 0.04 0.07 0.02 0.02 0.00 0.19 0.40 0.42 0.16
C2 0.05 0.00 0.11 0.11 0.02 0.06 0.02 0.17 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.10 0.13 0.05 0.23 0.40 0.54 0.24
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.08 0.01 0.10 0.04 0.10 0.03 0.09 0.09 0.19 0.01 0.01 0.03 0.08 0.22 0.51 0.11
C3' 0.02 0.11 0.01 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.12 0.03 0.09 0.05 0.19 0.02 0.01 0.02 0.13 0.09 0.51 0.12
C4 0.03 0.02 0.08 0.05 0.00 0.07 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.08 0.04 0.28 0.39 0.54 0.29
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.05 0.08 0.10 0.04 0.02 0.00 0.01 0.22 0.33 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.10 0.01 0.09 0.00 0.29 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.13 0.05 0.30 0.39 0.46 0.27
C5' 0.08 0.17 0.04 0.01 0.27 0.01 0.29 0.00 0.26 0.17 0.22 0.29 0.13 0.04 0.09 0.03 0.01 0.19 0.21 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.12 0.01 0.09 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.07 0.14 0.05 0.29 0.40 0.42 0.23
N1 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.17 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.23 0.41 0.46 0.20
N3 0.04 0.01 0.09 0.09 0.01 0.05 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01 0.11 0.12 0.04 0.25 0.39 0.58 0.28
N4 0.04 0.03 0.09 0.05 0.01 0.08 0.02 0.29 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.11 0.09 0.05 0.29 0.40 0.57 0.33
O2 0.07 0.00 0.19 0.19 0.02 0.10 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.18 0.22 0.08 0.22 0.41 0.57 0.23
O2' 0.02 0.10 0.01 0.02 0.09 0.04 0.08 0.04 0.07 0.04 0.11 0.11 0.18 0.00 0.06 0.08 0.06 0.23 0.47 0.10
O3' 0.02 0.13 0.01 0.01 0.08 0.02 0.13 0.09 0.14 0.04 0.12 0.09 0.22 0.06 0.00 0.03 0.26 0.09 0.51 0.17
O4' 0.00 0.05 0.03 0.02 0.04 0.00 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.08 0.08 0.03 0.00 0.23 0.47 0.33 0.21
O5' 0.19 0.23 0.08 0.13 0.28 0.01 0.30 0.01 0.29 0.23 0.25 0.29 0.22 0.06 0.26 0.23 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.40 0.40 0.22 0.09 0.39 0.22 0.39 0.19 0.40 0.41 0.39 0.40 0.41 0.23 0.09 0.47 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.42 0.54 0.51 0.51 0.54 0.33 0.46 0.21 0.42 0.46 0.58 0.57 0.57 0.47 0.51 0.33 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.24 0.11 0.12 0.29 0.06 0.27 0.01 0.23 0.20 0.28 0.33 0.23 0.10 0.17 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00