ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55085

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.006, 0.020, 0.035, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.020 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.007, 0.023, 0.038, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C5 A 0, -0.002, 0.015, 0.031, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.015 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.003, 0.021, 0.038, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.021 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.007, 0.028, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.028 std_dev=0.021
O2 A 0, 0.011, 0.036, 0.060, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.036 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.022, 0.063, 0.104, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.063 std_dev=0.041
N4 B 0, 0.296, 0.635, 0.974, 1.137 max_d=1.137 avg_d=0.635 std_dev=0.339
C4 B 0, 0.238, 0.623, 1.008, 1.310 max_d=1.310 avg_d=0.623 std_dev=0.385
O4' A 0, 0.249, 0.635, 1.021, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.635 std_dev=0.386
N3 B 0, 0.317, 0.726, 1.136, 1.422 max_d=1.422 avg_d=0.726 std_dev=0.410
C2' A 0, 0.236, 0.670, 1.104, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.670 std_dev=0.434
OP1 A 0, 0.664, 1.152, 1.641, 1.705 max_d=1.705 avg_d=1.152 std_dev=0.488
C5 B 0, 0.183, 0.694, 1.204, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.694 std_dev=0.511
C2 B 0, 0.325, 0.893, 1.461, 2.097 max_d=2.097 avg_d=0.893 std_dev=0.568
C4' A 0, 0.404, 1.003, 1.602, 1.766 max_d=1.766 avg_d=1.003 std_dev=0.599
O2 B 0, 0.408, 1.050, 1.691, 2.531 max_d=2.531 avg_d=1.050 std_dev=0.641
O5' A 0, 0.435, 1.082, 1.729, 2.396 max_d=2.396 avg_d=1.082 std_dev=0.647
C3' A 0, 0.422, 1.081, 1.740, 1.644 max_d=1.644 avg_d=1.081 std_dev=0.659
C6 B 0, 0.190, 0.878, 1.565, 2.232 max_d=2.232 avg_d=0.878 std_dev=0.687
P A 0, 0.574, 1.264, 1.953, 2.733 max_d=2.733 avg_d=1.264 std_dev=0.690
N1 B 0, 0.254, 0.976, 1.698, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.976 std_dev=0.722
O2' A 0, 0.447, 1.204, 1.961, 2.275 max_d=2.275 avg_d=1.204 std_dev=0.757
C5' A 0, 0.495, 1.269, 2.043, 2.644 max_d=2.644 avg_d=1.269 std_dev=0.774
C1' B 0, 0.325, 1.268, 2.212, 3.086 max_d=3.086 avg_d=1.268 std_dev=0.944
P B 0, 0.278, 1.280, 2.283, 3.745 max_d=3.745 avg_d=1.280 std_dev=1.002
O4' B 0, 0.331, 1.398, 2.466, 3.575 max_d=3.575 avg_d=1.398 std_dev=1.068
C2' B 0, 0.393, 1.465, 2.538, 3.530 max_d=3.530 avg_d=1.465 std_dev=1.073
O3' A 0, 0.579, 1.698, 2.816, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.698 std_dev=1.118
O2' B 0, 0.481, 1.678, 2.875, 3.808 max_d=3.808 avg_d=1.678 std_dev=1.197
C3' B 0, 0.370, 1.573, 2.776, 4.107 max_d=4.107 avg_d=1.573 std_dev=1.203
O5' B 0, 0.307, 1.528, 2.749, 4.318 max_d=4.318 avg_d=1.528 std_dev=1.221
C4' B 0, 0.385, 1.629, 2.873, 4.236 max_d=4.236 avg_d=1.629 std_dev=1.244
C5' B 0, 0.381, 1.667, 2.953, 4.495 max_d=4.495 avg_d=1.667 std_dev=1.286
OP1 B 0, 0.395, 1.682, 2.969, 4.962 max_d=4.962 avg_d=1.682 std_dev=1.287
OP2 A 0, 1.072, 2.443, 3.813, 3.997 max_d=3.997 avg_d=2.443 std_dev=1.371
OP2 B 0, 0.626, 2.028, 3.431, 4.502 max_d=4.502 avg_d=2.028 std_dev=1.403
O3' B 0, 0.521, 1.933, 3.344, 4.822 max_d=4.822 avg_d=1.933 std_dev=1.412

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.06 0.03 0.01 0.02 0.03 0.03 0.27 0.04 0.01 0.14 0.40 0.25 0.18
C2 0.02 0.00 0.14 0.18 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.18 0.02 0.08 0.13 0.66 0.31 0.19
C2' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.02 0.15 0.16 0.17 0.04 0.09 0.26 0.01 0.04 0.09 0.02 0.33 0.41 0.41 0.36
C3' 0.02 0.18 0.00 0.00 0.34 0.01 0.37 0.02 0.33 0.19 0.25 0.16 0.03 0.01 0.37 0.03 0.07 0.18 0.13 0.08
C4 0.04 0.02 0.08 0.34 0.00 0.15 0.01 0.15 0.02 0.03 0.01 0.01 0.28 0.22 0.01 0.06 0.21 0.85 0.58 0.23
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.07 0.07 0.07 0.26 0.05 0.17 0.01 0.02 0.23 0.25 0.03
C5 0.04 0.02 0.15 0.37 0.01 0.20 0.00 0.19 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.32 0.03 0.11 0.23 0.85 0.58 0.22
C5' 0.06 0.06 0.16 0.02 0.15 0.01 0.19 0.00 0.15 0.06 0.09 0.09 0.14 0.20 0.18 0.02 0.01 0.37 0.39 0.02
C6 0.03 0.01 0.17 0.33 0.02 0.19 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.28 0.27 0.03 0.12 0.18 0.72 0.40 0.18
N1 0.01 0.01 0.04 0.19 0.03 0.07 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.01 0.16 0.14 0.04 0.02 0.12 0.61 0.29 0.18
N3 0.02 0.01 0.09 0.25 0.01 0.07 0.01 0.09 0.02 0.02 0.00 0.01 0.22 0.12 0.01 0.06 0.15 0.77 0.44 0.20
O2 0.03 0.01 0.26 0.16 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.34 0.02 0.14 0.14 0.59 0.27 0.19
O2' 0.03 0.16 0.01 0.03 0.28 0.26 0.32 0.14 0.28 0.16 0.22 0.21 0.00 0.07 0.30 0.19 0.23 0.34 0.42 0.28
O3' 0.27 0.18 0.04 0.01 0.22 0.05 0.32 0.20 0.27 0.14 0.12 0.34 0.07 0.00 0.26 0.20 0.24 0.60 0.36 0.34
O4 0.04 0.02 0.09 0.37 0.01 0.17 0.03 0.18 0.03 0.04 0.01 0.02 0.30 0.26 0.00 0.07 0.25 0.88 0.69 0.26
O4' 0.01 0.08 0.02 0.03 0.06 0.01 0.11 0.02 0.12 0.02 0.06 0.14 0.19 0.20 0.07 0.00 0.08 0.34 0.34 0.15
O5' 0.14 0.13 0.33 0.07 0.21 0.02 0.23 0.01 0.18 0.12 0.15 0.14 0.23 0.24 0.25 0.08 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.40 0.66 0.41 0.18 0.85 0.23 0.85 0.37 0.72 0.61 0.77 0.59 0.34 0.60 0.88 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.31 0.41 0.13 0.58 0.25 0.58 0.39 0.40 0.29 0.44 0.27 0.42 0.36 0.69 0.34 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.19 0.36 0.08 0.23 0.03 0.22 0.02 0.18 0.18 0.20 0.19 0.28 0.34 0.26 0.15 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.26 0.24 0.24 0.27 0.32 0.27 0.39 0.26 0.26 0.26 0.27 0.26 0.23 0.26 0.35 0.42 0.73 0.46 0.34
C2 0.20 0.17 0.18 0.21 0.17 0.26 0.19 0.34 0.20 0.18 0.17 0.20 0.16 0.18 0.22 0.27 0.40 0.70 0.67 0.35
C2' 0.50 0.43 0.38 0.37 0.35 0.52 0.41 0.58 0.48 0.47 0.38 0.27 0.43 0.39 0.33 0.60 0.68 0.51 0.87 0.59
C3' 0.69 0.53 0.52 0.55 0.41 0.82 0.49 0.97 0.61 0.61 0.44 0.30 0.54 0.54 0.45 0.85 1.09 0.38 1.33 1.14
C4 0.22 0.18 0.22 0.26 0.17 0.31 0.20 0.41 0.21 0.20 0.17 0.18 0.18 0.22 0.28 0.29 0.48 0.58 0.85 0.46
C4' 0.55 0.45 0.42 0.41 0.38 0.62 0.42 0.72 0.48 0.49 0.40 0.33 0.46 0.44 0.36 0.67 0.72 0.51 0.58 0.65
C5 0.23 0.19 0.20 0.24 0.18 0.33 0.20 0.44 0.22 0.20 0.18 0.20 0.19 0.20 0.25 0.32 0.51 0.51 0.84 0.50
C5' 0.58 0.45 0.45 0.46 0.36 0.69 0.40 0.80 0.48 0.49 0.39 0.31 0.46 0.48 0.42 0.71 0.77 0.58 0.71 0.74
C6 0.24 0.20 0.19 0.22 0.20 0.33 0.21 0.44 0.22 0.22 0.20 0.22 0.21 0.20 0.22 0.34 0.49 0.54 0.75 0.47
N1 0.23 0.20 0.18 0.20 0.21 0.30 0.21 0.39 0.22 0.21 0.20 0.23 0.20 0.18 0.21 0.32 0.44 0.64 0.65 0.40
N3 0.21 0.18 0.22 0.25 0.17 0.29 0.20 0.37 0.22 0.19 0.17 0.17 0.18 0.22 0.27 0.28 0.44 0.65 0.78 0.41
O2 0.18 0.15 0.18 0.20 0.15 0.23 0.17 0.28 0.18 0.16 0.15 0.19 0.15 0.18 0.22 0.23 0.33 0.79 0.57 0.28
O2' 0.62 0.50 0.47 0.48 0.38 0.60 0.44 0.58 0.57 0.57 0.43 0.33 0.51 0.49 0.48 0.75 0.57 1.11 0.36 0.31
O3' 1.11 0.97 0.88 0.88 0.85 1.19 0.94 1.32 1.06 1.06 0.89 0.73 0.98 0.89 0.69 1.28 1.51 0.64 1.59 1.50
O4 0.22 0.19 0.25 0.29 0.18 0.32 0.21 0.41 0.22 0.21 0.18 0.18 0.20 0.25 0.31 0.29 0.50 0.57 0.90 0.48
O4' 0.43 0.40 0.35 0.34 0.39 0.45 0.41 0.50 0.42 0.41 0.39 0.38 0.40 0.35 0.31 0.50 0.48 0.68 0.28 0.36
O5' 0.59 0.44 0.49 0.54 0.35 0.75 0.41 0.89 0.50 0.51 0.37 0.28 0.46 0.52 0.50 0.74 0.90 0.55 1.07 0.95
OP1 0.48 0.51 0.35 0.34 0.56 0.51 0.53 0.60 0.48 0.48 0.55 0.62 0.51 0.34 0.26 0.55 0.65 0.39 0.93 0.68
OP2 0.68 0.46 0.49 0.57 0.39 0.89 0.48 1.08 0.58 0.56 0.39 0.37 0.46 0.54 0.53 0.89 1.06 0.80 1.28 1.11
P 0.59 0.45 0.48 0.53 0.37 0.75 0.43 0.89 0.50 0.51 0.38 0.31 0.46 0.51 0.49 0.73 0.89 0.62 1.05 0.93

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02 0.01 0.09 0.29 0.30 0.15
C2 0.04 0.00 0.08 0.08 0.02 0.04 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.08 0.09 0.04 0.12 0.50 0.42 0.17
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.10 0.03 0.07 0.07 0.16 0.00 0.01 0.01 0.10 0.24 0.46 0.15
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.06 0.01 0.13 0.03 0.14 0.05 0.07 0.07 0.15 0.03 0.01 0.02 0.16 0.18 0.54 0.14
C4 0.03 0.02 0.06 0.06 0.00 0.03 0.01 0.09 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.07 0.10 0.03 0.17 0.69 0.50 0.21
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.06 0.03 0.01 0.03 0.18 0.28 0.06
C5 0.02 0.02 0.10 0.13 0.01 0.05 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.08 0.17 0.04 0.19 0.72 0.44 0.23
C5' 0.03 0.05 0.03 0.03 0.09 0.02 0.11 0.00 0.09 0.05 0.07 0.12 0.07 0.08 0.04 0.03 0.01 0.35 0.26 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.14 0.02 0.04 0.01 0.09 0.00 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.17 0.04 0.18 0.61 0.36 0.22
N1 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.12 0.47 0.35 0.18
N3 0.04 0.01 0.07 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.08 0.08 0.03 0.15 0.60 0.49 0.19
N4 0.03 0.03 0.07 0.07 0.00 0.04 0.02 0.12 0.03 0.02 0.03 0.00 0.04 0.08 0.11 0.03 0.20 0.74 0.56 0.23
O2 0.05 0.01 0.16 0.15 0.02 0.07 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.04 0.00 0.13 0.18 0.07 0.11 0.42 0.43 0.17
O2' 0.02 0.08 0.00 0.03 0.07 0.06 0.08 0.08 0.07 0.02 0.08 0.08 0.13 0.00 0.03 0.05 0.08 0.18 0.42 0.12
O3' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.10 0.03 0.17 0.04 0.17 0.05 0.08 0.11 0.18 0.03 0.00 0.02 0.20 0.22 0.68 0.14
O4' 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.07 0.05 0.02 0.00 0.15 0.22 0.30 0.16
O5' 0.09 0.12 0.10 0.16 0.17 0.03 0.19 0.01 0.18 0.12 0.15 0.20 0.11 0.08 0.20 0.15 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.29 0.50 0.24 0.18 0.69 0.18 0.72 0.35 0.61 0.47 0.60 0.74 0.42 0.18 0.22 0.22 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.30 0.42 0.46 0.54 0.50 0.28 0.44 0.26 0.36 0.35 0.49 0.56 0.43 0.42 0.68 0.30 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.17 0.15 0.14 0.21 0.06 0.23 0.02 0.22 0.18 0.19 0.23 0.17 0.12 0.14 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00