Doublet Group distance statistics: 55086

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 2, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C5	A	0, 0.009, 0.021, 0.033, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.021 std_dev=0.012
N3	A	0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1	A	0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.023 std_dev=0.013
C4	A	0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.015
C2	A	0, 0.013, 0.029, 0.045, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.016
C6	A	0, 0.017, 0.035, 0.052, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C1'	A	0, 0.017, 0.036, 0.054, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.036 std_dev=0.018
O2	A	0, 0.034, 0.068, 0.101, 0.122 max_d=0.122 avg_d=0.068 std_dev=0.033
O4	A	0, 0.049, 0.110, 0.171, 0.204 max_d=0.204 avg_d=0.110 std_dev=0.061
N4	B	0, 0.349, 0.618, 0.887, 0.852 max_d=0.852 avg_d=0.618 std_dev=0.269
C4	B	0, 0.419, 0.769, 1.118, 1.186 max_d=1.186 avg_d=0.769 std_dev=0.349
N3	B	0, 0.378, 0.752, 1.126, 1.198 max_d=1.198 avg_d=0.752 std_dev=0.374
C5	B	0, 0.580, 1.032, 1.484, 1.610 max_d=1.610 avg_d=1.032 std_dev=0.452
C2	B	0, 0.497, 0.978, 1.460, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.978 std_dev=0.482
O3'	A	0, 0.407, 0.900, 1.393, 2.059 max_d=2.059 avg_d=0.900 std_dev=0.493
C3'	A	0, 0.717, 1.224, 1.730, 1.611 max_d=1.611 avg_d=1.224 std_dev=0.507
O2	B	0, 0.557, 1.065, 1.573, 1.675 max_d=1.675 avg_d=1.065 std_dev=0.508
O4'	A	0, 0.519, 1.078, 1.637, 1.542 max_d=1.542 avg_d=1.078 std_dev=0.559
C6	B	0, 0.654, 1.222, 1.790, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.222 std_dev=0.568
C2'	A	0, 0.642, 1.210, 1.778, 1.674 max_d=1.674 avg_d=1.210 std_dev=0.568
P	B	0, 0.787, 1.358, 1.929, 2.087 max_d=2.087 avg_d=1.358 std_dev=0.571
N1	B	0, 0.617, 1.199, 1.780, 1.995 max_d=1.995 avg_d=1.199 std_dev=0.581
OP2	B	0, 0.925, 1.519, 2.113, 2.201 max_d=2.201 avg_d=1.519 std_dev=0.594
OP1	B	0, 0.916, 1.560, 2.204, 2.276 max_d=2.276 avg_d=1.560 std_dev=0.644
C4'	A	0, 0.679, 1.385, 2.092, 1.988 max_d=1.988 avg_d=1.385 std_dev=0.706
O5'	B	0, 0.809, 1.527, 2.245, 2.580 max_d=2.580 avg_d=1.527 std_dev=0.718
C1'	B	0, 0.714, 1.441, 2.168, 2.499 max_d=2.499 avg_d=1.441 std_dev=0.727
C2'	B	0, 0.847, 1.644, 2.441, 2.768 max_d=2.768 avg_d=1.644 std_dev=0.797
O4'	B	0, 0.672, 1.471, 2.270, 2.686 max_d=2.686 avg_d=1.471 std_dev=0.799
C5'	B	0, 0.695, 1.535, 2.375, 2.828 max_d=2.828 avg_d=1.535 std_dev=0.840
O2'	A	0, 1.241, 2.085, 2.929, 2.761 max_d=2.761 avg_d=2.085 std_dev=0.844
C3'	B	0, 0.883, 1.730, 2.576, 2.962 max_d=2.962 avg_d=1.730 std_dev=0.847
C4'	B	0, 0.788, 1.648, 2.508, 2.941 max_d=2.941 avg_d=1.648 std_dev=0.860
O2'	B	0, 1.006, 1.926, 2.846, 3.213 max_d=3.213 avg_d=1.926 std_dev=0.920
O3'	B	0, 1.100, 2.060, 3.020, 3.380 max_d=3.380 avg_d=2.060 std_dev=0.960
C5'	A	0, 1.385, 2.554, 3.724, 3.673 max_d=3.673 avg_d=2.554 std_dev=1.170
O5'	A	0, 2.463, 3.855, 5.246, 4.723 max_d=4.723 avg_d=3.855 std_dev=1.392
OP2	A	0, 3.465, 5.544, 7.623, 6.736 max_d=6.736 avg_d=5.544 std_dev=2.079
P	A	0, 3.588, 5.684, 7.780, 6.923 max_d=6.923 avg_d=5.684 std_dev=2.096
OP1	A	0, 5.088, 7.944, 10.800, 9.511 max_d=9.511 avg_d=7.944 std_dev=2.856

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.03	0.00	0.01	0.03	0.01	0.02	0.08	0.02	0.02	0.03	0.04	0.03	0.23	0.04	0.01	0.12	0.22	0.19	0.20
C2	0.03	0.00	0.17	0.16	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.11	0.01	0.12	0.18	0.25	0.32	0.27
C2'	0.00	0.17	0.00	0.01	0.06	0.01	0.19	0.17	0.22	0.03	0.11	0.34	0.00	0.04	0.08	0.02	0.28	0.31	0.25	0.20
C3'	0.01	0.16	0.01	0.00	0.11	0.01	0.06	0.02	0.04	0.08	0.16	0.21	0.01	0.01	0.12	0.03	0.27	0.38	0.20	0.17
C4	0.03	0.00	0.06	0.11	0.00	0.03	0.01	0.21	0.01	0.01	0.00	0.01	0.23	0.08	0.00	0.03	0.19	0.33	0.44	0.34
C4'	0.01	0.05	0.01	0.01	0.03	0.00	0.06	0.01	0.06	0.01	0.03	0.09	0.19	0.03	0.03	0.01	0.02	0.33	0.12	0.12
C5	0.02	0.01	0.19	0.06	0.01	0.06	0.00	0.25	0.00	0.01	0.01	0.02	0.34	0.09	0.01	0.06	0.17	0.32	0.44	0.33
C5'	0.08	0.13	0.17	0.02	0.21	0.01	0.25	0.00	0.22	0.14	0.17	0.11	0.06	0.21	0.23	0.01	0.01	0.26	0.20	0.03
C6	0.02	0.01	0.22	0.04	0.01	0.06	0.00	0.22	0.00	0.01	0.02	0.02	0.32	0.11	0.02	0.09	0.14	0.28	0.38	0.31
N1	0.02	0.01	0.03	0.08	0.01	0.01	0.01	0.14	0.01	0.00	0.01	0.01	0.11	0.13	0.02	0.02	0.15	0.23	0.31	0.27
N3	0.03	0.00	0.11	0.16	0.00	0.03	0.01	0.17	0.02	0.01	0.00	0.01	0.09	0.09	0.01	0.09	0.19	0.29	0.38	0.31
O2	0.04	0.01	0.34	0.21	0.01	0.09	0.02	0.11	0.02	0.01	0.01	0.00	0.32	0.12	0.02	0.19	0.19	0.24	0.27	0.24
O2'	0.03	0.10	0.00	0.01	0.23	0.19	0.34	0.06	0.32	0.11	0.09	0.32	0.00	0.07	0.26	0.12	0.11	0.21	0.17	0.11
O3'	0.23	0.11	0.04	0.01	0.08	0.03	0.09	0.21	0.11	0.13	0.09	0.12	0.07	0.00	0.08	0.16	0.10	0.45	0.15	0.15
O4	0.04	0.01	0.08	0.12	0.00	0.03	0.01	0.23	0.02	0.02	0.01	0.02	0.26	0.08	0.00	0.04	0.20	0.36	0.47	0.35
O4'	0.01	0.12	0.02	0.03	0.03	0.01	0.06	0.01	0.09	0.02	0.09	0.19	0.12	0.16	0.04	0.00	0.25	0.27	0.34	0.34
O5'	0.12	0.18	0.28	0.27	0.19	0.02	0.17	0.01	0.14	0.15	0.19	0.19	0.11	0.10	0.20	0.25	0.00	0.03	0.02	0.01
OP1	0.22	0.25	0.31	0.38	0.33	0.33	0.32	0.26	0.28	0.23	0.29	0.24	0.21	0.45	0.36	0.27	0.03	0.00	0.04	0.00
OP2	0.19	0.32	0.25	0.20	0.44	0.12	0.44	0.20	0.38	0.31	0.38	0.27	0.17	0.15	0.47	0.34	0.02	0.04	0.00	0.01
P	0.20	0.27	0.20	0.17	0.34	0.12	0.33	0.03	0.31	0.27	0.31	0.24	0.11	0.15	0.35	0.34	0.01	0.00	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.08	0.06	0.10	0.09	0.06	0.08	0.09	0.08	0.10	0.08	0.05	0.07	0.05	0.09	0.10	0.11	0.14	0.19	0.19	0.17
C2	0.07	0.06	0.09	0.07	0.06	0.07	0.09	0.09	0.09	0.07	0.05	0.05	0.06	0.09	0.07	0.09	0.17	0.24	0.30	0.23
C2'	0.41	0.42	0.39	0.40	0.43	0.41	0.41	0.44	0.40	0.41	0.42	0.44	0.42	0.39	0.38	0.41	0.50	0.53	0.52	0.52
C3'	0.07	0.08	0.04	0.04	0.12	0.05	0.08	0.07	0.07	0.07	0.11	0.17	0.08	0.05	0.04	0.11	0.14	0.22	0.20	0.18
C4	0.07	0.05	0.08	0.06	0.05	0.06	0.08	0.09	0.08	0.07	0.04	0.05	0.05	0.08	0.07	0.08	0.16	0.23	0.28	0.21
C4'	0.25	0.26	0.24	0.23	0.22	0.24	0.23	0.25	0.25	0.26	0.24	0.20	0.27	0.25	0.24	0.24	0.19	0.24	0.23	0.21
C5	0.09	0.07	0.10	0.08	0.07	0.08	0.10	0.08	0.10	0.09	0.06	0.06	0.06	0.10	0.09	0.10	0.14	0.20	0.23	0.18
C5'	0.30	0.31	0.26	0.25	0.24	0.28	0.24	0.32	0.27	0.30	0.28	0.21	0.33	0.28	0.26	0.28	0.26	0.38	0.31	0.32
C6	0.10	0.08	0.11	0.09	0.07	0.08	0.11	0.07	0.11	0.10	0.07	0.07	0.07	0.11	0.10	0.11	0.13	0.19	0.20	0.17
N1	0.09	0.08	0.11	0.09	0.07	0.08	0.10	0.08	0.11	0.09	0.06	0.06	0.06	0.11	0.09	0.10	0.14	0.21	0.23	0.19
N3	0.07	0.05	0.08	0.06	0.06	0.07	0.08	0.09	0.08	0.07	0.05	0.05	0.05	0.08	0.07	0.08	0.17	0.25	0.31	0.23
O2	0.07	0.07	0.08	0.06	0.06	0.06	0.08	0.10	0.08	0.07	0.06	0.06	0.07	0.09	0.06	0.09	0.18	0.26	0.34	0.25
O2'	0.83	0.79	0.75	0.75	0.76	0.84	0.81	0.87	0.82	0.82	0.75	0.68	0.78	0.77	0.69	0.88	0.89	0.85	0.80	0.88
O3'	0.33	0.32	0.29	0.24	0.28	0.26	0.30	0.19	0.32	0.33	0.29	0.25	0.32	0.29	0.21	0.37	0.18	0.13	0.09	0.10
O4	0.06	0.05	0.07	0.07	0.05	0.07	0.07	0.10	0.07	0.06	0.04	0.05	0.06	0.07	0.07	0.07	0.17	0.24	0.29	0.22
O4'	0.37	0.37	0.36	0.32	0.33	0.32	0.34	0.26	0.36	0.37	0.35	0.29	0.38	0.37	0.33	0.35	0.18	0.12	0.15	0.11
O5'	0.22	0.23	0.22	0.23	0.21	0.26	0.21	0.30	0.22	0.23	0.21	0.22	0.23	0.23	0.26	0.22	0.22	0.24	0.18	0.22
OP1	0.45	0.35	0.42	0.41	0.28	0.46	0.34	0.43	0.40	0.40	0.29	0.25	0.37	0.44	0.41	0.50	0.36	0.36	0.36	0.36
OP2	0.31	0.22	0.29	0.31	0.17	0.35	0.21	0.35	0.28	0.27	0.18	0.19	0.24	0.31	0.33	0.37	0.29	0.34	0.33	0.31
P	0.22	0.16	0.20	0.20	0.13	0.25	0.15	0.25	0.20	0.19	0.13	0.17	0.17	0.22	0.22	0.27	0.16	0.18	0.18	0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.04	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.02	0.01	0.03	0.02	0.10	0.02	0.03	0.00	0.09	0.08	0.17	0.10
C2	0.04	0.00	0.05	0.05	0.01	0.04	0.01	0.08	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.05	0.04	0.04	0.16	0.17	0.31	0.19
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.04	0.01	0.03	0.01	0.03	0.01	0.04	0.04	0.11	0.01	0.04	0.01	0.05	0.11	0.15	0.08
C3'	0.01	0.05	0.00	0.00	0.04	0.00	0.05	0.01	0.05	0.03	0.04	0.05	0.11	0.02	0.01	0.02	0.07	0.13	0.13	0.09
C4	0.01	0.01	0.04	0.04	0.00	0.05	0.00	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.03	0.02	0.20	0.25	0.37	0.26
C4'	0.01	0.04	0.01	0.00	0.05	0.00	0.06	0.01	0.06	0.03	0.04	0.05	0.10	0.03	0.01	0.00	0.02	0.07	0.06	0.02
C5	0.01	0.01	0.03	0.05	0.00	0.06	0.00	0.13	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.05	0.04	0.21	0.25	0.36	0.26
C5'	0.03	0.08	0.01	0.01	0.12	0.01	0.13	0.00	0.12	0.08	0.10	0.13	0.11	0.03	0.03	0.01	0.01	0.07	0.03	0.01
C6	0.02	0.01	0.03	0.05	0.01	0.06	0.00	0.12	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.02	0.05	0.04	0.19	0.20	0.30	0.21
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.01	0.04	0.02	0.02	0.01	0.16	0.16	0.27	0.17
N3	0.03	0.00	0.04	0.04	0.01	0.04	0.01	0.10	0.01	0.01	0.00	0.01	0.02	0.05	0.03	0.02	0.18	0.21	0.35	0.23
N4	0.02	0.01	0.04	0.05	0.00	0.05	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.02	0.05	0.04	0.02	0.21	0.28	0.40	0.28
O2	0.10	0.01	0.11	0.11	0.01	0.10	0.02	0.11	0.03	0.04	0.02	0.02	0.00	0.11	0.10	0.10	0.16	0.16	0.29	0.19
O2'	0.02	0.05	0.01	0.02	0.04	0.03	0.03	0.03	0.02	0.02	0.05	0.05	0.11	0.00	0.07	0.04	0.05	0.08	0.12	0.05
O3'	0.03	0.04	0.04	0.01	0.03	0.01	0.05	0.03	0.05	0.02	0.03	0.04	0.10	0.07	0.00	0.02	0.14	0.20	0.16	0.15
O4'	0.00	0.04	0.01	0.02	0.02	0.00	0.04	0.01	0.04	0.01	0.02	0.02	0.10	0.04	0.02	0.00	0.11	0.09	0.13	0.10
O5'	0.09	0.16	0.05	0.07	0.20	0.02	0.21	0.01	0.19	0.16	0.18	0.21	0.16	0.05	0.14	0.11	0.00	0.02	0.02	0.01
OP1	0.08	0.17	0.11	0.13	0.25	0.07	0.25	0.07	0.20	0.16	0.21	0.28	0.16	0.08	0.20	0.09	0.02	0.00	0.01	0.00
OP2	0.17	0.31	0.15	0.13	0.37	0.06	0.36	0.03	0.30	0.27	0.35	0.40	0.29	0.12	0.16	0.13	0.02	0.01	0.00	0.01
P	0.10	0.19	0.08	0.09	0.26	0.02	0.26	0.01	0.21	0.17	0.23	0.28	0.19	0.05	0.15	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00