ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55087

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.002, 0.007, 0.015, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.007 std_dev=0.008
N3 A 0, -0.004, 0.015, 0.035, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.006, 0.016, 0.037, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.016 std_dev=0.021
N1 A 0, -0.006, 0.020, 0.046, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.020 std_dev=0.026
C6 A 0, -0.007, 0.020, 0.046, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.027
C2 A 0, -0.007, 0.021, 0.048, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.021 std_dev=0.027
C1' A 0, -0.010, 0.027, 0.063, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.027 std_dev=0.037
O2 A 0, -0.019, 0.059, 0.137, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.059 std_dev=0.078
O4 A 0, -0.022, 0.060, 0.142, 0.176 max_d=0.176 avg_d=0.060 std_dev=0.082
C5 B 0, -0.030, 0.101, 0.232, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.101 std_dev=0.131
C6 B 0, -0.070, 0.192, 0.455, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.192 std_dev=0.262
C4 B 0, -0.091, 0.260, 0.611, 0.756 max_d=0.756 avg_d=0.260 std_dev=0.351
N4 B 0, -0.116, 0.319, 0.755, 0.935 max_d=0.935 avg_d=0.319 std_dev=0.436
N1 B 0, -0.123, 0.335, 0.794, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.335 std_dev=0.458
N3 B 0, -0.149, 0.406, 0.961, 1.191 max_d=1.191 avg_d=0.406 std_dev=0.555
C2 B 0, -0.157, 0.427, 1.012, 1.254 max_d=1.254 avg_d=0.427 std_dev=0.584
C1' B 0, -0.164, 0.465, 1.095, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.465 std_dev=0.630
C2' B 0, -0.172, 0.494, 1.160, 1.435 max_d=1.435 avg_d=0.494 std_dev=0.666
O4' B 0, -0.178, 0.501, 1.179, 1.460 max_d=1.460 avg_d=0.501 std_dev=0.678
C3' B 0, -0.194, 0.542, 1.279, 1.584 max_d=1.584 avg_d=0.542 std_dev=0.737
O2 B 0, -0.214, 0.584, 1.382, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.584 std_dev=0.798
C4' B 0, -0.232, 0.637, 1.506, 1.865 max_d=1.865 avg_d=0.637 std_dev=0.869
O4' A 0, -0.264, 0.668, 1.600, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.668 std_dev=0.932
C5' B 0, -0.271, 0.708, 1.687, 2.092 max_d=2.092 avg_d=0.708 std_dev=0.979
O5' B 0, -0.295, 0.751, 1.798, 2.231 max_d=2.231 avg_d=0.751 std_dev=1.047
C2' A 0, -0.300, 0.751, 1.802, 2.237 max_d=2.237 avg_d=0.751 std_dev=1.051
O3' B 0, -0.288, 0.786, 1.859, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.786 std_dev=1.073
O2' B 0, -0.285, 0.788, 1.861, 2.305 max_d=2.305 avg_d=0.788 std_dev=1.073
O3' A 0, -0.344, 0.867, 2.078, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.867 std_dev=1.211
C4' A 0, -0.353, 0.869, 2.091, 2.597 max_d=2.597 avg_d=0.869 std_dev=1.222
C3' A 0, -0.357, 0.899, 2.156, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.899 std_dev=1.257
O2' A 0, -0.448, 1.135, 2.717, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.135 std_dev=1.583
P B 0, -0.518, 1.300, 3.119, 3.873 max_d=3.873 avg_d=1.300 std_dev=1.819
C5' A 0, -0.618, 1.540, 3.697, 4.591 max_d=4.591 avg_d=1.540 std_dev=2.157
OP2 A 0, -0.672, 1.731, 4.135, 5.130 max_d=5.130 avg_d=1.731 std_dev=2.404
OP2 B 0, -0.715, 1.776, 4.266, 5.298 max_d=5.298 avg_d=1.776 std_dev=2.491
O5' A 0, -0.718, 1.808, 4.334, 5.380 max_d=5.380 avg_d=1.808 std_dev=2.526
OP1 B 0, -0.780, 1.936, 4.653, 5.778 max_d=5.778 avg_d=1.936 std_dev=2.716
P A 0, -0.831, 2.090, 5.012, 6.221 max_d=6.221 avg_d=2.090 std_dev=2.921
OP1 A 0, -0.912, 2.263, 5.438, 6.753 max_d=6.753 avg_d=2.263 std_dev=3.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.03 0.02 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.09 0.03 0.13 0.03 0.00 0.13 1.56 0.19 0.63
C2 0.05 0.00 0.11 0.01 0.01 0.26 0.00 0.57 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.06 0.01 0.29 0.39 1.38 0.33 0.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.01 0.06 0.02 0.17 0.13 0.18 0.02 0.05 0.26 0.00 0.01 0.07 0.00 0.00 1.07 0.23 0.31
C3' 0.02 0.01 0.01 0.00 0.14 0.00 0.24 0.01 0.26 0.11 0.05 0.07 0.03 0.01 0.14 0.03 0.02 0.69 0.29 0.20
C4 0.03 0.01 0.06 0.14 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.02 0.00 0.00 0.27 0.05 0.00 0.04 0.10 1.96 0.06 0.74
C4' 0.02 0.26 0.02 0.00 0.01 0.00 0.23 0.00 0.29 0.01 0.19 0.48 0.28 0.05 0.00 0.00 0.02 0.72 0.08 0.25
C5 0.00 0.00 0.17 0.24 0.01 0.23 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.00 0.55 0.10 0.01 0.25 0.51 2.31 0.43 1.18
C5' 0.06 0.57 0.13 0.01 0.16 0.00 0.22 0.00 0.31 0.13 0.49 0.89 0.14 0.23 0.19 0.01 0.00 0.28 0.42 0.01
C6 0.01 0.00 0.18 0.26 0.00 0.29 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.56 0.09 0.01 0.30 0.57 2.28 0.48 1.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.02 0.01 0.00 0.10 1.81 0.11 0.69
N3 0.05 0.00 0.05 0.05 0.00 0.19 0.01 0.49 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.02 0.00 0.17 0.29 1.54 0.29 0.29
O2 0.09 0.00 0.26 0.07 0.00 0.48 0.00 0.89 0.01 0.02 0.01 0.00 0.58 0.09 0.01 0.53 0.83 0.83 0.69 0.35
O2' 0.03 0.20 0.00 0.03 0.27 0.28 0.55 0.14 0.56 0.12 0.04 0.58 0.00 0.02 0.29 0.17 0.31 1.24 0.11 0.56
O3' 0.13 0.06 0.01 0.01 0.05 0.05 0.10 0.23 0.09 0.02 0.02 0.09 0.02 0.00 0.05 0.09 0.07 0.46 0.16 0.18
O4 0.03 0.01 0.07 0.14 0.00 0.00 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.05 0.00 0.04 0.09 1.95 0.04 0.72
O4' 0.00 0.29 0.00 0.03 0.04 0.00 0.25 0.01 0.30 0.00 0.17 0.53 0.17 0.09 0.04 0.00 0.17 1.50 0.31 0.67
O5' 0.13 0.39 0.00 0.02 0.10 0.02 0.51 0.00 0.57 0.10 0.29 0.83 0.31 0.07 0.09 0.17 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 1.56 1.38 1.07 0.69 1.96 0.72 2.31 0.28 2.28 1.81 1.54 0.83 1.24 0.46 1.95 1.50 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.33 0.23 0.29 0.06 0.08 0.43 0.42 0.48 0.11 0.29 0.69 0.11 0.16 0.04 0.31 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.63 0.17 0.31 0.20 0.74 0.25 1.18 0.01 1.20 0.69 0.29 0.35 0.56 0.18 0.72 0.67 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.31 0.11 0.40 0.62 0.05 0.63 0.04 0.79 0.20 0.21 0.01 0.16 0.13 0.49 0.83 0.37 0.52 0.66 0.27 0.27
C2 0.09 0.09 0.19 0.46 0.17 0.42 0.01 0.60 0.09 0.02 0.18 0.28 0.10 0.21 0.69 0.15 0.33 0.71 0.61 0.12
C2' 0.52 0.67 0.48 0.27 0.70 0.13 0.67 0.14 0.63 0.62 0.70 0.66 0.66 0.34 0.03 0.37 0.22 0.08 0.68 0.24
C3' 0.06 0.09 0.20 0.16 0.12 0.07 0.13 0.20 0.11 0.09 0.10 0.11 0.07 0.05 0.11 0.06 0.02 0.29 0.44 0.05
C4 0.08 0.17 0.19 0.49 0.25 0.47 0.03 0.65 0.07 0.02 0.28 0.37 0.20 0.22 0.79 0.17 0.21 0.35 0.99 0.14
C4' 0.52 0.62 0.39 0.36 0.58 0.46 0.52 0.46 0.51 0.56 0.63 0.57 0.64 0.48 0.35 0.52 0.49 0.92 0.02 0.40
C5 0.16 0.10 0.28 0.56 0.20 0.56 0.01 0.72 0.12 0.05 0.21 0.33 0.11 0.35 0.87 0.26 0.20 0.13 1.06 0.24
C5' 0.56 0.83 0.35 0.24 0.91 0.34 0.77 0.27 0.65 0.70 0.93 0.98 0.85 0.42 0.16 0.51 0.34 0.73 0.24 0.18
C6 0.22 0.02 0.34 0.59 0.14 0.60 0.01 0.76 0.15 0.11 0.13 0.26 0.02 0.42 0.89 0.31 0.25 0.17 0.92 0.18
N1 0.21 0.01 0.32 0.57 0.11 0.56 0.03 0.72 0.16 0.12 0.09 0.22 0.02 0.38 0.81 0.29 0.36 0.50 0.65 0.05
N3 0.04 0.17 0.15 0.45 0.24 0.40 0.03 0.60 0.05 0.04 0.27 0.36 0.20 0.16 0.71 0.12 0.27 0.59 0.80 0.01
O2 0.01 0.11 0.10 0.36 0.16 0.29 0.03 0.46 0.02 0.04 0.17 0.23 0.12 0.09 0.54 0.05 0.34 0.94 0.43 0.25
O2' 0.93 1.15 0.68 0.35 1.18 0.36 1.18 0.05 1.16 1.10 1.19 1.11 1.12 0.49 0.08 0.83 0.50 0.22 0.40 0.32
O3' 0.04 0.02 0.12 0.17 0.03 0.09 0.05 0.15 0.04 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.16 0.15 0.00 0.03 0.01 0.01
O4 0.05 0.21 0.18 0.49 0.26 0.46 0.03 0.65 0.06 0.04 0.32 0.39 0.25 0.19 0.80 0.15 0.20 0.34 1.05 0.16
O4' 0.82 0.85 0.78 0.84 0.76 0.85 0.79 0.86 0.82 0.84 0.81 0.67 0.86 0.85 0.89 0.80 0.79 1.03 0.02 0.52
O5' 0.94 1.26 0.71 0.54 1.23 0.62 1.02 0.48 0.93 1.06 1.33 1.28 1.31 0.79 0.43 0.85 0.63 1.26 0.18 0.55
OP1 0.08 0.18 0.20 0.31 0.07 0.06 0.28 0.10 0.19 0.04 0.14 0.12 0.32 0.03 0.39 0.14 0.02 1.12 0.29 0.14
OP2 0.69 0.94 0.56 0.50 0.93 0.53 0.75 0.48 0.68 0.78 1.01 1.00 1.00 0.63 0.48 0.62 0.60 1.30 0.21 0.61
P 0.67 0.94 0.42 0.28 0.86 0.40 0.62 0.30 0.58 0.74 0.99 0.91 1.03 0.53 0.19 0.61 0.41 1.21 0.05 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.12 0.39 0.20 0.22
C2 0.01 0.00 0.05 0.06 0.01 0.03 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.13 0.05 0.00 0.19 0.78 0.06 0.26
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.10 0.00 0.02 0.02 0.12 0.16 0.26 0.17
C3' 0.02 0.06 0.00 0.00 0.18 0.00 0.23 0.01 0.21 0.11 0.11 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.54 0.47 0.40
C4 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.11 0.00 0.22 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.24 0.01 0.23 0.92 0.30 0.23
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.12 0.06 0.06 0.13 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.22 0.29 0.05
C5 0.02 0.01 0.05 0.23 0.00 0.13 0.00 0.24 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.32 0.03 0.22 0.80 0.31 0.19
C5' 0.02 0.11 0.01 0.01 0.22 0.00 0.24 0.00 0.19 0.12 0.16 0.25 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.42 0.35 0.02
C6 0.02 0.00 0.06 0.21 0.02 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.27 0.04 0.20 0.64 0.15 0.19
N1 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.06 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.18 0.64 0.01 0.24
N3 0.02 0.00 0.03 0.11 0.00 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.13 0.00 0.22 0.91 0.20 0.26
N4 0.01 0.01 0.02 0.20 0.00 0.13 0.02 0.25 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.05 0.28 0.00 0.25 1.01 0.39 0.24
O2 0.01 0.00 0.10 0.01 0.01 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.21 0.07 0.02 0.18 0.74 0.03 0.28
O2' 0.02 0.13 0.00 0.01 0.05 0.09 0.03 0.08 0.05 0.02 0.12 0.05 0.21 0.00 0.08 0.11 0.00 0.12 0.08 0.00
O3' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.24 0.01 0.32 0.01 0.27 0.11 0.13 0.28 0.07 0.08 0.00 0.01 0.33 0.96 0.65 0.59
O4' 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.11 0.01 0.00 0.23 0.43 0.58 0.40
O5' 0.12 0.19 0.12 0.26 0.23 0.00 0.22 0.01 0.20 0.18 0.22 0.25 0.18 0.00 0.33 0.23 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.39 0.78 0.16 0.54 0.92 0.22 0.80 0.42 0.64 0.64 0.91 1.01 0.74 0.12 0.96 0.43 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.20 0.06 0.26 0.47 0.30 0.29 0.31 0.35 0.15 0.01 0.20 0.39 0.03 0.08 0.65 0.58 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.22 0.26 0.17 0.40 0.23 0.05 0.19 0.02 0.19 0.24 0.26 0.24 0.28 0.00 0.59 0.40 0.01 0.00 0.00 0.00