ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55089

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 6, 14, 11, 16, 11, 3, 5, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.011 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.011, 0.020, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.006, 0.016, 0.026, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.008, 0.019, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.021 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.009, 0.024, 0.038, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.024 std_dev=0.015
N9 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N7 A 0, 0.010, 0.031, 0.052, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.031 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.013, 0.036, 0.060, 0.126 max_d=0.126 avg_d=0.036 std_dev=0.023
C8 A 0, 0.012, 0.040, 0.068, 0.130 max_d=0.130 avg_d=0.040 std_dev=0.028
N3 B 0, 0.437, 0.588, 0.740, 0.914 max_d=0.914 avg_d=0.588 std_dev=0.152
C4 B 0, 0.409, 0.619, 0.828, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.619 std_dev=0.210
C2 B 0, 0.509, 0.723, 0.936, 1.420 max_d=1.420 avg_d=0.723 std_dev=0.214
N1 B 0, 0.533, 0.776, 1.019, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.776 std_dev=0.243
C6 B 0, 0.423, 0.713, 1.004, 1.383 max_d=1.383 avg_d=0.713 std_dev=0.291
C5 B 0, 0.399, 0.700, 1.002, 1.646 max_d=1.646 avg_d=0.700 std_dev=0.301
N9 B 0, 0.358, 0.721, 1.083, 1.854 max_d=1.854 avg_d=0.721 std_dev=0.362
N6 B 0, 0.426, 0.810, 1.193, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.810 std_dev=0.384
O4' A 0, 0.120, 0.512, 0.903, 2.521 max_d=2.521 avg_d=0.512 std_dev=0.391
O2' B 0, 0.426, 0.821, 1.217, 2.055 max_d=2.055 avg_d=0.821 std_dev=0.395
C1' B 0, 0.316, 0.731, 1.147, 1.952 max_d=1.952 avg_d=0.731 std_dev=0.415
C2' A 0, 0.050, 0.480, 0.909, 2.684 max_d=2.684 avg_d=0.480 std_dev=0.429
C2' B 0, 0.374, 0.837, 1.301, 2.303 max_d=2.303 avg_d=0.837 std_dev=0.464
N7 B 0, 0.392, 0.873, 1.354, 2.601 max_d=2.601 avg_d=0.873 std_dev=0.481
C4' A 0, 0.274, 0.782, 1.290, 3.307 max_d=3.307 avg_d=0.782 std_dev=0.508
C8 B 0, 0.365, 0.899, 1.434, 2.736 max_d=2.736 avg_d=0.899 std_dev=0.534
C3' A 0, 0.233, 0.811, 1.389, 3.615 max_d=3.615 avg_d=0.811 std_dev=0.578
C3' B 0, 0.399, 1.026, 1.652, 2.670 max_d=2.670 avg_d=1.026 std_dev=0.627
O3' B 0, 0.343, 0.988, 1.634, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.988 std_dev=0.645
O2' A 0, -0.179, 0.474, 1.127, 4.021 max_d=4.021 avg_d=0.474 std_dev=0.653
O3' A 0, 0.427, 1.112, 1.796, 4.012 max_d=4.012 avg_d=1.112 std_dev=0.685
O4' B 0, 0.335, 1.021, 1.706, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.021 std_dev=0.685
C4' B 0, 0.393, 1.159, 1.926, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.159 std_dev=0.767
C5' A 0, 0.363, 1.349, 2.336, 6.277 max_d=6.277 avg_d=1.349 std_dev=0.986
C5' B 0, 0.468, 1.464, 2.461, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.464 std_dev=0.996
O5' A 0, 0.391, 1.704, 3.018, 7.458 max_d=7.458 avg_d=1.704 std_dev=1.314
OP2 A 0, 0.090, 1.478, 2.866, 9.316 max_d=9.316 avg_d=1.478 std_dev=1.388
P A 0, -0.177, 1.322, 2.821, 9.656 max_d=9.656 avg_d=1.322 std_dev=1.499
OP1 A 0, -0.610, 1.280, 3.170, 11.969 max_d=11.969 avg_d=1.280 std_dev=1.890
O5' B 0, 0.619, 2.526, 4.432, 5.368 max_d=5.368 avg_d=2.526 std_dev=1.906
P B 0, 0.744, 3.171, 5.599, 6.751 max_d=6.751 avg_d=3.171 std_dev=2.428
OP2 B 0, 0.770, 3.276, 5.782, 6.910 max_d=6.910 avg_d=3.276 std_dev=2.506
OP1 B 0, 0.840, 3.435, 6.030, 7.268 max_d=7.268 avg_d=3.435 std_dev=2.595

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.11 0.00 0.17 0.32 0.48 0.19
C2 0.02 0.00 0.14 0.18 0.01 0.22 0.01 0.42 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.22 0.17 0.30 0.45 0.41 0.22
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.07 0.05 0.08 0.10 0.15 0.04 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.11 0.19 0.62 0.18
C3' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.09 0.00 0.14 0.02 0.13 0.25 0.14 0.18 0.16 0.24 0.11 0.02 0.01 0.01 0.19 0.10 0.66 0.21
C4 0.01 0.01 0.06 0.09 0.00 0.09 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.08 0.09 0.09 0.20 0.29 0.45 0.21
C4' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.09 0.00 0.06 0.01 0.08 0.19 0.15 0.22 0.07 0.16 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.24 0.41 0.08
C5 0.01 0.01 0.03 0.14 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.09 0.04 0.31 0.39 0.53 0.40
C5' 0.03 0.42 0.07 0.02 0.18 0.01 0.13 0.00 0.18 0.31 0.32 0.40 0.16 0.26 0.09 0.05 0.08 0.02 0.01 0.21 0.29 0.02
C6 0.01 0.01 0.05 0.13 0.01 0.08 0.01 0.18 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.12 0.08 0.25 0.32 0.46 0.32
C8 0.01 0.01 0.08 0.25 0.01 0.19 0.01 0.31 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.14 0.16 0.10 0.56 0.65 0.75 0.67
N1 0.02 0.00 0.10 0.14 0.01 0.15 0.01 0.32 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.17 0.14 0.23 0.33 0.38 0.16
N3 0.02 0.00 0.15 0.18 0.01 0.22 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.20 0.17 0.27 0.42 0.42 0.21
N6 0.02 0.01 0.04 0.16 0.01 0.07 0.01 0.16 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.14 0.14 0.06 0.31 0.41 0.52 0.44
N7 0.01 0.01 0.07 0.24 0.01 0.16 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.15 0.16 0.06 0.52 0.65 0.73 0.68
N9 0.00 0.01 0.02 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.08 0.04 0.01 0.29 0.37 0.54 0.34
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.08 0.12 0.12 0.05 0.12 0.14 0.10 0.10 0.14 0.15 0.08 0.00 0.04 0.09 0.15 0.23 0.61 0.18
O3' 0.11 0.22 0.02 0.01 0.09 0.01 0.09 0.08 0.12 0.16 0.17 0.20 0.14 0.16 0.04 0.04 0.00 0.08 0.27 0.11 0.73 0.23
O4' 0.00 0.17 0.01 0.01 0.09 0.00 0.04 0.02 0.08 0.10 0.14 0.17 0.06 0.06 0.01 0.09 0.08 0.00 0.20 0.37 0.38 0.16
O5' 0.17 0.30 0.11 0.19 0.20 0.01 0.31 0.01 0.25 0.56 0.23 0.27 0.31 0.52 0.29 0.15 0.27 0.20 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.32 0.45 0.19 0.10 0.29 0.24 0.39 0.21 0.32 0.65 0.33 0.42 0.41 0.65 0.37 0.23 0.11 0.37 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.48 0.41 0.62 0.66 0.45 0.41 0.53 0.29 0.46 0.75 0.38 0.42 0.52 0.73 0.54 0.61 0.73 0.38 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.22 0.18 0.21 0.21 0.08 0.40 0.02 0.32 0.67 0.16 0.21 0.44 0.68 0.34 0.18 0.23 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.20 0.21 0.21 0.16 0.41 0.16 0.46 0.16 0.24 0.19 0.17 0.16 0.20 0.21 0.38 0.29 0.44 0.37 0.48 0.30 0.37
C2 0.25 0.19 0.27 0.18 0.13 0.36 0.13 0.38 0.16 0.20 0.20 0.13 0.17 0.16 0.19 0.47 0.28 0.46 0.26 0.25 0.37 0.26
C2' 0.24 0.16 0.27 0.26 0.14 0.34 0.14 0.36 0.13 0.22 0.15 0.13 0.13 0.18 0.20 0.43 0.39 0.39 0.25 0.46 0.26 0.25
C3' 0.34 0.27 0.45 0.48 0.27 0.37 0.28 0.36 0.27 0.32 0.27 0.26 0.27 0.30 0.30 0.56 0.59 0.36 0.28 0.53 0.32 0.31
C4 0.25 0.20 0.24 0.18 0.13 0.38 0.13 0.40 0.14 0.21 0.19 0.14 0.14 0.16 0.19 0.45 0.31 0.46 0.28 0.31 0.29 0.26
C4' 0.27 0.22 0.35 0.42 0.20 0.41 0.21 0.44 0.20 0.27 0.21 0.21 0.20 0.25 0.24 0.42 0.51 0.35 0.37 0.62 0.26 0.40
C5 0.25 0.20 0.26 0.20 0.13 0.35 0.13 0.37 0.14 0.20 0.19 0.14 0.14 0.16 0.19 0.47 0.33 0.44 0.25 0.25 0.36 0.25
C5' 0.45 0.31 0.57 0.73 0.35 0.65 0.35 0.71 0.32 0.45 0.30 0.32 0.32 0.41 0.41 0.56 0.80 0.51 0.67 0.93 0.61 0.73
C6 0.25 0.19 0.29 0.20 0.13 0.33 0.13 0.34 0.15 0.20 0.20 0.12 0.16 0.16 0.19 0.49 0.31 0.43 0.23 0.21 0.45 0.28
C8 0.24 0.21 0.21 0.23 0.16 0.39 0.16 0.42 0.16 0.23 0.19 0.18 0.16 0.19 0.20 0.40 0.38 0.43 0.32 0.36 0.28 0.30
N1 0.25 0.19 0.29 0.19 0.14 0.34 0.14 0.35 0.17 0.20 0.21 0.13 0.18 0.16 0.19 0.48 0.29 0.44 0.24 0.21 0.45 0.28
N3 0.25 0.19 0.24 0.18 0.13 0.38 0.13 0.40 0.14 0.21 0.20 0.13 0.15 0.16 0.19 0.45 0.28 0.46 0.28 0.30 0.29 0.26
N6 0.26 0.19 0.32 0.23 0.15 0.30 0.15 0.32 0.16 0.20 0.20 0.13 0.17 0.17 0.20 0.49 0.31 0.39 0.22 0.22 0.56 0.32
N7 0.24 0.21 0.25 0.22 0.14 0.36 0.14 0.37 0.15 0.21 0.19 0.17 0.15 0.17 0.19 0.46 0.38 0.43 0.26 0.27 0.33 0.26
N9 0.24 0.21 0.21 0.20 0.15 0.40 0.15 0.43 0.15 0.23 0.19 0.16 0.15 0.19 0.20 0.41 0.32 0.45 0.33 0.38 0.26 0.30
O2' 0.29 0.23 0.22 0.18 0.24 0.43 0.24 0.50 0.23 0.30 0.24 0.22 0.23 0.27 0.28 0.37 0.27 0.49 0.44 0.65 0.48 0.48
O3' 0.24 0.22 0.35 0.34 0.20 0.26 0.20 0.26 0.20 0.23 0.22 0.20 0.21 0.22 0.21 0.47 0.42 0.29 0.24 0.61 0.49 0.38
O4' 0.23 0.23 0.24 0.30 0.17 0.41 0.18 0.47 0.17 0.25 0.21 0.20 0.17 0.22 0.21 0.36 0.37 0.39 0.41 0.54 0.23 0.40
O5' 0.66 0.51 0.75 0.91 0.56 0.86 0.56 0.89 0.52 0.64 0.50 0.54 0.52 0.60 0.61 0.72 0.97 0.74 0.86 1.04 0.79 0.88
OP1 1.10 0.71 1.21 1.46 0.92 1.44 0.95 1.55 0.86 1.15 0.74 0.78 0.88 1.09 1.05 1.01 1.38 1.24 1.50 1.73 1.42 1.55
OP2 0.96 0.77 1.11 1.26 0.87 1.16 0.88 1.29 0.84 0.98 0.78 0.81 0.84 0.95 0.94 1.00 1.18 1.00 1.43 1.85 1.51 1.59
P 1.02 0.74 1.13 1.33 0.89 1.24 0.90 1.31 0.84 1.03 0.76 0.80 0.85 0.98 0.98 0.98 1.33 1.09 1.30 1.54 1.24 1.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.14 0.00 0.23 0.20 0.38 0.17
C2 0.04 0.00 0.17 0.12 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.24 0.11 0.24 0.25 0.61 0.27
C2' 0.00 0.17 0.00 0.00 0.08 0.02 0.04 0.13 0.06 0.13 0.12 0.18 0.05 0.10 0.03 0.00 0.03 0.02 0.57 0.57 0.44 0.49
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.08 0.12 0.09 0.12 0.09 0.11 0.05 0.01 0.01 0.01 0.44 0.57 0.27 0.42
C4 0.02 0.01 0.08 0.06 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.15 0.05 0.25 0.22 0.64 0.28
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.06 0.12 0.05 0.05 0.08 0.11 0.05 0.08 0.03 0.00 0.01 0.18 0.27 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.00 0.21 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.09 0.03 0.27 0.30 0.79 0.38
C5' 0.08 0.14 0.13 0.01 0.16 0.01 0.21 0.00 0.21 0.27 0.17 0.12 0.24 0.28 0.17 0.08 0.06 0.01 0.01 0.16 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.17 0.12 0.04 0.26 0.33 0.80 0.39
C8 0.02 0.01 0.13 0.12 0.01 0.12 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.19 0.07 0.09 0.31 0.32 0.83 0.40
N1 0.03 0.00 0.12 0.09 0.01 0.05 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.08 0.25 0.29 0.71 0.33
N3 0.04 0.00 0.18 0.12 0.00 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.25 0.11 0.24 0.22 0.55 0.24
N6 0.02 0.01 0.05 0.09 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.16 0.08 0.04 0.27 0.41 0.88 0.44
N7 0.01 0.01 0.10 0.11 0.00 0.11 0.00 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.17 0.06 0.06 0.30 0.39 0.93 0.46
N9 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.09 0.09 0.01 0.26 0.19 0.60 0.27
O2' 0.01 0.30 0.00 0.01 0.16 0.08 0.14 0.08 0.17 0.19 0.24 0.29 0.16 0.17 0.09 0.00 0.08 0.05 0.60 0.68 0.59 0.59
O3' 0.14 0.24 0.03 0.01 0.15 0.03 0.09 0.06 0.12 0.07 0.19 0.25 0.08 0.06 0.09 0.08 0.00 0.14 0.28 0.54 0.28 0.34
O4' 0.00 0.11 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.01 0.04 0.09 0.08 0.11 0.04 0.06 0.01 0.05 0.14 0.00 0.15 0.12 0.50 0.24
O5' 0.23 0.24 0.57 0.44 0.25 0.01 0.27 0.01 0.26 0.31 0.25 0.24 0.27 0.30 0.26 0.60 0.28 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.20 0.25 0.57 0.57 0.22 0.18 0.30 0.16 0.33 0.32 0.29 0.22 0.41 0.39 0.19 0.68 0.54 0.12 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.38 0.61 0.44 0.27 0.64 0.27 0.79 0.35 0.80 0.83 0.71 0.55 0.88 0.93 0.60 0.59 0.28 0.50 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.17 0.27 0.49 0.42 0.28 0.03 0.38 0.02 0.39 0.40 0.33 0.24 0.44 0.46 0.27 0.59 0.34 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00