ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55091

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 3, 0, 3, 0, 2, 1, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.077 max_d=0.077 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.013, 0.030, 0.047, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.030 std_dev=0.017
N3 A 0, 0.016, 0.034, 0.052, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.034 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.017, 0.036, 0.056, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.036 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.005, 0.026, 0.047, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.026 std_dev=0.021
N6 A 0, 0.024, 0.046, 0.068, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.022
N9 A 0, 0.020, 0.042, 0.065, 0.095 max_d=0.095 avg_d=0.042 std_dev=0.023
C1' A 0, 0.010, 0.036, 0.062, 0.111 max_d=0.111 avg_d=0.036 std_dev=0.026
N7 A 0, 0.032, 0.067, 0.101, 0.150 max_d=0.150 avg_d=0.067 std_dev=0.034
C8 A 0, 0.034, 0.070, 0.107, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.070 std_dev=0.036
N3 B 0, 0.159, 0.382, 0.605, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.382 std_dev=0.223
C4 B 0, 0.160, 0.435, 0.710, 0.943 max_d=0.943 avg_d=0.435 std_dev=0.275
C1' B 0, 0.057, 0.359, 0.660, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.359 std_dev=0.302
C2 B 0, 0.139, 0.460, 0.781, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.460 std_dev=0.321
N9 B 0, 0.087, 0.448, 0.809, 1.538 max_d=1.538 avg_d=0.448 std_dev=0.361
C2' B 0, 0.086, 0.495, 0.905, 1.796 max_d=1.796 avg_d=0.495 std_dev=0.409
N1 B 0, 0.109, 0.530, 0.950, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.530 std_dev=0.421
O4' A 0, -0.219, 0.210, 0.639, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.210 std_dev=0.429
C5 B 0, 0.143, 0.572, 1.001, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.572 std_dev=0.429
C2' A 0, -0.161, 0.270, 0.701, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.270 std_dev=0.431
C6 B 0, 0.147, 0.608, 1.069, 1.396 max_d=1.396 avg_d=0.608 std_dev=0.461
O2' B 0, 0.160, 0.676, 1.193, 1.996 max_d=1.996 avg_d=0.676 std_dev=0.517
C4' A 0, -0.252, 0.302, 0.855, 2.423 max_d=2.423 avg_d=0.302 std_dev=0.553
O3' B 0, -0.047, 0.519, 1.084, 2.602 max_d=2.602 avg_d=0.519 std_dev=0.565
C8 B 0, 0.022, 0.599, 1.177, 2.448 max_d=2.448 avg_d=0.599 std_dev=0.578
N7 B 0, 0.059, 0.673, 1.288, 2.457 max_d=2.457 avg_d=0.673 std_dev=0.614
N6 B 0, 0.141, 0.759, 1.378, 1.803 max_d=1.803 avg_d=0.759 std_dev=0.619
C3' B 0, -0.055, 0.598, 1.250, 2.979 max_d=2.979 avg_d=0.598 std_dev=0.652
C3' A 0, -0.299, 0.366, 1.032, 2.951 max_d=2.951 avg_d=0.366 std_dev=0.665
O4' B 0, -0.118, 0.563, 1.244, 3.045 max_d=3.045 avg_d=0.563 std_dev=0.681
O2' A 0, -0.307, 0.399, 1.105, 3.114 max_d=3.114 avg_d=0.399 std_dev=0.706
C4' B 0, -0.135, 0.708, 1.552, 3.701 max_d=3.701 avg_d=0.708 std_dev=0.844
O3' A 0, -0.394, 0.460, 1.314, 3.759 max_d=3.759 avg_d=0.460 std_dev=0.854
C5' A 0, -0.638, 0.531, 1.701, 5.097 max_d=5.097 avg_d=0.531 std_dev=1.169
O5' A 0, -0.282, 0.955, 2.192, 5.630 max_d=5.630 avg_d=0.955 std_dev=1.237
O5' B 0, -0.488, 0.862, 2.211, 6.015 max_d=6.015 avg_d=0.862 std_dev=1.349
C5' B 0, -0.288, 1.079, 2.447, 5.628 max_d=5.628 avg_d=1.079 std_dev=1.367
P A 0, -0.917, 0.792, 2.501, 7.570 max_d=7.570 avg_d=0.792 std_dev=1.709
OP2 A 0, -0.613, 1.188, 2.989, 8.268 max_d=8.268 avg_d=1.188 std_dev=1.801
P B 0, -0.394, 1.423, 3.241, 7.767 max_d=7.767 avg_d=1.423 std_dev=1.818
OP1 A 0, -0.779, 1.185, 3.148, 8.930 max_d=8.930 avg_d=1.185 std_dev=1.963
OP1 B 0, -0.278, 1.815, 3.908, 8.267 max_d=8.267 avg_d=1.815 std_dev=2.093
OP2 B 0, -0.250, 1.858, 3.967, 8.321 max_d=8.321 avg_d=1.858 std_dev=2.109

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.01 0.02 0.21 0.01 0.12 0.36 0.46 0.15
C2 0.04 0.00 0.11 0.10 0.01 0.24 0.02 0.56 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.13 0.17 0.33 0.48 0.74 0.51
C2' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.06 0.02 0.06 0.14 0.07 0.09 0.09 0.11 0.08 0.09 0.04 0.00 0.02 0.02 0.09 0.24 0.59 0.15
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.10 0.01 0.19 0.02 0.17 0.29 0.10 0.11 0.22 0.29 0.14 0.02 0.01 0.01 0.25 0.29 0.63 0.27
C4 0.02 0.01 0.06 0.10 0.00 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.07 0.11 0.06 0.23 0.46 0.15
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.10 0.00 0.04 0.00 0.08 0.20 0.17 0.23 0.06 0.15 0.04 0.19 0.02 0.00 0.02 0.29 0.40 0.06
C5 0.02 0.02 0.06 0.19 0.01 0.04 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.08 0.09 0.15 0.20 0.42 0.18
C5' 0.04 0.56 0.14 0.02 0.26 0.00 0.12 0.00 0.24 0.28 0.44 0.52 0.16 0.19 0.03 0.09 0.14 0.01 0.01 0.28 0.26 0.01
C6 0.03 0.01 0.07 0.17 0.01 0.08 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.18 0.11 0.12 0.07 0.17 0.39 0.15
C8 0.03 0.02 0.09 0.29 0.01 0.20 0.00 0.28 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.08 0.08 0.52 0.58 0.69 0.59
N1 0.04 0.01 0.09 0.10 0.01 0.17 0.01 0.44 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.19 0.12 0.16 0.21 0.37 0.57 0.37
N3 0.04 0.01 0.11 0.11 0.01 0.23 0.01 0.52 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.17 0.13 0.16 0.29 0.41 0.68 0.43
N6 0.03 0.01 0.08 0.22 0.01 0.06 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.18 0.14 0.11 0.13 0.14 0.36 0.16
N7 0.03 0.02 0.09 0.29 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.13 0.11 0.06 0.44 0.48 0.64 0.52
N9 0.01 0.02 0.04 0.14 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.06 0.03 0.21 0.34 0.48 0.23
O2' 0.02 0.19 0.00 0.02 0.15 0.19 0.16 0.09 0.18 0.11 0.19 0.17 0.18 0.13 0.11 0.00 0.03 0.16 0.18 0.34 0.56 0.15
O3' 0.21 0.13 0.02 0.01 0.07 0.02 0.08 0.14 0.11 0.08 0.12 0.13 0.14 0.11 0.06 0.03 0.00 0.15 0.32 0.32 0.74 0.35
O4' 0.01 0.17 0.02 0.01 0.11 0.00 0.09 0.01 0.12 0.08 0.16 0.16 0.11 0.06 0.03 0.16 0.15 0.00 0.15 0.41 0.35 0.13
O5' 0.12 0.33 0.09 0.25 0.06 0.02 0.15 0.01 0.07 0.52 0.21 0.29 0.13 0.44 0.21 0.18 0.32 0.15 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.36 0.48 0.24 0.29 0.23 0.29 0.20 0.28 0.17 0.58 0.37 0.41 0.14 0.48 0.34 0.34 0.32 0.41 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.46 0.74 0.59 0.63 0.46 0.40 0.42 0.26 0.39 0.69 0.57 0.68 0.36 0.64 0.48 0.56 0.74 0.35 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.51 0.15 0.27 0.15 0.06 0.18 0.01 0.15 0.59 0.37 0.43 0.16 0.52 0.23 0.15 0.35 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.22 0.20 0.19 0.18 0.41 0.16 0.49 0.17 0.16 0.20 0.21 0.16 0.15 0.18 0.46 0.30 0.44 0.36 1.01 0.27 0.49
C2 0.19 0.16 0.38 0.12 0.12 0.40 0.09 0.47 0.09 0.12 0.13 0.16 0.09 0.09 0.14 0.60 0.21 0.45 0.26 0.58 0.47 0.21
C2' 0.35 0.34 0.16 0.34 0.31 0.47 0.30 0.49 0.30 0.30 0.33 0.34 0.29 0.28 0.31 0.34 0.48 0.52 0.43 1.00 0.38 0.54
C3' 0.63 0.52 0.38 0.63 0.56 0.68 0.53 0.66 0.51 0.56 0.50 0.55 0.50 0.54 0.58 0.35 0.72 0.74 0.64 1.12 0.62 0.74
C4 0.22 0.19 0.30 0.14 0.16 0.44 0.14 0.50 0.14 0.16 0.17 0.19 0.13 0.14 0.18 0.56 0.28 0.48 0.32 0.74 0.32 0.31
C4' 0.42 0.25 0.14 0.43 0.28 0.56 0.25 0.57 0.22 0.31 0.23 0.29 0.20 0.26 0.33 0.16 0.50 0.60 0.51 1.18 0.54 0.70
C5 0.23 0.19 0.32 0.15 0.17 0.43 0.15 0.49 0.15 0.18 0.17 0.19 0.14 0.16 0.19 0.59 0.29 0.48 0.33 0.60 0.46 0.30
C5' 0.61 0.22 0.38 0.71 0.34 0.85 0.30 0.86 0.22 0.47 0.19 0.29 0.20 0.36 0.47 0.34 0.78 0.82 0.78 1.40 0.81 0.96
C6 0.21 0.16 0.38 0.14 0.15 0.39 0.13 0.45 0.12 0.16 0.14 0.16 0.11 0.14 0.17 0.62 0.24 0.45 0.28 0.44 0.62 0.28
C8 0.26 0.20 0.19 0.25 0.20 0.48 0.19 0.53 0.18 0.22 0.19 0.21 0.18 0.20 0.22 0.51 0.41 0.50 0.42 0.85 0.35 0.46
N1 0.19 0.14 0.40 0.14 0.12 0.38 0.09 0.44 0.09 0.13 0.12 0.15 0.09 0.10 0.15 0.62 0.21 0.43 0.26 0.45 0.61 0.24
N3 0.21 0.18 0.33 0.12 0.14 0.42 0.11 0.49 0.11 0.13 0.15 0.17 0.11 0.10 0.15 0.57 0.24 0.46 0.28 0.72 0.32 0.26
N6 0.19 0.13 0.40 0.16 0.15 0.35 0.14 0.40 0.11 0.18 0.12 0.14 0.11 0.15 0.18 0.62 0.22 0.41 0.28 0.30 0.79 0.36
N7 0.25 0.19 0.25 0.20 0.20 0.47 0.19 0.51 0.18 0.22 0.18 0.20 0.17 0.20 0.23 0.57 0.37 0.51 0.39 0.66 0.44 0.38
N9 0.24 0.21 0.22 0.20 0.19 0.45 0.17 0.52 0.16 0.19 0.19 0.21 0.16 0.16 0.20 0.50 0.34 0.48 0.37 0.89 0.27 0.43
O2' 0.20 0.26 0.17 0.25 0.17 0.39 0.17 0.44 0.21 0.16 0.27 0.22 0.22 0.15 0.16 0.40 0.41 0.41 0.37 1.03 0.34 0.52
O3' 0.44 0.46 0.27 0.47 0.44 0.44 0.45 0.40 0.46 0.43 0.46 0.45 0.46 0.43 0.43 0.26 0.54 0.51 0.44 0.94 0.50 0.57
O4' 0.22 0.20 0.19 0.23 0.15 0.43 0.13 0.51 0.15 0.14 0.19 0.18 0.15 0.12 0.16 0.39 0.29 0.44 0.38 1.14 0.39 0.59
O5' 0.79 0.40 0.55 0.82 0.52 0.96 0.46 0.93 0.37 0.60 0.35 0.49 0.34 0.50 0.63 0.57 0.89 0.95 0.83 1.31 0.76 0.93
OP1 0.86 0.22 0.72 1.01 0.44 1.19 0.36 1.22 0.21 0.62 0.14 0.37 0.17 0.46 0.63 0.69 0.91 1.09 1.08 1.67 1.06 1.26
OP2 1.23 0.57 1.16 1.37 0.85 1.39 0.79 1.41 0.62 1.09 0.52 0.73 0.58 0.93 1.05 1.26 1.34 1.34 1.40 1.80 1.43 1.53
P 1.03 0.39 0.88 1.17 0.63 1.27 0.55 1.25 0.40 0.80 0.32 0.54 0.34 0.65 0.82 0.89 1.21 1.20 1.15 1.59 1.07 1.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.02 0.04 0.04 0.01 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.25 0.17 0.62 0.30
C2 0.04 0.00 0.25 0.15 0.01 0.15 0.02 0.10 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.34 0.13 0.21 0.34 0.39 1.12 0.63
C2' 0.01 0.25 0.00 0.01 0.13 0.01 0.08 0.15 0.12 0.17 0.19 0.25 0.10 0.11 0.04 0.00 0.03 0.03 0.48 0.43 0.33 0.34
C3' 0.03 0.15 0.01 0.00 0.14 0.01 0.16 0.04 0.17 0.16 0.17 0.14 0.19 0.18 0.12 0.03 0.02 0.02 0.39 0.57 0.22 0.37
C4 0.02 0.01 0.13 0.14 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.17 0.07 0.12 0.38 0.47 1.11 0.66
C4' 0.01 0.15 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.19 0.11 0.15 0.07 0.16 0.06 0.18 0.03 0.01 0.02 0.21 0.35 0.06
C5 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.07 0.00 0.23 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.19 0.04 0.09 0.47 0.75 1.35 0.88
C5' 0.09 0.10 0.15 0.04 0.13 0.01 0.23 0.00 0.20 0.37 0.12 0.10 0.27 0.36 0.19 0.12 0.11 0.02 0.01 0.15 0.35 0.03
C6 0.02 0.02 0.12 0.17 0.01 0.06 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.20 0.05 0.11 0.46 0.78 1.41 0.91
C8 0.02 0.03 0.17 0.16 0.01 0.19 0.01 0.37 0.02 0.00 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.31 0.08 0.17 0.51 0.79 1.25 0.87
N1 0.04 0.01 0.19 0.17 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.09 0.17 0.40 0.59 1.30 0.78
N3 0.04 0.01 0.25 0.14 0.01 0.15 0.02 0.10 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.14 0.21 0.32 0.29 0.99 0.53
N6 0.01 0.02 0.10 0.19 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.04 0.02 0.01 0.00 0.04 0.02 0.23 0.06 0.09 0.53 0.99 1.56 1.05
N7 0.01 0.03 0.11 0.18 0.01 0.16 0.00 0.36 0.01 0.01 0.02 0.02 0.04 0.00 0.01 0.29 0.08 0.13 0.54 0.96 1.45 1.01
N9 0.01 0.02 0.04 0.12 0.01 0.06 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.13 0.05 0.06 0.38 0.45 0.98 0.61
O2' 0.04 0.34 0.00 0.03 0.17 0.18 0.19 0.12 0.20 0.31 0.26 0.34 0.23 0.29 0.13 0.00 0.07 0.13 0.51 0.51 0.37 0.39
O3' 0.15 0.13 0.03 0.02 0.07 0.03 0.04 0.11 0.05 0.08 0.09 0.14 0.06 0.08 0.05 0.07 0.00 0.12 0.28 0.64 0.28 0.35
O4' 0.01 0.21 0.03 0.02 0.12 0.01 0.09 0.02 0.11 0.17 0.17 0.21 0.09 0.13 0.06 0.13 0.12 0.00 0.17 0.14 0.69 0.35
O5' 0.25 0.34 0.48 0.39 0.38 0.02 0.47 0.01 0.46 0.51 0.40 0.32 0.53 0.54 0.38 0.51 0.28 0.17 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.39 0.43 0.57 0.47 0.21 0.75 0.15 0.78 0.79 0.59 0.29 0.99 0.96 0.45 0.51 0.64 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.62 1.12 0.33 0.22 1.11 0.35 1.35 0.35 1.41 1.25 1.30 0.99 1.56 1.45 0.98 0.37 0.28 0.69 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.30 0.63 0.34 0.37 0.66 0.06 0.88 0.03 0.91 0.87 0.78 0.53 1.05 1.01 0.61 0.39 0.35 0.35 0.01 0.01 0.01 0.00