ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55092

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 2, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.002, 0.009, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.009 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N6 A 0, 0.010, 0.029, 0.047, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.029 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.004, 0.023, 0.042, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.023 std_dev=0.019
C4 A 0, 0.006, 0.025, 0.045, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.025 std_dev=0.019
C2 A 0, -0.003, 0.020, 0.044, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.020 std_dev=0.024
N7 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.037 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.002, 0.026, 0.050, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.026 std_dev=0.024
N9 A 0, 0.006, 0.032, 0.058, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.032 std_dev=0.026
C1' A 0, -0.003, 0.027, 0.057, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.027 std_dev=0.030
C8 A 0, 0.013, 0.043, 0.073, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.043 std_dev=0.030
N3 B 0, 0.067, 0.368, 0.670, 0.993 max_d=0.993 avg_d=0.368 std_dev=0.302
C5 B 0, 0.071, 0.396, 0.721, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.396 std_dev=0.325
C4 B 0, 0.024, 0.354, 0.683, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.354 std_dev=0.329
C6 B 0, 0.088, 0.445, 0.801, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.445 std_dev=0.357
C2 B 0, 0.085, 0.464, 0.844, 1.163 max_d=1.163 avg_d=0.464 std_dev=0.380
O4' B 0, 0.095, 0.479, 0.863, 1.258 max_d=1.258 avg_d=0.479 std_dev=0.384
N7 B 0, 0.118, 0.506, 0.894, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.506 std_dev=0.388
N6 B 0, 0.121, 0.516, 0.911, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.516 std_dev=0.395
N9 B 0, 0.037, 0.452, 0.868, 1.358 max_d=1.358 avg_d=0.452 std_dev=0.415
C4' B 0, 0.122, 0.541, 0.960, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.541 std_dev=0.419
N1 B 0, 0.069, 0.505, 0.940, 1.314 max_d=1.314 avg_d=0.505 std_dev=0.436
C5' B 0, 0.161, 0.629, 1.096, 1.545 max_d=1.545 avg_d=0.629 std_dev=0.468
C8 B 0, 0.093, 0.562, 1.031, 1.518 max_d=1.518 avg_d=0.562 std_dev=0.469
C1' B 0, 0.010, 0.480, 0.951, 1.539 max_d=1.539 avg_d=0.480 std_dev=0.470
C2' B 0, 0.027, 0.566, 1.105, 1.762 max_d=1.762 avg_d=0.566 std_dev=0.539
C3' B 0, 0.053, 0.604, 1.154, 1.897 max_d=1.897 avg_d=0.604 std_dev=0.551
O3' B 0, -0.064, 0.618, 1.301, 2.164 max_d=2.164 avg_d=0.618 std_dev=0.683
O2' B 0, -0.153, 0.733, 1.619, 2.672 max_d=2.672 avg_d=0.733 std_dev=0.886
O4' A 0, -0.331, 0.585, 1.501, 2.568 max_d=2.568 avg_d=0.585 std_dev=0.916
C2' A 0, -0.382, 0.573, 1.528, 2.677 max_d=2.677 avg_d=0.573 std_dev=0.955
O5' B 0, -0.059, 0.960, 1.979, 3.187 max_d=3.187 avg_d=0.960 std_dev=1.019
O2' A 0, -0.484, 0.649, 1.782, 3.199 max_d=3.199 avg_d=0.649 std_dev=1.133
C4' A 0, -0.401, 0.844, 2.089, 3.534 max_d=3.534 avg_d=0.844 std_dev=1.245
C3' A 0, -0.510, 0.923, 2.355, 4.064 max_d=4.064 avg_d=0.923 std_dev=1.433
P B 0, -0.292, 1.400, 3.091, 5.216 max_d=5.216 avg_d=1.400 std_dev=1.692
OP1 B 0, -0.260, 1.475, 3.210, 5.400 max_d=5.400 avg_d=1.475 std_dev=1.735
O3' A 0, -0.691, 1.249, 3.189, 5.576 max_d=5.576 avg_d=1.249 std_dev=1.940
OP2 B 0, -0.400, 1.789, 3.977, 6.616 max_d=6.616 avg_d=1.789 std_dev=2.189
C5' A 0, -0.807, 1.493, 3.793, 6.426 max_d=6.426 avg_d=1.493 std_dev=2.300
O5' A 0, -1.241, 1.471, 4.184, 7.563 max_d=7.563 avg_d=1.471 std_dev=2.713
P A 0, -1.850, 1.927, 5.704, 10.409 max_d=10.409 avg_d=1.927 std_dev=3.777
OP1 A 0, -2.077, 2.119, 6.315, 11.528 max_d=11.528 avg_d=2.119 std_dev=4.196
OP2 A 0, -2.058, 2.174, 6.406, 11.652 max_d=11.652 avg_d=2.174 std_dev=4.232

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.03 0.06 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.10 0.16 0.23
C2 0.06 0.00 0.11 0.76 0.01 0.76 0.02 1.34 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.33 0.75 0.43 1.24 1.64 1.13 1.17
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.08 0.12 0.03 0.05 0.01 0.00 0.01 0.00 0.24 0.15 0.27 0.23
C3' 0.01 0.76 0.00 0.00 0.39 0.00 0.23 0.04 0.39 0.25 0.61 0.74 0.30 0.14 0.07 0.02 0.01 0.02 0.34 0.32 0.39 0.30
C4 0.03 0.01 0.06 0.39 0.00 0.38 0.00 0.67 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.35 0.23 0.66 0.73 0.40 0.39
C4' 0.01 0.76 0.01 0.00 0.38 0.00 0.23 0.01 0.39 0.25 0.62 0.72 0.31 0.11 0.06 0.04 0.02 0.00 0.01 0.18 0.19 0.08
C5 0.02 0.02 0.03 0.23 0.00 0.23 0.00 0.46 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.23 0.10 0.50 0.60 0.19 0.18
C5' 0.04 1.34 0.03 0.04 0.67 0.01 0.46 0.00 0.74 0.32 1.13 1.21 0.62 0.16 0.16 0.04 0.03 0.01 0.01 0.39 0.36 0.02
C6 0.03 0.02 0.04 0.39 0.01 0.39 0.01 0.74 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.38 0.20 0.75 1.01 0.48 0.50
C8 0.03 0.02 0.07 0.25 0.01 0.25 0.01 0.32 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.08 0.22 0.22 0.28 0.29 0.63 0.64
N1 0.06 0.00 0.08 0.61 0.02 0.62 0.00 1.13 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.28 0.61 0.34 1.08 1.48 0.93 0.96
N3 0.06 0.01 0.12 0.74 0.01 0.72 0.01 1.21 0.00 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.31 0.69 0.43 1.10 1.30 0.93 0.95
N6 0.02 0.02 0.03 0.30 0.01 0.31 0.01 0.62 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.15 0.31 0.14 0.64 0.90 0.33 0.37
N7 0.01 0.02 0.05 0.14 0.00 0.11 0.00 0.16 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.13 0.11 0.19 0.08 0.45 0.43
N9 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.06 0.00 0.16 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.06 0.01 0.24 0.14 0.18 0.19
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.17 0.04 0.11 0.04 0.18 0.08 0.28 0.31 0.15 0.03 0.04 0.00 0.02 0.05 0.09 0.07 0.14 0.13
O3' 0.01 0.75 0.01 0.01 0.35 0.02 0.23 0.03 0.38 0.22 0.61 0.69 0.31 0.13 0.06 0.02 0.00 0.01 0.28 0.37 0.39 0.34
O4' 0.00 0.43 0.00 0.02 0.23 0.00 0.10 0.01 0.20 0.22 0.34 0.43 0.14 0.11 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.23 0.14 0.26
O5' 0.11 1.24 0.24 0.34 0.66 0.01 0.50 0.01 0.75 0.28 1.08 1.10 0.64 0.19 0.24 0.09 0.28 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 1.64 0.15 0.32 0.73 0.18 0.60 0.39 1.01 0.29 1.48 1.30 0.90 0.08 0.14 0.07 0.37 0.23 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.16 1.13 0.27 0.39 0.40 0.19 0.19 0.36 0.48 0.63 0.93 0.93 0.33 0.45 0.18 0.14 0.39 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.23 1.17 0.23 0.30 0.39 0.08 0.18 0.02 0.50 0.64 0.96 0.95 0.37 0.43 0.19 0.13 0.34 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.37 0.10 0.13 0.27 0.22 0.20 0.20 0.18 0.13 0.33 0.10 0.16 0.14 0.27 0.31 0.24 0.30 0.31 0.12 0.69 0.24 0.34
C2 0.20 0.14 0.21 0.08 0.16 0.07 0.21 0.06 0.21 0.26 0.18 0.10 0.25 0.26 0.20 0.08 0.21 0.22 0.20 0.50 0.37 0.18
C2' 0.25 0.10 0.15 0.14 0.09 0.16 0.11 0.18 0.17 0.09 0.15 0.11 0.24 0.11 0.13 0.12 0.18 0.23 0.32 0.48 0.38 0.17
C3' 0.14 0.17 0.37 0.42 0.10 0.48 0.08 0.64 0.07 0.14 0.10 0.17 0.11 0.14 0.11 0.15 0.48 0.24 0.82 0.42 0.89 0.54
C4 0.28 0.09 0.12 0.10 0.18 0.12 0.19 0.10 0.15 0.28 0.11 0.12 0.17 0.24 0.25 0.11 0.24 0.26 0.17 0.54 0.27 0.21
C4' 0.12 0.24 0.21 0.28 0.19 0.43 0.20 0.54 0.22 0.16 0.24 0.22 0.24 0.19 0.15 0.08 0.38 0.18 0.69 0.48 0.76 0.49
C5 0.25 0.10 0.18 0.07 0.18 0.09 0.19 0.08 0.16 0.26 0.12 0.13 0.18 0.24 0.23 0.07 0.22 0.25 0.18 0.50 0.27 0.17
C5' 0.18 0.50 0.35 0.56 0.31 0.78 0.34 0.96 0.46 0.15 0.53 0.39 0.50 0.25 0.18 0.17 0.74 0.44 1.07 0.86 1.14 0.90
C6 0.17 0.11 0.29 0.12 0.17 0.06 0.21 0.06 0.20 0.24 0.15 0.10 0.22 0.25 0.19 0.12 0.19 0.21 0.20 0.44 0.35 0.14
C8 0.36 0.14 0.10 0.22 0.23 0.18 0.22 0.15 0.17 0.31 0.13 0.19 0.17 0.26 0.30 0.16 0.30 0.30 0.13 0.59 0.17 0.27
N1 0.16 0.14 0.28 0.12 0.16 0.06 0.22 0.06 0.23 0.25 0.19 0.10 0.26 0.26 0.19 0.09 0.19 0.20 0.22 0.44 0.39 0.15
N3 0.25 0.11 0.14 0.09 0.16 0.11 0.19 0.09 0.17 0.27 0.15 0.10 0.20 0.25 0.23 0.11 0.23 0.25 0.19 0.54 0.32 0.20
N6 0.13 0.11 0.39 0.20 0.17 0.08 0.23 0.09 0.22 0.24 0.16 0.10 0.24 0.26 0.18 0.22 0.17 0.19 0.21 0.38 0.37 0.12
N7 0.31 0.14 0.11 0.11 0.22 0.13 0.21 0.10 0.17 0.28 0.14 0.18 0.17 0.25 0.27 0.08 0.25 0.27 0.15 0.53 0.19 0.20
N9 0.33 0.11 0.09 0.20 0.21 0.17 0.20 0.14 0.14 0.30 0.11 0.16 0.15 0.25 0.28 0.18 0.28 0.29 0.15 0.60 0.21 0.26
O2' 0.39 0.19 0.13 0.34 0.12 0.35 0.13 0.29 0.24 0.18 0.27 0.12 0.32 0.10 0.22 0.25 0.41 0.42 0.10 0.91 0.31 0.52
O3' 0.13 0.15 0.40 0.45 0.09 0.49 0.14 0.70 0.12 0.22 0.07 0.16 0.19 0.24 0.13 0.16 0.50 0.25 0.90 0.49 0.99 0.61
O4' 0.19 0.16 0.11 0.14 0.23 0.25 0.27 0.30 0.26 0.31 0.20 0.17 0.29 0.33 0.25 0.12 0.19 0.10 0.43 0.45 0.50 0.31
O5' 0.12 0.63 0.16 0.36 0.49 0.65 0.63 0.78 0.76 0.43 0.75 0.48 0.86 0.59 0.34 0.11 0.56 0.29 0.87 0.73 0.93 0.75
OP1 0.16 0.94 0.24 0.47 0.71 0.83 0.96 0.95 1.19 0.62 1.18 0.68 1.39 0.90 0.47 0.19 0.65 0.43 0.95 0.85 0.95 0.84
OP2 0.57 0.29 0.68 1.06 0.10 1.49 0.28 1.66 0.49 0.12 0.48 0.12 0.66 0.23 0.21 0.51 1.33 1.08 1.71 1.68 1.76 1.66
P 0.45 0.34 0.64 0.91 0.13 1.28 0.33 1.42 0.53 0.08 0.53 0.13 0.70 0.28 0.12 0.51 1.11 0.89 1.46 1.32 1.47 1.34

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N3N6N7N9O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.26 0.01 0.17 0.23 0.31 0.12
C2 0.03 0.00 0.31 0.22 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.17 0.24 0.20 0.20 0.45 0.11
C2' 0.00 0.31 0.00 0.01 0.17 0.01 0.10 0.17 0.16 0.13 0.25 0.29 0.13 0.06 0.02 0.00 0.02 0.02 0.13 0.37 0.25 0.10
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.23 0.00 0.31 0.01 0.32 0.27 0.28 0.17 0.36 0.33 0.20 0.01 0.01 0.02 0.30 0.38 0.35 0.18
C4 0.01 0.01 0.17 0.23 0.00 0.02 0.00 0.07 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.10 0.10 0.13 0.29 0.13 0.65 0.31
C4' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.00 0.05 0.18 0.07 0.11 0.08 0.16 0.07 0.25 0.02 0.00 0.01 0.38 0.09 0.21
C5 0.01 0.01 0.10 0.31 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.09 0.07 0.45 0.36 1.00 0.60
C5' 0.06 0.15 0.17 0.01 0.07 0.00 0.08 0.00 0.09 0.16 0.11 0.14 0.11 0.15 0.04 0.07 0.17 0.01 0.01 0.06 0.04 0.01
C6 0.01 0.00 0.16 0.32 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.16 0.10 0.12 0.41 0.32 0.97 0.54
C8 0.02 0.02 0.13 0.27 0.01 0.18 0.01 0.16 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.36 0.13 0.13 0.65 0.56 1.17 0.85
N1 0.02 0.00 0.25 0.28 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.09 0.20 0.29 0.12 0.71 0.30
N3 0.03 0.00 0.29 0.17 0.00 0.11 0.01 0.14 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.22 0.23 0.16 0.25 0.36 0.08
N6 0.02 0.01 0.13 0.36 0.01 0.08 0.02 0.11 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.22 0.16 0.10 0.49 0.50 1.19 0.72
N7 0.02 0.01 0.06 0.33 0.01 0.16 0.01 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.01 0.35 0.18 0.06 0.65 0.64 1.33 0.92
N9 0.00 0.01 0.02 0.20 0.00 0.07 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.17 0.07 0.01 0.37 0.18 0.70 0.41
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.10 0.25 0.21 0.07 0.16 0.36 0.09 0.15 0.22 0.35 0.17 0.00 0.04 0.16 0.25 0.33 0.31 0.17
O3' 0.26 0.17 0.02 0.01 0.10 0.02 0.09 0.17 0.10 0.13 0.09 0.22 0.16 0.18 0.07 0.04 0.00 0.18 0.34 0.41 0.37 0.23
O4' 0.01 0.24 0.02 0.02 0.13 0.00 0.07 0.01 0.12 0.13 0.20 0.23 0.10 0.06 0.01 0.16 0.18 0.00 0.11 0.19 0.14 0.08
O5' 0.17 0.20 0.13 0.30 0.29 0.01 0.45 0.01 0.41 0.65 0.29 0.16 0.49 0.65 0.37 0.25 0.34 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.23 0.20 0.37 0.38 0.13 0.38 0.36 0.06 0.32 0.56 0.12 0.25 0.50 0.64 0.18 0.33 0.41 0.19 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.31 0.45 0.25 0.35 0.65 0.09 1.00 0.04 0.97 1.17 0.71 0.36 1.19 1.33 0.70 0.31 0.37 0.14 0.01 0.02 0.00 0.00
P 0.12 0.11 0.10 0.18 0.31 0.21 0.60 0.01 0.54 0.85 0.30 0.08 0.72 0.92 0.41 0.17 0.23 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00