ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55094

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 2, 9, 12, 6, 6, 4, 9, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.013, 0.021, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.018, 0.028, 0.039, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.028 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.029, 0.041, 0.053, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.041 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.014, 0.026, 0.039, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.026 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.027, 0.040, 0.052, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.040 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.022, 0.035, 0.048, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.033, 0.049, 0.065, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.049 std_dev=0.016
O2 A 0, 0.054, 0.087, 0.119, 0.157 max_d=0.157 avg_d=0.087 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.050, 0.089, 0.127, 0.221 max_d=0.221 avg_d=0.089 std_dev=0.038
C2' A 0, 0.102, 0.164, 0.226, 0.285 max_d=0.285 avg_d=0.164 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.103, 0.179, 0.255, 0.336 max_d=0.336 avg_d=0.179 std_dev=0.076
O2' A 0, 0.154, 0.260, 0.366, 0.507 max_d=0.507 avg_d=0.260 std_dev=0.106
C3' A 0, 0.099, 0.208, 0.317, 0.551 max_d=0.551 avg_d=0.208 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.150, 0.267, 0.385, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.267 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.149, 0.301, 0.453, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.301 std_dev=0.152
C5' A 0, 0.303, 0.494, 0.685, 1.003 max_d=1.003 avg_d=0.494 std_dev=0.191
O2' B 0, 0.541, 0.785, 1.029, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.785 std_dev=0.244
C2' B 0, 0.618, 0.888, 1.158, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.888 std_dev=0.270
P A 0, 0.574, 0.846, 1.117, 1.349 max_d=1.349 avg_d=0.846 std_dev=0.271
O5' A 0, 0.411, 0.683, 0.955, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.683 std_dev=0.272
O3' B 0, 0.891, 1.210, 1.530, 1.668 max_d=1.668 avg_d=1.210 std_dev=0.320
OP2 A 0, 0.730, 1.072, 1.413, 1.597 max_d=1.597 avg_d=1.072 std_dev=0.341
OP1 A 0, 0.816, 1.185, 1.553, 2.051 max_d=2.051 avg_d=1.185 std_dev=0.368
C1' B 0, 0.750, 1.190, 1.630, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.190 std_dev=0.440
C3' B 0, 1.008, 1.456, 1.905, 1.944 max_d=1.944 avg_d=1.456 std_dev=0.448
O4' B 0, 1.214, 1.702, 2.190, 2.410 max_d=2.410 avg_d=1.702 std_dev=0.488
N1 B 0, 1.730, 2.428, 3.127, 3.646 max_d=3.646 avg_d=2.428 std_dev=0.699
C6 B 0, 1.624, 2.351, 3.079, 3.835 max_d=3.835 avg_d=2.351 std_dev=0.728
C4' B 0, 1.896, 2.666, 3.435, 3.453 max_d=3.453 avg_d=2.666 std_dev=0.770
C5 B 0, 2.905, 3.955, 5.004, 5.654 max_d=5.654 avg_d=3.955 std_dev=1.050
C2 B 0, 3.434, 4.524, 5.614, 5.587 max_d=5.587 avg_d=4.524 std_dev=1.090
C5' B 0, 3.130, 4.365, 5.601, 5.614 max_d=5.614 avg_d=4.365 std_dev=1.236
O2 B 0, 4.016, 5.265, 6.513, 6.147 max_d=6.147 avg_d=5.265 std_dev=1.249
O5' B 0, 3.132, 4.437, 5.741, 6.592 max_d=6.592 avg_d=4.437 std_dev=1.304
C4 B 0, 4.356, 5.769, 7.182, 7.397 max_d=7.397 avg_d=5.769 std_dev=1.413
N3 B 0, 4.541, 5.969, 7.396, 7.292 max_d=7.292 avg_d=5.969 std_dev=1.427
O4 B 0, 5.586, 7.360, 9.134, 9.187 max_d=9.187 avg_d=7.360 std_dev=1.774
P B 0, 4.601, 6.437, 8.272, 9.028 max_d=9.028 avg_d=6.437 std_dev=1.835
OP1 B 0, 5.454, 7.438, 9.423, 9.408 max_d=9.408 avg_d=7.438 std_dev=1.984
OP2 B 0, 4.354, 6.386, 8.417, 10.270 max_d=10.270 avg_d=6.386 std_dev=2.032

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.11 0.12 0.18 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.08 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.02 0.03 0.17 0.17 0.24 0.17
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.00 0.03 0.05 0.01 0.06 0.12 0.19 0.09
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.07 0.05 0.08 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.06 0.15 0.16 0.08
C4 0.02 0.02 0.04 0.08 0.00 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.10 0.01 0.03 0.22 0.25 0.31 0.25
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.12 0.11 0.04
C5 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.07 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.23 0.26 0.29 0.25
C5' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.12 0.02 0.02 0.13 0.08 0.02
C6 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.08 0.01 0.03 0.21 0.20 0.23 0.19
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.17 0.16 0.21 0.15
N3 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.20 0.21 0.28 0.21
O2 0.05 0.01 0.09 0.10 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.12 0.02 0.05 0.15 0.15 0.23 0.15
O2' 0.02 0.06 0.00 0.02 0.05 0.07 0.04 0.07 0.03 0.03 0.06 0.10 0.00 0.06 0.06 0.05 0.05 0.14 0.16 0.06
O3' 0.02 0.09 0.03 0.01 0.10 0.02 0.09 0.04 0.08 0.05 0.10 0.12 0.06 0.00 0.11 0.02 0.13 0.21 0.19 0.11
O4 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.04 0.23 0.29 0.34 0.28
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.05 0.02 0.04 0.00 0.12 0.13 0.15 0.09
O5' 0.11 0.17 0.06 0.06 0.22 0.02 0.23 0.02 0.21 0.17 0.20 0.15 0.05 0.13 0.23 0.12 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.12 0.17 0.12 0.15 0.25 0.12 0.26 0.13 0.20 0.16 0.21 0.15 0.14 0.21 0.29 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.18 0.24 0.19 0.16 0.31 0.11 0.29 0.08 0.23 0.21 0.28 0.23 0.16 0.19 0.34 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.09 0.08 0.25 0.04 0.25 0.02 0.19 0.15 0.21 0.15 0.06 0.11 0.28 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.69 0.24 0.21 0.78 0.17 0.65 0.27 0.53 0.51 0.80 0.74 0.18 0.18 0.86 0.24 0.43 0.46 0.77 0.57
C2 0.37 0.87 0.22 0.33 1.08 0.31 0.91 0.54 0.72 0.64 1.08 0.92 0.14 0.29 1.21 0.32 0.73 0.85 1.17 0.96
C2' 0.29 0.65 0.23 0.17 0.78 0.13 0.65 0.22 0.52 0.48 0.78 0.68 0.17 0.14 0.88 0.20 0.36 0.40 0.74 0.51
C3' 0.24 0.52 0.23 0.13 0.63 0.10 0.54 0.15 0.43 0.40 0.62 0.54 0.18 0.11 0.70 0.15 0.24 0.30 0.58 0.35
C4 0.35 0.88 0.19 0.43 1.17 0.49 1.02 0.79 0.80 0.65 1.12 0.95 0.14 0.41 1.30 0.40 0.95 1.14 1.41 1.21
C4' 0.23 0.44 0.23 0.13 0.49 0.14 0.42 0.14 0.35 0.33 0.50 0.48 0.19 0.13 0.54 0.17 0.18 0.24 0.44 0.23
C5 0.32 0.79 0.18 0.42 0.95 0.45 0.85 0.70 0.71 0.60 0.95 0.84 0.14 0.40 1.01 0.36 0.82 0.95 1.18 1.01
C5' 0.17 0.30 0.22 0.12 0.33 0.15 0.31 0.16 0.27 0.24 0.33 0.33 0.22 0.15 0.36 0.14 0.16 0.29 0.32 0.16
C6 0.33 0.72 0.21 0.33 0.82 0.31 0.72 0.49 0.61 0.55 0.83 0.75 0.15 0.31 0.87 0.29 0.62 0.70 0.94 0.77
N1 0.35 0.78 0.22 0.29 0.90 0.25 0.77 0.43 0.63 0.58 0.92 0.82 0.15 0.25 0.98 0.28 0.60 0.67 0.96 0.77
N3 0.37 0.91 0.20 0.39 1.19 0.41 1.01 0.69 0.79 0.67 1.16 0.96 0.13 0.35 1.35 0.37 0.88 1.06 1.36 1.15
O2 0.38 0.88 0.22 0.30 1.10 0.27 0.92 0.49 0.72 0.64 1.10 0.93 0.15 0.26 1.26 0.31 0.71 0.83 1.16 0.94
O2' 0.30 0.64 0.24 0.15 0.76 0.16 0.62 0.19 0.48 0.47 0.78 0.69 0.22 0.14 0.87 0.22 0.31 0.33 0.68 0.43
O3' 0.20 0.47 0.22 0.11 0.59 0.11 0.51 0.13 0.40 0.35 0.57 0.48 0.19 0.13 0.67 0.13 0.20 0.29 0.55 0.29
O4 0.34 0.89 0.18 0.47 1.27 0.57 1.11 0.92 0.84 0.64 1.17 0.99 0.15 0.45 1.45 0.45 1.08 1.35 1.61 1.40
O4' 0.29 0.55 0.25 0.18 0.58 0.17 0.49 0.19 0.41 0.41 0.61 0.60 0.20 0.17 0.63 0.22 0.30 0.31 0.55 0.38
O5' 0.24 0.40 0.29 0.12 0.49 0.09 0.46 0.06 0.40 0.35 0.46 0.39 0.27 0.02 0.53 0.16 0.21 0.31 0.40 0.24
OP1 0.32 0.26 0.23 0.12 0.28 0.24 0.31 0.19 0.25 0.23 0.25 0.36 0.37 0.02 0.32 0.32 0.31 0.46 0.46 0.35
OP2 0.20 0.51 0.24 0.15 0.73 0.18 0.69 0.20 0.56 0.43 0.65 0.43 0.16 0.03 0.81 0.14 0.34 0.50 0.41 0.38
P 0.07 0.20 0.12 0.02 0.38 0.10 0.38 0.08 0.30 0.18 0.30 0.18 0.17 0.01 0.43 0.10 0.22 0.36 0.33 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.09 0.03 0.01 0.16 0.19 0.27 0.16
C2 0.03 0.00 0.08 0.12 0.02 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.11 0.02 0.05 0.26 0.30 0.52 0.30
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.02 0.07 0.07 0.07 0.03 0.07 0.13 0.00 0.03 0.08 0.01 0.20 0.23 0.27 0.22
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.21 0.01 0.22 0.02 0.20 0.12 0.16 0.11 0.02 0.01 0.22 0.02 0.13 0.18 0.23 0.15
C4 0.03 0.02 0.06 0.21 0.00 0.10 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.05 0.41 0.43 0.81 0.46
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.06 0.05 0.13 0.01 0.11 0.01 0.03 0.12 0.16 0.04
C5 0.03 0.02 0.07 0.22 0.01 0.12 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.10 0.23 0.02 0.06 0.43 0.44 0.82 0.48
C5' 0.04 0.07 0.07 0.02 0.15 0.01 0.17 0.00 0.15 0.08 0.10 0.06 0.08 0.08 0.16 0.02 0.01 0.13 0.18 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.20 0.02 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.18 0.03 0.06 0.38 0.36 0.64 0.39
N1 0.01 0.01 0.03 0.12 0.02 0.05 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.07 0.08 0.03 0.02 0.27 0.28 0.48 0.29
N3 0.02 0.01 0.07 0.16 0.01 0.06 0.01 0.10 0.02 0.01 0.00 0.01 0.13 0.14 0.02 0.04 0.33 0.36 0.67 0.38
O2 0.05 0.01 0.13 0.11 0.01 0.05 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.17 0.16 0.02 0.08 0.21 0.26 0.43 0.24
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.11 0.13 0.10 0.08 0.08 0.07 0.13 0.17 0.00 0.07 0.13 0.09 0.14 0.19 0.24 0.17
O3' 0.09 0.11 0.03 0.01 0.20 0.01 0.23 0.08 0.18 0.08 0.14 0.16 0.07 0.00 0.22 0.06 0.17 0.29 0.30 0.18
O4 0.03 0.02 0.08 0.22 0.01 0.11 0.02 0.16 0.03 0.03 0.02 0.02 0.13 0.22 0.00 0.05 0.43 0.47 0.89 0.50
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.08 0.09 0.06 0.05 0.00 0.13 0.14 0.24 0.13
O5' 0.16 0.26 0.20 0.13 0.41 0.03 0.43 0.01 0.38 0.27 0.33 0.21 0.14 0.17 0.43 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.30 0.23 0.18 0.43 0.12 0.44 0.13 0.36 0.28 0.36 0.26 0.19 0.29 0.47 0.14 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.27 0.52 0.27 0.23 0.81 0.16 0.82 0.18 0.64 0.48 0.67 0.43 0.24 0.30 0.89 0.24 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.16 0.30 0.22 0.15 0.46 0.04 0.48 0.02 0.39 0.29 0.38 0.24 0.17 0.18 0.50 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00