ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55095

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 14, 13, 5, 2, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.003, 0.013, 0.024, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.006, 0.017, 0.028, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.019 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.013, 0.037, 0.061, 0.109 max_d=0.109 avg_d=0.037 std_dev=0.024
O4 A 0, 0.025, 0.069, 0.113, 0.164 max_d=0.164 avg_d=0.069 std_dev=0.044
C2' B 0, 0.068, 0.272, 0.476, 1.150 max_d=1.150 avg_d=0.272 std_dev=0.204
O4' A 0, -0.082, 0.139, 0.360, 1.204 max_d=1.204 avg_d=0.139 std_dev=0.221
C2' A 0, -0.053, 0.181, 0.415, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.181 std_dev=0.234
O2' B 0, 0.019, 0.319, 0.618, 1.703 max_d=1.703 avg_d=0.319 std_dev=0.300
C1' B 0, 0.047, 0.358, 0.669, 1.541 max_d=1.541 avg_d=0.358 std_dev=0.311
C4' A 0, -0.137, 0.182, 0.500, 1.674 max_d=1.674 avg_d=0.182 std_dev=0.318
C3' B 0, 0.000, 0.336, 0.671, 1.552 max_d=1.552 avg_d=0.336 std_dev=0.336
O5' A 0, -0.044, 0.295, 0.635, 1.504 max_d=1.504 avg_d=0.295 std_dev=0.340
C3' A 0, -0.158, 0.182, 0.522, 1.593 max_d=1.593 avg_d=0.182 std_dev=0.340
O2' A 0, -0.036, 0.358, 0.752, 2.292 max_d=2.292 avg_d=0.358 std_dev=0.394
O3' B 0, -0.067, 0.340, 0.747, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.340 std_dev=0.407
N1 B 0, 0.018, 0.426, 0.834, 1.985 max_d=1.985 avg_d=0.426 std_dev=0.408
O4' B 0, 0.026, 0.447, 0.868, 2.119 max_d=2.119 avg_d=0.447 std_dev=0.421
P A 0, -0.078, 0.368, 0.814, 2.654 max_d=2.654 avg_d=0.368 std_dev=0.446
C4' B 0, -0.036, 0.412, 0.861, 2.116 max_d=2.116 avg_d=0.412 std_dev=0.449
C5' A 0, -0.168, 0.286, 0.741, 2.533 max_d=2.533 avg_d=0.286 std_dev=0.455
C6 B 0, -0.023, 0.487, 0.996, 2.478 max_d=2.478 avg_d=0.487 std_dev=0.509
OP2 A 0, -0.059, 0.452, 0.962, 3.070 max_d=3.070 avg_d=0.452 std_dev=0.511
O3' A 0, -0.302, 0.233, 0.768, 2.964 max_d=2.964 avg_d=0.233 std_dev=0.535
C2 B 0, -0.035, 0.541, 1.118, 3.447 max_d=3.447 avg_d=0.541 std_dev=0.577
OP1 A 0, -0.107, 0.491, 1.089, 3.831 max_d=3.831 avg_d=0.491 std_dev=0.598
O2 B 0, -0.051, 0.599, 1.250, 3.891 max_d=3.891 avg_d=0.599 std_dev=0.650
C5' B 0, -0.119, 0.550, 1.220, 3.457 max_d=3.457 avg_d=0.550 std_dev=0.670
C5 B 0, -0.109, 0.602, 1.313, 3.992 max_d=3.992 avg_d=0.602 std_dev=0.711
N3 B 0, -0.103, 0.657, 1.417, 4.758 max_d=4.758 avg_d=0.657 std_dev=0.760
O5' B 0, -0.142, 0.619, 1.381, 3.594 max_d=3.594 avg_d=0.619 std_dev=0.762
C4 B 0, -0.140, 0.685, 1.509, 5.080 max_d=5.080 avg_d=0.685 std_dev=0.824
P B 0, -0.248, 0.714, 1.675, 5.095 max_d=5.095 avg_d=0.714 std_dev=0.961
O4 B 0, -0.224, 0.818, 1.860, 6.532 max_d=6.532 avg_d=0.818 std_dev=1.042
OP1 B 0, -0.364, 0.771, 1.907, 6.383 max_d=6.383 avg_d=0.771 std_dev=1.136
OP2 B 0, -0.336, 0.815, 1.967, 5.740 max_d=5.740 avg_d=0.815 std_dev=1.151

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.15 0.03 0.00 0.17 0.28 0.11 0.16
C2 0.02 0.00 0.09 0.09 0.02 0.04 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.09 0.10 0.02 0.08 0.24 0.42 0.18 0.27
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.11 0.12 0.02 0.06 0.16 0.00 0.02 0.06 0.01 0.39 0.37 0.31 0.33
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.14 0.00 0.15 0.02 0.13 0.08 0.11 0.08 0.01 0.01 0.15 0.01 0.22 0.23 0.15 0.14
C4 0.03 0.02 0.05 0.14 0.00 0.04 0.00 0.11 0.01 0.02 0.01 0.02 0.18 0.08 0.01 0.03 0.30 0.52 0.28 0.36
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.07 0.14 0.02 0.04 0.00 0.02 0.18 0.07 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.15 0.00 0.05 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.11 0.01 0.04 0.31 0.50 0.28 0.36
C5' 0.05 0.10 0.11 0.02 0.11 0.01 0.10 0.00 0.09 0.08 0.11 0.11 0.07 0.10 0.11 0.02 0.01 0.22 0.07 0.02
C6 0.02 0.01 0.12 0.13 0.01 0.05 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.21 0.10 0.01 0.06 0.29 0.43 0.24 0.31
N1 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.07 0.02 0.02 0.24 0.38 0.18 0.25
N3 0.02 0.00 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.07 0.02 0.07 0.27 0.48 0.23 0.32
O2 0.03 0.01 0.16 0.08 0.02 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.18 0.02 0.13 0.22 0.38 0.15 0.23
O2' 0.01 0.09 0.00 0.01 0.18 0.14 0.23 0.07 0.21 0.10 0.12 0.15 0.00 0.04 0.19 0.09 0.29 0.27 0.28 0.27
O3' 0.15 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.11 0.10 0.10 0.07 0.07 0.18 0.04 0.00 0.09 0.11 0.09 0.15 0.18 0.09
O4 0.03 0.02 0.06 0.15 0.01 0.04 0.01 0.11 0.01 0.02 0.02 0.02 0.19 0.09 0.00 0.04 0.31 0.55 0.31 0.38
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.13 0.09 0.11 0.04 0.00 0.07 0.25 0.09 0.13
O5' 0.17 0.24 0.39 0.22 0.30 0.02 0.31 0.01 0.29 0.24 0.27 0.22 0.29 0.09 0.31 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.28 0.42 0.37 0.23 0.52 0.18 0.50 0.22 0.43 0.38 0.48 0.38 0.27 0.15 0.55 0.25 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.18 0.31 0.15 0.28 0.07 0.28 0.07 0.24 0.18 0.23 0.15 0.28 0.18 0.31 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.27 0.33 0.14 0.36 0.04 0.36 0.02 0.31 0.25 0.32 0.23 0.27 0.09 0.38 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.08 0.27 0.08 0.10 0.30 0.12 0.24 0.15 0.18 0.17 0.32 0.33 0.08 0.18 0.33 0.06 0.18 0.34 0.16 0.24
C2 0.11 0.39 0.09 0.14 0.38 0.20 0.25 0.27 0.17 0.22 0.44 0.48 0.06 0.27 0.43 0.10 0.30 0.56 0.32 0.40
C2' 0.21 0.15 0.22 0.25 0.20 0.32 0.15 0.31 0.13 0.12 0.21 0.20 0.36 0.31 0.25 0.27 0.23 0.37 0.22 0.26
C3' 0.22 0.35 0.21 0.21 0.43 0.19 0.41 0.20 0.36 0.31 0.41 0.34 0.18 0.20 0.46 0.20 0.19 0.29 0.16 0.23
C4 0.13 0.41 0.11 0.21 0.34 0.28 0.20 0.39 0.14 0.22 0.44 0.54 0.12 0.35 0.39 0.12 0.41 0.75 0.49 0.55
C4' 0.29 0.39 0.27 0.26 0.45 0.23 0.45 0.23 0.41 0.37 0.43 0.39 0.18 0.21 0.47 0.27 0.24 0.20 0.17 0.21
C5 0.13 0.37 0.11 0.21 0.28 0.26 0.16 0.36 0.12 0.20 0.38 0.49 0.14 0.35 0.31 0.10 0.39 0.67 0.43 0.50
C5' 0.38 0.43 0.35 0.33 0.46 0.30 0.49 0.29 0.47 0.43 0.45 0.43 0.28 0.22 0.46 0.37 0.27 0.14 0.21 0.20
C6 0.12 0.33 0.10 0.16 0.27 0.20 0.17 0.27 0.12 0.19 0.35 0.44 0.09 0.30 0.30 0.07 0.30 0.52 0.31 0.38
N1 0.10 0.34 0.09 0.13 0.32 0.17 0.22 0.23 0.16 0.20 0.38 0.43 0.05 0.25 0.36 0.07 0.26 0.48 0.26 0.34
N3 0.12 0.42 0.10 0.18 0.38 0.25 0.23 0.34 0.16 0.23 0.47 0.53 0.09 0.32 0.44 0.12 0.37 0.68 0.42 0.49
O2 0.11 0.39 0.08 0.13 0.41 0.19 0.28 0.24 0.19 0.23 0.46 0.46 0.07 0.24 0.47 0.10 0.27 0.53 0.29 0.37
O2' 0.43 0.29 0.37 0.33 0.26 0.45 0.26 0.41 0.28 0.31 0.26 0.34 0.54 0.31 0.28 0.47 0.33 0.39 0.31 0.33
O3' 0.40 0.58 0.37 0.35 0.74 0.31 0.71 0.32 0.63 0.55 0.68 0.49 0.26 0.25 0.78 0.37 0.32 0.35 0.32 0.36
O4 0.15 0.43 0.11 0.24 0.35 0.31 0.20 0.45 0.14 0.23 0.46 0.56 0.14 0.38 0.40 0.14 0.47 0.85 0.58 0.63
O4' 0.29 0.40 0.28 0.26 0.42 0.21 0.39 0.23 0.36 0.35 0.43 0.44 0.21 0.24 0.43 0.25 0.29 0.28 0.21 0.27
O5' 0.15 0.25 0.17 0.05 0.19 0.04 0.15 0.07 0.12 0.15 0.24 0.34 0.27 0.01 0.20 0.08 0.07 0.13 0.13 0.07
OP1 0.03 0.15 0.06 0.03 0.14 0.08 0.11 0.17 0.08 0.07 0.17 0.20 0.10 0.01 0.16 0.07 0.23 0.20 0.18 0.18
OP2 0.06 0.23 0.13 0.03 0.19 0.12 0.11 0.23 0.08 0.11 0.25 0.29 0.17 0.02 0.21 0.11 0.11 0.18 0.18 0.11
P 0.05 0.18 0.09 0.01 0.14 0.05 0.09 0.13 0.07 0.09 0.19 0.23 0.14 0.00 0.16 0.04 0.11 0.14 0.11 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.15 0.06 0.14 0.04
C2 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.09 0.02 0.03 0.30 0.12 0.40 0.21
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.09 0.00 0.02 0.04 0.01 0.10 0.09 0.15 0.04
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.09 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.09 0.09 0.01 0.01 0.09 0.02 0.11 0.12 0.16 0.09
C4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.09 0.00 0.03 0.50 0.41 0.74 0.50
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.04 0.04 0.01 0.08 0.00 0.02 0.06 0.04 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.04 0.54 0.49 0.77 0.57
C5' 0.02 0.08 0.01 0.01 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.06 0.04 0.03 0.18 0.02 0.01 0.13 0.05 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.06 0.01 0.04 0.47 0.38 0.60 0.45
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.32 0.16 0.39 0.24
N3 0.02 0.00 0.05 0.09 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.03 0.40 0.25 0.57 0.35
O2 0.04 0.00 0.09 0.09 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.02 0.06 0.21 0.10 0.27 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.06 0.09 0.00 0.03 0.06 0.03 0.05 0.26 0.07 0.17
O3' 0.02 0.09 0.02 0.01 0.09 0.01 0.08 0.03 0.06 0.05 0.10 0.11 0.03 0.00 0.10 0.01 0.07 0.14 0.12 0.08
O4 0.02 0.02 0.04 0.09 0.00 0.08 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.03 0.53 0.47 0.82 0.56
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.03 0.06 0.03 0.01 0.03 0.00 0.13 0.05 0.07 0.04
O5' 0.15 0.30 0.10 0.11 0.50 0.02 0.54 0.01 0.47 0.32 0.40 0.21 0.05 0.07 0.53 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.06 0.12 0.09 0.12 0.41 0.06 0.49 0.13 0.38 0.16 0.25 0.10 0.26 0.14 0.47 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.14 0.40 0.15 0.16 0.74 0.04 0.77 0.05 0.60 0.39 0.57 0.27 0.07 0.12 0.82 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.04 0.21 0.04 0.09 0.50 0.06 0.57 0.02 0.45 0.24 0.35 0.10 0.17 0.08 0.56 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00