ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55097

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 4, 1, 2, 6, 13, 5, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.015, 0.022, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.015, 0.022, 0.029, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.012, 0.020, 0.029, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.007, 0.020, 0.032, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.015, 0.042, 0.070, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.042 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.037, 0.081, 0.125, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.081 std_dev=0.044
O4' A 0, -0.012, 0.135, 0.282, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.135 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.004, 0.157, 0.309, 0.945 max_d=0.945 avg_d=0.157 std_dev=0.152
O2' B 0, 0.180, 0.340, 0.499, 0.641 max_d=0.641 avg_d=0.340 std_dev=0.159
O2' A 0, 0.096, 0.267, 0.437, 1.001 max_d=1.001 avg_d=0.267 std_dev=0.170
C4' A 0, -0.001, 0.228, 0.457, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.228 std_dev=0.229
C2' B 0, 0.344, 0.584, 0.823, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.584 std_dev=0.239
P A 0, 0.244, 0.489, 0.735, 1.297 max_d=1.297 avg_d=0.489 std_dev=0.246
C3' A 0, -0.015, 0.234, 0.483, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.234 std_dev=0.249
OP1 A 0, 0.297, 0.547, 0.798, 1.517 max_d=1.517 avg_d=0.547 std_dev=0.251
O3' B 0, 0.404, 0.717, 1.030, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.717 std_dev=0.313
C3' B 0, 0.516, 0.836, 1.155, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.836 std_dev=0.320
O5' A 0, 0.128, 0.463, 0.798, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.463 std_dev=0.335
O3' A 0, 0.049, 0.396, 0.744, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.396 std_dev=0.347
OP2 A 0, 0.108, 0.478, 0.847, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.478 std_dev=0.369
C5' A 0, 0.048, 0.450, 0.852, 2.469 max_d=2.469 avg_d=0.450 std_dev=0.402
C1' B 0, 0.509, 0.923, 1.337, 1.875 max_d=1.875 avg_d=0.923 std_dev=0.414
C4' B 0, 0.753, 1.240, 1.728, 2.138 max_d=2.138 avg_d=1.240 std_dev=0.487
O4' B 0, 0.708, 1.204, 1.700, 2.143 max_d=2.143 avg_d=1.204 std_dev=0.496
N1 B 0, 0.755, 1.433, 2.111, 2.683 max_d=2.683 avg_d=1.433 std_dev=0.678
C5' B 0, 1.176, 1.912, 2.648, 3.198 max_d=3.198 avg_d=1.912 std_dev=0.736
C6 B 0, 1.052, 1.881, 2.710, 2.980 max_d=2.980 avg_d=1.881 std_dev=0.829
C2 B 0, 0.774, 1.674, 2.575, 4.740 max_d=4.740 avg_d=1.674 std_dev=0.900
O2 B 0, 0.615, 1.571, 2.527, 5.675 max_d=5.675 avg_d=1.571 std_dev=0.956
O5' B 0, 1.305, 2.273, 3.242, 4.441 max_d=4.441 avg_d=2.273 std_dev=0.969
C5 B 0, 1.301, 2.389, 3.477, 3.820 max_d=3.820 avg_d=2.389 std_dev=1.088
N3 B 0, 1.086, 2.242, 3.399, 5.919 max_d=5.919 avg_d=2.242 std_dev=1.156
P B 0, 1.816, 2.998, 4.180, 5.165 max_d=5.165 avg_d=2.998 std_dev=1.182
C4 B 0, 1.320, 2.568, 3.817, 5.588 max_d=5.588 avg_d=2.568 std_dev=1.248
OP1 B 0, 1.889, 3.165, 4.441, 5.992 max_d=5.992 avg_d=3.165 std_dev=1.276
OP2 B 0, 2.052, 3.339, 4.626, 5.351 max_d=5.351 avg_d=3.339 std_dev=1.287
O4 B 0, 1.653, 3.104, 4.555, 6.892 max_d=6.892 avg_d=3.104 std_dev=1.451

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.01 0.10 0.10 0.20 0.14
C2 0.02 0.00 0.07 0.11 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.01 0.02 0.17 0.14 0.22 0.15
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.06 0.12 0.01 0.02 0.05 0.01 0.15 0.19 0.12 0.09
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.09 0.05 0.10 0.16 0.02 0.01 0.08 0.01 0.22 0.29 0.08 0.13
C4 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.02 0.24 0.18 0.27 0.18
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.07 0.08 0.06 0.02 0.07 0.00 0.02 0.11 0.20 0.06
C5 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.11 0.01 0.03 0.26 0.18 0.27 0.18
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.15 0.01 0.14 0.00 0.12 0.09 0.14 0.13 0.06 0.04 0.16 0.01 0.01 0.18 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.06 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.10 0.01 0.03 0.24 0.15 0.23 0.16
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.17 0.13 0.21 0.15
N3 0.02 0.00 0.06 0.10 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.12 0.01 0.02 0.20 0.16 0.24 0.16
O2 0.05 0.01 0.12 0.16 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.02 0.01 0.00 0.10 0.17 0.02 0.04 0.14 0.14 0.22 0.15
O2' 0.02 0.06 0.01 0.02 0.05 0.06 0.04 0.06 0.04 0.03 0.06 0.10 0.00 0.04 0.06 0.04 0.06 0.15 0.14 0.08
O3' 0.02 0.12 0.02 0.01 0.10 0.02 0.11 0.04 0.10 0.06 0.12 0.17 0.04 0.00 0.11 0.02 0.21 0.39 0.12 0.17
O4 0.02 0.01 0.05 0.08 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.11 0.00 0.03 0.25 0.20 0.29 0.19
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.12 0.13 0.25 0.18
O5' 0.10 0.17 0.15 0.22 0.24 0.02 0.26 0.01 0.24 0.17 0.20 0.14 0.06 0.21 0.25 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.10 0.14 0.19 0.29 0.18 0.11 0.18 0.18 0.15 0.13 0.16 0.14 0.15 0.39 0.20 0.13 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.22 0.12 0.08 0.27 0.20 0.27 0.25 0.23 0.21 0.24 0.22 0.14 0.12 0.29 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.14 0.15 0.09 0.13 0.18 0.06 0.18 0.02 0.16 0.15 0.16 0.15 0.08 0.17 0.19 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.63 0.26 0.30 0.66 0.25 0.60 0.43 0.52 0.49 0.69 0.71 0.13 0.31 0.71 0.27 0.40 0.80 0.61 0.58
C2 0.40 0.81 0.27 0.36 0.94 0.37 0.84 0.65 0.71 0.63 0.96 0.87 0.09 0.31 1.03 0.38 0.65 1.16 0.88 0.88
C2' 0.30 0.59 0.22 0.21 0.65 0.17 0.56 0.37 0.47 0.45 0.67 0.66 0.15 0.23 0.71 0.21 0.32 0.71 0.56 0.50
C3' 0.25 0.45 0.21 0.15 0.48 0.12 0.41 0.28 0.35 0.34 0.50 0.52 0.24 0.18 0.52 0.15 0.22 0.53 0.42 0.36
C4 0.35 0.75 0.22 0.38 0.99 0.49 0.89 0.83 0.74 0.59 0.94 0.80 0.10 0.29 1.07 0.43 0.85 1.39 1.06 1.11
C4' 0.25 0.39 0.22 0.15 0.37 0.11 0.33 0.24 0.29 0.30 0.41 0.46 0.28 0.19 0.40 0.14 0.14 0.43 0.34 0.27
C5 0.29 0.63 0.20 0.38 0.75 0.46 0.71 0.77 0.62 0.50 0.74 0.70 0.09 0.29 0.78 0.38 0.75 1.21 0.91 0.96
C5' 0.27 0.26 0.29 0.18 0.22 0.18 0.21 0.23 0.22 0.23 0.24 0.32 0.42 0.18 0.22 0.20 0.13 0.29 0.23 0.15
C6 0.30 0.58 0.22 0.35 0.63 0.37 0.60 0.62 0.54 0.47 0.64 0.63 0.07 0.30 0.65 0.32 0.58 1.00 0.75 0.76
N1 0.35 0.69 0.25 0.34 0.75 0.33 0.69 0.57 0.60 0.54 0.78 0.75 0.08 0.31 0.80 0.32 0.54 0.99 0.75 0.74
N3 0.39 0.82 0.25 0.38 1.04 0.44 0.92 0.76 0.76 0.64 1.03 0.86 0.09 0.30 1.15 0.42 0.79 1.33 1.01 1.04
O2 0.42 0.85 0.28 0.35 0.99 0.34 0.87 0.61 0.73 0.65 1.01 0.91 0.11 0.31 1.09 0.38 0.62 1.14 0.86 0.86
O2' 0.31 0.61 0.22 0.22 0.67 0.18 0.57 0.33 0.47 0.45 0.70 0.69 0.16 0.26 0.75 0.21 0.27 0.64 0.51 0.44
O3' 0.24 0.41 0.22 0.14 0.44 0.14 0.38 0.25 0.32 0.31 0.47 0.48 0.27 0.20 0.49 0.15 0.18 0.41 0.35 0.26
O4 0.33 0.74 0.21 0.38 1.06 0.53 0.95 0.90 0.75 0.56 0.96 0.82 0.11 0.29 1.20 0.46 0.96 1.54 1.19 1.25
O4' 0.30 0.49 0.25 0.25 0.49 0.19 0.45 0.33 0.40 0.39 0.51 0.56 0.19 0.31 0.51 0.21 0.29 0.62 0.48 0.42
O5' 0.29 0.32 0.32 0.14 0.32 0.10 0.31 0.16 0.29 0.29 0.32 0.36 0.38 0.01 0.33 0.17 0.17 0.36 0.38 0.26
OP1 0.19 0.18 0.07 0.10 0.19 0.27 0.25 0.46 0.20 0.13 0.15 0.32 0.19 0.02 0.22 0.25 0.45 0.52 0.57 0.48
OP2 0.15 0.39 0.22 0.08 0.58 0.10 0.57 0.23 0.45 0.34 0.50 0.34 0.18 0.02 0.64 0.08 0.36 0.51 0.58 0.43
P 0.09 0.13 0.13 0.01 0.26 0.11 0.28 0.23 0.22 0.11 0.18 0.18 0.17 0.01 0.29 0.07 0.25 0.39 0.44 0.32

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.12 0.02 0.01 0.14 0.27 0.16 0.12
C2 0.02 0.00 0.08 0.11 0.01 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.11 0.01 0.03 0.22 0.32 0.16 0.16
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.11 0.06 0.01 0.06 0.14 0.00 0.02 0.04 0.01 0.15 0.36 0.16 0.16
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.17 0.00 0.19 0.02 0.17 0.10 0.14 0.12 0.01 0.01 0.18 0.01 0.20 0.30 0.23 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.17 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.11 0.00 0.02 0.32 0.38 0.25 0.26
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.07 0.06 0.12 0.02 0.10 0.00 0.02 0.14 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.05 0.19 0.00 0.12 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.16 0.01 0.04 0.34 0.39 0.25 0.27
C5' 0.07 0.14 0.11 0.02 0.20 0.01 0.21 0.00 0.18 0.13 0.17 0.12 0.04 0.09 0.21 0.02 0.01 0.16 0.23 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.17 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.04 0.30 0.35 0.17 0.20
N1 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.06 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.01 0.22 0.31 0.14 0.15
N3 0.02 0.01 0.06 0.14 0.00 0.07 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.09 0.01 0.02 0.27 0.35 0.20 0.21
O2 0.04 0.01 0.14 0.12 0.02 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.20 0.02 0.06 0.18 0.31 0.16 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.14 0.12 0.13 0.04 0.11 0.08 0.13 0.13 0.00 0.04 0.16 0.09 0.07 0.30 0.17 0.10
O3' 0.12 0.11 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.09 0.13 0.06 0.09 0.20 0.04 0.00 0.13 0.09 0.21 0.41 0.32 0.28
O4 0.02 0.01 0.04 0.18 0.00 0.10 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.13 0.00 0.02 0.34 0.40 0.30 0.29
O4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.06 0.09 0.09 0.02 0.00 0.13 0.19 0.23 0.13
O5' 0.14 0.22 0.15 0.20 0.32 0.02 0.34 0.01 0.30 0.22 0.27 0.18 0.07 0.21 0.34 0.13 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.27 0.32 0.36 0.30 0.38 0.14 0.39 0.16 0.35 0.31 0.35 0.31 0.30 0.41 0.40 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.16 0.16 0.23 0.25 0.18 0.25 0.23 0.17 0.14 0.20 0.16 0.17 0.32 0.30 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.16 0.16 0.19 0.26 0.04 0.27 0.02 0.20 0.15 0.21 0.14 0.10 0.28 0.29 0.13 0.00 0.01 0.01 0.00