ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55098

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 7, 10, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.012, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.012 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.015, 0.024, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.024 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.024 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.016, 0.028, 0.041, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.028 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.028, 0.041, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.037, 0.069, 0.102, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.069 std_dev=0.032
O4 A 0, 0.036, 0.074, 0.112, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.074 std_dev=0.038
O4' A 0, -0.019, 0.104, 0.227, 0.523 max_d=0.523 avg_d=0.104 std_dev=0.123
C2' A 0, -0.011, 0.136, 0.284, 0.612 max_d=0.612 avg_d=0.136 std_dev=0.147
C4' A 0, -0.045, 0.128, 0.301, 0.754 max_d=0.754 avg_d=0.128 std_dev=0.173
O2' B 0, 0.120, 0.297, 0.475, 0.897 max_d=0.897 avg_d=0.297 std_dev=0.178
O2' A 0, 0.091, 0.271, 0.452, 0.846 max_d=0.846 avg_d=0.271 std_dev=0.181
C3' A 0, -0.065, 0.152, 0.369, 0.866 max_d=0.866 avg_d=0.152 std_dev=0.217
O3' A 0, -0.082, 0.221, 0.525, 1.221 max_d=1.221 avg_d=0.221 std_dev=0.304
O3' B 0, -0.045, 0.263, 0.572, 1.238 max_d=1.238 avg_d=0.263 std_dev=0.308
C2' B 0, -0.059, 0.267, 0.593, 1.352 max_d=1.352 avg_d=0.267 std_dev=0.326
C5' A 0, -0.118, 0.232, 0.581, 1.465 max_d=1.465 avg_d=0.232 std_dev=0.349
C3' B 0, -0.095, 0.295, 0.685, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.295 std_dev=0.390
O5' A 0, -0.184, 0.256, 0.696, 1.760 max_d=1.760 avg_d=0.256 std_dev=0.440
C4' B 0, -0.158, 0.331, 0.821, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.331 std_dev=0.490
P A 0, -0.279, 0.313, 0.904, 2.359 max_d=2.359 avg_d=0.313 std_dev=0.592
OP2 A 0, -0.321, 0.430, 1.181, 3.056 max_d=3.056 avg_d=0.430 std_dev=0.751
C1' B 0, -0.411, 0.395, 1.200, 3.124 max_d=3.124 avg_d=0.395 std_dev=0.806
C5' B 0, -0.362, 0.451, 1.264, 3.231 max_d=3.231 avg_d=0.451 std_dev=0.813
O4' B 0, -0.416, 0.429, 1.274, 3.329 max_d=3.329 avg_d=0.429 std_dev=0.845
OP1 A 0, -0.472, 0.492, 1.456, 3.911 max_d=3.911 avg_d=0.492 std_dev=0.964
O5' B 0, -0.663, 0.579, 1.821, 4.811 max_d=4.811 avg_d=0.579 std_dev=1.242
N1 B 0, -0.759, 0.558, 1.875, 4.982 max_d=4.982 avg_d=0.558 std_dev=1.317
O2 B 0, -0.822, 0.672, 2.165, 5.646 max_d=5.646 avg_d=0.672 std_dev=1.494
C2 B 0, -0.910, 0.654, 2.217, 5.877 max_d=5.877 avg_d=0.654 std_dev=1.563
C6 B 0, -0.955, 0.689, 2.332, 6.204 max_d=6.204 avg_d=0.689 std_dev=1.643
P B 0, -0.991, 0.730, 2.451, 6.597 max_d=6.597 avg_d=0.730 std_dev=1.721
OP1 B 0, -0.966, 0.832, 2.630, 6.926 max_d=6.926 avg_d=0.832 std_dev=1.798
N3 B 0, -1.211, 0.804, 2.819, 7.523 max_d=7.523 avg_d=0.804 std_dev=2.015
OP2 B 0, -1.238, 0.854, 2.947, 7.951 max_d=7.951 avg_d=0.854 std_dev=2.093
C5 B 0, -1.294, 0.847, 2.987, 8.009 max_d=8.009 avg_d=0.847 std_dev=2.141
C4 B 0, -1.439, 0.881, 3.201, 8.620 max_d=8.620 avg_d=0.881 std_dev=2.320
O4 B 0, -1.732, 1.025, 3.782, 10.200 max_d=10.200 avg_d=1.025 std_dev=2.757

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.08 0.13 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.12 0.07 0.35 0.15
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.03 0.09 0.00 0.01 0.05 0.00 0.03 0.07 0.10 0.03
C3' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.08 0.02 0.09 0.02 0.05 0.11 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.09 0.12 0.03
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.02 0.11 0.06 0.45 0.16
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.06 0.11 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.10 0.01 0.03 0.07 0.06 0.35 0.10
C5' 0.02 0.08 0.02 0.02 0.09 0.01 0.07 0.00 0.05 0.05 0.09 0.08 0.04 0.03 0.09 0.01 0.01 0.06 0.14 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.09 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.03 0.05 0.08 0.23 0.06
N1 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.07 0.06 0.24 0.09
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.04 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.01 0.13 0.08 0.44 0.18
O2 0.02 0.00 0.09 0.11 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.13 0.01 0.02 0.14 0.10 0.35 0.16
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04 0.04 0.02 0.04 0.05 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.07 0.11 0.03
O3' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.06 0.01 0.10 0.03 0.09 0.03 0.05 0.13 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.22 0.05
O4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.02 0.11 0.07 0.50 0.18
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.13 0.09 0.05
O5' 0.05 0.12 0.03 0.03 0.11 0.01 0.07 0.01 0.05 0.07 0.13 0.14 0.03 0.06 0.11 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.06 0.06 0.06 0.08 0.06 0.08 0.10 0.07 0.13 0.07 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.35 0.10 0.12 0.45 0.11 0.35 0.14 0.23 0.24 0.44 0.35 0.11 0.22 0.50 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.05 0.15 0.03 0.03 0.16 0.02 0.10 0.01 0.06 0.09 0.18 0.16 0.03 0.05 0.18 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.44 0.73 0.05 0.07 0.49 0.06 0.27 0.31 0.24 0.47 0.70 0.97 0.10 0.08 0.52 0.34 0.30 0.73 0.36 0.45
C2 0.58 1.01 0.09 0.05 0.86 0.09 0.61 0.14 0.52 0.71 1.03 1.23 0.08 0.05 0.92 0.49 0.07 0.42 0.07 0.14
C2' 0.46 0.70 0.09 0.03 0.42 0.05 0.19 0.30 0.19 0.44 0.65 0.97 0.12 0.03 0.43 0.35 0.33 0.78 0.43 0.50
C3' 0.41 0.54 0.09 0.04 0.21 0.05 0.05 0.28 0.06 0.32 0.44 0.80 0.18 0.04 0.19 0.30 0.37 0.80 0.52 0.55
C4 0.64 1.14 0.13 0.08 1.07 0.14 0.84 0.07 0.72 0.85 1.21 1.33 0.09 0.05 1.14 0.54 0.21 0.10 0.36 0.19
C4' 0.27 0.38 0.06 0.10 0.06 0.08 0.14 0.42 0.11 0.17 0.28 0.63 0.08 0.10 0.05 0.18 0.52 0.95 0.69 0.70
C5 0.61 1.00 0.13 0.08 0.87 0.12 0.68 0.05 0.60 0.75 1.01 1.18 0.10 0.06 0.92 0.50 0.15 0.13 0.27 0.12
C5' 0.14 0.15 0.13 0.14 0.20 0.10 0.35 0.42 0.28 0.05 0.05 0.39 0.11 0.15 0.23 0.10 0.58 0.92 0.76 0.73
C6 0.54 0.84 0.09 0.06 0.67 0.08 0.48 0.14 0.43 0.60 0.83 1.04 0.10 0.05 0.70 0.43 0.07 0.35 0.07 0.12
N1 0.53 0.87 0.08 0.05 0.68 0.07 0.46 0.19 0.40 0.60 0.86 1.09 0.09 0.05 0.72 0.43 0.14 0.50 0.13 0.23
N3 0.63 1.12 0.11 0.06 1.03 0.12 0.78 0.06 0.66 0.81 1.18 1.32 0.08 0.04 1.10 0.53 0.12 0.24 0.22 0.08
O2 0.58 1.01 0.08 0.05 0.85 0.08 0.59 0.17 0.50 0.70 1.04 1.24 0.08 0.06 0.92 0.48 0.11 0.52 0.11 0.21
O2' 0.42 0.67 0.06 0.05 0.37 0.05 0.13 0.38 0.13 0.40 0.61 0.95 0.09 0.04 0.38 0.29 0.44 0.96 0.58 0.64
O3' 0.38 0.46 0.11 0.05 0.09 0.05 0.14 0.31 0.08 0.25 0.34 0.74 0.25 0.06 0.06 0.26 0.44 0.91 0.67 0.66
O4 0.66 1.25 0.16 0.10 1.26 0.17 1.02 0.13 0.86 0.94 1.37 1.40 0.09 0.06 1.36 0.56 0.33 0.13 0.55 0.35
O4' 0.34 0.54 0.08 0.12 0.29 0.09 0.09 0.38 0.09 0.32 0.49 0.78 0.15 0.12 0.29 0.26 0.42 0.83 0.51 0.56
O5' 0.29 0.25 0.03 0.02 0.08 0.12 0.18 0.16 0.12 0.14 0.14 0.45 0.08 0.02 0.11 0.27 0.29 0.52 0.41 0.39
OP1 0.11 0.16 0.07 0.04 0.50 0.26 0.55 0.10 0.42 0.19 0.32 0.07 0.05 0.02 0.57 0.22 0.32 0.40 0.59 0.40
OP2 0.10 0.32 0.21 0.07 0.53 0.10 0.52 0.09 0.41 0.30 0.44 0.22 0.14 0.02 0.59 0.06 0.13 0.15 0.22 0.14
P 0.12 0.07 0.09 0.02 0.32 0.13 0.38 0.04 0.29 0.11 0.19 0.12 0.07 0.01 0.37 0.16 0.21 0.29 0.35 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.21 0.01 0.00 0.13 0.13 0.17 0.13
C2 0.01 0.00 0.05 0.09 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.14 0.16 0.01 0.04 0.11 0.12 0.16 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.03 0.00 0.06 0.14 0.06 0.01 0.03 0.09 0.00 0.03 0.04 0.01 0.28 0.30 0.37 0.31
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.19 0.00 0.21 0.01 0.19 0.11 0.14 0.03 0.02 0.01 0.19 0.01 0.04 0.07 0.04 0.03
C4 0.01 0.01 0.03 0.19 0.00 0.05 0.00 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.22 0.04 0.00 0.02 0.07 0.09 0.13 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.07 0.03 0.03 0.03 0.16 0.02 0.05 0.00 0.01 0.04 0.03 0.01
C5 0.01 0.01 0.06 0.21 0.00 0.07 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.21 0.11 0.01 0.03 0.07 0.09 0.12 0.10
C5' 0.06 0.05 0.14 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.04 0.05 0.07 0.04 0.13 0.05 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.19 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.17 0.08 0.01 0.04 0.08 0.10 0.14 0.11
N1 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.03 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.09 0.01 0.01 0.10 0.12 0.16 0.12
N3 0.01 0.00 0.03 0.14 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.19 0.09 0.01 0.03 0.09 0.11 0.14 0.12
O2 0.02 0.00 0.09 0.03 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.28 0.01 0.06 0.12 0.13 0.17 0.13
O2' 0.01 0.14 0.00 0.02 0.22 0.16 0.21 0.04 0.17 0.12 0.19 0.09 0.00 0.06 0.25 0.11 0.21 0.23 0.41 0.26
O3' 0.21 0.16 0.03 0.01 0.04 0.02 0.11 0.13 0.08 0.09 0.09 0.28 0.06 0.00 0.06 0.15 0.15 0.24 0.16 0.18
O4 0.01 0.01 0.04 0.19 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.25 0.06 0.00 0.03 0.07 0.09 0.12 0.10
O4' 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.11 0.15 0.03 0.00 0.04 0.04 0.05 0.03
O5' 0.13 0.11 0.28 0.04 0.07 0.01 0.07 0.01 0.08 0.10 0.09 0.12 0.21 0.15 0.07 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.12 0.30 0.07 0.09 0.04 0.09 0.04 0.10 0.12 0.11 0.13 0.23 0.24 0.09 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.16 0.37 0.04 0.13 0.03 0.12 0.01 0.14 0.16 0.14 0.17 0.41 0.16 0.12 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.12 0.31 0.03 0.10 0.01 0.10 0.01 0.11 0.12 0.12 0.13 0.26 0.18 0.10 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00