ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55099

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 8, 0, 2, 1, 2, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.006, 0.010, 0.013, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.010 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.020, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.006, 0.014, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.006, 0.015, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.012, 0.031, 0.050, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.027, 0.065, 0.103, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.065 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.139, 0.243, 0.348, 0.437 max_d=0.437 avg_d=0.243 std_dev=0.104
C2' A 0, 0.147, 0.264, 0.380, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.264 std_dev=0.116
C4' A 0, 0.301, 0.471, 0.640, 0.704 max_d=0.704 avg_d=0.471 std_dev=0.169
C3' A 0, 0.287, 0.480, 0.672, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.480 std_dev=0.193
O2' A 0, 0.164, 0.372, 0.581, 0.998 max_d=0.998 avg_d=0.372 std_dev=0.208
O2' B 0, 0.099, 0.360, 0.622, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.360 std_dev=0.262
C5' A 0, 0.655, 0.949, 1.243, 1.240 max_d=1.240 avg_d=0.949 std_dev=0.294
C2' B 0, 0.147, 0.443, 0.739, 1.075 max_d=1.075 avg_d=0.443 std_dev=0.296
O3' A 0, 0.372, 0.674, 0.976, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.674 std_dev=0.302
C1' B 0, 0.449, 0.807, 1.165, 1.298 max_d=1.298 avg_d=0.807 std_dev=0.358
O3' B 0, 0.443, 0.847, 1.251, 1.574 max_d=1.574 avg_d=0.847 std_dev=0.404
C3' B 0, 0.602, 1.029, 1.456, 1.717 max_d=1.717 avg_d=1.029 std_dev=0.427
OP2 A 0, 1.229, 1.725, 2.221, 2.112 max_d=2.112 avg_d=1.725 std_dev=0.496
P A 0, 0.586, 1.114, 1.642, 2.119 max_d=2.119 avg_d=1.114 std_dev=0.528
O5' A 0, 0.653, 1.187, 1.720, 2.146 max_d=2.146 avg_d=1.187 std_dev=0.534
O4' B 0, 0.947, 1.501, 2.056, 2.173 max_d=2.173 avg_d=1.501 std_dev=0.554
N1 B 0, 1.344, 1.921, 2.499, 2.652 max_d=2.652 avg_d=1.921 std_dev=0.577
C6 B 0, 1.682, 2.355, 3.028, 2.968 max_d=2.968 avg_d=2.355 std_dev=0.673
OP1 A 0, 1.366, 2.136, 2.906, 3.385 max_d=3.385 avg_d=2.136 std_dev=0.770
C4' B 0, 1.634, 2.422, 3.210, 3.124 max_d=3.124 avg_d=2.422 std_dev=0.788
C2 B 0, 2.793, 3.807, 4.821, 4.431 max_d=4.431 avg_d=3.807 std_dev=1.014
C5 B 0, 2.826, 3.870, 4.914, 4.469 max_d=4.469 avg_d=3.870 std_dev=1.044
O5' B 0, 2.478, 3.616, 4.755, 4.511 max_d=4.511 avg_d=3.616 std_dev=1.138
O2 B 0, 3.374, 4.597, 5.820, 5.349 max_d=5.349 avg_d=4.597 std_dev=1.223
C5' B 0, 2.856, 4.103, 5.350, 5.147 max_d=5.147 avg_d=4.103 std_dev=1.247
N3 B 0, 3.798, 5.154, 6.509, 5.810 max_d=5.810 avg_d=5.154 std_dev=1.356
C4 B 0, 3.820, 5.186, 6.552, 5.936 max_d=5.936 avg_d=5.186 std_dev=1.366
P B 0, 3.897, 5.508, 7.118, 6.723 max_d=6.723 avg_d=5.508 std_dev=1.610
OP2 B 0, 3.712, 5.466, 7.220, 6.965 max_d=6.965 avg_d=5.466 std_dev=1.754
O4 B 0, 4.945, 6.705, 8.465, 7.568 max_d=7.568 avg_d=6.705 std_dev=1.760
OP1 B 0, 5.455, 7.481, 9.507, 8.693 max_d=8.693 avg_d=7.481 std_dev=2.026

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.08 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.18 0.21 0.13 0.16
C2 0.02 0.00 0.05 0.12 0.00 0.04 0.01 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.13 0.01 0.01 0.27 0.26 0.21 0.24
C2' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.05 0.03 0.09 0.09 0.09 0.02 0.03 0.12 0.00 0.05 0.06 0.01 0.12 0.25 0.11 0.10
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.16 0.00 0.20 0.02 0.19 0.11 0.14 0.16 0.01 0.01 0.17 0.01 0.12 0.32 0.14 0.16
C4 0.02 0.00 0.05 0.16 0.00 0.08 0.00 0.24 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.21 0.00 0.02 0.30 0.25 0.22 0.24
C4' 0.01 0.04 0.03 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.05 0.06 0.16 0.04 0.09 0.00 0.01 0.16 0.13 0.02
C5 0.02 0.01 0.09 0.20 0.00 0.12 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.24 0.01 0.03 0.31 0.23 0.20 0.21
C5' 0.08 0.15 0.09 0.02 0.24 0.00 0.28 0.00 0.25 0.16 0.20 0.12 0.09 0.08 0.26 0.01 0.01 0.21 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.09 0.19 0.01 0.12 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.21 0.01 0.03 0.29 0.23 0.15 0.19
N1 0.01 0.00 0.02 0.11 0.01 0.05 0.01 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.01 0.01 0.25 0.23 0.16 0.20
N3 0.02 0.00 0.03 0.14 0.00 0.05 0.01 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.13 0.17 0.01 0.02 0.29 0.27 0.23 0.25
O2 0.02 0.00 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.18 0.01 0.02 0.27 0.27 0.22 0.24
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.12 0.16 0.09 0.09 0.07 0.07 0.13 0.16 0.00 0.06 0.13 0.09 0.15 0.32 0.08 0.15
O3' 0.02 0.13 0.05 0.01 0.21 0.04 0.24 0.08 0.21 0.11 0.17 0.18 0.06 0.00 0.22 0.02 0.10 0.42 0.22 0.21
O4 0.02 0.01 0.06 0.17 0.00 0.09 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.22 0.00 0.03 0.30 0.26 0.24 0.24
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.09 0.02 0.03 0.00 0.17 0.20 0.15 0.18
O5' 0.18 0.27 0.12 0.12 0.30 0.01 0.31 0.01 0.29 0.25 0.29 0.27 0.15 0.10 0.30 0.17 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.21 0.26 0.25 0.32 0.25 0.16 0.23 0.21 0.23 0.23 0.27 0.27 0.32 0.42 0.26 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.21 0.11 0.14 0.22 0.13 0.20 0.24 0.15 0.16 0.23 0.22 0.08 0.22 0.24 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.24 0.10 0.16 0.24 0.02 0.21 0.01 0.19 0.20 0.25 0.24 0.15 0.21 0.24 0.18 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.56 0.31 0.35 0.69 0.28 0.61 0.33 0.50 0.46 0.68 0.55 0.18 0.31 0.76 0.28 0.49 0.57 0.64 0.54
C2 0.31 0.56 0.27 0.37 0.87 0.32 0.80 0.45 0.65 0.51 0.77 0.46 0.17 0.32 0.98 0.33 0.63 0.76 0.86 0.73
C2' 0.23 0.50 0.20 0.24 0.64 0.16 0.55 0.23 0.43 0.39 0.63 0.50 0.16 0.19 0.73 0.19 0.44 0.52 0.60 0.50
C3' 0.09 0.28 0.05 0.10 0.34 0.07 0.28 0.12 0.21 0.18 0.35 0.33 0.20 0.11 0.40 0.05 0.35 0.40 0.43 0.38
C4 0.28 0.42 0.19 0.35 0.85 0.38 0.86 0.57 0.69 0.46 0.63 0.38 0.15 0.28 0.94 0.39 0.72 0.88 0.99 0.85
C4' 0.19 0.37 0.16 0.17 0.40 0.13 0.33 0.16 0.27 0.27 0.43 0.43 0.23 0.17 0.45 0.14 0.37 0.43 0.45 0.40
C5 0.29 0.40 0.19 0.35 0.70 0.39 0.75 0.55 0.65 0.46 0.54 0.34 0.13 0.27 0.72 0.39 0.69 0.80 0.88 0.78
C5' 0.24 0.34 0.22 0.10 0.38 0.14 0.35 0.13 0.31 0.29 0.38 0.38 0.32 0.10 0.42 0.18 0.36 0.40 0.43 0.38
C6 0.31 0.48 0.25 0.37 0.65 0.34 0.65 0.45 0.57 0.47 0.58 0.38 0.14 0.28 0.68 0.35 0.60 0.69 0.75 0.67
N1 0.31 0.55 0.28 0.37 0.75 0.31 0.69 0.41 0.58 0.49 0.69 0.47 0.17 0.31 0.82 0.32 0.58 0.68 0.75 0.65
N3 0.30 0.51 0.23 0.37 0.91 0.35 0.87 0.52 0.69 0.50 0.73 0.40 0.16 0.31 1.03 0.36 0.69 0.85 0.96 0.81
O2 0.30 0.59 0.28 0.37 0.91 0.30 0.81 0.42 0.64 0.51 0.81 0.50 0.18 0.33 1.04 0.31 0.61 0.74 0.85 0.71
O2' 0.24 0.58 0.24 0.24 0.72 0.22 0.57 0.22 0.44 0.41 0.72 0.60 0.15 0.24 0.83 0.20 0.40 0.47 0.54 0.45
O3' 0.10 0.26 0.06 0.04 0.28 0.11 0.23 0.12 0.18 0.14 0.31 0.34 0.22 0.11 0.34 0.08 0.35 0.37 0.38 0.36
O4 0.26 0.36 0.16 0.34 0.83 0.40 0.89 0.62 0.69 0.41 0.54 0.43 0.15 0.27 0.97 0.40 0.76 0.96 1.07 0.92
O4' 0.23 0.47 0.26 0.32 0.53 0.24 0.45 0.27 0.38 0.36 0.54 0.49 0.15 0.32 0.58 0.20 0.42 0.50 0.52 0.45
O5' 0.22 0.23 0.24 0.10 0.18 0.11 0.20 0.06 0.22 0.20 0.20 0.30 0.36 0.01 0.16 0.16 0.32 0.38 0.32 0.33
OP1 0.10 0.16 0.11 0.02 0.26 0.07 0.31 0.20 0.26 0.14 0.19 0.23 0.20 0.01 0.28 0.05 0.41 0.55 0.45 0.47
OP2 0.15 0.31 0.20 0.06 0.44 0.12 0.44 0.27 0.38 0.28 0.39 0.28 0.22 0.02 0.47 0.08 0.56 0.66 0.56 0.60
P 0.10 0.16 0.14 0.02 0.25 0.03 0.29 0.13 0.26 0.16 0.19 0.18 0.19 0.01 0.26 0.03 0.40 0.46 0.38 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.09 0.15 0.14 0.10
C2 0.02 0.00 0.08 0.10 0.01 0.05 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.09 0.01 0.03 0.22 0.25 0.23 0.22
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.06 0.03 0.07 0.04 0.08 0.03 0.07 0.14 0.00 0.02 0.06 0.01 0.21 0.24 0.22 0.21
C3' 0.02 0.10 0.01 0.00 0.16 0.00 0.19 0.02 0.19 0.10 0.12 0.11 0.03 0.01 0.16 0.02 0.28 0.24 0.17 0.24
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.11 0.00 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.16 0.00 0.06 0.32 0.35 0.36 0.34
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.06 0.08 0.04 0.15 0.03 0.12 0.00 0.01 0.10 0.14 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.19 0.00 0.13 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.22 0.01 0.08 0.33 0.36 0.35 0.34
C5' 0.04 0.12 0.04 0.02 0.21 0.00 0.22 0.00 0.18 0.11 0.17 0.09 0.12 0.07 0.24 0.01 0.01 0.13 0.22 0.01
C6 0.02 0.01 0.08 0.19 0.01 0.11 0.00 0.18 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.08 0.28 0.29 0.24 0.26
N1 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.02 0.03 0.21 0.24 0.20 0.20
N3 0.02 0.00 0.07 0.12 0.00 0.08 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.01 0.04 0.27 0.30 0.31 0.29
O2 0.02 0.00 0.14 0.11 0.01 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.22 0.15 0.01 0.05 0.17 0.21 0.20 0.19
O2' 0.02 0.16 0.00 0.03 0.14 0.15 0.10 0.12 0.08 0.08 0.17 0.22 0.00 0.04 0.16 0.09 0.16 0.19 0.18 0.17
O3' 0.05 0.09 0.02 0.01 0.16 0.03 0.22 0.07 0.20 0.09 0.10 0.15 0.04 0.00 0.17 0.04 0.28 0.25 0.19 0.24
O4 0.03 0.01 0.06 0.16 0.00 0.12 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.17 0.00 0.07 0.34 0.38 0.41 0.38
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.03 0.04 0.05 0.09 0.04 0.07 0.00 0.10 0.13 0.17 0.06
O5' 0.09 0.22 0.21 0.28 0.32 0.01 0.33 0.01 0.28 0.21 0.27 0.17 0.16 0.28 0.34 0.10 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.15 0.25 0.24 0.24 0.35 0.10 0.36 0.13 0.29 0.24 0.30 0.21 0.19 0.25 0.38 0.13 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.23 0.22 0.17 0.36 0.14 0.35 0.22 0.24 0.20 0.31 0.20 0.18 0.19 0.41 0.17 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.22 0.21 0.24 0.34 0.02 0.34 0.01 0.26 0.20 0.29 0.19 0.17 0.24 0.38 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00