ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55100

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 5, 2, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.006, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.003
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.003, 0.010, 0.017, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.005, 0.014, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.003, 0.012, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.014, 0.035, 0.056, 0.083 max_d=0.083 avg_d=0.035 std_dev=0.021
O4 A 0, 0.007, 0.062, 0.117, 0.202 max_d=0.202 avg_d=0.062 std_dev=0.055
O4' A 0, -0.004, 0.087, 0.177, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.087 std_dev=0.090
C2' A 0, 0.001, 0.111, 0.220, 0.319 max_d=0.319 avg_d=0.111 std_dev=0.109
C4' A 0, 0.032, 0.161, 0.291, 0.456 max_d=0.456 avg_d=0.161 std_dev=0.129
O2' A 0, 0.092, 0.223, 0.355, 0.449 max_d=0.449 avg_d=0.223 std_dev=0.132
C3' A 0, 0.057, 0.195, 0.333, 0.480 max_d=0.480 avg_d=0.195 std_dev=0.138
O3' A 0, 0.095, 0.288, 0.480, 0.745 max_d=0.745 avg_d=0.288 std_dev=0.192
O3' B 0, 0.084, 0.289, 0.495, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.289 std_dev=0.205
C5' A 0, 0.037, 0.297, 0.558, 0.944 max_d=0.944 avg_d=0.297 std_dev=0.260
C3' B 0, 0.076, 0.353, 0.630, 0.953 max_d=0.953 avg_d=0.353 std_dev=0.277
C2' B 0, 0.078, 0.366, 0.654, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.366 std_dev=0.288
O5' A 0, 0.058, 0.349, 0.639, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.349 std_dev=0.290
C4' B 0, 0.096, 0.441, 0.787, 1.112 max_d=1.112 avg_d=0.441 std_dev=0.345
P A 0, -0.006, 0.443, 0.891, 1.490 max_d=1.490 avg_d=0.443 std_dev=0.448
O2' B 0, -0.045, 0.473, 0.991, 1.692 max_d=1.692 avg_d=0.473 std_dev=0.518
C5' B 0, 0.011, 0.733, 1.454, 2.475 max_d=2.475 avg_d=0.733 std_dev=0.722
OP2 A 0, -0.080, 0.681, 1.443, 2.505 max_d=2.505 avg_d=0.681 std_dev=0.761
O4' B 0, -0.212, 0.639, 1.491, 2.653 max_d=2.653 avg_d=0.639 std_dev=0.852
OP1 A 0, -0.209, 0.651, 1.512, 2.774 max_d=2.774 avg_d=0.651 std_dev=0.860
C1' B 0, -0.275, 0.634, 1.543, 2.768 max_d=2.768 avg_d=0.634 std_dev=0.909
O5' B 0, -0.249, 1.000, 2.250, 4.043 max_d=4.043 avg_d=1.000 std_dev=1.249
N1 B 0, -0.592, 0.911, 2.414, 4.439 max_d=4.439 avg_d=0.911 std_dev=1.503
C6 B 0, -0.685, 1.120, 2.925, 5.339 max_d=5.339 avg_d=1.120 std_dev=1.805
P B 0, -0.467, 1.346, 3.159, 5.738 max_d=5.738 avg_d=1.346 std_dev=1.813
O2 B 0, -0.888, 1.006, 2.901, 5.499 max_d=5.499 avg_d=1.006 std_dev=1.895
C2 B 0, -0.856, 1.044, 2.944, 5.503 max_d=5.503 avg_d=1.044 std_dev=1.900
OP1 B 0, -0.530, 1.437, 3.405, 6.199 max_d=6.199 avg_d=1.437 std_dev=1.968
OP2 B 0, -0.680, 1.588, 3.855, 7.099 max_d=7.099 avg_d=1.588 std_dev=2.267
C5 B 0, -0.995, 1.412, 3.818, 7.038 max_d=7.038 avg_d=1.412 std_dev=2.407
N3 B 0, -1.123, 1.315, 3.754, 7.065 max_d=7.065 avg_d=1.315 std_dev=2.439
C4 B 0, -1.214, 1.500, 4.213, 7.896 max_d=7.896 avg_d=1.500 std_dev=2.713
O4 B 0, -1.502, 1.754, 5.010, 9.481 max_d=9.481 avg_d=1.754 std_dev=3.256

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.07 0.07 0.19 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.01 0.01 0.14 0.06 0.43 0.16
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.00 0.04 0.04 0.12 0.05
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.04 0.00 0.08 0.02 0.08 0.02 0.04 0.09 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.10 0.10 0.05
C4 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.04 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.06 0.00 0.03 0.14 0.07 0.56 0.20
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.09 0.02
C5 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.10 0.01 0.04 0.12 0.06 0.50 0.17
C5' 0.03 0.08 0.02 0.02 0.10 0.01 0.09 0.00 0.08 0.06 0.09 0.07 0.03 0.02 0.11 0.02 0.01 0.04 0.13 0.01
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.09 0.01 0.04 0.09 0.06 0.37 0.12
N1 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.11 0.06 0.33 0.12
N3 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.02 0.15 0.07 0.52 0.19
O2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.00 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.11 0.01 0.03 0.14 0.06 0.41 0.16
O2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.03 0.06 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.03 0.10 0.04
O3' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.09 0.02 0.04 0.11 0.02 0.00 0.09 0.01 0.06 0.17 0.22 0.07
O4 0.01 0.01 0.05 0.06 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.09 0.00 0.03 0.15 0.09 0.61 0.21
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.06 0.14 0.11 0.05
O5' 0.07 0.14 0.04 0.04 0.14 0.01 0.12 0.01 0.09 0.11 0.15 0.14 0.03 0.06 0.15 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.07 0.06 0.04 0.10 0.07 0.03 0.06 0.04 0.06 0.06 0.07 0.06 0.03 0.17 0.09 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.19 0.43 0.12 0.10 0.56 0.09 0.50 0.13 0.37 0.33 0.52 0.41 0.10 0.22 0.61 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.07 0.16 0.05 0.05 0.20 0.02 0.17 0.01 0.12 0.12 0.19 0.16 0.04 0.07 0.21 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.58 0.92 0.06 0.06 0.63 0.05 0.37 0.41 0.33 0.60 0.88 1.21 0.08 0.07 0.66 0.44 0.40 0.97 0.47 0.60
C2 0.78 1.30 0.14 0.07 1.13 0.12 0.83 0.17 0.72 0.94 1.34 1.56 0.08 0.05 1.20 0.64 0.08 0.55 0.07 0.18
C2' 0.59 0.87 0.11 0.03 0.53 0.04 0.26 0.40 0.26 0.56 0.80 1.19 0.16 0.03 0.53 0.43 0.45 1.04 0.57 0.67
C3' 0.51 0.65 0.11 0.05 0.27 0.06 0.10 0.39 0.11 0.40 0.54 0.97 0.23 0.05 0.24 0.37 0.51 1.06 0.69 0.74
C4 0.86 1.46 0.21 0.13 1.38 0.19 1.11 0.07 0.96 1.11 1.54 1.68 0.08 0.08 1.46 0.71 0.27 0.12 0.47 0.24
C4' 0.34 0.47 0.07 0.11 0.09 0.10 0.16 0.55 0.11 0.22 0.35 0.77 0.06 0.11 0.08 0.23 0.69 1.25 0.89 0.93
C5 0.80 1.24 0.18 0.12 1.09 0.17 0.87 0.06 0.78 0.95 1.25 1.45 0.07 0.08 1.13 0.65 0.18 0.18 0.32 0.13
C5' 0.18 0.18 0.15 0.17 0.24 0.13 0.41 0.55 0.33 0.04 0.05 0.46 0.09 0.17 0.29 0.11 0.76 1.20 0.97 0.96
C6 0.70 1.04 0.12 0.07 0.83 0.10 0.61 0.18 0.55 0.76 1.02 1.28 0.08 0.05 0.86 0.56 0.09 0.47 0.05 0.18
N1 0.70 1.10 0.11 0.05 0.88 0.08 0.61 0.25 0.54 0.78 1.09 1.37 0.07 0.04 0.91 0.56 0.18 0.66 0.16 0.31
N3 0.84 1.45 0.18 0.10 1.35 0.17 1.05 0.07 0.90 1.07 1.53 1.68 0.08 0.06 1.44 0.70 0.15 0.31 0.30 0.09
O2 0.77 1.31 0.14 0.06 1.14 0.11 0.82 0.22 0.71 0.93 1.36 1.58 0.08 0.04 1.22 0.64 0.13 0.67 0.11 0.27
O2' 0.52 0.82 0.06 0.05 0.46 0.06 0.17 0.52 0.17 0.49 0.75 1.15 0.10 0.04 0.46 0.36 0.59 1.27 0.78 0.87
O3' 0.45 0.54 0.13 0.07 0.13 0.08 0.20 0.45 0.12 0.30 0.39 0.88 0.31 0.07 0.14 0.30 0.62 1.22 0.89 0.90
O4 0.89 1.60 0.24 0.16 1.62 0.23 1.33 0.17 1.13 1.22 1.75 1.77 0.09 0.10 1.73 0.74 0.43 0.15 0.71 0.44
O4' 0.44 0.69 0.08 0.12 0.38 0.09 0.14 0.50 0.14 0.41 0.62 0.96 0.15 0.13 0.38 0.33 0.54 1.08 0.65 0.74
O5' 0.33 0.28 0.03 0.01 0.10 0.09 0.21 0.25 0.13 0.14 0.14 0.51 0.09 0.01 0.15 0.29 0.40 0.71 0.54 0.53
OP1 0.12 0.25 0.12 0.03 0.66 0.30 0.71 0.11 0.54 0.28 0.46 0.10 0.04 0.01 0.76 0.24 0.46 0.57 0.78 0.57
OP2 0.09 0.40 0.23 0.06 0.61 0.12 0.57 0.11 0.44 0.33 0.53 0.31 0.15 0.02 0.69 0.05 0.12 0.12 0.20 0.12
P 0.13 0.10 0.11 0.01 0.40 0.15 0.44 0.08 0.33 0.13 0.24 0.11 0.06 0.00 0.46 0.18 0.30 0.39 0.44 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.26 0.01 0.00 0.17 0.16 0.21 0.16
C2 0.01 0.00 0.07 0.12 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.19 0.01 0.05 0.15 0.16 0.22 0.18
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.04 0.00 0.10 0.17 0.11 0.02 0.04 0.14 0.00 0.03 0.05 0.01 0.35 0.38 0.47 0.39
C3' 0.01 0.12 0.00 0.00 0.22 0.00 0.24 0.01 0.22 0.14 0.17 0.06 0.02 0.01 0.24 0.02 0.05 0.05 0.05 0.04
C4 0.01 0.01 0.04 0.22 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.06 0.00 0.02 0.13 0.18 0.22 0.19
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.08 0.04 0.03 0.03 0.22 0.02 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.01
C5 0.01 0.00 0.10 0.24 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.01 0.00 0.01 0.28 0.12 0.01 0.03 0.13 0.17 0.22 0.18
C5' 0.07 0.08 0.17 0.01 0.09 0.00 0.09 0.00 0.08 0.07 0.08 0.09 0.06 0.18 0.09 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.22 0.01 0.08 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.23 0.08 0.01 0.05 0.14 0.16 0.21 0.18
N1 0.00 0.01 0.02 0.14 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.11 0.01 0.01 0.15 0.16 0.21 0.17
N3 0.01 0.00 0.04 0.17 0.00 0.03 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.24 0.10 0.01 0.04 0.14 0.17 0.23 0.18
O2 0.01 0.00 0.14 0.06 0.01 0.03 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.12 0.33 0.01 0.09 0.16 0.17 0.23 0.18
O2' 0.01 0.17 0.00 0.02 0.29 0.22 0.28 0.06 0.23 0.16 0.24 0.12 0.00 0.05 0.32 0.14 0.25 0.29 0.52 0.32
O3' 0.26 0.19 0.03 0.01 0.06 0.02 0.12 0.18 0.08 0.11 0.10 0.33 0.05 0.00 0.08 0.19 0.22 0.33 0.21 0.25
O4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.06 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.08 0.00 0.02 0.14 0.19 0.23 0.19
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.14 0.19 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.03
O5' 0.17 0.15 0.35 0.05 0.13 0.01 0.13 0.00 0.14 0.15 0.14 0.16 0.25 0.22 0.14 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.16 0.16 0.38 0.05 0.18 0.04 0.17 0.04 0.16 0.16 0.17 0.17 0.29 0.33 0.19 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.22 0.47 0.05 0.22 0.02 0.22 0.01 0.21 0.21 0.23 0.23 0.52 0.21 0.23 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.16 0.18 0.39 0.04 0.19 0.01 0.18 0.01 0.18 0.17 0.18 0.18 0.32 0.25 0.19 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00