ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55101

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 3, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.009, 0.020, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.014, 0.026, 0.038, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.026 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.010, 0.023, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N1 A 0, 0.010, 0.024, 0.039, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.024 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.006, 0.025, 0.044, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.025 std_dev=0.019
O4 A 0, 0.013, 0.039, 0.066, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.021, 0.071, 0.120, 0.207 max_d=0.207 avg_d=0.071 std_dev=0.050
C2' B 0, 0.386, 0.636, 0.886, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.636 std_dev=0.250
O4' A 0, 0.427, 0.692, 0.957, 1.036 max_d=1.036 avg_d=0.692 std_dev=0.265
C2' A 0, 0.453, 0.719, 0.985, 1.061 max_d=1.061 avg_d=0.719 std_dev=0.266
C3' B 0, 0.628, 0.994, 1.359, 1.444 max_d=1.444 avg_d=0.994 std_dev=0.366
O2' B 0, 0.486, 0.861, 1.235, 1.428 max_d=1.428 avg_d=0.861 std_dev=0.374
O2' A 0, 0.944, 1.356, 1.768, 1.722 max_d=1.722 avg_d=1.356 std_dev=0.412
C4' A 0, 0.832, 1.258, 1.685, 1.725 max_d=1.725 avg_d=1.258 std_dev=0.426
O5' A 0, 0.688, 1.126, 1.564, 1.849 max_d=1.849 avg_d=1.126 std_dev=0.438
C3' A 0, 1.088, 1.555, 2.022, 1.930 max_d=1.930 avg_d=1.555 std_dev=0.467
P A 0, 0.895, 1.407, 1.919, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.407 std_dev=0.512
C5' A 0, 0.778, 1.324, 1.870, 2.084 max_d=2.084 avg_d=1.324 std_dev=0.546
C1' B 0, 1.007, 1.564, 2.122, 2.404 max_d=2.404 avg_d=1.564 std_dev=0.557
O3' B 0, -0.008, 0.639, 1.286, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.639 std_dev=0.647
C6 B 0, 0.465, 1.190, 1.916, 2.522 max_d=2.522 avg_d=1.190 std_dev=0.725
OP2 A 0, 1.400, 2.146, 2.893, 3.549 max_d=3.549 avg_d=2.146 std_dev=0.747
N1 B 0, 1.036, 1.786, 2.535, 3.252 max_d=3.252 avg_d=1.786 std_dev=0.750
O3' A 0, 1.930, 2.733, 3.535, 3.235 max_d=3.235 avg_d=2.733 std_dev=0.802
O4' B 0, 1.425, 2.233, 3.041, 3.022 max_d=3.022 avg_d=2.233 std_dev=0.808
OP1 A 0, 1.380, 2.191, 3.002, 3.349 max_d=3.349 avg_d=2.191 std_dev=0.811
C4' B 0, 1.514, 2.381, 3.247, 3.194 max_d=3.194 avg_d=2.381 std_dev=0.866
C5 B 0, 1.363, 2.279, 3.194, 3.829 max_d=3.829 avg_d=2.279 std_dev=0.916
C2 B 0, 2.423, 3.622, 4.822, 5.235 max_d=5.235 avg_d=3.622 std_dev=1.199
C4 B 0, 2.524, 3.860, 5.197, 5.983 max_d=5.983 avg_d=3.860 std_dev=1.336
C5' B 0, 2.315, 3.683, 5.051, 4.909 max_d=4.909 avg_d=3.683 std_dev=1.368
N3 B 0, 2.975, 4.449, 5.924, 6.468 max_d=6.468 avg_d=4.449 std_dev=1.475
O2 B 0, 3.117, 4.627, 6.136, 5.953 max_d=5.953 avg_d=4.627 std_dev=1.510
O4 B 0, 3.340, 5.011, 6.682, 7.409 max_d=7.409 avg_d=5.011 std_dev=1.671
O5' B 0, 2.403, 4.235, 6.066, 7.015 max_d=7.015 avg_d=4.235 std_dev=1.831
OP2 B 0, 1.745, 3.643, 5.542, 7.071 max_d=7.071 avg_d=3.643 std_dev=1.898
P B 0, 2.787, 5.102, 7.416, 8.480 max_d=8.480 avg_d=5.102 std_dev=2.315
OP1 B 0, 4.147, 6.740, 9.332, 9.879 max_d=9.879 avg_d=6.740 std_dev=2.592

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.03 0.01 0.17 0.15 0.28 0.14
C2 0.04 0.00 0.08 0.11 0.02 0.05 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.12 0.03 0.04 0.34 0.16 0.61 0.29
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.04 0.06 0.02 0.07 0.16 0.00 0.01 0.05 0.01 0.20 0.23 0.32 0.20
C3' 0.01 0.11 0.01 0.00 0.10 0.01 0.12 0.02 0.11 0.06 0.11 0.16 0.02 0.01 0.11 0.01 0.27 0.40 0.31 0.26
C4 0.02 0.02 0.04 0.10 0.00 0.06 0.01 0.10 0.02 0.02 0.01 0.04 0.07 0.11 0.01 0.04 0.47 0.22 0.87 0.39
C4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.10 0.07 0.02 0.06 0.00 0.02 0.13 0.04 0.05
C5 0.02 0.02 0.05 0.12 0.01 0.08 0.00 0.13 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.12 0.02 0.05 0.49 0.22 0.83 0.37
C5' 0.03 0.06 0.04 0.02 0.10 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.09 0.05 0.05 0.12 0.01 0.01 0.22 0.10 0.02
C6 0.03 0.02 0.06 0.11 0.02 0.07 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.12 0.02 0.05 0.44 0.20 0.65 0.29
N1 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.06 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.01 0.32 0.16 0.52 0.25
N3 0.03 0.01 0.07 0.11 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.12 0.02 0.03 0.41 0.18 0.76 0.35
O2 0.10 0.01 0.16 0.16 0.04 0.10 0.03 0.09 0.03 0.03 0.03 0.00 0.17 0.19 0.05 0.09 0.29 0.17 0.54 0.27
O2' 0.02 0.09 0.00 0.02 0.07 0.07 0.06 0.05 0.05 0.03 0.09 0.17 0.00 0.03 0.07 0.06 0.08 0.18 0.16 0.10
O3' 0.05 0.12 0.01 0.01 0.11 0.02 0.12 0.05 0.12 0.05 0.12 0.19 0.03 0.00 0.13 0.04 0.28 0.61 0.30 0.31
O4 0.03 0.03 0.05 0.11 0.01 0.06 0.02 0.12 0.02 0.02 0.02 0.05 0.07 0.13 0.00 0.04 0.49 0.25 0.96 0.43
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.09 0.06 0.04 0.04 0.00 0.16 0.24 0.17 0.16
O5' 0.17 0.34 0.20 0.27 0.47 0.02 0.49 0.01 0.44 0.32 0.41 0.29 0.08 0.28 0.49 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.15 0.16 0.23 0.40 0.22 0.13 0.22 0.22 0.20 0.16 0.18 0.17 0.18 0.61 0.25 0.24 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.28 0.61 0.32 0.31 0.87 0.04 0.83 0.10 0.65 0.52 0.76 0.54 0.16 0.30 0.96 0.17 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.29 0.20 0.26 0.39 0.05 0.37 0.02 0.29 0.25 0.35 0.27 0.10 0.31 0.43 0.16 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.32 0.72 0.24 0.29 0.78 0.23 0.58 0.37 0.45 0.49 0.84 0.81 0.32 0.45 0.88 0.22 0.53 0.59 0.73 0.66
C2 0.44 1.11 0.27 0.42 1.24 0.40 0.93 0.69 0.70 0.74 1.33 1.22 0.33 0.60 1.41 0.28 0.94 1.05 1.26 1.15
C2' 0.29 0.68 0.26 0.28 0.81 0.23 0.63 0.36 0.48 0.48 0.83 0.72 0.30 0.41 0.93 0.19 0.51 0.57 0.74 0.62
C3' 0.27 0.55 0.31 0.24 0.70 0.20 0.58 0.24 0.46 0.43 0.68 0.55 0.30 0.33 0.79 0.20 0.38 0.49 0.56 0.45
C4 0.45 1.25 0.27 0.49 1.45 0.57 1.10 0.95 0.83 0.83 1.53 1.34 0.31 0.63 1.63 0.35 1.26 1.43 1.60 1.51
C4' 0.23 0.42 0.26 0.17 0.47 0.14 0.38 0.13 0.31 0.32 0.49 0.46 0.27 0.24 0.53 0.17 0.19 0.37 0.30 0.24
C5 0.41 1.07 0.26 0.48 1.16 0.53 0.90 0.83 0.71 0.73 1.25 1.14 0.30 0.60 1.26 0.32 1.13 1.23 1.32 1.30
C5' 0.25 0.32 0.30 0.19 0.32 0.17 0.30 0.18 0.27 0.26 0.34 0.40 0.31 0.17 0.35 0.19 0.16 0.46 0.18 0.21
C6 0.37 0.88 0.26 0.41 0.92 0.38 0.71 0.61 0.56 0.61 1.00 0.96 0.31 0.57 1.01 0.26 0.86 0.92 1.01 0.98
N1 0.38 0.92 0.26 0.38 0.99 0.33 0.75 0.56 0.58 0.62 1.07 1.02 0.33 0.55 1.11 0.25 0.78 0.86 1.01 0.93
N3 0.46 1.24 0.27 0.47 1.43 0.51 1.08 0.85 0.80 0.82 1.52 1.35 0.32 0.63 1.64 0.32 1.14 1.31 1.51 1.39
O2 0.44 1.11 0.28 0.40 1.27 0.37 0.95 0.65 0.71 0.74 1.35 1.22 0.33 0.58 1.46 0.28 0.89 1.00 1.25 1.11
O2' 0.28 0.63 0.25 0.22 0.73 0.19 0.55 0.28 0.41 0.43 0.77 0.68 0.30 0.33 0.85 0.20 0.42 0.48 0.61 0.51
O3' 0.27 0.49 0.32 0.24 0.65 0.20 0.57 0.20 0.45 0.40 0.62 0.47 0.30 0.27 0.75 0.21 0.31 0.53 0.49 0.38
O4 0.46 1.33 0.27 0.50 1.64 0.65 1.25 1.08 0.91 0.88 1.68 1.43 0.30 0.62 1.89 0.40 1.42 1.67 1.86 1.74
O4' 0.27 0.53 0.23 0.23 0.54 0.19 0.41 0.24 0.32 0.36 0.60 0.60 0.29 0.37 0.60 0.21 0.35 0.42 0.46 0.43
O5' 0.18 0.41 0.40 0.18 0.59 0.08 0.56 0.09 0.45 0.36 0.52 0.36 0.37 0.02 0.65 0.11 0.29 0.56 0.34 0.35
OP1 0.93 0.77 0.49 0.30 0.46 0.65 0.42 0.36 0.49 0.70 0.61 0.96 0.61 0.03 0.42 0.96 0.41 0.64 0.40 0.44
OP2 0.25 0.72 0.45 0.27 1.07 0.24 1.00 0.17 0.79 0.62 0.94 0.58 0.27 0.02 1.18 0.20 0.65 0.93 0.73 0.75
P 0.23 0.15 0.10 0.03 0.38 0.28 0.39 0.11 0.27 0.11 0.26 0.21 0.20 0.01 0.45 0.34 0.33 0.65 0.36 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.03 0.07 0.04 0.01 0.29 0.45 0.25 0.27
C2 0.02 0.00 0.06 0.13 0.02 0.05 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.19 0.09 0.03 0.02 0.51 0.69 0.57 0.50
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.06 0.08 0.07 0.02 0.05 0.10 0.00 0.04 0.05 0.01 0.40 0.54 0.25 0.40
C3' 0.02 0.13 0.01 0.00 0.24 0.01 0.26 0.02 0.23 0.14 0.19 0.09 0.03 0.01 0.26 0.02 0.37 0.47 0.15 0.32
C4 0.04 0.02 0.05 0.24 0.00 0.14 0.01 0.20 0.02 0.03 0.01 0.03 0.21 0.25 0.01 0.08 0.69 0.91 0.88 0.71
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.14 0.06 0.09 0.05 0.22 0.03 0.15 0.01 0.02 0.19 0.25 0.04
C5 0.05 0.02 0.06 0.26 0.01 0.16 0.00 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.17 0.29 0.02 0.11 0.72 0.92 0.88 0.73
C5' 0.03 0.09 0.08 0.02 0.20 0.01 0.22 0.00 0.18 0.09 0.14 0.07 0.14 0.12 0.22 0.02 0.01 0.24 0.42 0.01
C6 0.05 0.01 0.07 0.23 0.02 0.14 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.13 0.23 0.03 0.10 0.65 0.80 0.65 0.61
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.03 0.06 0.02 0.09 0.01 0.00 0.02 0.02 0.12 0.10 0.03 0.03 0.51 0.66 0.49 0.47
N3 0.02 0.01 0.05 0.19 0.01 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.02 0.22 0.16 0.02 0.04 0.61 0.81 0.74 0.61
O2 0.05 0.01 0.10 0.09 0.03 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02 0.00 0.21 0.13 0.04 0.06 0.43 0.60 0.49 0.42
O2' 0.03 0.19 0.00 0.03 0.21 0.22 0.17 0.14 0.13 0.12 0.22 0.21 0.00 0.07 0.23 0.15 0.23 0.39 0.18 0.26
O3' 0.07 0.09 0.04 0.01 0.25 0.03 0.29 0.12 0.23 0.10 0.16 0.13 0.07 0.00 0.28 0.04 0.24 0.54 0.18 0.29
O4 0.04 0.03 0.05 0.26 0.01 0.15 0.02 0.22 0.03 0.03 0.02 0.04 0.23 0.28 0.00 0.09 0.72 0.96 0.98 0.75
O4' 0.01 0.02 0.01 0.02 0.08 0.01 0.11 0.02 0.10 0.03 0.04 0.06 0.15 0.04 0.09 0.00 0.13 0.29 0.27 0.14
O5' 0.29 0.51 0.40 0.37 0.69 0.02 0.72 0.01 0.65 0.51 0.61 0.43 0.23 0.24 0.72 0.13 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.45 0.69 0.54 0.47 0.91 0.19 0.92 0.24 0.80 0.66 0.81 0.60 0.39 0.54 0.96 0.29 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.57 0.25 0.15 0.88 0.25 0.88 0.42 0.65 0.49 0.74 0.49 0.18 0.18 0.98 0.27 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.27 0.50 0.40 0.32 0.71 0.04 0.73 0.01 0.61 0.47 0.61 0.42 0.26 0.29 0.75 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00