ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55102

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.012, 0.019, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.007, 0.020, 0.033, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.020, 0.034, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.040, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.024 std_dev=0.017
C2 A 0, 0.012, 0.030, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.009, 0.028, 0.047, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.028 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.013, 0.032, 0.051, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.032 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.032, 0.061, 0.090, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.061 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.058, 0.118, 0.178, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.118 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.174, 0.366, 0.558, 0.542 max_d=0.542 avg_d=0.366 std_dev=0.192
O4' A 0, 0.158, 0.381, 0.604, 0.648 max_d=0.648 avg_d=0.381 std_dev=0.223
O2' B 0, 0.593, 0.970, 1.347, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.970 std_dev=0.377
C2' B 0, 0.603, 0.996, 1.388, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.996 std_dev=0.393
C5' A 0, 0.421, 0.868, 1.315, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.868 std_dev=0.447
C4' A 0, 0.416, 0.899, 1.383, 1.333 max_d=1.333 avg_d=0.899 std_dev=0.484
O5' A 0, 0.891, 1.465, 2.038, 1.832 max_d=1.832 avg_d=1.465 std_dev=0.573
O2' A 0, 0.537, 1.123, 1.710, 1.569 max_d=1.569 avg_d=1.123 std_dev=0.586
C3' A 0, 0.582, 1.257, 1.932, 1.702 max_d=1.702 avg_d=1.257 std_dev=0.675
O3' B 0, 1.030, 1.713, 2.396, 2.094 max_d=2.094 avg_d=1.713 std_dev=0.683
C3' B 0, 0.808, 1.502, 2.196, 1.974 max_d=1.974 avg_d=1.502 std_dev=0.694
C1' B 0, 1.025, 1.735, 2.445, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.735 std_dev=0.710
N1 B 0, 1.140, 1.910, 2.681, 2.627 max_d=2.627 avg_d=1.910 std_dev=0.771
C6 B 0, 1.252, 2.065, 2.878, 2.775 max_d=2.775 avg_d=2.065 std_dev=0.813
P A 0, 1.360, 2.193, 3.027, 2.696 max_d=2.696 avg_d=2.193 std_dev=0.833
C2 B 0, 1.293, 2.171, 3.049, 2.940 max_d=2.940 avg_d=2.171 std_dev=0.878
C5 B 0, 1.375, 2.266, 3.156, 3.026 max_d=3.026 avg_d=2.266 std_dev=0.891
C4' B 0, 1.247, 2.171, 3.096, 2.809 max_d=2.809 avg_d=2.171 std_dev=0.925
C4 B 0, 1.381, 2.327, 3.274, 3.179 max_d=3.179 avg_d=2.327 std_dev=0.946
N3 B 0, 1.390, 2.337, 3.285, 3.166 max_d=3.166 avg_d=2.337 std_dev=0.947
O2 B 0, 1.427, 2.384, 3.342, 3.130 max_d=3.130 avg_d=2.384 std_dev=0.958
O4' B 0, 1.356, 2.334, 3.312, 3.172 max_d=3.172 avg_d=2.334 std_dev=0.978
O4 B 0, 1.498, 2.540, 3.583, 3.495 max_d=3.495 avg_d=2.540 std_dev=1.043
OP2 A 0, 1.976, 3.186, 4.397, 3.916 max_d=3.916 avg_d=3.186 std_dev=1.211
O3' A 0, 1.074, 2.332, 3.590, 3.184 max_d=3.184 avg_d=2.332 std_dev=1.258
OP1 A 0, 2.021, 3.288, 4.554, 4.069 max_d=4.069 avg_d=3.288 std_dev=1.266
C5' B 0, 1.858, 3.161, 4.465, 4.030 max_d=4.030 avg_d=3.161 std_dev=1.303
O5' B 0, 1.885, 3.293, 4.702, 4.329 max_d=4.329 avg_d=3.293 std_dev=1.409
P B 0, 2.638, 4.511, 6.384, 5.852 max_d=5.852 avg_d=4.511 std_dev=1.873
OP2 B 0, 2.613, 4.552, 6.490, 6.064 max_d=6.064 avg_d=4.552 std_dev=1.938
OP1 B 0, 2.960, 4.992, 7.023, 6.459 max_d=6.459 avg_d=4.992 std_dev=2.032

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.00 0.02 0.04 0.03 0.25 0.03 0.01 0.12 0.22 0.24 0.14
C2 0.02 0.00 0.10 0.20 0.03 0.07 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.08 0.04 0.04 0.16 0.22 0.26 0.12
C2' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.15 0.05 0.02 0.08 0.16 0.00 0.02 0.04 0.03 0.31 0.29 0.49 0.36
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.31 0.00 0.30 0.01 0.24 0.18 0.27 0.14 0.02 0.02 0.33 0.02 0.06 0.05 0.11 0.07
C4 0.02 0.03 0.04 0.31 0.00 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.01 0.04 0.28 0.14 0.01 0.02 0.30 0.28 0.39 0.26
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.10 0.07 0.10 0.05 0.20 0.05 0.13 0.00 0.01 0.12 0.05 0.04
C5 0.01 0.02 0.03 0.30 0.01 0.13 0.00 0.13 0.00 0.02 0.01 0.02 0.23 0.15 0.02 0.04 0.31 0.28 0.36 0.27
C5' 0.05 0.05 0.15 0.01 0.13 0.01 0.13 0.00 0.09 0.05 0.09 0.04 0.05 0.13 0.16 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02
C6 0.02 0.01 0.05 0.24 0.02 0.10 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.09 0.02 0.04 0.22 0.25 0.24 0.17
N1 0.00 0.01 0.02 0.18 0.02 0.07 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.07 0.03 0.01 0.14 0.22 0.22 0.11
N3 0.02 0.01 0.08 0.27 0.01 0.10 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.03 0.28 0.07 0.03 0.03 0.23 0.25 0.32 0.19
O2 0.04 0.01 0.16 0.14 0.04 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.23 0.19 0.06 0.06 0.14 0.22 0.27 0.12
O2' 0.03 0.24 0.00 0.02 0.28 0.20 0.23 0.05 0.18 0.17 0.28 0.23 0.00 0.04 0.31 0.12 0.24 0.22 0.55 0.33
O3' 0.25 0.08 0.02 0.02 0.14 0.05 0.15 0.13 0.09 0.07 0.07 0.19 0.04 0.00 0.17 0.17 0.20 0.24 0.26 0.20
O4 0.03 0.04 0.04 0.33 0.01 0.13 0.02 0.16 0.02 0.03 0.03 0.06 0.31 0.17 0.00 0.02 0.35 0.32 0.47 0.32
O4' 0.01 0.04 0.03 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.12 0.17 0.02 0.00 0.11 0.25 0.19 0.14
O5' 0.12 0.16 0.31 0.06 0.30 0.01 0.31 0.01 0.22 0.14 0.23 0.14 0.24 0.20 0.35 0.11 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.22 0.22 0.29 0.05 0.28 0.12 0.28 0.05 0.25 0.22 0.25 0.22 0.22 0.24 0.32 0.25 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.26 0.49 0.11 0.39 0.05 0.36 0.06 0.24 0.22 0.32 0.27 0.55 0.26 0.47 0.19 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.12 0.36 0.07 0.26 0.04 0.27 0.02 0.17 0.11 0.19 0.12 0.33 0.20 0.32 0.14 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.09 0.12 0.12 0.07 0.15 0.10 0.24 0.11 0.09 0.09 0.12 0.14 0.13 0.07 0.10 0.15 0.22 0.16 0.19
C2 0.14 0.15 0.13 0.11 0.14 0.16 0.12 0.21 0.12 0.14 0.15 0.16 0.15 0.06 0.14 0.18 0.07 0.07 0.06 0.05
C2' 0.23 0.17 0.26 0.33 0.25 0.29 0.32 0.37 0.32 0.24 0.19 0.14 0.22 0.36 0.25 0.22 0.36 0.43 0.40 0.40
C3' 0.21 0.35 0.23 0.12 0.21 0.17 0.14 0.32 0.14 0.21 0.33 0.49 0.33 0.12 0.21 0.15 0.23 0.47 0.32 0.36
C4 0.29 0.24 0.26 0.25 0.28 0.31 0.30 0.33 0.31 0.28 0.25 0.20 0.25 0.18 0.27 0.35 0.29 0.27 0.28 0.27
C4' 0.09 0.19 0.12 0.11 0.10 0.22 0.16 0.41 0.17 0.10 0.18 0.30 0.19 0.10 0.11 0.16 0.35 0.53 0.37 0.44
C5 0.21 0.19 0.22 0.23 0.22 0.27 0.24 0.28 0.24 0.22 0.20 0.15 0.21 0.19 0.22 0.27 0.24 0.25 0.25 0.24
C5' 0.11 0.18 0.09 0.15 0.10 0.30 0.20 0.50 0.23 0.11 0.18 0.30 0.15 0.13 0.10 0.23 0.42 0.60 0.43 0.51
C6 0.09 0.12 0.13 0.13 0.12 0.15 0.11 0.19 0.10 0.11 0.13 0.12 0.14 0.10 0.13 0.13 0.09 0.12 0.10 0.08
N1 0.08 0.12 0.11 0.10 0.10 0.13 0.08 0.20 0.07 0.09 0.12 0.13 0.13 0.07 0.10 0.11 0.04 0.09 0.05 0.05
N3 0.23 0.21 0.20 0.18 0.22 0.24 0.23 0.27 0.23 0.23 0.22 0.20 0.20 0.11 0.22 0.29 0.19 0.16 0.18 0.17
O2 0.12 0.14 0.11 0.08 0.12 0.14 0.09 0.21 0.09 0.12 0.14 0.17 0.14 0.07 0.11 0.15 0.03 0.09 0.06 0.04
O2' 0.29 0.25 0.32 0.32 0.27 0.27 0.31 0.31 0.32 0.29 0.25 0.23 0.33 0.33 0.27 0.23 0.26 0.28 0.26 0.26
O3' 0.27 0.52 0.34 0.13 0.35 0.12 0.19 0.31 0.17 0.31 0.51 0.68 0.43 0.11 0.37 0.12 0.25 0.56 0.31 0.40
O4 0.39 0.33 0.34 0.32 0.38 0.40 0.42 0.41 0.43 0.39 0.33 0.26 0.31 0.23 0.37 0.47 0.39 0.37 0.39 0.39
O4' 0.10 0.10 0.12 0.10 0.08 0.18 0.11 0.29 0.13 0.09 0.11 0.14 0.16 0.10 0.08 0.14 0.22 0.31 0.21 0.27
O5' 0.16 0.31 0.22 0.06 0.17 0.09 0.16 0.26 0.17 0.17 0.29 0.45 0.33 0.02 0.17 0.08 0.24 0.38 0.27 0.31
OP1 0.13 0.24 0.12 0.14 0.21 0.21 0.30 0.36 0.31 0.16 0.25 0.36 0.20 0.03 0.22 0.22 0.35 0.40 0.40 0.40
OP2 0.32 0.42 0.34 0.12 0.24 0.14 0.21 0.09 0.22 0.27 0.37 0.58 0.53 0.02 0.24 0.23 0.24 0.22 0.20 0.20
P 0.11 0.27 0.17 0.02 0.10 0.04 0.11 0.16 0.14 0.10 0.24 0.40 0.29 0.01 0.11 0.04 0.22 0.25 0.18 0.22

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.08 0.09 0.15 0.10
C2 0.02 0.00 0.12 0.15 0.01 0.06 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.09 0.16 0.01 0.05 0.14 0.18 0.24 0.17
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.10 0.02 0.09 0.20 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.06 0.05 0.06
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.09 0.01 0.08 0.02 0.10 0.05 0.14 0.20 0.03 0.01 0.09 0.01 0.17 0.11 0.09 0.13
C4 0.01 0.01 0.03 0.09 0.00 0.08 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.09 0.00 0.03 0.16 0.20 0.26 0.20
C4' 0.01 0.06 0.01 0.01 0.08 0.00 0.07 0.01 0.06 0.04 0.08 0.06 0.08 0.02 0.08 0.01 0.01 0.05 0.06 0.02
C5 0.01 0.02 0.08 0.08 0.01 0.07 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.08 0.01 0.04 0.12 0.15 0.19 0.15
C5' 0.01 0.09 0.01 0.02 0.15 0.01 0.14 0.00 0.11 0.08 0.13 0.07 0.07 0.03 0.16 0.02 0.01 0.13 0.04 0.02
C6 0.02 0.02 0.10 0.10 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.01 0.02 0.03 0.07 0.10 0.01 0.05 0.09 0.11 0.16 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.01 0.02 0.10 0.13 0.18 0.13
N3 0.02 0.00 0.09 0.14 0.01 0.08 0.02 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.16 0.01 0.04 0.16 0.21 0.28 0.20
O2 0.03 0.01 0.20 0.20 0.02 0.06 0.03 0.07 0.03 0.02 0.01 0.00 0.16 0.23 0.02 0.07 0.13 0.19 0.25 0.17
O2' 0.03 0.09 0.00 0.03 0.04 0.08 0.07 0.07 0.07 0.02 0.07 0.16 0.00 0.03 0.04 0.06 0.05 0.06 0.04 0.05
O3' 0.02 0.16 0.01 0.01 0.09 0.02 0.08 0.03 0.10 0.05 0.16 0.23 0.03 0.00 0.10 0.03 0.24 0.22 0.16 0.21
O4 0.01 0.01 0.04 0.09 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.10 0.00 0.03 0.16 0.22 0.27 0.21
O4' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.02 0.04 0.07 0.06 0.03 0.03 0.00 0.18 0.18 0.21 0.18
O5' 0.08 0.14 0.09 0.17 0.16 0.01 0.12 0.01 0.09 0.10 0.16 0.13 0.05 0.24 0.16 0.18 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.09 0.18 0.06 0.11 0.20 0.05 0.15 0.13 0.11 0.13 0.21 0.19 0.06 0.22 0.22 0.18 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.15 0.24 0.05 0.09 0.26 0.06 0.19 0.04 0.16 0.18 0.28 0.25 0.04 0.16 0.27 0.21 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.17 0.06 0.13 0.20 0.02 0.15 0.02 0.12 0.13 0.20 0.17 0.05 0.21 0.21 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00