ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55103

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.013, 0.021, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.004, 0.015, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.023, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.023 std_dev=0.016
C4 A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.027 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.011, 0.031, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.003, 0.024, 0.045, 0.073 max_d=0.073 avg_d=0.024 std_dev=0.021
C1' A 0, 0.008, 0.030, 0.051, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.030 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.023, 0.065, 0.107, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.065 std_dev=0.042
O4 A 0, 0.026, 0.112, 0.199, 0.284 max_d=0.284 avg_d=0.112 std_dev=0.087
O3' A 0, 0.086, 0.241, 0.395, 0.550 max_d=0.550 avg_d=0.241 std_dev=0.154
C3' A 0, -0.002, 0.254, 0.511, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.254 std_dev=0.257
P A 0, 0.129, 0.468, 0.807, 1.038 max_d=1.038 avg_d=0.468 std_dev=0.339
O3' B 0, 0.139, 0.491, 0.842, 0.952 max_d=0.952 avg_d=0.491 std_dev=0.352
O4' A 0, -0.052, 0.303, 0.658, 1.087 max_d=1.087 avg_d=0.303 std_dev=0.355
O5' A 0, 0.141, 0.503, 0.865, 1.020 max_d=1.020 avg_d=0.503 std_dev=0.362
C3' B 0, 0.105, 0.485, 0.865, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.485 std_dev=0.380
OP2 A 0, 0.180, 0.560, 0.941, 1.316 max_d=1.316 avg_d=0.560 std_dev=0.381
C2' A 0, -0.059, 0.338, 0.735, 1.070 max_d=1.070 avg_d=0.338 std_dev=0.397
C2' B 0, 0.154, 0.576, 0.999, 1.088 max_d=1.088 avg_d=0.576 std_dev=0.422
C4' A 0, -0.134, 0.303, 0.740, 1.361 max_d=1.361 avg_d=0.303 std_dev=0.437
O2' B 0, 0.190, 0.685, 1.180, 1.292 max_d=1.292 avg_d=0.685 std_dev=0.495
O4' B 0, 0.126, 0.644, 1.162, 1.303 max_d=1.303 avg_d=0.644 std_dev=0.518
OP1 A 0, 0.076, 0.617, 1.158, 1.815 max_d=1.815 avg_d=0.617 std_dev=0.541
C4' B 0, 0.083, 0.673, 1.262, 1.767 max_d=1.767 avg_d=0.673 std_dev=0.589
C1' B 0, 0.094, 0.781, 1.469, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.781 std_dev=0.687
O2' A 0, -0.153, 0.605, 1.363, 1.862 max_d=1.862 avg_d=0.605 std_dev=0.758
C5' A 0, -0.252, 0.545, 1.341, 2.442 max_d=2.442 avg_d=0.545 std_dev=0.796
C5' B 0, 0.207, 1.238, 2.269, 2.565 max_d=2.565 avg_d=1.238 std_dev=1.031
O5' B 0, 0.316, 1.576, 2.836, 3.132 max_d=3.132 avg_d=1.576 std_dev=1.260
N1 B 0, 0.034, 1.505, 2.976, 3.340 max_d=3.340 avg_d=1.505 std_dev=1.471
C6 B 0, 0.178, 1.761, 3.344, 3.716 max_d=3.716 avg_d=1.761 std_dev=1.583
OP2 B 0, 0.300, 2.054, 3.807, 4.170 max_d=4.170 avg_d=2.054 std_dev=1.753
P B 0, 0.421, 2.380, 4.340, 4.778 max_d=4.778 avg_d=2.380 std_dev=1.960
C2 B 0, -0.089, 2.154, 4.398, 4.885 max_d=4.885 avg_d=2.154 std_dev=2.244
O2 B 0, -0.025, 2.276, 4.577, 5.066 max_d=5.066 avg_d=2.276 std_dev=2.301
C5 B 0, 0.188, 2.524, 4.860, 5.393 max_d=5.393 avg_d=2.524 std_dev=2.336
N3 B 0, -0.042, 2.903, 5.847, 6.450 max_d=6.450 avg_d=2.903 std_dev=2.945
C4 B 0, 0.063, 3.102, 6.141, 6.787 max_d=6.787 avg_d=3.102 std_dev=3.039
OP1 B 0, 0.651, 3.949, 7.248, 7.599 max_d=7.599 avg_d=3.949 std_dev=3.299
O4 B 0, 0.125, 3.882, 7.638, 8.408 max_d=8.408 avg_d=3.882 std_dev=3.756

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.07 0.03 0.15 0.04 0.01 0.23 0.10 0.16 0.05
C2 0.03 0.00 0.11 0.06 0.02 0.02 0.02 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.03 0.06 0.27 0.08 0.26 0.11
C2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.07 0.02 0.13 0.15 0.15 0.04 0.08 0.22 0.01 0.04 0.07 0.02 0.51 0.42 0.36 0.37
C3' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.02 0.01 0.06 0.03 0.08 0.02 0.04 0.09 0.03 0.01 0.03 0.02 0.36 0.39 0.15 0.24
C4 0.02 0.02 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.16 0.02 0.02 0.01 0.03 0.12 0.14 0.01 0.06 0.30 0.22 0.32 0.20
C4' 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.08 0.06 0.04 0.01 0.03 0.15 0.26 0.10
C5 0.02 0.02 0.13 0.06 0.01 0.03 0.00 0.16 0.01 0.02 0.01 0.03 0.18 0.12 0.03 0.10 0.32 0.22 0.28 0.20
C5' 0.05 0.13 0.15 0.03 0.16 0.01 0.16 0.00 0.16 0.12 0.15 0.12 0.07 0.17 0.16 0.02 0.01 0.28 0.33 0.03
C6 0.02 0.01 0.15 0.08 0.02 0.02 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.12 0.03 0.11 0.32 0.13 0.22 0.14
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.14 0.03 0.03 0.28 0.07 0.22 0.09
N3 0.02 0.01 0.08 0.04 0.01 0.02 0.01 0.15 0.02 0.01 0.00 0.02 0.10 0.16 0.03 0.03 0.28 0.15 0.31 0.16
O2 0.07 0.01 0.22 0.09 0.03 0.05 0.03 0.12 0.02 0.02 0.02 0.00 0.31 0.19 0.04 0.12 0.26 0.06 0.25 0.09
O2' 0.03 0.14 0.01 0.03 0.12 0.08 0.18 0.07 0.16 0.04 0.10 0.31 0.00 0.07 0.14 0.05 0.56 0.49 0.56 0.46
O3' 0.15 0.17 0.04 0.01 0.14 0.06 0.12 0.17 0.12 0.14 0.16 0.19 0.07 0.00 0.14 0.09 0.26 0.35 0.13 0.19
O4 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.04 0.03 0.16 0.03 0.03 0.03 0.04 0.14 0.14 0.00 0.07 0.31 0.27 0.36 0.24
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.06 0.01 0.10 0.02 0.11 0.03 0.03 0.12 0.05 0.09 0.07 0.00 0.14 0.21 0.38 0.28
O5' 0.23 0.27 0.51 0.36 0.30 0.03 0.32 0.01 0.32 0.28 0.28 0.26 0.56 0.26 0.31 0.14 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.10 0.08 0.42 0.39 0.22 0.15 0.22 0.28 0.13 0.07 0.15 0.06 0.49 0.35 0.27 0.21 0.03 0.00 0.03 0.02
OP2 0.16 0.26 0.36 0.15 0.32 0.26 0.28 0.33 0.22 0.22 0.31 0.25 0.56 0.13 0.36 0.38 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.05 0.11 0.37 0.24 0.20 0.10 0.20 0.03 0.14 0.09 0.16 0.09 0.46 0.19 0.24 0.28 0.01 0.02 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.54 0.82 0.22 0.35 0.56 0.56 0.39 0.81 0.39 0.55 0.78 1.10 0.43 0.24 0.57 0.57 0.72 1.48 0.59 0.93
C2 0.62 1.25 0.15 0.29 1.10 0.52 0.77 0.72 0.64 0.84 1.32 1.52 0.48 0.20 1.19 0.56 0.52 1.02 0.32 0.66
C2' 0.42 0.62 0.31 0.26 0.36 0.34 0.29 0.57 0.29 0.40 0.55 0.88 0.55 0.27 0.36 0.40 0.54 1.32 0.60 0.77
C3' 0.30 0.37 0.22 0.19 0.09 0.29 0.27 0.59 0.22 0.17 0.24 0.67 0.42 0.21 0.12 0.32 0.68 1.67 0.80 0.98
C4 0.64 1.53 0.11 0.22 1.48 0.44 1.11 0.56 0.88 1.04 1.68 1.78 0.42 0.20 1.62 0.48 0.29 0.40 0.24 0.31
C4' 0.38 0.43 0.20 0.29 0.13 0.35 0.29 0.66 0.25 0.23 0.29 0.72 0.28 0.21 0.13 0.37 0.78 1.84 0.80 1.09
C5 0.63 1.31 0.12 0.23 1.19 0.44 0.90 0.54 0.74 0.92 1.37 1.55 0.44 0.19 1.27 0.48 0.30 0.43 0.23 0.33
C5' 0.28 0.21 0.15 0.15 0.35 0.14 0.51 0.51 0.41 0.16 0.14 0.47 0.19 0.16 0.42 0.26 0.75 1.72 0.92 1.05
C6 0.59 1.03 0.15 0.28 0.84 0.49 0.61 0.64 0.54 0.72 1.04 1.27 0.47 0.19 0.89 0.53 0.45 0.81 0.29 0.54
N1 0.58 1.04 0.17 0.31 0.83 0.53 0.58 0.73 0.51 0.70 1.05 1.30 0.47 0.21 0.89 0.56 0.56 1.11 0.39 0.71
N3 0.65 1.45 0.12 0.26 1.38 0.49 1.01 0.65 0.80 0.98 1.59 1.71 0.45 0.20 1.52 0.54 0.40 0.71 0.22 0.48
O2 0.60 1.22 0.16 0.29 1.07 0.52 0.73 0.76 0.61 0.81 1.30 1.50 0.49 0.21 1.17 0.57 0.58 1.21 0.38 0.76
O2' 0.44 0.71 0.39 0.29 0.48 0.39 0.35 0.63 0.34 0.46 0.67 0.97 0.66 0.30 0.49 0.44 0.55 1.33 0.61 0.79
O3' 0.42 0.51 0.19 0.29 0.18 0.49 0.29 0.78 0.29 0.31 0.38 0.81 0.36 0.21 0.15 0.51 0.84 1.96 0.91 1.19
O4 0.64 1.73 0.12 0.18 1.78 0.39 1.35 0.48 1.05 1.17 1.97 1.95 0.36 0.20 1.97 0.42 0.22 0.15 0.34 0.18
O4' 0.54 0.70 0.38 0.50 0.42 0.59 0.36 0.85 0.38 0.48 0.62 0.96 0.44 0.41 0.41 0.55 0.85 1.72 0.69 1.08
O5' 0.32 0.18 0.06 0.15 0.26 0.21 0.37 0.33 0.25 0.07 0.09 0.43 0.18 0.02 0.34 0.30 0.49 1.29 0.70 0.73
OP1 0.16 0.50 0.25 0.10 0.95 0.16 0.95 0.13 0.73 0.47 0.74 0.33 0.46 0.02 1.08 0.09 0.47 1.05 0.87 0.65
OP2 0.11 0.29 0.28 0.16 0.58 0.09 0.57 0.17 0.43 0.29 0.46 0.18 0.30 0.01 0.66 0.09 0.29 0.40 0.51 0.32
P 0.14 0.15 0.08 0.01 0.51 0.08 0.55 0.14 0.40 0.18 0.34 0.11 0.19 0.01 0.60 0.13 0.34 0.81 0.61 0.48

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.28 0.02 0.01 0.15 0.38 0.16 0.16
C2 0.02 0.00 0.11 0.20 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.24 0.15 0.02 0.04 0.10 0.64 0.09 0.15
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.05 0.02 0.12 0.19 0.15 0.02 0.09 0.21 0.01 0.02 0.05 0.02 0.40 0.57 0.38 0.44
C3' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.32 0.01 0.33 0.03 0.28 0.20 0.27 0.13 0.03 0.00 0.35 0.02 0.05 0.21 0.13 0.08
C4 0.02 0.01 0.05 0.32 0.00 0.12 0.01 0.11 0.02 0.02 0.01 0.03 0.38 0.13 0.00 0.03 0.17 0.88 0.31 0.21
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.01 0.14 0.08 0.08 0.03 0.31 0.03 0.12 0.01 0.02 0.23 0.23 0.02
C5 0.02 0.01 0.12 0.33 0.01 0.14 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.02 0.37 0.20 0.02 0.06 0.20 0.90 0.31 0.24
C5' 0.06 0.05 0.19 0.03 0.11 0.01 0.13 0.00 0.11 0.06 0.07 0.03 0.11 0.19 0.11 0.02 0.01 0.36 0.35 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.28 0.02 0.14 0.01 0.11 0.00 0.01 0.03 0.02 0.31 0.15 0.02 0.08 0.17 0.76 0.16 0.21
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.02 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.22 0.08 0.01 0.02 0.12 0.60 0.06 0.16
N3 0.02 0.01 0.09 0.27 0.01 0.08 0.01 0.07 0.03 0.02 0.00 0.03 0.32 0.07 0.02 0.04 0.12 0.77 0.20 0.17
O2 0.03 0.01 0.21 0.13 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.14 0.31 0.05 0.07 0.08 0.54 0.05 0.12
O2' 0.02 0.24 0.01 0.03 0.38 0.31 0.37 0.11 0.31 0.22 0.32 0.14 0.00 0.05 0.40 0.21 0.27 0.49 0.40 0.35
O3' 0.28 0.15 0.02 0.00 0.13 0.03 0.20 0.19 0.15 0.08 0.07 0.31 0.05 0.00 0.17 0.21 0.25 0.62 0.32 0.34
O4 0.02 0.02 0.05 0.35 0.00 0.12 0.02 0.11 0.02 0.01 0.02 0.05 0.40 0.17 0.00 0.02 0.18 0.94 0.39 0.23
O4' 0.01 0.04 0.02 0.02 0.03 0.01 0.06 0.02 0.08 0.02 0.04 0.07 0.21 0.21 0.02 0.00 0.02 0.09 0.26 0.05
O5' 0.15 0.10 0.40 0.05 0.17 0.02 0.20 0.01 0.17 0.12 0.12 0.08 0.27 0.25 0.18 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02
OP1 0.38 0.64 0.57 0.21 0.88 0.23 0.90 0.36 0.76 0.60 0.77 0.54 0.49 0.62 0.94 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.09 0.38 0.13 0.31 0.23 0.31 0.35 0.16 0.06 0.20 0.05 0.40 0.32 0.39 0.26 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.16 0.15 0.44 0.08 0.21 0.02 0.24 0.02 0.21 0.16 0.17 0.12 0.35 0.34 0.23 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00