ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55104

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.009, 0.017, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.018, 0.035, 0.052, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.035 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.017, 0.035, 0.052, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.035 std_dev=0.018
N1 A 0, 0.011, 0.030, 0.050, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.030 std_dev=0.019
N3 A 0, -0.004, 0.017, 0.038, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.017 std_dev=0.021
C2 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.094 max_d=0.094 avg_d=0.041 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.012, 0.044, 0.076, 0.112 max_d=0.112 avg_d=0.044 std_dev=0.032
O2 A 0, 0.026, 0.089, 0.151, 0.223 max_d=0.223 avg_d=0.089 std_dev=0.063
O4 A 0, 0.093, 0.176, 0.258, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.176 std_dev=0.082
C3' B 0, 0.212, 0.431, 0.649, 0.726 max_d=0.726 avg_d=0.431 std_dev=0.218
C2' B 0, 0.285, 0.557, 0.830, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.557 std_dev=0.273
C2' A 0, 0.287, 0.588, 0.890, 0.942 max_d=0.942 avg_d=0.588 std_dev=0.302
O4' A 0, 0.115, 0.497, 0.879, 1.184 max_d=1.184 avg_d=0.497 std_dev=0.382
O2' B 0, 0.214, 0.615, 1.016, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.615 std_dev=0.401
C3' A 0, 0.172, 0.589, 1.006, 1.391 max_d=1.391 avg_d=0.589 std_dev=0.417
O3' B 0, 0.033, 0.473, 0.913, 1.447 max_d=1.447 avg_d=0.473 std_dev=0.440
P A 0, 0.091, 0.544, 0.996, 1.535 max_d=1.535 avg_d=0.544 std_dev=0.453
C4' A 0, 0.062, 0.538, 1.014, 1.542 max_d=1.542 avg_d=0.538 std_dev=0.476
OP2 A 0, 0.067, 0.556, 1.045, 1.597 max_d=1.597 avg_d=0.556 std_dev=0.489
O2' A 0, 0.533, 1.077, 1.622, 1.687 max_d=1.687 avg_d=1.077 std_dev=0.545
O5' A 0, 0.351, 0.921, 1.490, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.921 std_dev=0.569
C1' B 0, 0.311, 0.917, 1.523, 2.091 max_d=2.091 avg_d=0.917 std_dev=0.606
C4' B 0, 0.151, 0.774, 1.398, 2.129 max_d=2.129 avg_d=0.774 std_dev=0.624
OP1 A 0, 0.305, 0.937, 1.568, 1.811 max_d=1.811 avg_d=0.937 std_dev=0.632
O3' A 0, 0.209, 0.865, 1.521, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.865 std_dev=0.656
C5' A 0, 0.102, 0.872, 1.643, 2.495 max_d=2.495 avg_d=0.872 std_dev=0.770
O4' B 0, 0.188, 1.002, 1.817, 2.783 max_d=2.783 avg_d=1.002 std_dev=0.815
O5' B 0, -0.029, 0.793, 1.616, 2.640 max_d=2.640 avg_d=0.793 std_dev=0.822
C5' B 0, 0.083, 0.914, 1.745, 2.785 max_d=2.785 avg_d=0.914 std_dev=0.831
N1 B 0, 0.190, 1.209, 2.228, 3.442 max_d=3.442 avg_d=1.209 std_dev=1.019
P B 0, -0.044, 1.056, 2.157, 3.579 max_d=3.579 avg_d=1.056 std_dev=1.101
OP1 B 0, 0.280, 1.381, 2.482, 3.799 max_d=3.799 avg_d=1.381 std_dev=1.101
OP2 B 0, -0.131, 1.035, 2.201, 3.716 max_d=3.716 avg_d=1.035 std_dev=1.166
C6 B 0, -0.015, 1.190, 2.396, 3.949 max_d=3.949 avg_d=1.190 std_dev=1.205
O2 B 0, 0.426, 1.649, 2.872, 4.140 max_d=4.140 avg_d=1.649 std_dev=1.223
C2 B 0, 0.277, 1.598, 2.920, 4.457 max_d=4.457 avg_d=1.598 std_dev=1.322
C5 B 0, -0.120, 1.527, 3.174, 5.337 max_d=5.337 avg_d=1.527 std_dev=1.647
N3 B 0, 0.195, 1.982, 3.768, 5.965 max_d=5.965 avg_d=1.982 std_dev=1.786
C4 B 0, 0.019, 1.982, 3.946, 6.474 max_d=6.474 avg_d=1.982 std_dev=1.963
O4 B 0, -0.008, 2.388, 4.785, 7.906 max_d=7.906 avg_d=2.388 std_dev=2.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.04 0.01 0.01 0.10 0.01 0.02 0.05 0.10 0.02 0.25 0.04 0.01 0.25 0.40 0.16 0.09
C2 0.06 0.00 0.11 0.21 0.01 0.04 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.24 0.01 0.10 0.44 0.28 0.23 0.20
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.09 0.05 0.18 0.16 0.19 0.04 0.06 0.23 0.00 0.07 0.09 0.02 0.49 0.35 0.46 0.30
C3' 0.01 0.21 0.00 0.00 0.16 0.00 0.13 0.03 0.13 0.10 0.21 0.26 0.01 0.01 0.18 0.03 0.36 0.31 0.51 0.27
C4 0.04 0.01 0.09 0.16 0.00 0.06 0.00 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.29 0.12 0.00 0.03 0.61 0.41 0.30 0.37
C4' 0.01 0.04 0.05 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.04 0.04 0.06 0.27 0.07 0.06 0.00 0.02 0.39 0.24 0.14
C5 0.01 0.02 0.18 0.13 0.00 0.09 0.00 0.30 0.00 0.02 0.01 0.02 0.27 0.09 0.01 0.05 0.66 0.42 0.32 0.40
C5' 0.10 0.15 0.16 0.03 0.25 0.01 0.30 0.00 0.30 0.19 0.19 0.11 0.15 0.14 0.25 0.02 0.01 0.39 0.25 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.13 0.01 0.09 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.02 0.22 0.13 0.01 0.07 0.62 0.31 0.29 0.32
N1 0.02 0.01 0.04 0.10 0.01 0.04 0.02 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.15 0.02 0.03 0.46 0.28 0.23 0.19
N3 0.05 0.00 0.06 0.21 0.01 0.04 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.22 0.01 0.08 0.52 0.32 0.26 0.28
O2 0.10 0.00 0.23 0.26 0.01 0.06 0.02 0.11 0.02 0.02 0.01 0.00 0.21 0.34 0.01 0.17 0.36 0.29 0.23 0.15
O2' 0.02 0.21 0.00 0.01 0.29 0.27 0.27 0.15 0.22 0.17 0.27 0.21 0.00 0.16 0.31 0.15 0.30 0.51 0.24 0.18
O3' 0.25 0.24 0.07 0.01 0.12 0.07 0.09 0.14 0.13 0.15 0.22 0.34 0.16 0.00 0.13 0.19 0.34 0.37 0.67 0.38
O4 0.04 0.01 0.09 0.18 0.00 0.06 0.01 0.25 0.01 0.02 0.01 0.01 0.31 0.13 0.00 0.03 0.63 0.48 0.31 0.41
O4' 0.01 0.10 0.02 0.03 0.03 0.00 0.05 0.02 0.07 0.03 0.08 0.17 0.15 0.19 0.03 0.00 0.19 0.51 0.29 0.33
O5' 0.25 0.44 0.49 0.36 0.61 0.02 0.66 0.01 0.62 0.46 0.52 0.36 0.30 0.34 0.63 0.19 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.40 0.28 0.35 0.31 0.41 0.39 0.42 0.39 0.31 0.28 0.32 0.29 0.51 0.37 0.48 0.51 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.16 0.23 0.46 0.51 0.30 0.24 0.32 0.25 0.29 0.23 0.26 0.23 0.24 0.67 0.31 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.20 0.30 0.27 0.37 0.14 0.40 0.02 0.32 0.19 0.28 0.15 0.18 0.38 0.41 0.33 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.29 0.24 0.19 0.20 0.24 0.54 0.18 0.59 0.21 0.19 0.29 0.31 0.35 0.25 0.28 0.57 0.46 0.68 0.48 0.56
C2 0.45 0.40 0.12 0.13 0.40 0.46 0.43 0.49 0.45 0.43 0.39 0.38 0.34 0.12 0.38 0.69 0.47 0.62 0.49 0.55
C2' 0.48 0.86 0.74 0.39 0.89 0.19 0.73 0.16 0.61 0.67 0.95 0.93 0.82 0.20 0.97 0.25 0.23 0.23 0.26 0.19
C3' 0.34 0.66 0.48 0.33 0.80 0.37 0.64 0.36 0.50 0.49 0.81 0.66 0.44 0.35 0.91 0.36 0.31 0.43 0.40 0.36
C4 0.73 0.89 0.22 0.18 0.95 0.48 0.90 0.47 0.85 0.84 0.94 0.85 0.32 0.23 0.98 0.91 0.55 0.59 0.58 0.61
C4' 0.35 0.40 0.24 0.33 0.52 0.53 0.39 0.51 0.31 0.31 0.52 0.39 0.28 0.43 0.62 0.52 0.34 0.45 0.35 0.38
C5 0.73 0.78 0.24 0.20 0.82 0.56 0.81 0.54 0.80 0.78 0.80 0.73 0.34 0.24 0.83 0.96 0.58 0.61 0.59 0.63
C5' 0.37 0.41 0.27 0.30 0.56 0.38 0.46 0.32 0.36 0.35 0.52 0.38 0.41 0.35 0.65 0.42 0.15 0.22 0.23 0.15
C6 0.55 0.45 0.17 0.17 0.45 0.58 0.50 0.57 0.53 0.51 0.43 0.42 0.36 0.14 0.42 0.81 0.53 0.63 0.53 0.59
N1 0.42 0.29 0.14 0.15 0.27 0.51 0.33 0.53 0.38 0.35 0.26 0.28 0.36 0.11 0.24 0.69 0.47 0.63 0.49 0.55
N3 0.60 0.68 0.15 0.15 0.72 0.46 0.70 0.47 0.67 0.65 0.70 0.65 0.32 0.16 0.73 0.79 0.50 0.60 0.53 0.58
O2 0.36 0.28 0.14 0.12 0.28 0.43 0.32 0.47 0.35 0.32 0.27 0.28 0.35 0.13 0.26 0.61 0.43 0.61 0.45 0.52
O2' 0.71 1.18 0.84 0.36 1.13 0.28 0.89 0.28 0.76 0.90 1.26 1.34 0.96 0.13 1.22 0.42 0.27 0.38 0.23 0.25
O3' 0.57 0.88 0.64 0.50 1.03 0.51 0.86 0.47 0.72 0.72 1.04 0.87 0.57 0.46 1.16 0.54 0.51 0.55 0.62 0.54
O4 0.81 1.12 0.27 0.20 1.23 0.45 1.13 0.44 1.02 1.01 1.22 1.08 0.31 0.27 1.29 0.94 0.57 0.56 0.61 0.63
O4' 0.65 0.36 0.38 0.59 0.37 0.86 0.44 0.86 0.52 0.49 0.34 0.31 0.34 0.63 0.37 0.88 0.72 0.82 0.71 0.76
O5' 0.39 0.63 0.46 0.20 0.68 0.11 0.57 0.05 0.48 0.51 0.70 0.65 0.47 0.02 0.74 0.23 0.18 0.31 0.29 0.22
OP1 0.14 0.25 0.08 0.17 0.42 0.33 0.39 0.45 0.30 0.21 0.36 0.22 0.17 0.04 0.51 0.28 0.38 0.61 0.62 0.55
OP2 0.16 0.50 0.14 0.05 0.64 0.08 0.54 0.19 0.41 0.38 0.62 0.47 0.21 0.03 0.72 0.13 0.22 0.22 0.25 0.21
P 0.08 0.33 0.15 0.02 0.44 0.09 0.36 0.15 0.25 0.24 0.42 0.32 0.18 0.01 0.51 0.03 0.10 0.25 0.28 0.20

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.06 0.02 0.00 0.06 0.07 0.10 0.05
C2 0.04 0.00 0.09 0.15 0.01 0.04 0.02 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.12 0.01 0.04 0.11 0.13 0.20 0.13
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.09 0.15 0.00 0.02 0.09 0.01 0.11 0.11 0.18 0.12
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.16 0.01 0.13 0.01 0.10 0.11 0.17 0.16 0.01 0.01 0.19 0.03 0.11 0.14 0.18 0.13
C4 0.03 0.01 0.07 0.16 0.00 0.05 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.19 0.00 0.03 0.18 0.22 0.27 0.23
C4' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.06 0.14 0.03 0.05 0.00 0.02 0.07 0.04 0.01
C5 0.02 0.02 0.07 0.13 0.00 0.05 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.16 0.01 0.03 0.18 0.22 0.25 0.23
C5' 0.03 0.07 0.03 0.01 0.13 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.06 0.11 0.06 0.14 0.02 0.00 0.09 0.05 0.03
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.11 0.01 0.03 0.15 0.16 0.20 0.16
N1 0.02 0.01 0.03 0.11 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.02 0.10 0.11 0.17 0.11
N3 0.03 0.00 0.09 0.17 0.01 0.04 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.17 0.01 0.04 0.15 0.18 0.24 0.19
O2 0.06 0.00 0.15 0.16 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.12 0.01 0.06 0.09 0.10 0.19 0.10
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.09 0.14 0.08 0.11 0.07 0.05 0.07 0.08 0.00 0.06 0.10 0.09 0.03 0.10 0.11 0.03
O3' 0.06 0.12 0.02 0.01 0.19 0.03 0.16 0.06 0.11 0.07 0.17 0.12 0.06 0.00 0.24 0.06 0.17 0.24 0.23 0.20
O4 0.02 0.01 0.09 0.19 0.00 0.05 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.24 0.00 0.04 0.19 0.26 0.29 0.26
O4' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.06 0.09 0.06 0.04 0.00 0.09 0.10 0.14 0.09
O5' 0.06 0.11 0.11 0.11 0.18 0.02 0.18 0.00 0.15 0.10 0.15 0.09 0.03 0.17 0.19 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.13 0.11 0.14 0.22 0.07 0.22 0.09 0.16 0.11 0.18 0.10 0.10 0.24 0.26 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.10 0.20 0.18 0.18 0.27 0.04 0.25 0.05 0.20 0.17 0.24 0.19 0.11 0.23 0.29 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.05 0.13 0.12 0.13 0.23 0.01 0.23 0.03 0.16 0.11 0.19 0.10 0.03 0.20 0.26 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00