ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55105

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.010, 0.023, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.023 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.008, 0.022, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.014
C4 A 0, 0.014, 0.030, 0.046, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.030 std_dev=0.016
C6 A 0, 0.011, 0.027, 0.043, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.011, 0.030, 0.048, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.016, 0.039, 0.063, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.039 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.024, 0.049, 0.074, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.049 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.028, 0.078, 0.129, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.078 std_dev=0.050
O4' A 0, 0.088, 0.181, 0.273, 0.266 max_d=0.266 avg_d=0.181 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.075, 0.186, 0.297, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.186 std_dev=0.111
C4' A 0, 0.051, 0.254, 0.457, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.254 std_dev=0.203
C2' B 0, 0.256, 0.497, 0.738, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.497 std_dev=0.241
O2' B 0, 0.311, 0.599, 0.887, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.599 std_dev=0.288
C3' B 0, 0.311, 0.675, 1.039, 1.202 max_d=1.202 avg_d=0.675 std_dev=0.364
P A 0, 0.217, 0.591, 0.966, 1.092 max_d=1.092 avg_d=0.591 std_dev=0.374
C5' A 0, 0.198, 0.593, 0.987, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.593 std_dev=0.394
C1' B 0, 0.374, 0.799, 1.224, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.799 std_dev=0.425
O2' A 0, 0.545, 0.998, 1.451, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.998 std_dev=0.453
O2 B 0, 0.134, 0.610, 1.086, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.610 std_dev=0.476
C3' A 0, 0.488, 0.984, 1.480, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.984 std_dev=0.496
O3' B 0, 0.170, 0.736, 1.303, 1.727 max_d=1.727 avg_d=0.736 std_dev=0.566
N1 B 0, 0.399, 0.969, 1.539, 1.831 max_d=1.831 avg_d=0.969 std_dev=0.570
C2 B 0, 0.270, 0.849, 1.427, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.849 std_dev=0.578
O5' A 0, 0.418, 1.062, 1.706, 1.841 max_d=1.841 avg_d=1.062 std_dev=0.644
O4' B 0, 0.502, 1.252, 2.002, 2.195 max_d=2.195 avg_d=1.252 std_dev=0.750
C4' B 0, 0.505, 1.264, 2.023, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.264 std_dev=0.759
C6 B 0, 0.594, 1.406, 2.218, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.406 std_dev=0.812
N3 B 0, 0.396, 1.245, 2.094, 2.473 max_d=2.473 avg_d=1.245 std_dev=0.849
OP2 A 0, 0.249, 1.147, 2.045, 2.889 max_d=2.889 avg_d=1.147 std_dev=0.898
OP1 A 0, -0.063, 0.869, 1.800, 2.870 max_d=2.870 avg_d=0.869 std_dev=0.932
C5 B 0, 0.683, 1.690, 2.697, 2.925 max_d=2.925 avg_d=1.690 std_dev=1.007
O3' A 0, 1.108, 2.135, 3.161, 2.991 max_d=2.991 avg_d=2.135 std_dev=1.027
C4 B 0, 0.590, 1.617, 2.645, 2.956 max_d=2.956 avg_d=1.617 std_dev=1.028
C5' B 0, 0.680, 1.787, 2.893, 3.273 max_d=3.273 avg_d=1.787 std_dev=1.106
O4 B 0, 0.679, 1.930, 3.181, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.930 std_dev=1.251
OP2 B 0, 1.366, 2.796, 4.227, 4.581 max_d=4.581 avg_d=2.796 std_dev=1.430
O5' B 0, 0.702, 2.480, 4.259, 5.168 max_d=5.168 avg_d=2.480 std_dev=1.778
P B 0, 0.986, 3.074, 5.161, 6.001 max_d=6.001 avg_d=3.074 std_dev=2.088
OP1 B 0, 1.608, 4.330, 7.052, 8.640 max_d=8.640 avg_d=4.330 std_dev=2.722

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.04 0.03 0.02 0.03 0.05 0.03 0.07 0.03 0.01 0.06 0.22 0.64 0.27
C2 0.03 0.00 0.07 0.12 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.12 0.02 0.04 0.14 0.19 0.91 0.34
C2' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.09 0.03 0.10 0.06 0.08 0.05 0.08 0.10 0.00 0.02 0.09 0.01 0.09 0.12 0.53 0.25
C3' 0.02 0.12 0.01 0.00 0.20 0.01 0.21 0.04 0.19 0.11 0.16 0.11 0.01 0.01 0.20 0.03 0.16 0.12 0.33 0.22
C4 0.03 0.01 0.09 0.20 0.00 0.09 0.01 0.16 0.01 0.02 0.01 0.02 0.11 0.23 0.01 0.06 0.23 0.29 1.05 0.37
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.06 0.04 0.15 0.03 0.09 0.01 0.01 0.19 0.27 0.17
C5 0.03 0.01 0.10 0.21 0.01 0.10 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.24 0.01 0.08 0.26 0.28 1.02 0.36
C5' 0.04 0.09 0.06 0.04 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.10 0.12 0.08 0.11 0.11 0.17 0.02 0.01 0.18 0.15 0.07
C6 0.03 0.00 0.08 0.19 0.01 0.09 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.19 0.01 0.08 0.22 0.20 0.89 0.32
N1 0.02 0.01 0.05 0.11 0.02 0.05 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.09 0.02 0.04 0.13 0.18 0.83 0.31
N3 0.03 0.01 0.08 0.16 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.13 0.17 0.02 0.04 0.18 0.23 1.00 0.36
O2 0.05 0.00 0.10 0.11 0.02 0.04 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.18 0.14 0.04 0.06 0.12 0.20 0.88 0.34
O2' 0.03 0.13 0.00 0.01 0.11 0.15 0.09 0.11 0.07 0.07 0.13 0.18 0.00 0.04 0.11 0.10 0.12 0.21 0.41 0.19
O3' 0.07 0.12 0.02 0.01 0.23 0.03 0.24 0.11 0.19 0.09 0.17 0.14 0.04 0.00 0.25 0.07 0.23 0.21 0.28 0.23
O4 0.03 0.02 0.09 0.20 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.02 0.02 0.04 0.11 0.25 0.00 0.06 0.25 0.35 1.08 0.39
O4' 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.04 0.06 0.10 0.07 0.06 0.00 0.08 0.31 0.52 0.27
O5' 0.06 0.14 0.09 0.16 0.23 0.01 0.26 0.01 0.22 0.13 0.18 0.12 0.12 0.23 0.25 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.22 0.19 0.12 0.12 0.29 0.19 0.28 0.18 0.20 0.18 0.23 0.20 0.21 0.21 0.35 0.31 0.01 0.00 0.05 0.01
OP2 0.64 0.91 0.53 0.33 1.05 0.27 1.02 0.15 0.89 0.83 1.00 0.88 0.41 0.28 1.08 0.52 0.01 0.05 0.00 0.01
P 0.27 0.34 0.25 0.22 0.37 0.17 0.36 0.07 0.32 0.31 0.36 0.34 0.19 0.23 0.39 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.16 0.12 0.29 0.32 0.23 0.32 0.36 0.25 0.16 0.24 0.20 0.23 0.45 0.36 0.10 0.61 0.74 0.70 0.62
C2 0.17 0.21 0.11 0.18 0.43 0.21 0.48 0.39 0.40 0.26 0.29 0.29 0.16 0.26 0.46 0.23 1.00 1.18 1.18 1.00
C2' 0.10 0.16 0.10 0.26 0.33 0.23 0.34 0.40 0.26 0.16 0.24 0.20 0.24 0.43 0.38 0.09 0.68 0.91 0.79 0.74
C3' 0.12 0.17 0.12 0.25 0.25 0.27 0.26 0.44 0.19 0.13 0.21 0.23 0.27 0.42 0.29 0.12 0.66 0.90 0.69 0.70
C4 0.15 0.28 0.13 0.14 0.37 0.32 0.42 0.52 0.36 0.18 0.40 0.40 0.14 0.12 0.44 0.33 1.27 1.50 1.47 1.29
C4' 0.17 0.19 0.16 0.31 0.26 0.32 0.27 0.46 0.23 0.17 0.22 0.23 0.30 0.52 0.28 0.18 0.51 0.59 0.44 0.51
C5 0.12 0.35 0.12 0.14 0.45 0.29 0.39 0.49 0.32 0.20 0.47 0.41 0.15 0.12 0.48 0.29 1.15 1.33 1.20 1.13
C5' 0.22 0.23 0.24 0.25 0.27 0.29 0.29 0.47 0.26 0.21 0.24 0.28 0.39 0.47 0.28 0.20 0.50 0.53 0.38 0.47
C6 0.09 0.23 0.10 0.19 0.30 0.25 0.32 0.42 0.27 0.15 0.29 0.31 0.16 0.20 0.32 0.21 0.90 1.05 0.91 0.86
N1 0.11 0.14 0.10 0.22 0.30 0.21 0.35 0.38 0.29 0.17 0.20 0.25 0.17 0.31 0.33 0.17 0.85 1.00 0.94 0.84
N3 0.18 0.19 0.13 0.15 0.39 0.27 0.50 0.46 0.42 0.24 0.25 0.33 0.15 0.16 0.43 0.30 1.18 1.39 1.41 1.20
O2 0.22 0.30 0.12 0.19 0.54 0.20 0.55 0.37 0.45 0.33 0.41 0.31 0.17 0.30 0.61 0.24 0.96 1.14 1.18 0.98
O2' 0.10 0.21 0.13 0.30 0.42 0.25 0.39 0.38 0.28 0.18 0.34 0.19 0.28 0.48 0.50 0.08 0.58 0.79 0.71 0.65
O3' 0.16 0.24 0.15 0.23 0.29 0.28 0.28 0.47 0.22 0.17 0.28 0.29 0.31 0.41 0.34 0.14 0.68 0.96 0.72 0.74
O4 0.17 0.33 0.13 0.15 0.44 0.36 0.43 0.59 0.37 0.18 0.50 0.43 0.13 0.15 0.59 0.38 1.38 1.70 1.69 1.46
O4' 0.13 0.18 0.13 0.35 0.26 0.29 0.27 0.41 0.22 0.15 0.22 0.22 0.24 0.55 0.29 0.14 0.45 0.51 0.44 0.45
O5' 0.33 0.30 0.44 0.11 0.25 0.12 0.25 0.27 0.22 0.26 0.27 0.37 0.57 0.06 0.27 0.18 0.45 0.77 0.34 0.46
OP1 0.61 0.59 0.67 0.30 0.68 0.50 0.72 0.57 0.65 0.59 0.61 0.59 0.97 0.03 0.71 0.60 0.50 0.55 0.66 0.46
OP2 0.39 0.64 0.23 0.38 0.90 0.32 0.89 0.53 0.75 0.61 0.79 0.52 0.20 0.02 0.96 0.41 0.87 1.26 0.84 0.90
P 0.13 0.27 0.23 0.03 0.45 0.13 0.46 0.33 0.36 0.24 0.36 0.21 0.43 0.01 0.49 0.13 0.41 0.76 0.35 0.43

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.03 0.07 0.04 0.03 0.03 0.01 0.15 0.28 0.35 0.24
C2 0.03 0.00 0.05 0.21 0.01 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.25 0.00 0.04 0.49 0.27 0.50 0.18
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.04 0.05 0.02 0.06 0.02 0.04 0.12 0.00 0.06 0.03 0.03 0.25 0.24 0.26 0.14
C3' 0.06 0.21 0.01 0.00 0.25 0.02 0.25 0.03 0.22 0.18 0.24 0.20 0.04 0.02 0.26 0.03 0.38 0.41 0.27 0.23
C4 0.03 0.01 0.03 0.25 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.40 0.00 0.06 0.77 0.56 0.85 0.49
C4' 0.03 0.09 0.04 0.02 0.09 0.00 0.10 0.01 0.09 0.07 0.10 0.12 0.10 0.05 0.10 0.01 0.06 0.15 0.34 0.20
C5 0.04 0.01 0.05 0.25 0.01 0.10 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.39 0.01 0.07 0.77 0.55 0.80 0.48
C5' 0.03 0.12 0.02 0.03 0.14 0.01 0.15 0.00 0.13 0.10 0.13 0.13 0.10 0.09 0.15 0.02 0.01 0.24 0.35 0.01
C6 0.04 0.01 0.06 0.22 0.01 0.09 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.30 0.01 0.07 0.63 0.33 0.56 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.18 0.02 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.20 0.02 0.04 0.44 0.20 0.42 0.10
N3 0.03 0.00 0.04 0.24 0.00 0.10 0.01 0.13 0.01 0.02 0.00 0.02 0.07 0.34 0.01 0.05 0.65 0.42 0.70 0.35
O2 0.07 0.00 0.12 0.20 0.01 0.12 0.01 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.13 0.20 0.02 0.07 0.37 0.29 0.40 0.18
O2' 0.04 0.08 0.00 0.04 0.06 0.10 0.06 0.10 0.06 0.06 0.07 0.13 0.00 0.20 0.07 0.11 0.17 0.45 0.27 0.35
O3' 0.03 0.25 0.06 0.02 0.40 0.05 0.39 0.09 0.30 0.20 0.34 0.20 0.20 0.00 0.44 0.04 0.37 0.65 0.41 0.40
O4 0.03 0.00 0.03 0.26 0.00 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.44 0.00 0.07 0.82 0.68 0.98 0.60
O4' 0.01 0.04 0.03 0.03 0.06 0.01 0.07 0.02 0.07 0.04 0.05 0.07 0.11 0.04 0.07 0.00 0.11 0.39 0.51 0.42
O5' 0.15 0.49 0.25 0.38 0.77 0.06 0.77 0.01 0.63 0.44 0.65 0.37 0.17 0.37 0.82 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.28 0.27 0.24 0.41 0.56 0.15 0.55 0.24 0.33 0.20 0.42 0.29 0.45 0.65 0.68 0.39 0.01 0.00 0.05 0.00
OP2 0.35 0.50 0.26 0.27 0.85 0.34 0.80 0.35 0.56 0.42 0.70 0.40 0.27 0.41 0.98 0.51 0.01 0.05 0.00 0.01
P 0.24 0.18 0.14 0.23 0.49 0.20 0.48 0.01 0.25 0.10 0.35 0.18 0.35 0.40 0.60 0.42 0.00 0.00 0.01 0.00