ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55106

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.009, 0.020, 0.032, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.009, 0.022, 0.035, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.022 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.006, 0.020, 0.034, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.011, 0.026, 0.040, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.006, 0.021, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.021 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.016, 0.042, 0.068, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.042 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.013, 0.055, 0.096, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.055 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.039, 0.103, 0.167, 0.162 max_d=0.162 avg_d=0.103 std_dev=0.064
C2' A 0, 0.065, 0.154, 0.242, 0.236 max_d=0.236 avg_d=0.154 std_dev=0.089
C4' A 0, 0.082, 0.176, 0.271, 0.258 max_d=0.258 avg_d=0.176 std_dev=0.095
C3' A 0, 0.111, 0.225, 0.339, 0.306 max_d=0.306 avg_d=0.225 std_dev=0.114
O2' A 0, 0.055, 0.195, 0.336, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.195 std_dev=0.140
C5' A 0, 0.128, 0.284, 0.441, 0.473 max_d=0.473 avg_d=0.284 std_dev=0.157
O5' A 0, 0.132, 0.289, 0.446, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.289 std_dev=0.157
O3' A 0, 0.155, 0.318, 0.481, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.318 std_dev=0.163
O3' B 0, 0.199, 0.406, 0.612, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.406 std_dev=0.206
P A 0, 0.151, 0.367, 0.582, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.367 std_dev=0.215
OP1 A 0, 0.248, 0.532, 0.815, 0.771 max_d=0.771 avg_d=0.532 std_dev=0.284
C3' B 0, 0.271, 0.560, 0.849, 0.787 max_d=0.787 avg_d=0.560 std_dev=0.289
OP2 A 0, 0.241, 0.595, 0.948, 1.110 max_d=1.110 avg_d=0.595 std_dev=0.353
C2' B 0, 0.189, 0.552, 0.916, 0.954 max_d=0.954 avg_d=0.552 std_dev=0.363
C4' B 0, 0.419, 0.850, 1.282, 1.180 max_d=1.180 avg_d=0.850 std_dev=0.432
O5' B 0, 0.508, 1.059, 1.610, 1.436 max_d=1.436 avg_d=1.059 std_dev=0.551
O2' B 0, 0.566, 1.138, 1.709, 1.509 max_d=1.509 avg_d=1.138 std_dev=0.571
O4' B 0, 0.516, 1.147, 1.778, 1.770 max_d=1.770 avg_d=1.147 std_dev=0.631
C5' B 0, 0.509, 1.211, 1.912, 1.911 max_d=1.911 avg_d=1.211 std_dev=0.702
C1' B 0, 0.759, 1.523, 2.288, 2.019 max_d=2.019 avg_d=1.523 std_dev=0.764
P B 0, 1.030, 2.070, 3.111, 2.796 max_d=2.796 avg_d=2.070 std_dev=1.041
N1 B 0, 1.129, 2.412, 3.695, 3.646 max_d=3.646 avg_d=2.412 std_dev=1.283
C6 B 0, 1.291, 2.706, 4.120, 4.026 max_d=4.026 avg_d=2.706 std_dev=1.414
OP2 B 0, 1.394, 3.082, 4.771, 4.701 max_d=4.701 avg_d=3.082 std_dev=1.689
OP1 B 0, 1.543, 3.262, 4.980, 4.785 max_d=4.785 avg_d=3.262 std_dev=1.718
C2 B 0, 1.376, 3.356, 5.335, 5.519 max_d=5.519 avg_d=3.356 std_dev=1.979
C5 B 0, 1.740, 3.827, 5.914, 5.953 max_d=5.953 avg_d=3.827 std_dev=2.087
O2 B 0, 1.304, 3.532, 5.760, 6.053 max_d=6.053 avg_d=3.532 std_dev=2.228
N3 B 0, 1.738, 4.331, 6.923, 7.200 max_d=7.200 avg_d=4.331 std_dev=2.592
C4 B 0, 1.971, 4.638, 7.305, 7.518 max_d=7.518 avg_d=4.638 std_dev=2.667
O4 B 0, 2.361, 5.692, 9.024, 9.315 max_d=9.315 avg_d=5.692 std_dev=3.332

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.02 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.22 0.10
C2 0.01 0.00 0.03 0.10 0.01 0.04 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.01 0.02 0.16 0.13 0.41 0.20
C2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.05 0.02 0.10 0.01 0.10 0.04 0.02 0.12 0.00 0.01 0.06 0.01 0.03 0.02 0.08 0.03
C3' 0.03 0.10 0.01 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.05 0.09 0.16 0.04 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.04 0.04
C4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.06 0.13 0.16 0.48 0.21
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.09 0.04 0.02 0.04 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.03 0.02 0.10 0.07 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.02 0.08 0.08 0.01 0.07 0.10 0.15 0.46 0.20
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.06 0.01 0.05 0.00 0.04 0.05 0.07 0.11 0.04 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.03 0.02
C6 0.04 0.02 0.10 0.06 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.01 0.03 0.03 0.08 0.06 0.01 0.07 0.11 0.12 0.40 0.19
N1 0.01 0.01 0.04 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.13 0.11 0.36 0.18
N3 0.02 0.01 0.02 0.09 0.01 0.05 0.03 0.07 0.03 0.02 0.00 0.02 0.02 0.10 0.01 0.06 0.15 0.15 0.45 0.21
O2 0.06 0.00 0.12 0.16 0.01 0.09 0.02 0.11 0.03 0.03 0.02 0.00 0.08 0.16 0.03 0.04 0.18 0.14 0.39 0.21
O2' 0.01 0.01 0.00 0.04 0.05 0.04 0.08 0.04 0.08 0.04 0.02 0.08 0.00 0.08 0.05 0.05 0.02 0.07 0.05 0.02
O3' 0.02 0.10 0.01 0.01 0.08 0.02 0.08 0.03 0.06 0.05 0.10 0.16 0.08 0.00 0.10 0.02 0.05 0.03 0.09 0.05
O4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.03 0.05 0.10 0.00 0.06 0.13 0.18 0.49 0.21
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.06 0.04 0.05 0.02 0.06 0.00 0.04 0.07 0.14 0.06
O5' 0.07 0.16 0.03 0.04 0.13 0.01 0.10 0.01 0.11 0.13 0.15 0.18 0.02 0.05 0.13 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.04 0.13 0.02 0.03 0.16 0.05 0.15 0.05 0.12 0.11 0.15 0.14 0.07 0.03 0.18 0.07 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.41 0.08 0.04 0.48 0.03 0.46 0.03 0.40 0.36 0.45 0.39 0.05 0.09 0.49 0.14 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.20 0.03 0.04 0.21 0.02 0.20 0.02 0.19 0.18 0.21 0.21 0.02 0.05 0.21 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 0.80 0.21 0.13 0.41 0.26 0.24 0.42 0.21 0.50 0.69 1.11 0.06 0.11 0.42 0.52 0.14 0.79 0.43 0.28
C2 0.60 1.07 0.15 0.05 0.69 0.04 0.32 0.68 0.26 0.64 1.03 1.44 0.06 0.10 0.73 0.39 0.17 0.60 0.78 0.45
C2' 0.50 0.62 0.12 0.10 0.33 0.28 0.32 0.29 0.24 0.38 0.51 0.91 0.07 0.05 0.35 0.48 0.28 1.07 0.23 0.31
C3' 0.40 0.37 0.07 0.09 0.33 0.29 0.43 0.20 0.30 0.23 0.29 0.61 0.07 0.05 0.41 0.40 0.31 1.07 0.42 0.39
C4 0.53 1.14 0.06 0.10 0.85 0.28 0.45 0.83 0.33 0.68 1.15 1.50 0.17 0.06 0.92 0.25 0.37 0.43 0.82 0.55
C4' 0.41 0.34 0.13 0.15 0.37 0.38 0.47 0.12 0.33 0.23 0.28 0.54 0.05 0.06 0.45 0.43 0.34 0.99 0.43 0.38
C5 0.54 1.03 0.08 0.08 0.73 0.25 0.40 0.76 0.31 0.64 1.00 1.35 0.12 0.06 0.78 0.27 0.35 0.39 0.63 0.48
C5' 0.27 0.21 0.08 0.13 0.54 0.34 0.60 0.06 0.43 0.20 0.34 0.26 0.06 0.05 0.63 0.30 0.26 0.76 0.72 0.39
C6 0.59 0.92 0.15 0.04 0.58 0.06 0.29 0.65 0.24 0.59 0.86 1.23 0.04 0.10 0.60 0.37 0.22 0.43 0.49 0.37
N1 0.61 0.95 0.17 0.08 0.56 0.07 0.26 0.60 0.22 0.58 0.87 1.28 0.04 0.11 0.58 0.43 0.13 0.59 0.58 0.36
N3 0.56 1.14 0.08 0.07 0.80 0.18 0.39 0.80 0.29 0.67 1.14 1.52 0.14 0.07 0.87 0.30 0.29 0.50 0.88 0.54
O2 0.62 1.09 0.18 0.08 0.70 0.08 0.33 0.61 0.27 0.65 1.05 1.47 0.05 0.12 0.74 0.44 0.12 0.72 0.80 0.42
O2' 0.57 0.68 0.21 0.19 0.40 0.43 0.39 0.19 0.31 0.44 0.57 0.97 0.07 0.10 0.43 0.59 0.44 1.29 0.31 0.43
O3' 0.36 0.28 0.07 0.12 0.48 0.36 0.57 0.09 0.39 0.21 0.30 0.46 0.07 0.05 0.60 0.40 0.45 1.34 0.74 0.61
O4 0.50 1.21 0.07 0.13 0.98 0.37 0.56 0.87 0.40 0.72 1.27 1.57 0.21 0.04 1.08 0.22 0.43 0.44 0.89 0.61
O4' 0.52 0.59 0.20 0.15 0.29 0.33 0.28 0.31 0.22 0.37 0.47 0.85 0.07 0.11 0.30 0.50 0.17 0.75 0.24 0.23
O5' 0.24 0.15 0.05 0.03 0.37 0.16 0.44 0.21 0.31 0.12 0.22 0.26 0.07 0.04 0.45 0.21 0.12 0.51 0.56 0.22
OP1 0.12 0.61 0.18 0.05 0.89 0.05 0.81 0.09 0.62 0.50 0.80 0.51 0.12 0.02 0.98 0.10 0.25 0.13 0.96 0.24
OP2 0.21 0.06 0.14 0.03 0.21 0.02 0.23 0.17 0.14 0.05 0.12 0.14 0.10 0.04 0.26 0.14 0.16 0.18 0.62 0.14
P 0.14 0.15 0.10 0.03 0.40 0.06 0.41 0.16 0.29 0.14 0.28 0.08 0.07 0.01 0.46 0.10 0.17 0.18 0.65 0.15

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.29 0.02 0.00 0.39 0.92 0.27 0.46
C2 0.03 0.00 0.18 0.16 0.02 0.05 0.02 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.20 0.02 0.12 0.60 1.51 0.59 0.79
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.02 0.02 0.13 0.18 0.17 0.01 0.13 0.33 0.00 0.02 0.02 0.03 0.23 0.52 0.39 0.12
C3' 0.04 0.16 0.00 0.00 0.23 0.01 0.23 0.03 0.18 0.14 0.21 0.13 0.03 0.02 0.25 0.01 0.24 0.30 0.35 0.10
C4 0.01 0.02 0.02 0.23 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.01 0.01 0.03 0.32 0.12 0.01 0.05 0.89 2.17 0.93 1.18
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.07 0.00 0.10 0.01 0.11 0.05 0.06 0.07 0.26 0.02 0.07 0.01 0.06 0.20 0.16 0.08
C5 0.02 0.02 0.13 0.23 0.00 0.10 0.00 0.08 0.01 0.02 0.01 0.01 0.41 0.13 0.00 0.04 0.98 2.26 0.96 1.25
C5' 0.07 0.11 0.18 0.03 0.10 0.01 0.08 0.00 0.07 0.07 0.11 0.12 0.08 0.24 0.11 0.02 0.02 0.15 0.20 0.02
C6 0.02 0.01 0.17 0.18 0.00 0.11 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.01 0.38 0.10 0.01 0.08 0.91 1.93 0.78 1.09
N1 0.01 0.01 0.01 0.14 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.19 0.15 0.01 0.03 0.67 1.50 0.57 0.81
N3 0.02 0.01 0.13 0.21 0.01 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.03 0.16 0.15 0.01 0.11 0.74 1.85 0.77 0.98
O2 0.06 0.01 0.33 0.13 0.03 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.03 0.00 0.23 0.28 0.04 0.16 0.45 1.24 0.48 0.63
O2' 0.01 0.06 0.00 0.03 0.32 0.26 0.41 0.08 0.38 0.19 0.16 0.23 0.00 0.04 0.33 0.14 0.29 0.46 0.38 0.13
O3' 0.29 0.20 0.02 0.02 0.12 0.02 0.13 0.24 0.10 0.15 0.15 0.28 0.04 0.00 0.13 0.16 0.24 0.22 0.28 0.12
O4 0.02 0.02 0.02 0.25 0.01 0.07 0.00 0.11 0.01 0.01 0.01 0.04 0.33 0.13 0.00 0.07 0.93 2.32 1.02 1.26
O4' 0.00 0.12 0.03 0.01 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.03 0.11 0.16 0.14 0.16 0.07 0.00 0.34 0.80 0.54 0.49
O5' 0.39 0.60 0.23 0.24 0.89 0.06 0.98 0.02 0.91 0.67 0.74 0.45 0.29 0.24 0.93 0.34 0.00 0.01 0.02 0.02
OP1 0.92 1.51 0.52 0.30 2.17 0.20 2.26 0.15 1.93 1.50 1.85 1.24 0.46 0.22 2.32 0.80 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.27 0.59 0.39 0.35 0.93 0.16 0.96 0.20 0.78 0.57 0.77 0.48 0.38 0.28 1.02 0.54 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.46 0.79 0.12 0.10 1.18 0.08 1.25 0.02 1.09 0.81 0.98 0.63 0.13 0.12 1.26 0.49 0.02 0.00 0.01 0.00