ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55107

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.007, 0.018, 0.030, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.018 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.007, 0.022, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.021 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.009, 0.027, 0.046, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.027 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.016, 0.044, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.044 std_dev=0.028
O4 A 0, 0.043, 0.106, 0.169, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.106 std_dev=0.063
O4' A 0, 0.064, 0.228, 0.392, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.228 std_dev=0.164
C2' A 0, 0.081, 0.276, 0.471, 0.462 max_d=0.462 avg_d=0.276 std_dev=0.195
C4' B 0, 0.133, 0.369, 0.604, 0.646 max_d=0.646 avg_d=0.369 std_dev=0.235
C4' A 0, 0.127, 0.370, 0.613, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.370 std_dev=0.243
C5' B 0, 0.308, 0.644, 0.980, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.644 std_dev=0.336
O2' A 0, 0.155, 0.497, 0.840, 0.881 max_d=0.881 avg_d=0.497 std_dev=0.342
O2' B 0, 0.309, 0.674, 1.038, 1.031 max_d=1.031 avg_d=0.674 std_dev=0.364
C3' B 0, 0.280, 0.663, 1.045, 1.071 max_d=1.071 avg_d=0.663 std_dev=0.382
O3' B 0, 0.358, 0.760, 1.161, 1.114 max_d=1.114 avg_d=0.760 std_dev=0.402
C3' A 0, 0.150, 0.583, 1.017, 1.023 max_d=1.023 avg_d=0.583 std_dev=0.434
O4' B 0, 0.345, 0.828, 1.311, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.828 std_dev=0.483
C2' B 0, 0.349, 0.852, 1.355, 1.271 max_d=1.271 avg_d=0.852 std_dev=0.503
O5' B 0, 0.433, 1.059, 1.685, 1.635 max_d=1.635 avg_d=1.059 std_dev=0.626
C5' A 0, 0.374, 1.004, 1.633, 1.570 max_d=1.570 avg_d=1.004 std_dev=0.629
O5' A 0, 0.474, 1.223, 1.972, 1.914 max_d=1.914 avg_d=1.223 std_dev=0.749
C1' B 0, 0.405, 1.208, 2.012, 1.913 max_d=1.913 avg_d=1.208 std_dev=0.803
P A 0, 0.449, 1.284, 2.119, 2.107 max_d=2.107 avg_d=1.284 std_dev=0.835
OP2 B 0, 0.186, 1.094, 2.002, 2.731 max_d=2.731 avg_d=1.094 std_dev=0.908
O3' A 0, 0.173, 1.104, 2.036, 2.189 max_d=2.189 avg_d=1.104 std_dev=0.932
P B 0, 0.547, 1.511, 2.474, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.511 std_dev=0.963
OP2 A 0, 0.529, 1.711, 2.894, 2.775 max_d=2.775 avg_d=1.711 std_dev=1.183
C6 B 0, 0.507, 1.770, 3.033, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.770 std_dev=1.263
N1 B 0, 0.501, 1.881, 3.261, 3.141 max_d=3.141 avg_d=1.881 std_dev=1.380
OP1 A 0, 0.614, 2.233, 3.851, 3.740 max_d=3.740 avg_d=2.233 std_dev=1.618
C5 B 0, 0.661, 2.512, 4.362, 4.196 max_d=4.196 avg_d=2.512 std_dev=1.850
C2 B 0, 0.632, 2.804, 4.977, 5.046 max_d=5.046 avg_d=2.804 std_dev=2.173
OP1 B 0, 0.928, 3.134, 5.339, 5.215 max_d=5.215 avg_d=3.134 std_dev=2.206
O2 B 0, 0.690, 3.112, 5.534, 5.732 max_d=5.732 avg_d=3.112 std_dev=2.422
C4 B 0, 0.788, 3.394, 5.999, 5.995 max_d=5.995 avg_d=3.394 std_dev=2.606
N3 B 0, 0.744, 3.466, 6.188, 6.280 max_d=6.280 avg_d=3.466 std_dev=2.722
O4 B 0, 0.983, 4.161, 7.339, 7.402 max_d=7.402 avg_d=4.161 std_dev=3.178

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.04 0.01 0.15 0.02 0.00 0.28 0.17 0.40 0.13
C2 0.03 0.00 0.06 0.20 0.01 0.06 0.01 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00 0.21 0.12 0.01 0.02 0.40 0.20 0.70 0.27
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.03 0.06 0.10 0.06 0.02 0.04 0.11 0.00 0.05 0.04 0.01 0.21 0.24 0.23 0.12
C3' 0.03 0.20 0.00 0.00 0.30 0.01 0.32 0.01 0.29 0.20 0.25 0.16 0.01 0.01 0.32 0.04 0.18 0.07 0.33 0.22
C4 0.02 0.01 0.04 0.30 0.00 0.05 0.00 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.16 0.29 0.00 0.03 0.42 0.24 0.86 0.32
C4' 0.01 0.06 0.03 0.01 0.05 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.06 0.07 0.26 0.02 0.04 0.00 0.01 0.16 0.12 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.32 0.00 0.04 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.32 0.00 0.05 0.38 0.16 0.80 0.27
C5' 0.07 0.13 0.10 0.01 0.16 0.00 0.15 0.00 0.12 0.11 0.16 0.12 0.16 0.20 0.17 0.01 0.01 0.18 0.03 0.02
C6 0.02 0.01 0.06 0.29 0.00 0.04 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.24 0.01 0.04 0.35 0.10 0.65 0.20
N1 0.01 0.00 0.02 0.20 0.01 0.05 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.09 0.02 0.01 0.35 0.13 0.60 0.20
N3 0.02 0.00 0.04 0.25 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.21 0.20 0.01 0.01 0.43 0.24 0.82 0.32
O2 0.04 0.00 0.11 0.16 0.01 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.28 0.18 0.01 0.04 0.38 0.20 0.66 0.26
O2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.16 0.26 0.09 0.16 0.06 0.10 0.21 0.28 0.00 0.17 0.17 0.16 0.02 0.12 0.16 0.04
O3' 0.15 0.12 0.05 0.01 0.29 0.02 0.32 0.20 0.24 0.09 0.20 0.18 0.17 0.00 0.34 0.12 0.51 0.32 0.69 0.50
O4 0.02 0.01 0.04 0.32 0.00 0.04 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.17 0.34 0.00 0.04 0.42 0.28 0.90 0.35
O4' 0.00 0.02 0.01 0.04 0.03 0.00 0.05 0.01 0.04 0.01 0.01 0.04 0.16 0.12 0.04 0.00 0.19 0.21 0.29 0.06
O5' 0.28 0.40 0.21 0.18 0.42 0.01 0.38 0.01 0.35 0.35 0.43 0.38 0.02 0.51 0.42 0.19 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.17 0.20 0.24 0.07 0.24 0.16 0.16 0.18 0.10 0.13 0.24 0.20 0.12 0.32 0.28 0.21 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.40 0.70 0.23 0.33 0.86 0.12 0.80 0.03 0.65 0.60 0.82 0.66 0.16 0.69 0.90 0.29 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.27 0.12 0.22 0.32 0.04 0.27 0.02 0.20 0.20 0.32 0.26 0.04 0.50 0.35 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.47 1.16 0.33 0.09 0.91 0.11 0.51 0.08 0.38 0.68 1.22 1.45 0.20 0.18 0.99 0.31 0.12 1.24 0.17 0.54
C2 0.58 1.57 0.35 0.05 1.47 0.07 0.87 0.17 0.62 0.94 1.79 1.82 0.22 0.30 1.64 0.35 0.11 1.54 0.15 0.68
C2' 0.36 1.07 0.24 0.06 0.95 0.06 0.54 0.13 0.37 0.61 1.19 1.31 0.07 0.22 1.06 0.21 0.14 1.14 0.20 0.52
C3' 0.12 0.73 0.09 0.19 0.66 0.23 0.33 0.32 0.18 0.35 0.84 0.90 0.14 0.36 0.76 0.11 0.41 1.12 0.50 0.69
C4 0.62 1.69 0.34 0.11 1.87 0.12 1.26 0.27 0.88 1.09 2.05 1.77 0.20 0.39 2.09 0.38 0.11 1.60 0.08 0.70
C4' 0.18 0.55 0.15 0.10 0.43 0.08 0.21 0.08 0.14 0.30 0.58 0.71 0.07 0.11 0.47 0.13 0.18 0.81 0.23 0.37
C5 0.60 1.54 0.35 0.12 1.61 0.12 1.13 0.22 0.84 1.04 1.78 1.58 0.19 0.39 1.73 0.37 0.07 1.42 0.10 0.60
C5' 0.08 0.18 0.05 0.11 0.21 0.06 0.11 0.14 0.04 0.06 0.24 0.20 0.33 0.20 0.25 0.03 0.23 0.46 0.26 0.23
C6 0.56 1.39 0.36 0.08 1.28 0.08 0.84 0.14 0.64 0.91 1.52 1.53 0.19 0.33 1.36 0.34 0.09 1.29 0.15 0.55
N1 0.54 1.41 0.35 0.06 1.24 0.07 0.74 0.13 0.54 0.86 1.54 1.65 0.21 0.28 1.34 0.33 0.11 1.38 0.15 0.60
N3 0.62 1.69 0.35 0.07 1.75 0.09 1.09 0.23 0.76 1.04 2.02 1.87 0.22 0.35 1.98 0.37 0.11 1.62 0.14 0.73
O2 0.56 1.52 0.34 0.04 1.39 0.06 0.78 0.16 0.55 0.88 1.73 1.82 0.23 0.27 1.57 0.34 0.12 1.56 0.18 0.70
O2' 0.36 1.04 0.25 0.11 0.92 0.11 0.52 0.13 0.35 0.59 1.17 1.30 0.23 0.27 1.05 0.23 0.15 1.16 0.15 0.51
O3' 0.12 0.75 0.06 0.21 0.70 0.28 0.36 0.41 0.18 0.36 0.88 0.93 0.18 0.44 0.83 0.08 0.47 1.16 0.59 0.76
O4 0.63 1.72 0.33 0.14 2.09 0.17 1.44 0.33 0.99 1.13 2.16 1.76 0.21 0.41 2.40 0.40 0.16 1.59 0.10 0.72
O4' 0.35 0.80 0.27 0.12 0.56 0.14 0.29 0.08 0.22 0.46 0.79 1.04 0.15 0.12 0.59 0.26 0.13 1.03 0.16 0.43
O5' 0.14 0.44 0.15 0.15 0.60 0.07 0.47 0.08 0.32 0.30 0.59 0.39 0.39 0.01 0.69 0.11 0.27 0.34 0.38 0.18
OP1 0.95 0.76 0.82 0.33 0.43 0.52 0.36 0.26 0.47 0.70 0.59 0.95 1.26 0.05 0.37 0.78 0.42 0.57 0.50 0.47
OP2 0.20 0.78 0.17 0.32 1.19 0.06 1.10 0.26 0.84 0.65 1.05 0.60 0.31 0.01 1.33 0.11 0.74 0.67 1.00 0.68
P 0.26 0.18 0.23 0.02 0.41 0.20 0.34 0.11 0.17 0.09 0.33 0.16 0.57 0.01 0.50 0.24 0.35 0.33 0.48 0.31

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.01 0.03 0.00 0.06 0.42 0.09 0.10
C2 0.05 0.00 0.10 0.20 0.02 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.23 0.02 0.09 0.12 0.45 0.35 0.15
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.02 0.03 0.06 0.01 0.08 0.02 0.08 0.17 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.61 0.14 0.26
C3' 0.01 0.20 0.00 0.00 0.19 0.00 0.10 0.02 0.04 0.11 0.23 0.22 0.03 0.01 0.21 0.00 0.11 0.52 0.13 0.27
C4 0.02 0.02 0.02 0.19 0.00 0.13 0.01 0.20 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.22 0.00 0.01 0.22 0.43 0.59 0.27
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.13 0.00 0.15 0.00 0.12 0.06 0.09 0.06 0.12 0.01 0.14 0.00 0.02 0.15 0.11 0.06
C5 0.00 0.01 0.06 0.10 0.01 0.15 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.11 0.01 0.09 0.20 0.42 0.51 0.22
C5' 0.02 0.09 0.01 0.02 0.20 0.00 0.21 0.00 0.15 0.08 0.15 0.08 0.10 0.02 0.23 0.01 0.01 0.24 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.01 0.11 0.11 0.46 0.30 0.09
N1 0.01 0.01 0.02 0.11 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.11 0.02 0.01 0.06 0.46 0.24 0.10
N3 0.04 0.01 0.08 0.23 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.27 0.02 0.05 0.19 0.44 0.50 0.23
O2 0.08 0.00 0.17 0.22 0.02 0.06 0.02 0.08 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.26 0.03 0.16 0.11 0.46 0.31 0.15
O2' 0.01 0.09 0.00 0.03 0.12 0.12 0.10 0.10 0.08 0.07 0.12 0.10 0.00 0.06 0.14 0.10 0.04 0.44 0.09 0.14
O3' 0.01 0.23 0.02 0.01 0.22 0.01 0.11 0.02 0.04 0.11 0.27 0.26 0.06 0.00 0.25 0.01 0.13 0.49 0.20 0.32
O4 0.03 0.02 0.02 0.21 0.00 0.14 0.01 0.23 0.01 0.02 0.02 0.03 0.14 0.25 0.00 0.01 0.27 0.42 0.70 0.34
O4' 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.11 0.01 0.05 0.16 0.10 0.01 0.01 0.00 0.08 0.20 0.03 0.05
O5' 0.06 0.12 0.10 0.11 0.22 0.02 0.20 0.01 0.11 0.06 0.19 0.11 0.04 0.13 0.27 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.42 0.45 0.61 0.52 0.43 0.15 0.42 0.24 0.46 0.46 0.44 0.46 0.44 0.49 0.42 0.20 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.35 0.14 0.13 0.59 0.11 0.51 0.17 0.30 0.24 0.50 0.31 0.09 0.20 0.70 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.15 0.26 0.27 0.27 0.06 0.22 0.02 0.09 0.10 0.23 0.15 0.14 0.32 0.34 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00