ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55108

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.006, 0.011, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.008, 0.017, 0.026, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.009, 0.024, 0.039, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.024 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.015, 0.030, 0.045, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.030 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.035, 0.074, 0.113, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.074 std_dev=0.039
O3' B 0, 0.182, 0.437, 0.691, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.437 std_dev=0.255
C3' B 0, 0.189, 0.456, 0.723, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.456 std_dev=0.267
C2' A 0, 0.290, 0.629, 0.969, 0.983 max_d=0.983 avg_d=0.629 std_dev=0.339
O4' A 0, 0.301, 0.646, 0.991, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.646 std_dev=0.345
O2' B 0, 0.253, 0.605, 0.956, 1.102 max_d=1.102 avg_d=0.605 std_dev=0.351
C2' B 0, 0.247, 0.629, 1.010, 1.199 max_d=1.199 avg_d=0.629 std_dev=0.381
O2' A 0, 0.413, 0.850, 1.287, 1.189 max_d=1.189 avg_d=0.850 std_dev=0.437
C4' B 0, 0.325, 0.839, 1.353, 1.373 max_d=1.373 avg_d=0.839 std_dev=0.514
C1' B 0, 0.533, 1.068, 1.603, 1.395 max_d=1.395 avg_d=1.068 std_dev=0.535
C4' A 0, 0.399, 0.941, 1.484, 1.485 max_d=1.485 avg_d=0.941 std_dev=0.542
O4' B 0, 0.479, 1.035, 1.591, 1.530 max_d=1.530 avg_d=1.035 std_dev=0.556
C3' A 0, 0.553, 1.125, 1.697, 1.530 max_d=1.530 avg_d=1.125 std_dev=0.572
C5' B 0, 0.266, 1.022, 1.778, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.022 std_dev=0.756
N1 B 0, 0.728, 1.552, 2.376, 2.454 max_d=2.454 avg_d=1.552 std_dev=0.824
C6 B 0, 0.275, 1.103, 1.931, 2.530 max_d=2.530 avg_d=1.103 std_dev=0.828
C5' A 0, 0.826, 1.685, 2.544, 2.414 max_d=2.414 avg_d=1.685 std_dev=0.859
O3' A 0, 0.794, 1.725, 2.657, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.725 std_dev=0.932
P A 0, 0.864, 1.803, 2.743, 2.647 max_d=2.647 avg_d=1.803 std_dev=0.939
O5' A 0, 1.023, 2.063, 3.102, 2.824 max_d=2.824 avg_d=2.063 std_dev=1.040
C5 B 0, 0.692, 1.844, 2.996, 3.641 max_d=3.641 avg_d=1.844 std_dev=1.152
C2 B 0, 1.339, 2.688, 4.037, 3.480 max_d=3.480 avg_d=2.688 std_dev=1.349
O5' B 0, 0.837, 2.220, 3.604, 3.637 max_d=3.637 avg_d=2.220 std_dev=1.383
OP2 A 0, 1.407, 2.831, 4.256, 3.802 max_d=3.802 avg_d=2.831 std_dev=1.425
OP1 A 0, 1.357, 2.804, 4.251, 4.036 max_d=4.036 avg_d=2.804 std_dev=1.447
OP2 B 0, 1.296, 2.836, 4.376, 4.198 max_d=4.198 avg_d=2.836 std_dev=1.540
O2 B 0, 1.511, 3.079, 4.647, 4.175 max_d=4.175 avg_d=3.079 std_dev=1.568
C4 B 0, 1.448, 3.080, 4.711, 4.833 max_d=4.833 avg_d=3.080 std_dev=1.631
N3 B 0, 1.671, 3.394, 5.116, 4.642 max_d=4.642 avg_d=3.394 std_dev=1.723
P B 0, 1.512, 3.382, 5.252, 5.063 max_d=5.063 avg_d=3.382 std_dev=1.870
O4 B 0, 1.843, 3.909, 5.975, 6.027 max_d=6.027 avg_d=3.909 std_dev=2.066
OP1 B 0, 2.077, 4.536, 6.995, 6.480 max_d=6.480 avg_d=4.536 std_dev=2.459

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.02 0.01 0.17 0.19 0.41 0.27
C2 0.01 0.00 0.07 0.15 0.01 0.04 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.25 0.20 0.01 0.05 0.18 0.15 0.45 0.22
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.18 0.07 0.01 0.05 0.12 0.01 0.03 0.03 0.02 0.36 0.39 0.60 0.47
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.34 0.00 0.40 0.02 0.36 0.20 0.24 0.07 0.01 0.01 0.36 0.01 0.05 0.10 0.10 0.09
C4 0.02 0.01 0.03 0.34 0.00 0.13 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.31 0.15 0.00 0.02 0.31 0.10 0.49 0.20
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.16 0.07 0.08 0.04 0.25 0.02 0.14 0.00 0.02 0.05 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.40 0.00 0.17 0.00 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.26 0.27 0.01 0.04 0.35 0.12 0.48 0.22
C5' 0.06 0.03 0.18 0.02 0.12 0.00 0.15 0.00 0.12 0.02 0.07 0.06 0.07 0.19 0.14 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.36 0.00 0.16 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.21 0.01 0.05 0.29 0.14 0.43 0.21
N1 0.01 0.00 0.01 0.20 0.01 0.07 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.18 0.08 0.01 0.01 0.18 0.17 0.44 0.23
N3 0.01 0.00 0.05 0.24 0.00 0.08 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.30 0.10 0.01 0.04 0.24 0.11 0.47 0.20
O2 0.01 0.00 0.12 0.07 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.23 0.42 0.01 0.09 0.15 0.17 0.45 0.23
O2' 0.01 0.25 0.01 0.01 0.31 0.25 0.26 0.07 0.20 0.18 0.30 0.23 0.00 0.02 0.33 0.18 0.27 0.30 0.70 0.42
O3' 0.28 0.20 0.03 0.01 0.15 0.02 0.27 0.19 0.21 0.08 0.10 0.42 0.02 0.00 0.18 0.20 0.32 0.44 0.32 0.31
O4 0.02 0.01 0.03 0.36 0.00 0.14 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.18 0.00 0.02 0.35 0.09 0.52 0.22
O4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.04 0.09 0.18 0.20 0.02 0.00 0.11 0.06 0.26 0.15
O5' 0.17 0.18 0.36 0.05 0.31 0.02 0.35 0.00 0.29 0.18 0.24 0.15 0.27 0.32 0.35 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.19 0.15 0.39 0.10 0.10 0.05 0.12 0.06 0.14 0.17 0.11 0.17 0.30 0.44 0.09 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.41 0.45 0.60 0.10 0.49 0.08 0.48 0.02 0.43 0.44 0.47 0.45 0.70 0.32 0.52 0.26 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.27 0.22 0.47 0.09 0.20 0.04 0.22 0.01 0.21 0.23 0.20 0.23 0.42 0.31 0.22 0.15 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.30 0.46 0.29 0.32 0.70 0.31 0.69 0.38 0.56 0.42 0.60 0.48 0.44 0.28 0.79 0.33 0.46 0.69 0.38 0.61
C2 0.28 0.52 0.28 0.30 0.83 0.35 0.86 0.53 0.68 0.44 0.68 0.65 0.46 0.23 0.95 0.36 0.60 0.95 0.57 0.77
C2' 0.33 0.35 0.36 0.43 0.60 0.45 0.59 0.49 0.48 0.33 0.50 0.38 0.52 0.47 0.71 0.40 0.62 0.79 0.50 0.75
C3' 0.14 0.28 0.13 0.20 0.58 0.23 0.58 0.31 0.45 0.25 0.46 0.24 0.39 0.22 0.69 0.21 0.44 0.59 0.55 0.63
C4 0.26 0.58 0.30 0.25 0.65 0.42 0.76 0.67 0.62 0.37 0.66 0.83 0.41 0.14 0.73 0.40 0.74 1.13 0.70 0.89
C4' 0.22 0.23 0.20 0.18 0.44 0.16 0.44 0.13 0.34 0.23 0.34 0.21 0.43 0.15 0.51 0.21 0.24 0.37 0.25 0.38
C5 0.31 0.51 0.35 0.31 0.51 0.45 0.58 0.65 0.53 0.34 0.56 0.70 0.40 0.17 0.57 0.43 0.72 0.99 0.57 0.82
C5' 0.19 0.10 0.16 0.10 0.28 0.11 0.29 0.05 0.22 0.13 0.20 0.03 0.36 0.09 0.34 0.16 0.12 0.20 0.19 0.23
C6 0.33 0.43 0.36 0.37 0.53 0.42 0.58 0.54 0.52 0.36 0.50 0.56 0.45 0.25 0.59 0.41 0.61 0.82 0.46 0.71
N1 0.30 0.47 0.31 0.33 0.69 0.36 0.72 0.48 0.60 0.41 0.59 0.56 0.46 0.26 0.78 0.36 0.56 0.83 0.47 0.70
N3 0.26 0.55 0.28 0.27 0.81 0.38 0.88 0.61 0.68 0.42 0.68 0.77 0.45 0.18 0.93 0.38 0.68 1.08 0.67 0.85
O2 0.27 0.55 0.25 0.28 0.93 0.32 0.92 0.50 0.71 0.47 0.75 0.63 0.47 0.23 1.08 0.34 0.57 0.94 0.57 0.75
O2' 0.32 0.47 0.31 0.39 0.69 0.38 0.66 0.46 0.55 0.42 0.61 0.46 0.34 0.35 0.79 0.36 0.58 0.80 0.54 0.76
O3' 0.21 0.17 0.22 0.19 0.42 0.24 0.45 0.37 0.33 0.14 0.29 0.32 0.52 0.23 0.53 0.21 0.47 0.66 0.65 0.68
O4 0.23 0.67 0.28 0.20 0.64 0.42 0.74 0.71 0.58 0.34 0.78 0.92 0.38 0.10 0.74 0.39 0.80 1.25 0.80 0.97
O4' 0.30 0.39 0.28 0.27 0.56 0.24 0.55 0.24 0.46 0.37 0.48 0.38 0.45 0.21 0.62 0.29 0.28 0.46 0.20 0.39
O5' 0.08 0.31 0.06 0.05 0.48 0.06 0.44 0.14 0.32 0.23 0.43 0.29 0.26 0.02 0.55 0.07 0.15 0.12 0.30 0.20
OP1 0.37 0.35 0.30 0.12 0.32 0.17 0.26 0.21 0.20 0.28 0.34 0.42 0.48 0.02 0.35 0.28 0.14 0.33 0.32 0.17
OP2 0.16 0.53 0.15 0.14 0.72 0.20 0.65 0.35 0.51 0.42 0.67 0.49 0.11 0.01 0.79 0.16 0.40 0.41 0.45 0.37
P 0.12 0.26 0.09 0.03 0.39 0.08 0.35 0.12 0.24 0.19 0.35 0.26 0.23 0.01 0.44 0.10 0.14 0.13 0.28 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03 0.05 0.01 0.13 0.23 0.34 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.15 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.16 0.03 0.03 0.20 0.37 0.50 0.24
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.07 0.12 0.00 0.03 0.05 0.01 0.18 0.33 0.25 0.21
C3' 0.02 0.15 0.00 0.00 0.15 0.01 0.13 0.03 0.10 0.10 0.16 0.16 0.01 0.01 0.16 0.02 0.17 0.28 0.24 0.24
C4 0.04 0.02 0.04 0.15 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.03 0.01 0.01 0.08 0.20 0.01 0.04 0.23 0.45 0.58 0.31
C4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.05 0.06 0.09 0.02 0.05 0.00 0.02 0.06 0.15 0.05
C5 0.02 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.17 0.02 0.03 0.23 0.45 0.58 0.31
C5' 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.08 0.09 0.07 0.01 0.01 0.11 0.04 0.02
C6 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.02 0.04 0.12 0.03 0.03 0.22 0.39 0.53 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.10 0.04 0.01 0.20 0.34 0.47 0.24
N3 0.03 0.01 0.07 0.16 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.19 0.02 0.04 0.21 0.42 0.55 0.28
O2 0.04 0.00 0.12 0.16 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.02 0.01 0.00 0.13 0.17 0.02 0.05 0.18 0.34 0.46 0.21
O2' 0.02 0.09 0.00 0.01 0.08 0.09 0.04 0.08 0.04 0.04 0.09 0.13 0.00 0.09 0.09 0.06 0.10 0.23 0.25 0.15
O3' 0.03 0.16 0.03 0.01 0.20 0.02 0.17 0.09 0.12 0.10 0.19 0.17 0.09 0.00 0.22 0.02 0.12 0.24 0.25 0.26
O4 0.05 0.03 0.05 0.16 0.01 0.05 0.02 0.07 0.03 0.04 0.02 0.02 0.09 0.22 0.00 0.05 0.23 0.47 0.59 0.32
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.06 0.02 0.05 0.00 0.10 0.13 0.31 0.16
O5' 0.13 0.20 0.18 0.17 0.23 0.02 0.23 0.01 0.22 0.20 0.21 0.18 0.10 0.12 0.23 0.10 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.23 0.37 0.33 0.28 0.45 0.06 0.45 0.11 0.39 0.34 0.42 0.34 0.23 0.24 0.47 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.34 0.50 0.25 0.24 0.58 0.15 0.58 0.04 0.53 0.47 0.55 0.46 0.25 0.25 0.59 0.31 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.15 0.24 0.21 0.24 0.31 0.05 0.31 0.02 0.28 0.24 0.28 0.21 0.15 0.26 0.32 0.16 0.00 0.00 0.00 0.00