ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 55109

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.003, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.001, 0.004, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.005, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C6 A 0, 0.002, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C1' A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
O2 A 0, 0.002, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
O4 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O3' A 0, 0.006, 0.038, 0.069, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.038 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.028, 0.080, 0.132, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.080 std_dev=0.052
C2' A 0, 0.020, 0.080, 0.140, 0.147 max_d=0.147 avg_d=0.080 std_dev=0.060
O4' A 0, 0.005, 0.077, 0.149, 0.158 max_d=0.158 avg_d=0.077 std_dev=0.072
C4' A 0, 0.020, 0.107, 0.194, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.107 std_dev=0.087
O2' A 0, 0.027, 0.130, 0.234, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.130 std_dev=0.104
C5' A 0, 0.036, 0.194, 0.351, 0.383 max_d=0.383 avg_d=0.194 std_dev=0.158
O5' A 0, 0.080, 0.241, 0.401, 0.417 max_d=0.417 avg_d=0.241 std_dev=0.160
OP1 A 0, 0.078, 0.285, 0.492, 0.567 max_d=0.567 avg_d=0.285 std_dev=0.207
O2' B 0, 0.096, 0.371, 0.646, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.371 std_dev=0.275
C5 B 0, 0.159, 0.449, 0.739, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.449 std_dev=0.290
C4 B 0, 0.147, 0.446, 0.745, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.446 std_dev=0.299
O2 B 0, 0.097, 0.400, 0.703, 0.734 max_d=0.734 avg_d=0.400 std_dev=0.303
C6 B 0, 0.118, 0.421, 0.725, 0.782 max_d=0.782 avg_d=0.421 std_dev=0.304
C2 B 0, 0.068, 0.372, 0.677, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.372 std_dev=0.305
N1 B 0, 0.064, 0.370, 0.676, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.370 std_dev=0.306
N3 B 0, 0.099, 0.412, 0.724, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.412 std_dev=0.312
C1' B 0, 0.060, 0.384, 0.709, 0.783 max_d=0.783 avg_d=0.384 std_dev=0.324
O4 B 0, 0.173, 0.499, 0.826, 0.913 max_d=0.913 avg_d=0.499 std_dev=0.327
P A 0, 0.067, 0.396, 0.725, 0.862 max_d=0.862 avg_d=0.396 std_dev=0.329
C2' B 0, 0.068, 0.404, 0.740, 0.811 max_d=0.811 avg_d=0.404 std_dev=0.336
O4' B 0, 0.099, 0.500, 0.901, 1.032 max_d=1.032 avg_d=0.500 std_dev=0.401
OP2 B 0, 0.203, 0.625, 1.047, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.625 std_dev=0.422
O3' B 0, 0.145, 0.572, 0.998, 1.159 max_d=1.159 avg_d=0.572 std_dev=0.426
C3' B 0, 0.102, 0.531, 0.961, 1.101 max_d=1.101 avg_d=0.531 std_dev=0.429
C4' B 0, 0.117, 0.583, 1.049, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.583 std_dev=0.466
O5' B 0, 0.133, 0.623, 1.112, 1.193 max_d=1.193 avg_d=0.623 std_dev=0.490
OP2 A 0, 0.070, 0.584, 1.098, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.584 std_dev=0.514
P B 0, 0.163, 0.680, 1.196, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.680 std_dev=0.517
C5' B 0, 0.135, 0.681, 1.227, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.681 std_dev=0.546
OP1 B 0, 0.183, 0.767, 1.352, 1.474 max_d=1.474 avg_d=0.767 std_dev=0.584

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.05 0.09 0.05
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.03 0.05 0.06 0.08 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.14 0.07
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.15 0.06
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.08 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.06 0.06 0.09 0.06
C5' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.06 0.08 0.05
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.06 0.06 0.08 0.06
O2 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.01 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06
O2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.00 0.02 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.17 0.08
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.16 0.06
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.07 0.07 0.10 0.07
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.04 0.05 0.02
O5' 0.03 0.05 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.05 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.06 0.06 0.06 0.06 0.06 0.05 0.07 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.09 0.08 0.14 0.15 0.09 0.08 0.09 0.03 0.08 0.08 0.08 0.08 0.17 0.16 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.07 0.06 0.06 0.03 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.08 0.06 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.09 0.02 0.02 0.20 0.03 0.21 0.02 0.16 0.09 0.15 0.12 0.01 0.07 0.23 0.03 0.07 0.18 0.20 0.14
C2 0.03 0.10 0.04 0.01 0.17 0.05 0.17 0.03 0.13 0.09 0.14 0.12 0.05 0.04 0.19 0.04 0.03 0.14 0.16 0.10
C2' 0.03 0.09 0.01 0.02 0.20 0.03 0.22 0.04 0.16 0.08 0.14 0.15 0.02 0.06 0.22 0.04 0.08 0.19 0.21 0.15
C3' 0.04 0.09 0.01 0.02 0.19 0.03 0.22 0.05 0.15 0.06 0.13 0.15 0.05 0.08 0.22 0.04 0.09 0.20 0.22 0.17
C4 0.07 0.12 0.07 0.03 0.16 0.04 0.16 0.04 0.14 0.11 0.14 0.10 0.10 0.02 0.17 0.03 0.05 0.12 0.15 0.10
C4' 0.03 0.09 0.01 0.03 0.18 0.04 0.21 0.02 0.15 0.06 0.12 0.14 0.04 0.10 0.22 0.04 0.07 0.21 0.21 0.16
C5 0.09 0.14 0.08 0.04 0.19 0.05 0.19 0.05 0.17 0.14 0.17 0.11 0.10 0.03 0.19 0.05 0.08 0.15 0.17 0.13
C5' 0.03 0.08 0.01 0.04 0.16 0.04 0.19 0.01 0.14 0.06 0.11 0.13 0.04 0.10 0.19 0.04 0.07 0.21 0.20 0.16
C6 0.07 0.13 0.07 0.03 0.20 0.04 0.21 0.04 0.18 0.14 0.16 0.08 0.07 0.05 0.21 0.04 0.08 0.17 0.19 0.14
N1 0.02 0.10 0.04 0.01 0.19 0.04 0.19 0.01 0.16 0.10 0.15 0.10 0.04 0.05 0.21 0.02 0.05 0.16 0.18 0.12
N3 0.04 0.10 0.05 0.01 0.16 0.05 0.15 0.04 0.13 0.09 0.14 0.09 0.08 0.03 0.18 0.03 0.03 0.12 0.14 0.09
O2 0.04 0.11 0.03 0.02 0.17 0.06 0.17 0.05 0.13 0.08 0.15 0.15 0.04 0.04 0.20 0.06 0.03 0.13 0.16 0.09
O2' 0.04 0.10 0.02 0.02 0.22 0.04 0.22 0.06 0.16 0.09 0.16 0.15 0.02 0.04 0.24 0.05 0.09 0.17 0.21 0.15
O3' 0.04 0.10 0.02 0.02 0.21 0.03 0.22 0.06 0.15 0.07 0.14 0.16 0.05 0.07 0.26 0.05 0.10 0.20 0.23 0.17
O4 0.08 0.12 0.08 0.04 0.15 0.04 0.14 0.05 0.13 0.11 0.14 0.11 0.11 0.04 0.16 0.03 0.05 0.11 0.13 0.09
O4' 0.01 0.09 0.01 0.04 0.19 0.05 0.21 0.00 0.16 0.07 0.14 0.12 0.02 0.09 0.22 0.04 0.06 0.19 0.20 0.14
O5' 0.02 0.07 0.01 0.03 0.12 0.03 0.15 0.01 0.12 0.05 0.08 0.12 0.04 0.09 0.14 0.03 0.06 0.21 0.18 0.15
OP1 0.03 0.09 0.03 0.03 0.16 0.03 0.19 0.08 0.15 0.08 0.12 0.12 0.03 0.07 0.18 0.03 0.14 0.28 0.25 0.22
OP2 0.08 0.19 0.05 0.04 0.25 0.03 0.24 0.08 0.21 0.17 0.23 0.18 0.04 0.13 0.26 0.06 0.15 0.24 0.18 0.17
P 0.06 0.13 0.05 0.02 0.17 0.03 0.18 0.07 0.15 0.11 0.15 0.14 0.03 0.07 0.19 0.05 0.13 0.23 0.19 0.18

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.10 0.11 0.08
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.16 0.11
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.14 0.10 0.09
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.03 0.05
C4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.11 0.18 0.11
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.03
C5 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.01 0.00 0.02 0.03 0.11 0.17 0.10
C5' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.10 0.15 0.09
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.11 0.14 0.09
N3 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.11 0.18 0.12
O2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.08 0.11 0.15 0.11
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.16 0.11 0.09
O3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04
O4 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.06 0.12 0.19 0.12
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.06 0.08 0.05
O5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.06 0.00 0.03 0.00 0.03 0.05 0.07 0.08 0.02 0.03 0.06 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.10 0.11 0.14 0.11 0.11 0.05 0.11 0.01 0.10 0.11 0.11 0.11 0.16 0.10 0.12 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.11 0.16 0.10 0.03 0.18 0.03 0.17 0.01 0.15 0.14 0.18 0.15 0.11 0.02 0.19 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.08 0.11 0.09 0.05 0.11 0.03 0.10 0.00 0.09 0.09 0.12 0.11 0.09 0.04 0.12 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00